এটি হল bp_pairwise_kaksp কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
bp_pairwise_kaks - ক্রমগুলির একটি সেটের জন্য জোড়া অনুসারে Ka,Ks গণনা করার জন্য স্ক্রিপ্ট
সাইনোপিসিস
bp_pairwise_kaks.PLS -it/data/worm_fam_2785.cdna [-f fasta/genbank/embl...] [-msa
tcoffee/clustal] [-kaks yn00/codeml]
বর্ণনাঃ
এই স্ক্রিপ্টটি সিডিএনএ সিকোয়েন্স যাচাইয়ের একটি ডেটাসেট ইনপুট হিসেবে গ্রহণ করবে
যেগুলিতে কোনও স্টপ কোডন নেই, সেগুলি প্রোটিন স্পেসে সারিবদ্ধ করে,
সারিবদ্ধকরণটি আবার cDNA-তে প্রজেক্ট করুন এবং Ka অনুমান করুন
ML-এর উপর ভিত্তি করে (অ-সমার্থক) এবং Ks (সমার্থক) প্রতিস্থাপন
PAML প্যাকেজ সহ ইয়াং এর পদ্ধতি।
প্রয়োজনীয়:
* বায়োপারল-চালিত প্যাকেজ
* PAML প্রোগ্রাম কোডএমএল বা yn00
* একাধিক সিকোয়েন্স অ্যালাইনমেন্ট প্রোগ্রাম Clustalw বা T-Coffee
প্রায়ই নির্দিষ্ট নির্দিষ্ট পরামিতি আপনি যখন আপনি চালাতে চান
একটি কম্পিউটিং Ka/Ks অনুপাত তাই এই স্ক্রিপ্টটিকে একটি সূচনা পয়েন্ট বিবেচনা করুন এবং
প্রতিটি পরিস্থিতির জন্য এটির উপর নির্ভর করবেন না।
প্রতিক্রিয়া
মেইলিং পাখি
ব্যবহারকারীর প্রতিক্রিয়া এই এবং অন্যান্য Bioperl মডিউলগুলির বিবর্তনের একটি অবিচ্ছেদ্য অংশ। পাঠান
আপনার মন্তব্য এবং পরামর্শ বায়োপারল মেইলিং লিস্টে। আপনার অংশগ্রহণ
অনেক প্রশংসা করা হয়
bioperl-l@bioperl.org - সাধারণ আলোচনা
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - মেইলিং তালিকা সম্পর্কে
প্রতিবেদন বাগ
বায়োপারল বাগ ট্র্যাকিং সিস্টেমে বাগ রিপোর্ট করুন আমাদের বাগ এবং তাদের ট্র্যাক রাখতে সাহায্য করতে
রেজোলিউশন বাগ রিপোর্টগুলি ওয়েবের মাধ্যমে জমা দেওয়া যেতে পারে:
https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে bp_pairwise_kaksp ব্যবহার করুন