هذا هو تطبيق Linux المسمى kSNP للتشغيل في Linux عبر الإنترنت والذي يمكن تنزيل أحدث إصدار له كـ kSNP3.1_Linux_package.zip. يمكن تشغيله عبر الإنترنت في مزود الاستضافة المجاني OnWorks لمحطات العمل.
قم بتنزيل وتشغيل هذا التطبيق المسمى kSNP عبر الإنترنت للتشغيل في Linux عبر الإنترنت باستخدام OnWorks مجانًا.
اتبع هذه التعليمات لتشغيل هذا التطبيق:
- 1. قم بتنزيل هذا التطبيق على جهاز الكمبيوتر الخاص بك.
- 2. أدخل في مدير الملفات الخاص بنا https://www.onworks.net/myfiles.php؟username=XXXXX باسم المستخدم الذي تريده.
- 3. تحميل هذا التطبيق في هذا الملف.
- 4. ابدأ تشغيل OnWorks Linux عبر الإنترنت أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MACOS عبر الإنترنت من هذا الموقع.
- 5. من نظام تشغيل OnWorks Linux الذي بدأته للتو ، انتقل إلى مدير الملفات الخاص بنا https://www.onworks.net/myfiles.php؟username=XXXXX مع اسم المستخدم الذي تريده.
- 6. قم بتنزيل التطبيق وتثبيته وتشغيله.
kSNP للتشغيل في Linux عبر الإنترنت
Ad
الوصف
يحدد kSNP النيوكلوتايد SNPs لعموم الجينوم في مجموعة من متواليات الجينوم ، ويقدر أشجار النشوء والتطور بناءً على تلك النيوكلوتايد. يعتمد اكتشاف SNP على تحليل k-mer ، ولا يتطلب محاذاة تسلسل متعددة أو اختيار جينوم مرجعي ، لذلك يمكن لـ kSNP أن يأخذ 100 من الجينومات الميكروبية كمدخلات. يتم تحديد موضع SNP بواسطة قليل من الطول k يحيط بأليل SNP مركزي. يمكن لـ kSNP تحليل كل من الجينومات الكاملة (النهائية) والجينومات غير المكتملة في contigs المجمعة أو القراءات الأولية غير المجمعة. يمكن تحليل الجينومات النهائية وغير المكتملة معًا ، ويمكن لـ kSNP تنزيل ملفات Genbank تلقائيًا للجينومات النهائية ودمج المعلومات الموجودة في هذه الملفات في شرح SNP التوضيحي.Gardner، SN and Hall، BG 2013. عندما لا تعمل محاذاة الجينوم الكامل: برنامج kSNP v2 لاكتشاف SNP الخالي من المحاذاة وعلم الوراثة العرقي لمئات من الجينومات الميكروبية. بلوس وان ، 8 (12): e81760.doi: 10.1371 / journal.pone.0081760
هذا تطبيق يمكن جلبه أيضًا من https://sourceforge.net/projects/ksnp/. تمت استضافته في OnWorks ليتم تشغيله عبر الإنترنت بأسهل طريقة من أحد أنظمتنا التشغيلية المجانية.
