转换

程序：

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转换 — 转换质谱数据文件格式。

概要

转换 [选项] [文件掩码]

商品描述

本手册页简要记录了 转换 软件在 libpwiz 工具
包裹。 该程序允许从一种格式转换质谱数据文件
到另一个。 由于此版本建立在自由软件 Debian 平台上，因此仅
可以执行涉及自由软件的转换[也就是说，*不*涉及专有软件
基于 Microsoft Windows 的动态链接库 (dll)]。

配置

-v | --详细
显示详细的处理进度信息。

--help 显示此消息，以及有关过滤器选项的额外详细信息。

-f | --文件列表 文件名
使用的内容 文件名 其中列出了文件名。

-o | --outdir DIR
将输出目录（'-' 表示 stdout）设置为 DIR. 默认情况下，输出
目录是“.” （即当前工作目录）。

-c | --配置 文件名
将配置文件设置为 文件名.

--输出文件 文件名
覆盖输出文件的名称。

-e | - ext 分机
将输出文件的扩展名设置为 分机. 可以是 mzML 或 mzXML 或 mgf 或
文本。

--mzML 写 米兹米勒 格式（默认）。

--mzXML 写入 xml文件 格式。

--mgf 写 镁粉 吉祥物通用格式。

--text 写入 ProteoWizard 内部 文本 格式。

--ms1 写入 MS1 格式。

--cms1 写 CMS1 格式。

--ms2 写入 MS2 格式。

--cms2 写 CMS2 格式。

--64 将默认二进制编码设置为 64 位精度（默认）。

--32 将默认二进制编码设置为 32 位精度。

--mz64 以 64 位精度编码 m/z 值（默认）。

--mz32 以 32 位精度编码 m/z 值。

--inten64 以 64 位精度编码强度值。

--inten32 以 32 位精度编码强度值（默认）。

--noindex 不写索引。

-i | --联系方式 文件名
使用 VHDL 语言编写 文件名 联系方式。

-z | --zlib
对二进制数据使用 zlib 压缩。

-g | --gzip
gzip 整个输出文件（将 .gz 添加到文件名）。

- 筛选 ARG
添加频谱列表过滤器。

--merge 通过合并文件级从多个输入文件创建单个输出文件
元数据和串联频谱列表。

--simAsSpectra
将选定的离子监测写为谱图，而不是色谱图。

--srmAs光谱
将选定的反应监测写为光谱，而不是色谱图。

示例

将 data.RAW 转换为 data.mzXML

转换 数据.RAW --mzXML

将输出文件放在 my_output_dir 中

转换 数据.RAW -o 我的输出目录

提取扫描索引 5...10 和 20...25

转换 数据.RAW - 筛选 “指数 [5,10] [20,25]“

仅提取 MS1 扫描

转换 数据.RAW - 筛选 "msLevel 1"

提取 n>1 的 MSn 扫描

转换 数据.RAW - 筛选 "msLevel 2-》

使用配置文件

转换 数据.RAW -c config.txt

返回 VALUE

失败的文件数。

使用 onworks.net 服务在线使用 msconvert