بيمول

برنامج:

اسم

pymol - حزمة نماذج للرسومات الجزيئية والمرنة

موجز

بيمول [الخيارات] [ملفات]

الوصف

على مر السنين ، أصبح PyMOL عارضًا جزيئيًا قادرًا مع دعم الرسوم المتحركة ،
عرض عالي الجودة وعلم البلورات وأنشطة الرسومات الجزيئية الشائعة الأخرى.
لقد تم تبنيه من قبل مئات (وربما الآلاف) من العلماء المنتشرين
ثلاثين دولة. ومع ذلك ، لا يزال PyMOL قيد التنفيذ إلى حد كبير مع التطوير
من المتوقع أن يستمر لسنوات قادمة.

OPTIONS

هذه الخيارات مدعومة حاليًا:

-2 ابدأ في وضع الماوس ذي الزرين.

-c وضع سطر الأوامر ، لا يوجد واجهة المستخدم الرسومية. لأوامر الدفعة.

-d سلسلة
قم بتشغيل سلسلة أوامر pymol عند بدء التشغيل.

-e ابدأ في وضع ملء الشاشة.

-f #خط
يتحكم في عرض الأوامر والملاحظات في OpenGL (0=خصم).

-g ملف.png
اكتب ملف PNG (بعد تقييم الوسائط السابقة)

-i تعطيل OpenGL GUI الداخلية (قائمة الكائنات والقوائم وما إلى ذلك)

-l file.py
ولّد برنامج بيثون في خيط جديد.

-o تعطيل الحماية الأمنية لملفات الجلسة.

-p استمع لأوامر الإدخال القياسي.

-q إطلاق هادئ. قم بإيقاف شاشة البداية والثرثرة الأخرى.

-r file.py
قم بتشغيل برنامج Python (بتنسيق __رئيسي__) بطريق الانطلاق.

-s سيناريو
احفظ الأوامر في ملف البرنامج النصي أو البرنامج PyMOL هذا.

-t استخدم وحدة واجهة المستخدم الرسومية الخارجية المستندة إلى Tcl / Tk (pmg_tk).

-u سيناريو
تحميل وإلحاق هذا البرنامج النصي أو ملف البرنامج PyMOL.

-x تعطيل وحدة واجهة المستخدم الرسومية الخارجية.

-B تمكين إشارة الاستريو ذات الخط الأزرق (لنظام استريو Mac)

-G ابدأ في وضع الألعاب.

-M القوة الأحادية حتى في حالة وجود جهاز استريو.

-R إطلاق مستمع XMLRPC الخاص بـ Greg Landrum.

-S القوة والبدء في الاستريو ، إن أمكن.

-X مادبا -Y مادبا -W مادبا -H مادبا -V مادبا
ضبط هندسة النافذة.

الكل ملفات شريطة أن يتم تحميلها أو تشغيلها بعد بدء PyMOL. يمكنهم الحصول على واحد من
الامتدادات التالية:

.pml البرنامج النصي لأمر PyMOL ليتم تشغيله عند بدء التشغيل
.py [سم] يتم تشغيل برنامج Python عند بدء التشغيل
يتم تحميل ملف بتنسيق .pdb Protein Data Bank عند بدء التشغيل
يتم تحميل تنسيق .mmod Macromodel عند بدء التشغيل
يتم تحميل ملف .mol ​​MDL MOL عند بدء التشغيل
يتم تحليل ملف .sdf MDL SD وتحميله عند بدء التشغيل
يتم تحميل ملف خريطة .xplor X-PLOR (ASCII) عند بدء التشغيل
ملف خريطة .ccp4 CCP4 (BINARY) ليتم تحميله عند بدء التشغيل
.cc [12] ChemDraw 3D ملف إحداثيات ديكارتية
.pkl Pickled ChemPy Model (فئة "نموذج chempy. مفهرس")
ملف r3d Raster3D
ملف .cex CEX (استعارة)
.top ملف طوبولوجيا AMBER
ملف تنسيق crd amber
.rst AMBER إعادة تشغيل الملف
مسار .trj AMBER
ملف جلسة PyMOL
.phi Delphi / Grasp Electrostatic Potential Map

للحصول على قائمة بالخيارات ، يمكنك أيضًا إدخال ما يلي في سطر الأوامر الخاص بـ بيمول:

مساعدة إطلاق

أوامر

يرجى الرجوع إلى وثائق PyMols عبر الإنترنت على
http://www.pymolwiki.org/index.php/Category: أوامر أو مساعدته الداخلية للأمر
مرجع.

استخدم pymol عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net