gmx-trjorder - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

gmx-trjorder - একটি গ্রুপ থেকে তাদের দূরত্ব অনুযায়ী অণুগুলিকে সাজান

সাইনোপিসিস

gmx trjorder [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>]] [-nshell [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-তারিখ ] [-xvg ] [নির্মিত ]
[ইন ] [-[না]com] [-r ] [-[না] জেড]

বর্ণনাঃ

জিএমএক্স trjorder একটি রেফারেন্সে পরমাণুর ক্ষুদ্রতম দূরত্ব অনুযায়ী অণুগুলিকে অর্ডার করে
গ্রুপ বা জেড-কোঅর্ডিনেটে (বিকল্প সহ -z) দূরত্ব আদেশের সাথে, এটি একটি জন্য জিজ্ঞাসা করবে
রেফারেন্স পরমাণুর গ্রুপ এবং অণুর একটি গ্রুপ। ট্র্যাজেক্টোরির প্রতিটি ফ্রেমের জন্য
নির্বাচিত অণুগুলি পরমাণুর মধ্যে সংক্ষিপ্ততম দূরত্ব অনুসারে পুনরায় সাজানো হবে
সংখ্যা ইন রেফারেন্স গ্রুপের অণু এবং সমস্ত পরমাণুতে। ভর কেন্দ্র
সেটিং করে রেফারেন্স পরমাণুর পরিবর্তে অণু ব্যবহার করা যেতে পারে ইন 0 থেকে. সমস্ত পরমাণু
ট্র্যাজেক্টোরি আউটপুট ট্রাজেক্টোরিতে লেখা হয়।

জিএমএক্স trjorder যেমন একটি প্রোটিনের নিকটতম n জল বিশ্লেষণের জন্য দরকারী হতে পারে। তার মধ্যে
ক্ষেত্রে রেফারেন্স গ্রুপ প্রোটিন হবে এবং অণু গ্রুপ গঠিত হবে
সমস্ত জলের পরমাণু। যখন প্রথম এন জলের একটি সূচক গ্রুপ তৈরি করা হয়, তখন আদেশ দেওয়া হয়
এন সবচেয়ে কাছের জল বিশ্লেষণ করতে যেকোন GROMACS প্রোগ্রামের সাথে ট্র্যাজেক্টোরি ব্যবহার করা যেতে পারে।

আউটপুট ফাইল হলে a .পিডিবি ফাইল, রেফারেন্স টার্গেটের দূরত্ব সংরক্ষণ করা হবে
বি-ফ্যাক্টর ক্ষেত্র যেমন রাসমল দিয়ে রঙ করার জন্য।

বিকল্প সহ -nshell ব্যাসার্ধের একটি শেলের মধ্যে অণুর সংখ্যা -r চারপাশটিতে
রেফারেন্স গ্রুপ মুদ্রিত হয়.

বিকল্প

ইনপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
গতিপথ: পরমানন্দ trr CPT GRO g96 পিডিবি tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
গঠন+ভর(db): TPR GRO g96 পিডিবি brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (ঐচ্ছিক)
ইনডেক্স ফাইল

আউটপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:

-o [<.xtc/.trr/...>] (ordered.xtc) (ঐচ্ছিক)
গতিপথ: পরমানন্দ trr GRO g96 পিডিবি tng

-nshell [<.xvg>] (nshell.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল

অন্যান্য বিকল্পগুলি:

-b (0)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য প্রথম ফ্রেম (ps)

-e (0)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য শেষ ফ্রেম (ps)

-তারিখ (0)
শুধুমাত্র ফ্রেম ব্যবহার করুন যখন t MOD dt = প্রথমবার (ps)

-xvg
xvg প্লট বিন্যাস: xmgrace, xmgr, কোনোটিই নয়

নির্মিত (3)
একটি অণুতে পরমাণুর সংখ্যা

ইন (1)
দূরত্ব গণনার জন্য ব্যবহৃত পরমাণু, 0 হল COM

-[না]com (NO)
রেফারেন্স গ্রুপের ভর কেন্দ্রের দূরত্ব ব্যবহার করুন

-r (0)
অণুর সংখ্যা গণনা করার সময় দূরত্ব গণনার জন্য কাটঅফ ব্যবহার করা হয়
চারপাশে একটি শেল যেমন একটি প্রোটিন

-[না] জেড (NO)
z-অর্ডিনেটে অণুগুলিকে ক্রম করুন

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gmx-trjorder ব্যবহার করুন