بناء - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

compstruct - حساب دقة تنبؤات البنية الثانوية للحمض النووي الريبي (RNA).

موجز

com.comstruct [خيارات] Trust_file test_file

الوصف

com.comstruct يقيم دقة تنبؤات البنية الثانوية للحمض النووي الريبي (RNA) على أساس سنوي.
أساس الزوج الأساسي. ال Trust_file يحتوي على واحد أو أكثر من تسلسلات RNA الموثوقة (المعروفة).
شرح الهيكل الثانوي ال test_file يحتوي على نفس التسلسل، في نفسه
الترتيب، مع شرح البنية الثانوية للحمض النووي الريبي (RNA) المتوقع. com.comstruct يقرأ الهياكل
ويقارنها، ويحسب كلاً من الحساسية (عدد الأزواج الأساسية الحقيقية التي
تم التنبؤ بها بشكل صحيح) والنوعية (القيمة التنبؤية الإيجابية، وعدد
أزواج قاعدة متوقعة صحيحة). ويتم الإبلاغ عن النتائج لكل تسلسل على حدة،
وخلاصة لجميع التسلسلات معا.

يجب أن يحتوي كلا الملفين على تعليق توضيحي للبنية الثانوية في تدوين WUSS. فقط سيليكس و
تدعم تنسيقات ستوكهولم ترميز البنية في الوقت الحاضر.

التعريف الافتراضي للزوج الأساسي المتوقع بشكل صحيح هو أن الزوج الحقيقي (i,j) يجب أن يكون
تطابق تمامًا مع الزوج المتوقع (i,j).

يستخدم ماثيوز وزوكر وتيرنر وزملاؤه (انظر: ماثيوز وآخرون، JMB 288:911-940، 1999)
تعريف أكثر استرخاء. يعرّف ماثيوز "الصحيح" على النحو التالي: الزوج الحقيقي (i,j) هو
يتم التنبؤ بشكل صحيح إذا تم التنبؤ بأي من الأزواج التالية: (i,j)، (i+1,j)، (i-1,j)،
(i,j+1) أو (i,j-1). تسمح هذه القاعدة بفصل "الحلزونات المنزلقة" عن قاعدة واحدة. ال -m
يقوم الخيار بتنشيط هذه القاعدة لكل من الحساسية والخصوصية. لخصوصية،
يتم عكس القاعدة: يعتبر الزوج المتوقع (i,j) صحيحًا إذا كانت البنية صحيحة
يحتوي على أحد الأزواج الخمسة (i,j) أو (i+1,j) أو (i-1,j) أو (i,j+1) أو (i,j-1).

OPTIONS

-h طباعة تعليمات موجزة ؛ يتضمن رقم الإصدار وملخصًا لجميع الخيارات ، بما في ذلك
خيارات الخبراء.

-m استخدم قاعدة ماثيوز للدقة المريحة (انظر أعلاه)، بدلاً من اشتراط الدقة
التنبؤ بالأزواج الأساسية

-p قم بحساب الأزواج الأساسية ذات العقد الزائفة للوصول إلى الدقة، سواء كانت موثوقة أو متوقعة
الهياكل. بشكل افتراضي، يتم تجاهل العقد الزائفة.

عادة ، فقط ملف Trust_file سيكون لها تعليق توضيحي كاذب، لأن معظم الحمض النووي الريبي (RNA).
لا تتنبأ برامج التنبؤ بالبنية الثانوية بالعقد الكاذبة. باستخدام -p
يتيح لك الخيار معاقبة برنامج التنبؤ لعدم التنبؤ المعروف
عقد زائفة. وفي الحالة التي يكون فيها كلا من Trust_file و test_file لديك
شرح العقدة الزائفة، -p يتيح لك الخيار حساب العقد الزائفة في تقييم
دقة التنبؤ. ومع ذلك، احذر من الحالة التي تستخدم فيها عقدة زائفة
برنامج التنبؤ لتوليد ملف_اختبار ، ولكن Trust_file لا يوجد
الشرح الكاذب في هذه الحالة، -p سوف يعاقب أي عقد زائفة متوقعة
عندما يحسب الخصوصية، حتى لو كانوا على حق، لأنهم لا يظهرون في
الشرح الموثوق؛ ربما ليس هذا ما تريد القيام به.

EXPERT OPTIONS

--معلومات
حدد أن الملفين التسلسليين في التنسيق . In قضية، على حد سواء ملفات
يجب be in ال نفسه شكل. الإعداد الافتراضي هو اكتشاف تنسيقات الملفات تلقائيًا
إذا كان من الممكن أن يكونا مختلفين (واحد سيليكس، وواحد ستوكهولم).

--هادئ
لا تطبع أي معلومات رأس مطولة.

استخدم الإنشاء عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net