这是 vcf-stats 命令,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序:
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vcf-stats - VCF 文件的统计信息
概要
vcf 统计信息 [配置] 文件.vcf.gz
配置
-d, - 倾倒
获取现有的转储文件并重新创建文件(与 -p)
-f, --过滤器
过滤器列表,例如列/字段(任何值)、列/字段=bin:max(集群
bins),列/字段=值(精确值)
-p, - 字首
输出文件的前缀。 如果存在斜杠,则会创建目录。
-s, --样品
仅处理列出的样品, - 不处理。 排除不需要的样本可能
显着提高性能。
-h, -?, - 帮帮我
此帮助信息。
示例
# 分别计算filter field、quality和non-indels的stats vcf-stats
文件.vcf.gz -f 过滤器,质量=10:200,信息/索引=假 -p 出/
# 计算所有样本的统计数据 vcf-stats file.vcf.gz -f 格式/DP=10:200 -p 出/
# 仅计算样本 NA00001 vcf-stats file.vcf.gz 的统计数据 -f
样品/NA00001/DP=1:200 -p 出/
vcf-stats 文件.vcf.gz > perl.dump
使用 onworks.net 服务在线使用 vcf-stats