ميرابيت - على الانترنت في السحابة

برنامج:

اسم

ميرابيت - اختر القراءات من مجموعة القراءة

موجز

ميرابيت [-f ] [-t [-ر ...]] [-iklor] ملف الطعم ملف

الوصف

ميرابيت يختار القراءات من مجموعة قراءة متشابهة جزئيًا أو مساوية لها
تسلسلات محددة على أنها الطعوم المستهدفة. يتم تعريف التشابه من خلال إيجاد مستخدم قابل للتعديل
عدد k-mers المشترك (تسلسلات k من القواعد المتتالية) والتي هي نفسها في الطعم
يتم تحديد التسلسلات والتسلسلات المعروضة، إما للأمام أو للخلف
تكملة الاتجاه

OPTIONS

-f
تحميل هذا النوع من ملفات المشروع ، حيث fromtype هو:

تسلسلات الكاف من CAF

تسلسل maf من MAF

تسلسلات الدكتوراه من الدكتوراه

تسلسلات gbf من GBF

تسلسلات fasta من FASTA

تسلسلات fastq من FASTQ

-t
اكتب التسلسلات لهذا النوع (إشارات متعددة لـ -t مسموح):

تسلسلات fasta إلى FASTA

تسلسلات fastq إلى FASTQ

تسلسلات caf إلى CAF

تسلسل maf إلى MAF

أسماء تسلسل النص إلى ملف نصي

-k k-mer، طول الطعم في القواعد (<32، الافتراضي=31)

-n دقيقة. عدد الطعوم k-mer المطلوبة (الافتراضي = 1)

-i الضربة العكسية: تكتب فقط التسلسلات التي لا تضرب الطعم

-r لا يوجد فحص للاتجاه المكمل العكسي

-o إزاحة جودة fastq (فقط لـ -f = 'fastq') إزاحة قيم الجودة في FASTQ
ملف. الافتراضي: 33 تحاول القيمة 0 التعرف تلقائيًا.

-f
تحميل هذا النوع من ملفات المشروع ، حيث fromtype هو:

تسلسلات الكاف من CAF

تسلسل maf من MAF

تسلسلات الدكتوراه من الدكتوراه

تسلسلات gbf من GBF

تسلسلات fasta من FASTA

تسلسلات fastq من FASTQ

-t
اكتب التسلسلات لهذا النوع (إشارات متعددة لـ -t مسموح):

تسلسلات fasta إلى FASTA

تسلسلات fastq إلى FASTQ

تسلسلات caf إلى CAF

تسلسل maf إلى MAF

أسماء تسلسل النص إلى ملف نصي

-k k-mer، طول الطعم في القواعد (<32، الافتراضي=31)

-n دقيقة. عدد الطعوم k-mer المطلوبة (الافتراضي = 1)

-i الضربة العكسية: تكتب فقط التسلسلات التي لا تضرب الطعم

-r لا يوجد فحص للاتجاه المكمل العكسي

-o إزاحة جودة fastq (فقط لـ -f = 'fastq') إزاحة قيم الجودة في FASTQ
ملف. الافتراضي: 33 تحاول القيمة 0 التعرف تلقائيًا.

استخدم ميرابيت عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net