هذا هو الأمر ABYSS الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
ABYSS - قم بتجميع القراءات القصيرة في contigs
موجز
هاوية [OPTION] ... FILE
الوصف
قم بتجميع جميع ملفات الإدخال ، FILE ، والتي قد تكون في FASTA أو FASTQ أو qseq أو التصدير أو SRA أو SAM أو
تنسيق BAM ويمكن ضغطه باستخدام gz أو bz2 أو xz وقد يتم ترقيمه.
يُنصح المستخدمون الذين يرغبون في تشغيل تجميع كامل باستخدام ABySS باستخدام abyss-pe كملف
نقطة الدخول بدلاً من برنامج ABYSS. abyss-pe هو ملف Makefile ينسق العديد من ملفات
من أدوات ABySS (بما في ذلك ABYSS) من أجل تشغيل خط أنابيب تجميع ABySS الكامل.
abyss-pe قادرة على القيام بالعديد من الأشياء التي لا تستطيع ABYSS القيام بها ، مثل الاستفادة من
يتم توفير معلومات المسافة من خلال قراءات نهاية مقترنة وقراءات زوج رفيق.
- العفة
تجاهل القراءات غير العفيفة [افتراضي]
--لا عفة
لا تتجاهل القراءات غير العفيفة
- تقليم ملثمين
تقليم القواعد المقنعة من نهايات القراءات [افتراضي]
- لا تقليم- ملثمين
لا تقطع القواعد المقنعة من نهايات القراءات
-q, - جودة تقليم=العتبة
تقليم القواعد من نهايات القراءات التي تكون جودتها أقل من الحد الأدنى
-Q, - جودة القناع=العتبة
إخفاء جميع القواعد في القراءات التي تكون جودتها أقل من الحد الأدنى
--معيار الجودة
الجودة الصفرية هي "!" (33)
الافتراضي لملفات FASTQ و SAM
- جودة الإضاءة
الجودة الصفرية هي "@" (64)
الافتراضي ل qseq وتصدير الملفات
-o, --خارج=FILE
إرسال contigs إلى FILE
-k, - كمر=KMER_SIZE
حجم k-mer
-t, - تقليم الطول=TRIM_LENGTH
أقصى طول للحواف المتدلية للتقليم
-c, --تغطية=تغطية
إزالة contigs مع تغطية k-mer يعني أقل من هذه العتبة
-b, --فقاعات=N
فرقعة الفقاعات أقصر من N bp (الافتراضي: 3 * k).
-b0, --لا فقاعات
لا تفرقع الفقاعات
-e, --تقلص=تغطية
تآكل القواعد في نهايات كونتيجات حادة بتغطية أقل من هذه العتبة
-E, - أيرود ستراند=تغطية
تآكل القواعد في نهايات كونتكس غير حاد مع تغطية أقل من هذه العتبة
إما حبلا
- اصمت التغطية=FILE
سجل الرسم البياني لتغطية k-mer في FILE
-g, --رسم بياني=FILE
إنشاء رسم بياني بتنسيق نقطي
-s, --snp=FILE
سجل فقاعات منبثقة في FILE
-v, - الإسراف
عرض الإخراج المطول
--مساعدة عرض هذه المساعدة والخروج
--الإصدار
الإخراج معلومات الإصدار والخروج
استخدم ABYSS عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net