এই কমান্ড andi যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
andi - বিবর্তনীয় দূরত্ব অনুমান করে
সাইনোপিসিস
এবং আমি [-জেএলভি] [-b INT] [-p ভাসা] [-m মডেল] [-t INT] নথি পত্র...
বর্ণনাঃ
এবং আমি ঘনিষ্ঠভাবে সম্পর্কিত জিনোমের মধ্যে বিবর্তনীয় দূরত্ব অনুমান করে। এই জন্য এবং আমি
থেকে ইনপুট সিকোয়েন্স পড়ে ফাস্ট ফাইল এবং পেয়ারওয়াইজ অ্যাঙ্কর দূরত্ব গণনা করে। দ্য
এর পেছনের ধারণা Haubold et al দ্বারা একটি গবেষণাপত্রে ব্যাখ্যা করা হয়েছে। (নিচে দেখ).
আউটপুট
আউটপুট হল একটি প্রতিসম দূরত্ব ম্যাট্রিক্স ইন ফিলিপ বিন্যাস, প্রতিটি এন্ট্রি প্রতিনিধিত্ব করে
একটি ধনাত্মক বাস্তব সংখ্যার সাথে ভিন্নতা। শূন্য দূরত্ব মানে হল দুটি ক্রম
অভিন্ন, যেখানে অন্যান্য মানগুলি নিউক্লিওটাইড প্রতিস্থাপন হারের অনুমান (জুকস-
ক্যান্টর সংশোধন করা হয়েছে)। প্রযুক্তিগত কারণে তুলনা ব্যর্থ হতে পারে এবং কোনো অনুমান করা যাবে না
গণনা করা এই ক্ষেত্রে নান মুদ্রিত হয়। এর মানে হয় যে ইনপুট ক্রম ছিল
আমাদের পদ্ধতি সঠিকভাবে কাজ করার জন্য খুব ছোট (<200bp) বা খুব বৈচিত্র্যময় (K>0.5)।
বিকল্প
-খ, --বুটস্ট্র্যাপ
সঙ্গে একাধিক দূরত্ব ম্যাট্রিক্স গণনা করুন এন-1 প্রথম থেকে বুটস্ট্র্যাপড। দেখুন
একটি বিস্তারিত ব্যাখ্যার জন্য কাগজ Klötzl & Haubold (2016, পর্যালোচনা)।
-j, -- যোগ দিন
এই মোড ব্যবহার করুন যদি আপনার প্রতিটি ফাস্ট ফাইলগুলি অনেকগুলি সহ একটি সমাবেশকে প্রতিনিধিত্ব করে
contigs এবং আমি তারপর প্রতি ফাইলে থাকা সমস্ত সিকোয়েন্সকে একক হিসাবে বিবেচনা করবে
জিনোম এই মোডে কমপক্ষে একটি ফাইলের নাম কমান্ড লাইনের মাধ্যমে প্রদান করতে হবে
যুক্তি. আউটপুটের জন্য ফাইলের নামটি প্রতিটি ক্রম সনাক্ত করতে ব্যবহৃত হয়।
-l, --কম মেমরি
মাল্টিথ্রেডেড মোডে, এবং আমি থ্রেডের পরিমাণের সাথে মেমরির রৈখিক প্রয়োজন। দ্য
কম মেমরি মোড এটিকে ব্যবহৃত সংখ্যা থেকে স্বাধীন একটি ধ্রুবক চাহিদাতে পরিবর্তন করে
টপিক এর. দুর্ভাগ্যবশত, এটি একটি উল্লেখযোগ্য রানটাইম খরচে আসে।
-m, --মডেল
নিউক্লিওটাইড বিবর্তনের বিভিন্ন মডেল সমর্থিত। ডিফল্টরূপে Jukes-Cantor
সংশোধন ব্যবহার করা হয়।
-p
একটি নোঙ্গর জোড়া তাত্পর্য; ডিফল্ট: 0.05।
-t
ব্যবহার করা থ্রেড সংখ্যা; ডিফল্টরূপে, সমস্ত উপলব্ধ প্রসেসর ব্যবহার করা হয়।
মাল্টিথ্রেডিং শুধুমাত্র যদি পাওয়া যায় এবং আমি OpenMP সমর্থন সহ কম্পাইল করা হয়েছিল।
-v, -- ভারবোস
অতিরিক্ত তথ্য প্রিন্ট করে। অতিরিক্ত শব্দের জন্য একাধিকবার আবেদন করুন।
-h, --help
সারসংক্ষেপ এবং উপলব্ধ বিকল্পগুলির একটি ব্যাখ্যা প্রিন্ট করে।
--সংস্করণ
আউটপুট সংস্করণ তথ্য এবং স্বীকৃতি.
কপিরাইট
কপিরাইট © 2014, 2015 Fabian Klötzl লাইসেন্স GPLv3+: GNU GPL সংস্করণ 3 বা তার পরে।
এটি বিনামূল্যের সফ্টওয়্যার: আপনি এটি পরিবর্তন করতে এবং পুনরায় বিতরণ করতে পারেন৷ কোন ওয়ারেন্টি নেই,
আইন দ্বারা অনুমোদিত পরিমাণে। সম্পূর্ণ লাইসেন্স টেক্সট পাওয়া যায়
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.
স্বীকার
1) andi: Haubold, B. Klötzl, F. এবং Pfaffelhuber, P. (2015)। andi: দ্রুত এবং সঠিক
ঘনিষ্ঠভাবে সম্পর্কিত জিনোমের মধ্যে বিবর্তনীয় দূরত্বের অনুমান
2) অ্যালগরিদম: Ohlebusch, E. (2013)। বায়োইনফরমেটিক্স অ্যালগরিদম। সিকোয়েন্স অ্যানালাইসিস, জিনোম
পুনর্বিন্যাস, এবং ফাইলোজেনেটিক পুনর্গঠন। pp 118f.
3) SA নির্মাণ: Mori, Y. (2005)। উন্নত দ্বি-পর্যায়ের প্রত্যয়ের সংক্ষিপ্ত বিবরণ
বাছাই অ্যালগরিদম। http://homepage3.nifty.com/wpage/software/itssort.txt
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে andi অনলাইন ব্যবহার করুন