هذا هو الأمر edialigne الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
edialign - محاذاة متعددة محلية للتسلسلات
موجز
إيديلاين العواقب تسلسل -نوكمود قائمة -revcomp منطقية [-تداخل اختيار]
[-الرابط قائمة] [-ماكسفراجل عدد صحيح] -فراغمات منطقية -فراغسيم عدد صحيح
[-تسكور منطقية] [-عتبة الطفو] -قناع منطقية -دوستارز منطقية
-سترنوم عدد صحيح -ملف ملف -تسق com.seqoutall
إيديلاين -مساعدة
الوصف
إيديلاين هو برنامج سطر أوامر من EMBOSS ("البيولوجيا الجزيئية الأوروبية المفتوحة
مجموعة برامج"). إنه جزء من مجموعة (مجموعات) أوامر "محاذاة: متعددة".
OPTIONS
إدخال قسم
العواقب تسلسل
إضافي قسم
-نوكمود قائمة
وضع محاذاة تسلسل الحمض النووي (بسيط ، مترجم أو مختلط) القيمة الافتراضية: n
-revcomp منطقية
القيمة الافتراضية: N
-تداخل اختيار
يتم استخدام أوزان التداخل افتراضيًا عندما يكون Nseq = <35 ولكن يمكنك ضبط هذا على "نعم" أو
'no' القيمة الافتراضية: الافتراضي (عندما يكون Nseq = <35)
-الرابط قائمة
طريقة التجميع لإنشاء شجرة تسلسل (UPGMA ، الحد الأدنى من الارتباط أو الحد الأقصى
linkage) القيمة الافتراضية: UPGMA
-ماكسفراجل عدد صحيح
القيمة الافتراضية: 40
-فراغمات منطقية
القيمة الافتراضية: N
-فراغسيم عدد صحيح
القيمة الافتراضية: 4
-تسكور منطقية
القيمة الافتراضية: N
-عتبة الطفو
القيمة الافتراضية: 0.0
الناتج قسم
-قناع منطقية
القيمة الافتراضية: N
-دوستارز منطقية
القيمة الافتراضية: N
-سترنوم عدد صحيح
القيمة الافتراضية: 4
-ملف ملف
-تسق com.seqoutall
استخدم edialigne عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net