এটি হল hmm2emit কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
hmm2emit - একটি প্রোফাইল HMM থেকে সিকোয়েন্স তৈরি করুন
সাইনোপিসিস
hmm2emit [বিকল্প] hmmfile
বর্ণনাঃ
hmm2emit থেকে একটি HMM ফাইল পড়ে hmmfile এক বা একাধিক HMM ধারণ করে, এবং একটি উৎপন্ন করে
প্রতিটি HMM থেকে অনুক্রমের সংখ্যা; অথবা, যদি -c বিকল্পটি নির্বাচন করা হয়েছে, একটি একক তৈরি করুন
সংখ্যাগরিষ্ঠ-শাসন ঐক্যমত। এটি বিভিন্ন অ্যাপ্লিকেশনের জন্য উপযোগী হতে পারে যেখানে একটি প্রয়োজন
একটি ক্রম পরিবারের ঐক্যমতের সাথে সামঞ্জস্যপূর্ণ সিমুলেশনের সিমুলেশন।
গতানুগতিক, hmm2emit 10টি সিকোয়েন্স তৈরি করে এবং সেগুলিকে FASTA (unaligned) বিন্যাসে আউটপুট করে।
বিকল্প
-a FASTA এর পরিবর্তে একটি সারিবদ্ধ বিন্যাসে (SELEX) তৈরি করা ক্রমগুলি লিখুন।
-c নমুনা ক্রমগুলির পরিবর্তে একটি একক সংখ্যাগরিষ্ঠ-নিয়ম সম্মত ক্রম অনুমান করুন৷
HMM এর সম্ভাব্যতা বন্টন থেকে। অত্যন্ত সংরক্ষিত অবশিষ্টাংশ (p >= 0.9 এর জন্য
ডিএনএ, p >= 0.5 প্রোটিনের জন্য) বড় আকারে দেখানো হয়েছে; অন্যদের ছোট হাতের অক্ষরে দেখানো হয়েছে।
কিছু সন্নিবেশ রাজ্য সংখ্যাগরিষ্ঠ নিয়ম ঐক্যমতের অংশ হয়ে উঠতে পারে, কারণ তারা
>= 50% উত্পন্ন সিকোয়েন্সে ব্যবহৃত হয়; এটি ঘটলে, সন্নিবেশ-উত্পন্ন অবশিষ্টাংশ
সহজভাবে "x" হিসাবে দেখানো হয়।
-h সংক্ষিপ্ত সাহায্য মুদ্রণ; সংস্করণ নম্বর এবং সমস্ত বিকল্পের সারাংশ অন্তর্ভুক্ত, সহ
বিশেষজ্ঞের বিকল্প।
-n জেনারেট করুন ক্রম ডিফল্ট হল 10।
-o ফাইলে সিন্থেটিক সিকোয়েন্স সংরক্ষণ করুন বরং stdout তাদের লেখার চেয়ে.
-q শান্ত; সিকোয়েন্স ব্যতীত সমস্ত আউটপুট দমন করুন। পাইপ করার জন্য দরকারী
বা আউটপুট নির্দেশনা.
বিশেষজ্ঞের বিকল্প
--বীজ
এলোমেলো বীজ সেট করুন , কোথায় একটি ধনাত্মক পূর্ণসংখ্যা। ডিফল্ট ব্যবহার করা হয়
সময়() প্রতিটি রানের জন্য একটি ভিন্ন বীজ উৎপন্ন করতে, যার অর্থ দুটি ভিন্ন
রান এর hmm2emit একই HMM সামান্য ভিন্ন ফলাফল দেবে. তুমি ব্যবহার করতে পার
এই বিকল্পটি প্রজননযোগ্য ফলাফল তৈরি করতে।
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে hmm2emit ব্যবহার করুন