এটি ইকোপিসিআর কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
ইকোপিসিআর - প্রদত্ত প্রাইমারগুলির সাথে ক্রম এবং শ্রেণীবিন্যাস সংকরকরণের জন্য অনুসন্ধান করা
সাইনোপিসিস
ইকোপিসিআর [বিকল্প] <নিউক্লিওটিডিক নিদর্শন>
বর্ণনাঃ
ecoPCR হল একটি ইলেকট্রনিক PCR সফটওয়্যার যা LECA এবং Helix-Project দ্বারা তৈরি করা হয়েছে। এটা সাহায্য করে
বারকোড প্রাইমারের গুণমান অনুমান করুন।
বিকল্প
-a : Tm গণনার জন্য M-তে লবণের ঘনত্ব (ডিফল্ট 0.05 M)
-c : বিবেচনা করুন যে ডাটাবেস সিকোয়েন্সগুলি [c] বৃত্তাকার
-d : [D]অ্যাটাবেস: প্রত্যাশিত বিন্যাসের সাথে মেলে, ডাটাবেস
দ্বারা প্রথমে গঠন করতে হবে ecoPCR ফরম্যাট(1) প্রোগ্রাম। ecoPCR ফরম্যাট(1) সৃষ্টি করে
তিনটি ফাইল প্রকার:
.sdx : সিকোয়েন্স ধারণ করে
.tdx : শ্রেণীবিন্যাস সংক্রান্ত তথ্য রয়েছে
.rdx : শ্রেণীবিন্যাস র্যাঙ্ক রয়েছে
ইকোপিসিআর-এর সব ধরনের ফাইল প্রয়োজন। ফলস্বরূপ, আপনাকে ডাটাবেস র্যাডিকাল লিখতে হবে
কোনো এক্সটেনশন ছাড়াই। উদাহরণ স্বরূপ /ecoPCRDB/gbmam
-D : ইন সিলিকোর প্রতিটি পাশে নিউক্লিওটাইডের নির্দিষ্ট সংখ্যা রাখে
পরিবর্ধিত ক্রম (পরিবর্ধিত ডিএনএ খণ্ড এবং দুটি লক্ষ্য সহ
প্রাইমারের ক্রম)।
-e : [E]রর : অলিগোনিউক্লিওটাইড দ্বারা অনুমোদিত সর্বাধিক ত্রুটি (ডিফল্টরূপে 0)
-h : [H] সাহায্য - মুদ্রণ সাহায্য
-i : [আমি] প্রদত্ত শ্রেণীবিন্যাস আইডি উপেক্ষা করি।
ইকোফাইন্ড প্রোগ্রাম ব্যবহার করে ট্যাক্সোনমি আইডি পাওয়া যায়। ইকোফাইন্ড টাইপিং এর সাহায্য দেখুন
-h আরও তথ্যের জন্য.
-k : [কে] রাজ্য মোড: রাজ্য মোড সেট করুন
ডিফল্টরূপে সুপার কিংডম মোড।
-l : সর্বনিম্ন [L] দৈর্ঘ্য : সর্বনিম্ন প্রশস্তকরণ দৈর্ঘ্য সংজ্ঞায়িত করুন।
-L : সর্বাধিক [L] দৈর্ঘ্য : সর্বাধিক প্রশস্তকরণ দৈর্ঘ্য সংজ্ঞায়িত করুন।
-m : Tm গণনার জন্য লবণ সংশোধন পদ্ধতি (SANTALUCIA : 1
অথবা OWCZARZY:2, ডিফল্ট=1)
-r : [R]প্রদত্ত ট্যাক্সোনমিক আইডিতে অনুসন্ধান সীমাবদ্ধ করে।
ইকোফাইন্ড প্রোগ্রাম ব্যবহার করে ট্যাক্সোনমি আইডি পাওয়া যায়। ইকোফাইন্ড টাইপিং এর সাহায্য দেখুন
-h আরও তথ্যের জন্য.
প্রথম যুক্তি: সরাসরি স্ট্র্যান্ডের জন্য অলিগোনিউক্লিওটাইড
দ্বিতীয় যুক্তি: বিপরীত স্ট্র্যান্ডের জন্য অলিগোনিউক্লিওটাইড
টেবিল ফলাফল বিবরণ:
কলাম 1: যোগদান নম্বর
কলাম 2 : ক্রম দৈর্ঘ্য
কলাম 3: শ্রেণীবিন্যাস আইডি
কলাম 4: র্যাঙ্ক
কলাম 5 : প্রজাতির শ্রেণীবিন্যাস আইডি
কলাম 6: বৈজ্ঞানিক নাম
কলাম 7 : জেনাস ট্যাক্সোনমিক আইডি
কলাম 8: জেনাস নাম
কলাম 9 : ফ্যামিলি ট্যাক্সোনমিক আইডি
কলাম 10: পরিবারের নাম
কলাম 11: সুপার কিংডম ট্যাক্সোনমিক আইডি
কলাম 12: সুপার কিংডম নাম
কলাম 13 : স্ট্র্যান্ড (সরাসরি বা বিপরীত)
কলাম 14: প্রথম অলিগোনিউক্লিওটাইড
কলাম 15 : প্রথম স্ট্র্যান্ডের জন্য ত্রুটির সংখ্যা
কলাম 16 : এই সাইটে প্রাইমার 1 এর হাইব্রিডাইজেশনের জন্য Tm
কলাম 17 : দ্বিতীয় অলিগোনিউক্লিওটাইড
কলাম 18 : দ্বিতীয় স্ট্র্যান্ডের জন্য ত্রুটির সংখ্যা
কলাম 19 : এই সাইটে প্রাইমার 1 এর হাইব্রিডাইজেশনের জন্য Tm
কলাম 20 : পরিবর্ধন দৈর্ঘ্য
কলাম 21 : ক্রম
কলাম 22 : সংজ্ঞা
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে ecoPCR ব্যবহার করুন