هذا هو تطبيق Linux المسمى KMC-KaiC الذي سيتم تشغيله في Linux عبر الإنترنت والذي يمكن تنزيل أحدث إصدار له باسم KMC_KaiC_Original.zip. يمكن تشغيله عبر الإنترنت في موفر الاستضافة المجاني OnWorks لمحطات العمل.
قم بتنزيل هذا التطبيق المسمى KMC-KaiC وتشغيله عبر الإنترنت للتشغيل في Linux عبر الإنترنت باستخدام OnWorks مجانًا.
اتبع هذه التعليمات لتشغيل هذا التطبيق:
- 1. قم بتنزيل هذا التطبيق على جهاز الكمبيوتر الخاص بك.
- 2. أدخل في مدير الملفات الخاص بنا https://www.onworks.net/myfiles.php؟username=XXXXX باسم المستخدم الذي تريده.
- 3. تحميل هذا التطبيق في هذا الملف.
- 4. ابدأ تشغيل OnWorks Linux عبر الإنترنت أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MACOS عبر الإنترنت من هذا الموقع.
- 5. من نظام تشغيل OnWorks Linux الذي بدأته للتو ، انتقل إلى مدير الملفات الخاص بنا https://www.onworks.net/myfiles.php؟username=XXXXX مع اسم المستخدم الذي تريده.
- 6. قم بتنزيل التطبيق وتثبيته وتشغيله.
SCREENSHOTS
Ad
KMC-KaiC للتشغيل في Linux عبر الإنترنت
الوصف
هذا الرمز عبارة عن خوارزمية Kinetic Monte Carlo (KMC) مخصصة تحاكي نموذجًا لساعة Kai البيولوجية بعد الترجمة.يسمح لك الكود بمحاكاة نظام Kai على مستوى سداسيات ومونومرات KaiC الفردية ويتتبع بشكل صريح معدل دوران كل نيوكليوتيدات ATP. وبصرف النظر عن التحلل المائي ATP، فإن جميع التفاعلات تخضع للتوازن التفصيلي.
تم وصف تطبيق الكود في مقالتنا بعنوان "نموذج متسق من الناحية الديناميكية الحرارية لساعة كاي اليومية بعد الترجمة"، وهو متاح مجانًا في مجلة الوصول المفتوح PLOS Computational Biology:
https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005415
*تحديث* لقد صنعنا نسخة قابلة للعكس تمامًا من نموذجنا، بما في ذلك التفاعلات العكسية للتحلل المائي ATP. وهذا يجعل من الممكن تشغيل النموذج في التوازن الديناميكي الحراري. يمكن تنزيل هذا الإصدار من النموذج عبر KMC_KaiC_Rev.zip.
إذا كنت ترغب في استخدام نموذجنا لأبحاثك الخاصة، فيرجى الاستشهاد بورقة علم الأحياء الحسابي PLoS الخاصة بنا.
الجمهور
بحث علمي
واجهة المستخدم
سطر الأوامر
لغة البرمجة
C + +
هذا تطبيق يمكن جلبه أيضًا من https://sourceforge.net/projects/kmc-kaic/. وقد تمت استضافته في OnWorks ليتم تشغيله عبر الإنترنت بأسهل طريقة من أحد أنظمة التشغيل المجانية لدينا.
