xplor2gmx - 云端在线

这是命令 xplor2gmx,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器

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xplor2gmx - 将 XPLOR 距离限制转换为 Gromacs 格式

概要


xplor2gmx (残留物 抵消) 输入文件

商品描述


xplor2gmx 读取带有距离限制数据的 XPLOR 输入文件,有时在
pdb 数据库(http://www.pdb.org)。 从这个输入文件二面角限制应该是
移除,这样就只剩下距离限制了。 脚本可以处理歧义
限制。 它将距离限制转换为 GROMACS 格式。

应在 STDIN 上提供限制文件 (.dat),并提供合适的输出文件 (.itp)
发送到标准输出。

示例


xplor2gmx.pl 33 conf.pdb <约束.dat> disre.itp

配置


xplor2gmx 需要两个命令行选项:一是残差偏移量(整数); 第二,
.pdb 文件名。 pdb 文件必须具有正确的原子数。

使用 onworks.net 服务在线使用 xplor2gmx



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