هذا هو الأمر mipe2dbSTS الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
mipe2dbSTS.pl - يولد ملف الإدخال لتقديمه إلى dbSTS
المدرجة في الإخراج: قسم STS من تقديم dbSTS
استنادًا إلى إصدار MIPE v1.1
الحجج: * mipe_file
* ملف التكوين
* (اختياري) قائمة معرفات PCR
يتكون ملف التكوين من أسطر تحتوي على مفتاح وقيمة ، مفصولة بعلامة يساوي ('=').
يتكون المفتاح من الاسم الصغير لملف تقديم NCBI (انظر موقع dbSTS) ، متبوعًا بـ
شرطة سفلية واسم صغير للحقل في هذا الملف.
يجب تحديد الحقول التالية في ملف التكوين:
pub_title =
المؤلفون الناشرون =
source_name =
Source_organism =
cont_name =
cont_fax =
cont_tel =
cont_email =
cont_lab =
cont_inst =
cont_addr =
Protocol_name =
Protocol_protocol =
buffer_name =
المخزن المؤقت =
sts_pcr_profile =
بالنسبة لبروتوكول Protocol_protocol و buffer_buffer و sts_pcr_profile ، يلزم وجود المزيد من الأسطر (انظر المثال).
مثال على ملف التكوين يبدو كالتالي:
pub_title = رسم الخرائط الجينية لتعدد أشكال النيوكلوتايد للدجاج
pub_authors = Aerts، JA ؛ فينندال ، تي. Crooijmans ، RPMA ؛ جرونين ، مام
source_name = DNA الجينومي للدجاج
source_organism = جالوس جالوس
cont_name = Jan Aerts
cont_fax = + 31 317
cont_tel = + 31 317
cont_email =jan.aerts@wur.nl
cont_lab = مجموعة تربية الحيوان وعلم الجينوم
cont_inst = جامعة Wageningen
cont_addr = PO Box 338، 6700 AH Wageningen ، هولندا
Protocol_name = Protocol_Aerts
Protocol_protocol = القالب: 30-60 نانوغرام
Protocol_protocol = التمهيدي: كل 4 أم
Protocol_protocol = dNTPs: كل 200 ميكرومتر
Protocol_protocol = Taq: 0.3 وحدة
Protocol_protocol = الحجم: 12 ماي
buffer_name = Buffer_Aerts
buffer_buffer = MgCl2: 1.5 ملم
buffer_buffer = (NH4) 2SO4: 20 ملي مولار
buffer_buffer = Tris-HCl: 75 ملم
buffer_buffer = توين 20: 0.01٪ (وزن / حجم)
المخزن المؤقت = الرقم الهيدروجيني: 8.8
استخدم mipe2dbSTS عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net