أليستات - على الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

أليستات - عرض إحصائيات لملف محاذاة متعدد

موجز

com.alistat [خيارات] محاذاة

الوصف

com.alistat يقرأ محاذاة تسلسل متعددة من الملف محاذاة في أي معتمدة
(بما في ذلك SELEX وGCG MSF وCLUSTAL)، ويعرض عددًا من الإحصائيات البسيطة
حوله. تتضمن هذه الإحصائيات اسم التنسيق وعدد التسلسلات و
العدد الإجمالي للبقايا، ومتوسط ​​ومدى أطوال التسلسل، والمحاذاة
الطول (على سبيل المثال، بما في ذلك أحرف الفجوة).

تظهر أيضًا بعض الهويات المئوية. يتم تعريف هوية المحاذاة الزوجية في المئة
as (الهوية / دقيقة (لين 1، لين 2)) أين هويات هو عدد الهويات الدقيقة و لين 1,
len2 هي الأطوال غير المحاذية للتسلسلين. "متوسط ​​النسبة المئوية للهوية"، "الأكثر
الزوج المرتبط"، و"الزوج غير المرتبط" في المحاذاة هما المتوسط ​​والحد الأقصى و
الحد الأدنى لجميع أزواج (N)(N-1)/2، على التوالي. يتم حساب "أبعد تسلسل" بواسطة
العثور على الحد الأقصى للهوية الزوجية (الأفضل نسبيًا) لجميع تسلسلات N، ثم العثور عليها
الحد الأدنى من هذه الأرقام N (وبالتالي، التسلسل الأكثر بعدًا).

OPTIONS

-a إظهار معلومات مطولة إضافية: عرض جدول يحتوي على سطر واحد لكل تسلسل
الاسم والطول وهويته الزوجية الأعلى والأدنى. هذه الخطوط هي
مسبوقة بحرف * لتمكينها بسهولة جريبإخراجهم وفرزهم.
على سبيل المثال، com.alistat -a foo.slx | البقرى * | sort -n +3 يعطي قائمة مرتبة من
معظم التسلسلات البعيدة في المحاذاة. غير متوافق مع -f الخيار.

-f سريع؛ استخدم أسلوب أخذ العينات لتقدير متوسط ​​%id. عندما يكون هذا الخيار
اختيار، com.alistat لا يُظهر أرقام الهوية الزوجية الثلاثة الأخرى. هذا
يعد الخيار مفيدًا للمحاذاة الكبيرة جدًا، والتي يتم حساب (N)(N-1) الكامل لها
من جميع الأزواج سيكون باهظًا (على سبيل المثال، محاذاة GP120 الخاصة بـ Pfam، مع أكثر من 10,000
متواليات). غير متوافق مع -a الخيار.

-h طباعة تعليمات موجزة ؛ يتضمن رقم الإصدار وملخصًا لجميع الخيارات ، بما في ذلك
خيارات الخبراء.

-q كن هادئًا - قم بمنع الرأس المطول (اسم البرنامج ورقم الإصدار والتاريخ وملف
المعلمات والخيارات سارية المفعول).

-B (بابل فيش). الكشف التلقائي وقراءة تنسيق ملف تسلسلي بخلاف التنسيق الافتراضي
(فاستا). يتم التعرف على أي تنسيق ملف تسلسل شائع تقريبًا (بما في ذلك Genbank،
تنسيقات التسلسل غير المحاذية EMBL وSWISS-PROT وPIR وGCG، وستوكهولم وGCG MSF،
وتنسيقات المحاذاة Clustal). راجع الوثائق المطبوعة للحصول على قائمة كاملة
من التنسيقات المدعومة.

EXPERT OPTIONS

--معلومات
حدد أن ملف التسلسل بتنسيق و بدلاً من FASTA الافتراضي
شكل. تشمل الأمثلة الشائعة Genbank و EMBL و GCG و PIR و Stockholm و Clustal و MSF و
أو PHYLIP ؛ راجع الوثائق المطبوعة للحصول على قائمة كاملة بالتنسيق المقبول
الأسماء. يتجاوز هذا الخيار التنسيق الافتراضي (FASTA) وملف -B بابل
خيار الكشف التلقائي.

استخدم أليستات عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net