এটি হল কমান্ড ম্যাচের যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
matcher - দুটি অনুক্রমের Waterman-Eggert স্থানীয় প্রান্তিককরণ
সাইনোপিসিস
ম্যাচার -অনুযায়ী ক্রম -অনুক্রমে ক্রম [-তথ্য ফাইল জরায়ু] [- বিকল্প পূর্ণসংখ্যা]
[-গপোপেন পূর্ণসংখ্যা] [- gapextend পূর্ণসংখ্যা] -আউটফাইল শ্রেণীবদ্ধ করা
ম্যাচার -হেল্প
বর্ণনাঃ
ম্যাচার এটি EMBOSS এর একটি কমান্ড লাইন প্রোগ্রাম ("ইউরোপীয় আণবিক জীববিজ্ঞান ওপেন
সফটওয়্যার স্যুট"). এটি "সারিবদ্ধকরণ: স্থানীয়" কমান্ড গ্রুপ(গুলি) এর অংশ।
বিকল্প
ইনপুট অধ্যায়
-অনুযায়ী ক্রম
-অনুক্রমে ক্রম
-তথ্য ফাইল জরায়ু
এটি স্কোরিং ম্যাট্রিক্স ফাইল যা ক্রম তুলনা করার সময় ব্যবহৃত হয়। ডিফল্টরূপে এটি
ফাইল 'EBLOSUM62' (প্রোটিনের জন্য) অথবা ফাইল 'EDNAFULL' (নিউক্লিক সিকোয়েন্সের জন্য)। এইগুলো
ফাইলগুলি EMBOSS ইনস্টলেশনের 'ডেটা' ডিরেক্টরিতে পাওয়া যায়।
অতিরিক্ত অধ্যায়
- বিকল্প পূর্ণসংখ্যা
এটি বিকল্প মিলের আউটপুটের সংখ্যা নির্ধারণ করে। ডিফল্টরূপে শুধুমাত্র সর্বোচ্চ
স্কোরিং সারিবদ্ধতা দেখানো হয়। 2 এর মান আপনাকে অন্যান্য যুক্তিসঙ্গত প্রান্তিককরণ দেয়। ভিতরে
কিছু ক্ষেত্রে, উদাহরণস্বরূপ cDNA এর মাল্টিডোমেন প্রোটিন এবং জিনোমিক DNA তুলনা,
অন্যান্য আকর্ষণীয় এবং উল্লেখযোগ্য প্রান্তিককরণ হতে পারে। ডিফল্ট মান: 1
-গপোপেন পূর্ণসংখ্যা
গ্যাপ পেনাল্টি হল একটি ব্যবধান তৈরি হলে স্কোর কেড়ে নেওয়া। সেরা মান নির্ভর করে
তুলনা ম্যাট্রিক্সের পছন্দের উপর। 14 এর ডিফল্ট মান ধরে নেয় আপনি ব্যবহার করছেন
প্রোটিন সিকোয়েন্সের জন্য EBLOSUM62 ম্যাট্রিক্স, বা 16 এর মান এবং এর জন্য EDNAFULL ম্যাট্রিক্স
নিউক্লিওটাইড ক্রম। ডিফল্ট মান: @($(acdprotein)? 14 : 16)
- gapextend পূর্ণসংখ্যা
গ্যাপ দৈর্ঘ্য, বা ফাঁক এক্সটেনশন, জরিমানা স্ট্যান্ডার্ড গ্যাপ পেনাল্টিতে যোগ করা হয়
ফাঁকে প্রতিটি ভিত্তি বা অবশিষ্টাংশ। এভাবেই দীর্ঘ ব্যবধানে শাস্তি দেওয়া হয়। সাধারণত আপনি হবে
অনেক সংক্ষিপ্ত ব্যবধানের পরিবর্তে কয়েকটি দীর্ঘ ব্যবধান আশা করি, তাই গ্যাপ এক্সটেনশন পেনাল্টি
গ্যাপ পেনাল্টির চেয়ে কম হওয়া উচিত। একটি ব্যতিক্রম যেখানে এক বা উভয় ক্রম আছে
একক সম্ভাব্য সিকোয়েন্সিং ত্রুটি সহ রিড হয় যে ক্ষেত্রে আপনি অনেক আশা করবেন
একক ভিত্তি ফাঁক আপনি এই ফলাফলটি পেতে পারেন গ্যাপ পেনাল্টি শূন্যে সেট করে (বা খুব
কম) এবং গ্যাপ স্কোরিং নিয়ন্ত্রণ করতে গ্যাপ এক্সটেনশন পেনাল্টি ব্যবহার করে। ডিফল্ট মান:
@($(acdprotein)? ০.৫ : ০.৫)
আউটপুট অধ্যায়
-আউটফাইল শ্রেণীবদ্ধ করা
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে ম্যাচের অনলাইন ব্যবহার করুন