এটি হল ABYSS কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
ABYSS - সংক্ষিপ্ত পাঠকে কনটিগগুলিতে একত্রিত করুন
সাইনোপিসিস
রসাতল [অনুযায়ী OPTION] ... ফাইল...
বর্ণনাঃ
সমস্ত ইনপুট ফাইল, FILE, যা FASTA, FASTQ, qseq, রপ্তানি, SRA, SAM বা হতে পারে একত্রিত করুন
BAM বিন্যাস এবং gz, bz2 বা xz দিয়ে সংকুচিত হতে পারে এবং tarred হতে পারে।
ABySS-এর সাথে একটি পূর্ণ সমাবেশ চালাতে ইচ্ছুক ব্যবহারকারীদের তাদের হিসাবে abyss-pe ব্যবহার করার পরামর্শ দেওয়া হচ্ছে
ABYSS প্রোগ্রামের পরিবর্তে এন্ট্রি পয়েন্ট। abyss-pe হল একটি Makefile যা অনেকগুলি সমন্বয় করে
সম্পূর্ণ ABySS সমাবেশ পাইপলাইন চালানোর জন্য ABySS সরঞ্জামগুলির (ABYSS সহ)।
abyss-pe এমন অনেক কিছু করতে সক্ষম যা ABYSS নয়, যেমন লিভারেজ করা
পেয়ারড এন্ড রিডস এবং মেট পেয়ার রিডস দ্বারা প্রদত্ত দূরত্বের তথ্য।
-- পবিত্রতা
অপরিচ্ছন্ন পড়া বর্জন করুন [ডিফল্ট]
--না-সতীত্ব
অশুদ্ধ পড়া পরিত্যাগ করবেন না
--ট্রিম-মুখোশ
পাঠের শেষ থেকে মুখোশযুক্ত ঘাঁটি ছাঁটা [ডিফল্ট]
--নো-ট্রিম-মাস্কড
পাঠের প্রান্ত থেকে মুখোশযুক্ত ঘাঁটিগুলি ছাঁটাবেন না
-q, --ট্রিম-গুণমান=ত্রয়ী
রিডের প্রান্ত থেকে বেস ট্রিম করুন যার গুণমান প্রান্তিকের চেয়ে কম
-Q, --মাস্ক-গুণমান=ত্রয়ী
মাস্ক সব ঘাঁটি রিড যার গুণমান থ্রেশহোল্ড থেকে কম
--স্ট্যান্ডার্ড কোয়ালিটির
শূন্য গুণমান হল `!' (৩৩)
FASTQ এবং SAM ফাইলের জন্য ডিফল্ট
--ইলুমিনা-গুণমান
শূন্য গুণমান হল `@' (64)
qseq এবং এক্সপোর্ট ফাইলের জন্য ডিফল্ট
-o, --আউট=ফাইল
FILE এ কনটিগস লিখুন
-k, --কিমি=KMER_SIZE
k-mer আকার
-t, --ট্রিম-দৈর্ঘ্য=TRIM_LENGTH
ট্রিম করার জন্য ঝুলন্ত প্রান্তের সর্বোচ্চ দৈর্ঘ্য
-c, --কভারেজ=কভারেজ
এই থ্রেশহোল্ডের চেয়ে কম k-mer কভারেজ সহ কনটিগগুলি সরান
-b, --বুদবুদ=N
N bp থেকে ছোট পপ বুদবুদ (ডিফল্ট: 3*k)।
-b0, --না-বুদবুদ
বুদবুদ পপ না
-e, --ইরোড=কভারেজ
এই থ্রেশহোল্ডের চেয়ে কম কভারেজ সহ ভোঁতা কন্টিগগুলির প্রান্তে ঘাঁটিগুলি ক্ষয় করে
-E, --ইরোড-স্ট্র্যান্ড=কভারেজ
এই থ্রেশহোল্ডের চেয়ে কম কভারেজ সহ ভোঁতা কন্টিগগুলির প্রান্তে ঘাঁটিগুলি ক্ষয় করে
হয় স্ট্র্যান্ড
--কভারেজ-ইতিহাস=ফাইল
FILE-এ k-mer কভারেজ হিস্টোগ্রাম রেকর্ড করুন
-g, --চিত্রলেখ=ফাইল
ডট ফরম্যাটে একটি গ্রাফ তৈরি করুন
-s, --এসএনপি=ফাইল
FILE এ পপ করা বুদবুদ রেকর্ড করুন
-v, -- ভারবোস
ভার্বোস আউটপুট প্রদর্শন করুন
--help এই সাহায্য প্রদর্শন এবং প্রস্থান করুন
--সংস্করণ
আউটপুট সংস্করণ তথ্য এবং প্রস্থান
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে ABYSS অনলাইন ব্যবহার করুন