gmx-covar - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

gmx-covar - কোভারিয়েন্স ম্যাট্রিক্স গণনা করুন এবং তির্যক করুন

সাইনোপিসিস

gmx covar [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-এর [<.gro/.g96/...>]] [-l [<.লগ>]] [-আসকি [<.dat>]]
[-এক্সপিএম [<.xpm>]] [-এক্সপিএমএ [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-তারিখ ] [-আপনি ] [-xvg ] [-[না] ফিট]
[- [না] রেফারেন্স] [- [না] এমওয়া] [-শেষ ] [-[না]পিবিসি]

বর্ণনাঃ

জিএমএক্স কোভার গণনা করে এবং (ভর-ভারযুক্ত) কোভেরিয়েন্স ম্যাট্রিক্সকে তির্যক করে। সব
স্ট্রাকচার ফাইলে স্ট্রাকচারের সাথে স্ট্রাকচার ফিট করা হয়। এই যখন রান নয়
ইনপুট ফাইলের পর্যায়ক্রমিকতা বিবেচনায় নেওয়া হবে না। যখন ফিট এবং বিশ্লেষণ গ্রুপ
অভিন্ন এবং বিশ্লেষণ নন ভর-ওজনযুক্ত, ফিটও অ হবে
ভরযুক্ত

eigenvectors একটি ট্র্যাজেক্টরি ফাইলে লেখা হয় (-v) যখন একই পরমাণুর জন্য ব্যবহার করা হয়
ফিট এবং কোভেরিয়েন্স বিশ্লেষণ, ফিটের জন্য রেফারেন্স গঠন প্রথমে লেখা হয়
t=-1 সহ। গড় (বা রেফারেন্স যখন -রেফ ব্যবহার করা হয়) গঠন t=0 দিয়ে লেখা হয়,
eigenvectors টাইমস্ট্যাম্প হিসাবে eigenvector নম্বর সহ ফ্রেম হিসাবে লেখা হয়।

eigenvectors দিয়ে বিশ্লেষণ করা যেতে পারে জিএমএক্স anaeig.

পছন্দ -আসকি একটি ASCII ফাইলে সমগ্র কোভেরিয়েন্স ম্যাট্রিক্স লেখে। এর আদেশ
উপাদানগুলি হল: x1x1, x1y1, x1z1, x1x2, ...

পছন্দ -এক্সপিএম একটি তে সমগ্র কোভেরিয়েন্স ম্যাট্রিক্স লেখে .xpm ফাইল.

পছন্দ -এক্সপিএমএ পারমাণবিক কোভেরিয়েন্স ম্যাট্রিক্সকে an এ লেখে .xpm ফাইল, অর্থাৎ প্রতিটি পরমাণুর জোড়ার জন্য
xx, yy এবং zz সহযোগের যোগফল লেখা হয়।

মনে রাখবেন যে একটি ম্যাট্রিক্সের তির্যককরণের জন্য মেমরি এবং সময় প্রয়োজন যা বৃদ্ধি পাবে
জড়িত পরমাণুর সংখ্যার বর্গক্ষেত্রের চেয়ে কম দ্রুত। এটা ফুরিয়ে যাওয়া সহজ
মেমরি, যে ক্ষেত্রে এই টুলটি সম্ভবত 'সেগমেন্টেশন ফল্ট' সহ প্রস্থান করবে। তোমার উচিত
পরমাণুর একটি কম সেট কম খরচে আপনার চাহিদা পূরণ করবে কিনা তা সাবধানে বিবেচনা করুন।

বিকল্প

ইনপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
গতিপথ: পরমানন্দ trr CPT GRO g96 পিডিবি tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
গঠন+ভর(db): TPR GRO g96 পিডিবি brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (ঐচ্ছিক)
ইনডেক্স ফাইল

আউটপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:

-o [<.xvg>] (eigenval.xvg)
xvgr/xmgr ফাইল

-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
সম্পূর্ণ নির্ভুল গতিপথ: trr CPT tng

-এর [<.gro/.g96/...>] (average.pdb)
কাঠামো ফাইল: GRO g96 পিডিবি brk ent esp

-l [<.লগ>] (covar.log)
লগ ফাইল

-আসকি [<.dat>] (covar.dat) (ঐচ্ছিক)
জেনেরিক ডেটা ফাইল

-এক্সপিএম [<.xpm>] (covar.xpm) (ঐচ্ছিক)
* PixMap সামঞ্জস্যপূর্ণ ম্যাট্রিক্স ফাইল

-এক্সপিএমএ [<.xpm>] (covara.xpm) (ঐচ্ছিক)
* PixMap সামঞ্জস্যপূর্ণ ম্যাট্রিক্স ফাইল

অন্যান্য বিকল্পগুলি:

-b (0)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য প্রথম ফ্রেম (ps)

-e (0)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য শেষ ফ্রেম (ps)

-তারিখ (0)
শুধুমাত্র ফ্রেম ব্যবহার করুন যখন t MOD dt = প্রথমবার (ps)

-আপনি (দ্রষ্টব্য)
সময়ের মানের জন্য একক: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg
xvg প্লট বিন্যাস: xmgrace, xmgr, কোনোটিই নয়

-[না] ফিট (হ্যাঁ)
একটি রেফারেন্স গঠন মাপসই

- [না] রেফারেন্স (NO)
স্ট্রাকচার ফাইলে কনফর্মেশন থেকে বিচ্যুতি ব্যবহার করুন এর পরিবর্তে
গড়

- [না] এমওয়া (NO)
ভর-ভারিত সহভরিতা বিশ্লেষণ

-শেষ (-1)
শেষ eigenvector যা লিখতে হবে (-1 শেষ পর্যন্ত)

-[না]পিবিসি (হ্যাঁ)
পর্যায়ক্রমিক সীমানা অবস্থার জন্য সংশোধন প্রয়োগ করুন

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gmx-covar ব্যবহার করুন