gmx-densorder - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

gmx-densorder - পৃষ্ঠের ওঠানামা গণনা করুন

সাইনোপিসিস

gmx densorder [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.dat>]] [-অর [<.out> [...]]] [-ওগ [<.xpm> [...]]]
[-স্পেক্ট [<.out> [...]]] [-b ] [-e ]
[-তারিখ ] [- [না] w] [-[না] 1d] [-বিডব্লিউ ]
[-bwn ] [- আদেশ ] [-অক্ষ ]
[-পদ্ধতি ] [-ডি 1 ] [-ডি 2 ]
[-টব্লক ] [- স্তর ]

বর্ণনাঃ

জিএমএক্স ঘনত্ব একটি অক্ষ বরাবর একটি দ্বি-পর্যায়ের ঘনত্ব বন্টন হ্রাস করে, একটি MD এর উপর গণনা করা হয়
ট্র্যাজেক্টোরি, 2D পৃষ্ঠতলের সময় ওঠানামা করে, এর জন্য একটি কার্যকরী প্রোফাইলে ফিট করে
ইন্টারফেসিয়াল ঘনত্ব। ইন্টারফেসের একটি সময়-গড় স্থানিক উপস্থাপনা হতে পারে
বিকল্প সহ আউটপুট -tavg.

বিকল্প

ইনপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
পোর্টেবল xdr রান ইনপুট ফাইল

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
গতিপথ: পরমানন্দ trr CPT GRO g96 পিডিবি tng

-n [<.ndx>] (index.ndx)
ইনডেক্স ফাইল

আউটপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:

-o [<.dat>] (Density4D.dat) (ঐচ্ছিক)
জেনেরিক ডেটা ফাইল

-অর [<.out> [...]] (hello.out) (ঐচ্ছিক)
জেনেরিক আউটপুট ফাইল

-ওগ [<.xpm> [...]] (interface.xpm) (ঐচ্ছিক)
* PixMap সামঞ্জস্যপূর্ণ ম্যাট্রিক্স ফাইল

-স্পেক্ট [<.out> [...]] (intfspect.out) (ঐচ্ছিক)
জেনেরিক আউটপুট ফাইল

অন্যান্য বিকল্পগুলি:

-b (0)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য প্রথম ফ্রেম (ps)

-e (0)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য শেষ ফ্রেম (ps)

-তারিখ (0)
শুধুমাত্র ফ্রেম ব্যবহার করুন যখন t MOD dt = প্রথমবার (ps)

- [না] w (NO)
আউটপুট দেখুন .xvg, .xpm, .ps এবং .পিডিবি নথি পত্র

-[না] 1d (NO)
Pseudo-1d ইন্টারফেস জ্যামিতি

-বিডব্লিউ (0.2)
ইন্টারফেসের স্পর্শক ঘনত্ব বন্টনের বিন প্রস্থ

-bwn (0.05)
ঘনত্ব বন্টনের বিনউইথ ইন্টারফেসে স্বাভাবিক

- আদেশ (0)
গাউসিয়ান ফিল্টারের অর্ডার, অর্ডার 0 নো ফিল্টারিংয়ের সমান

-অক্ষ (Z)
অক্ষের দিক - X, Y বা Z

-পদ্ধতি (দ্বিখণ্ডিত করা)
ইন্টারফেস অবস্থান পদ্ধতি: দ্বিখণ্ডিত, কার্যকরী

-ডি 1 (0)
বাল্ক ঘনত্ব ফেজ 1 (ছোট z এ)

-ডি 2 (1000)
বাল্ক ঘনত্ব ফেজ 2 (বড় z এ)

-টব্লক (100)
একটি টাইম-ব্লক গড় ফ্রেমের সংখ্যা

- স্তর (100)
2D-এ উচ্চতা স্তরের সংখ্যা - XPixMaps

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gmx-densorder ব্যবহার করুন