এটি হল অ্যাবাকাস কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
abacas - অ্যালগরিদম ভিত্তিক স্বয়ংক্রিয় সংযোজন অ্যাসেম্বলড সিকোয়েন্স
সাইনোপিসিস
অ্যাবাকাস -r সুত্র -q qs -p খাবার [বিকল্প]
OR
অ্যাবাকাস -r সুত্র -q পিএসএফ -e
সুত্র একটি একক ফাস্টা ফাইলে রেফারেন্স ক্রম
qs মাল্টি-ফাস্ট ফরম্যাটে contigs
Rog MUMMER প্রোগ্রাম ব্যবহার করার জন্য: 'nucmer' বা 'promer'
পিএসএফ ফাস্টা ফরম্যাটে সিউডোমোলিকিউল/অর্ডার করা সিকোয়েন্স ফাইল
বিকল্প
-h মুদ্রণ ব্যবহার
-d ডিফল্ট nucmer/promer পরামিতি ব্যবহার করুন
-s সঠিক মিলে যাওয়া শব্দের int ন্যূনতম দৈর্ঘ্য (nucmer default = 12, promer default
= 4)
-m মাল্টিফাস্টা ফরম্যাটে ফাইল করার জন্য প্রিন্ট অর্ডার করা কনটিগ
-b ফাইলে বিনের মধ্যে কন্টিগ মুদ্রণ করুন
-N "N" ছাড়া একটি pseudomolecule প্রিন্ট করুন
-i int ন্যূনতম শতাংশ পরিচয় [ডিফল্ট 40]
-v int ন্যূনতম কনটিগ কভারেজ [ডিফল্ট 40]
-V int ন্যূনতম contig কভারেজ পার্থক্য [ডিফল্ট 1]
-l int ন্যূনতম contig দৈর্ঘ্য [ডিফল্ট 1]
-t ম্যাপ করা হয়নি এমন কনটিগগুলিতে tblastx চালান
-g স্ট্রিং (ফাইলের নাম) ফাইলের নামের রেফারেন্সে অনাবৃত অঞ্চল (ফাঁপা) মুদ্রণ করে
-a সিউডোমলিকুলে বিনের মধ্যে কনটিগস যুক্ত করুন
-o উপসর্গ আউটপুট ফাইল এই উপসর্গ থাকবে
-P ফাঁক বন্ধ করতে প্রাইমার সেট বাছাই করুন
-f প্রাইমার ডিজাইনের জন্য একটি ফাঁকের উভয় পাশে ফ্ল্যাঙ্কিং বেসের int সংখ্যা (ডিফল্ট
350)
-R int Run mummer [ডিফল্ট 1, ব্যবহার করুন -R রানিং মামার এড়াতে 0]
-e এস্কেপ কনটিগ অর্ডারিং অর্থাৎ প্রাইমার ডিজাইনে যান
-c রেফারেন্স ক্রম বৃত্তাকার হয়
বর্ণনাঃ
ABACAS এর উদ্দেশ্য হল দ্রুত সংযোজন করা (সারিবদ্ধ করা, অর্ডার দেওয়া, ওরিয়েন্টেট করা), কল্পনা করা এবং ডিজাইন করা
প্রাইমারগুলি একটি রেফারেন্স সিকোয়েন্সের উপর ভিত্তি করে শটগান অ্যাসেম্বলড কনটিগগুলির ফাঁক বন্ধ করতে।
অ্যালাইনমেন্ট পজিশন খুঁজে বের করতে এবং অ্যাসেম্বলড কনটিগসের সিনটেনিস শনাক্ত করতে ABACAS মমার ব্যবহার করে
রেফারেন্সের বিরুদ্ধে। আউটপুট তারপর একটি pseudomolecule গ্রহণ তৈরি করতে প্রক্রিয়া করা হয়
ওভারল্যাপিং কনটিগ এবং অ্যাকাউন্টে ফাঁক। ABACAS একটি তুলনা ফাইল তৈরি করে যা করতে পারে
ACT-তে অর্ডারকৃত এবং ওরিয়েন্টেড কনটিগগুলি কল্পনা করতে ব্যবহার করা হবে। Synteny লাল দ্বারা প্রতিনিধিত্ব করা হয়
বার যেখানে রঙের তীব্রতা হ্রাস পায় এবং এর মধ্যে শতাংশ পরিচয়ের নিম্ন মানের সাথে
তুলনীয় ব্লক। কনটিগ সম্পর্কিত তথ্য যেমন ওরিয়েন্টেশন, শতাংশ পরিচয়,
আউটপুটেড লোড করার মাধ্যমে কভারেজ এবং অন্যান্য কনটিগের সাথে ওভারল্যাপও কল্পনা করা যেতে পারে
ACT এর বৈশিষ্ট্য ফাইল।
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে abacas অনলাইন ব্যবহার করুন