vcf-query - 云端在线

这是 vcf-query 命令,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器

程序:

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vcf-query - 查询 VCF 文件

概要


查询-vcf [配置] 文件.vcf.gz

配置


-c, - 列
逗号分隔的列名列表。

-f, - 格式
默认值为 '%CHROM:%POS\t%REF[\t%SAMPLE=%GT]\n'

-l, --列表列
列出列。

-r, - 地区 字符:从到
检索区域。 (运行 tabix。)

-h, -?, - 帮帮我
此帮助信息。

示例


查询-vcf file.vcf.gz 1:1000-2000 -c NA001,NA002,NA003 查询-vcf 文件.vcf.gz -r
1:1000-2000 -f '%CHROM:%POS\t%REF[\t%SAMPLE:%*=,]\n' query-vcf file.vcf.gz -f
'[%GT\t]%LINE\n'查询-vcf文件.vcf.gz -f '%CHROM\t%POS\t%INFO/DP\t%FILTER\n'

使用 onworks.net 服务在线使用 vcf-query



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