هذا هو ملحق الأمر الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
insegt - تقاطع SEcond Generation تسلسل daTa مع شرح توضيحي
موجز
insegt [خيارات]
الوصف
INSEGT هي أداة لتحليل محاذاة قراءات RNA-Seq (طرف واحد أو نهاية مقترنة)
باستخدام التعليقات التوضيحية الجينية.
الإدخال إلى INSEGT هو ملف SAM يحتوي على المحاذاة وملف يحتوي على الامتداد
شروح الجينوم المرجعي ، إما بتنسيق GFF أو GTF.
-h, --مساعدة
يعرض رسالة المساعدة هذه.
--الإصدار
عرض معلومات الإصدار
خيارات: :
-ر, - قراءة الإخراج FILE
اسم ملف الإخراج لقراءة الإخراج ، والذي يحتوي على التعليقات التوضيحية المعينة متبوعة
شرح الوالدين. نوع الملف الصالح هو: gff.
-إلى, --انو الإخراج FILE
اسم ملف الإخراج للمخرج السنوي ، والذي يحتوي على التعليقات التوضيحية المشابهة لـ GFF
الإدخال بالإضافة إلى عدد القراءات المعينة والتعبير المقيس
المستويات في RPKM. نوع الملف الصالح هو: gff.
-to, - مضاعفة الإخراج FILE
اسم ملف الإخراج لـ tuple-output ، والذي يحتوي على مجموعات exon المتصلة بالقراءات أو
matepairs. نوع الملف الصالح هو: gff.
-فو, - الانصهار الناتج STR
اسم ملف الإخراج لمخرج الاندماج ، والذي يحتوي على exon tuple من اندماج الجينات
(خيار متقدم ، حاليًا لا يوجد منفذ إخراج لـ KNIME). واحد من gff.
-n, - لا تتضاعف INT
ntuple الافتراضي: 2.
-o, - فاصل الإزاحة INT
الإزاحة لفترات محاذاة قصيرة للبحث. الافتراضي: 5.
-t, - فجوات العتبة INT
عتبة الفجوات المسموح بها في المحاذاة (وليس الإنترونات). الافتراضي: 5.
-c, - عتبة العد INT
عتبة دقيقة. عدد الصفوف للإخراج. الافتراضي: 1.
-r, - العتبة- rpkm DOUBLE
عتبة دقيقة. عدد RPKM من tuple للإخراج. الافتراضي: 0.0.
-m, - max-tuple
قم بإنشاء maxTuple فقط (والتي امتدت بالقراءة بأكملها).
-e, - بالضبط ntuple
أنشئ فقط Tuple بطول دقيق n. بشكل افتراضي كل المجموعات تصل إلى الطول المحدد
يتم حسابها (إذا -m تم تعيينه ، -e سيتم تجاهله).
-u, - غير معروف التوجه
اتجاه القراءات غير معروف.
أمثلة
ملاحظة
example / alignments.sam مثال / annotations.gff
قم بتشغيل INSEGT على ملفات نموذجية ذات معلمات افتراضية.
ملاحظة -m example / alignments.sam مثال / annotations.gff
قم بتشغيل INSEGT على ملفات المثال واحسب فقط maxTuple.
ملاحظة -c 2 example / alignments.sam example / annotations.gff
قم بتشغيل INSEGT على ملفات المثال وأخرج فقط tuple مع min. العد 2.
VERSION
إصدار insegt: 1.0 آخر تحديث 2012-09-11
استخدم insegt عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net