هذا هو تطبيق Linux المسمى rRNAFinder والذي يمكن تنزيل أحدث إصدار له باسم rRNAFinder-v1.1.1.zip. يمكن تشغيله عبر الإنترنت في موفر الاستضافة المجاني OnWorks لمحطات العمل.
قم بتنزيل وتشغيل هذا التطبيق عبر الإنترنت المسمى rRNAFinder مع OnWorks مجانًا.
اتبع هذه التعليمات لتشغيل هذا التطبيق:
- 1. قم بتنزيل هذا التطبيق على جهاز الكمبيوتر الخاص بك.
- 2. أدخل في مدير الملفات الخاص بنا https://www.onworks.net/myfiles.php؟username=XXXXX باسم المستخدم الذي تريده.
- 3. تحميل هذا التطبيق في هذا الملف.
- 4. ابدأ تشغيل OnWorks Linux عبر الإنترنت أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MACOS عبر الإنترنت من هذا الموقع.
- 5. من نظام تشغيل OnWorks Linux الذي بدأته للتو ، انتقل إلى مدير الملفات الخاص بنا https://www.onworks.net/myfiles.php؟username=XXXXX مع اسم المستخدم الذي تريده.
- 6. قم بتنزيل التطبيق وتثبيته وتشغيله.
rRNAFinder
الوصف:
rRNAFinder عبارة عن حزمة برامج بيرل صغيرة ، والتي يمكن استخدامها للتنبؤ تلقائيًا بجينات الحمض النووي الريبي الريبوزومي وتصنيفها باستخدام contigs الجينوم / metagenome المجمع كمدخلات. تم اختبار البرنامج فقط على نظام التشغيل Linux.
برنامج "rRNAFinder.pl" المضمن في الحزمة يستخدم برنامج nhmmer للبحث في قواعد بيانات arc.hmm و bac.hmm و euk.hmm لتحديد جينات الرنا الريباسي من contigs الإدخال. تتضمن جينات الرنا الريباسي المُفترَضة جينات 16S و 18S و 23S و 28S و 5S و 5.8S rRNA.
يقبل برنامج "rna2taxon.pl" تسلسل الجين rRNA بتنسيق Fasta الذي تم إنشاؤه أعلاه كمدخل لإنتاج التخصيصات التصنيفية لجينات الإدخال. يتم البحث في تسلسل الجينات rRNA للإدخال مقابل قواعد بيانات SILVA SSU و LSU التي تم تنزيلها وإعادة تنسيقها باستخدام blastn.
يرجى الرجوع إلى ملف README.md من مستودع rRNAFinder GitHub الموجود في https://github.com/xiaoli-dong/rRNAFinder للحصول على إرشادات حول تكوين وتشغيل rRNAFinder
المميزات
- توقع جينات الرنا الريباسي (5s، 5.8s، 16s، 18s، 23s، 28s rRNA genes)
- التخصيص التصنيفي لجينات الرنا الريباسي المتوقعة باستخدام البحث المتفجر ضد قواعد بيانات SILVA SSU و LSU
- سريع ويمكن استخدام خيوط وحدة المعالجة المركزية متعددة
الجمهور
بحث علمي
واجهة المستخدم
سطر الأوامر
الفئات
هذا تطبيق يمكن جلبه أيضًا من https://sourceforge.net/projects/rrnafinder/. تمت استضافته في OnWorks ليتم تشغيله عبر الإنترنت بأسهل طريقة من أحد أنظمتنا التشغيلية المجانية.