এটি হল mauveToXMFA কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
addUnalignedIntervals - mauveAligner প্যাকেজের অংশ
alignmentProjector - mauveAligner প্যাকেজের অংশ
backbone_global_to_local - mauveAligner প্যাকেজের অংশ
bbAnalyze - mauveAligner প্যাকেজের অংশ
createBackboneMFA - mauveAligner প্যাকেজের অংশ
getAlignmentWindows - mauveAligner প্যাকেজের অংশ
getOrthologList - mauveAligner প্যাকেজের অংশ
makeBadgerMatrix - mauveAligner প্যাকেজের অংশ
mauveToXMFA - mauveAligner প্যাকেজের অংশ
mfa2xmfa - mauveAligner প্যাকেজের অংশ
ProjectAndStrip - mauveAligner প্যাকেজের অংশ
randomGeneSample - mauveAligner প্যাকেজের অংশ
স্কোর অ্যালাইনমেন্ট - mauveAligner প্যাকেজের অংশ
stripGapColumns - mauveAligner প্যাকেজের অংশ
stripSubsetLCBs - mauveAligner প্যাকেজের অংশ
toGrimmFormat - mauveAligner প্যাকেজের অংশ
toMultiFastA - mauveAligner প্যাকেজের অংশ
toRawSequence - mauveAligner প্যাকেজের অংশ
uniqueMerCount - mauveAligner প্যাকেজের অংশ
uniquifyTrees - mauveAligner প্যাকেজের অংশ
xmfa2maf - mauveAligner প্যাকেজের অংশ
বর্ণনাঃ
এই সরঞ্জামগুলি mauveAligner প্যাকেজের অন্তর্গত। তারা স্পষ্টভাবে নথিভুক্ত করা হয় না কিন্তু
একটি সংক্ষিপ্ত লাইন মুদ্রণ করছে যা এখানে পুনরাবৃত্তি করা হয়েছে।
সংযোজিত অন্তর্বর্তী যোগ করুন <ইনপুট অন্তর ফাইল> <আউটপুট অন্তর ফাইল>
প্রান্তিককরণ প্রজেক্টর <ইনপুট xmfa> <আউটপুট xmfa> <mfa SeQ ইনপুট> <mfa SeQ আউটপুট> <তালিকা of
seqs থেকে অন্তর্ভুক্ত, শুরু at 0>
backbone_global_to_local <xmfa ফাইল> <পিঠের হাড় ফাইল> <আউটপুট ফাইল>
বিবিশ্লেষণ <xmfa ফাইল> <গাইড গাছ> <পিঠের হাড় seqpos ফাইল> <পিঠের হাড় পর্বতমালার টোল ফাইল> <টীকা
SeQ index> <আউটপুট ফাইল>
টীকাযুক্ত seq সূচক 0 এ শুরু হয়।
CreateBackboneMFA <ইনপুট অন্তর ফাইল> <আউটপুট এমএফএ নাম>
অ্যালাইনমেন্ট উইন্ডোজ পান <এক্সএমএফএ প্রান্তিককরণ> <জানালা দৈর্ঘ্য> <জানালা পরিবর্তন পরিমাণ> <বেস আউটপুট
ফাইলের নাম>
Get OrthologList Get OrthologList <ইনপুট xmfa> <পিঠের হাড় SeQ ফাইল> <রেফারেন্স জিনোম> <সিডিএস
অর্থোলজি ফাইলের নাম> <সিডিএস শ্রেণীবিন্যাস ভিত্তি নাম>
মেক ব্যাজারম্যাট্রিক্স মেক ব্যাজারম্যাট্রিক্স <ইনপুট xmfa> <আউটপুট ব্যাজার ফাইল> <এলসিবি তুল্য ফাইল>
mauveToXMFA mauveToXMFA <মউভ শ্রেণীবিন্যাস ইনপুট> <এক্সএমএফএ আউটপুট>
mfa2xmfa <MFA শ্রেণীবিন্যাস ইনপুট> <এক্সএমএফএ শ্রেণীবিন্যাস আউটপুট> [অসংযুক্তিহীন ফাস্টএ আউটপুট]
প্রজেক্ট এবং স্ট্রিপ <ইনপুট xmfa> <আউটপুট xmfa> ...
সাংখ্যিক ক্রম শনাক্তকারী 0 থেকে শুরু হয়।
এলোমেলো জিনের নমুনা <ইনপুট xmfa> <পিঠের হাড় SeQ ফাইল> <নমুনা জিনোম> <সংখ্যা of জিন>
<আউটপুট ভিত্তি নাম> [এলোমেলো বীজ]
স্কোর অ্যালাইনমেন্ট <সঠিক প্রান্তিককরণ> <গণনা করা হয়েছে প্রান্তিককরণ> [বিবর্তিত ক্রম ফাইল] [স্লোগান]
stripGapColumns <ইনপুট XMFA> <আউটপুট XMFA>
স্ট্রিপ সাবসেটএলসিবি <ইনপুট xmfa> <ইনপুট bbcols> <আউটপুট xmfa> [মিনিট এলসিবি আকার] [মিনিট জিনোম]
[এলোমেলোভাবে উপনমুনা থেকে X kb]
গ্রিম ফরম্যাটে <মউভ প্রান্তিককরণ > <জিনোম 1 chr, দৈর্ঘ্য >... N chr, দৈর্ঘ্য>
মাল্টিফাস্টএ থেকে <ইনপুট অন্তর ফাইল> <আউটপুট ভিত্তি নাম>
toRawSequence <ইনপুট ক্রম > <আউটপুট ফাইল>
অনন্যMerCount <বাছাই করা mer তালিকা>
অনন্য গাছ <নেক্সাস ইনপুট ফাইল> <নেক্সাস আউটপুট ফাইল>
ইনপুট ফাইলের সমস্ত গাছে একই সংখ্যক ট্যাক্সা এবং একই ট্যাক্সন থাকতে হবে
লেবেল
xmfa2maf <xmfa ইনপুট> <maf আউটপুট>
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে mauveToXMFA ব্যবহার করুন