এটি GrimmFormat-এর কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
addUnalignedIntervals - mauveAligner প্যাকেজের অংশ
alignmentProjector - mauveAligner প্যাকেজের অংশ
backbone_global_to_local - mauveAligner প্যাকেজের অংশ
bbAnalyze - mauveAligner প্যাকেজের অংশ
createBackboneMFA - mauveAligner প্যাকেজের অংশ
getAlignmentWindows - mauveAligner প্যাকেজের অংশ
getOrthologList - mauveAligner প্যাকেজের অংশ
makeBadgerMatrix - mauveAligner প্যাকেজের অংশ
mauveToXMFA - mauveAligner প্যাকেজের অংশ
mfa2xmfa - mauveAligner প্যাকেজের অংশ
ProjectAndStrip - mauveAligner প্যাকেজের অংশ
randomGeneSample - mauveAligner প্যাকেজের অংশ
স্কোর অ্যালাইনমেন্ট - mauveAligner প্যাকেজের অংশ
stripGapColumns - mauveAligner প্যাকেজের অংশ
stripSubsetLCBs - mauveAligner প্যাকেজের অংশ
toGrimmFormat - mauveAligner প্যাকেজের অংশ
toMultiFastA - mauveAligner প্যাকেজের অংশ
toRawSequence - mauveAligner প্যাকেজের অংশ
uniqueMerCount - mauveAligner প্যাকেজের অংশ
uniquifyTrees - mauveAligner প্যাকেজের অংশ
xmfa2maf - mauveAligner প্যাকেজের অংশ
বর্ণনাঃ
এই সরঞ্জামগুলি mauveAligner প্যাকেজের অন্তর্গত। তারা স্পষ্টভাবে নথিভুক্ত করা হয় না কিন্তু
একটি সংক্ষিপ্ত লাইন মুদ্রণ করছে যা এখানে পুনরাবৃত্তি করা হয়েছে।
সংযোজিত অন্তর্বর্তী যোগ করুন <ইনপুট অন্তর ফাইল> <আউটপুট অন্তর ফাইল>
প্রান্তিককরণ প্রজেক্টর <ইনপুট xmfa> <আউটপুট xmfa> <mfa SeQ ইনপুট> <mfa SeQ আউটপুট> <তালিকা of
seqs থেকে অন্তর্ভুক্ত, শুরু at 0>
backbone_global_to_local <xmfa ফাইল> <পিঠের হাড় ফাইল> <আউটপুট ফাইল>
বিবিশ্লেষণ <xmfa ফাইল> <গাইড গাছ> <পিঠের হাড় seqpos ফাইল> <পিঠের হাড় পর্বতমালার টোল ফাইল> <টীকা
SeQ index> <আউটপুট ফাইল>
টীকাযুক্ত seq সূচক 0 এ শুরু হয়।
CreateBackboneMFA <ইনপুট অন্তর ফাইল> <আউটপুট এমএফএ নাম>
অ্যালাইনমেন্ট উইন্ডোজ পান <এক্সএমএফএ প্রান্তিককরণ> <জানালা দৈর্ঘ্য> <জানালা পরিবর্তন পরিমাণ> <বেস আউটপুট
ফাইলের নাম>
Get OrthologList Get OrthologList <ইনপুট xmfa> <পিঠের হাড় SeQ ফাইল> <রেফারেন্স জিনোম> <সিডিএস
অর্থোলজি ফাইলের নাম> <সিডিএস শ্রেণীবিন্যাস ভিত্তি নাম>
মেক ব্যাজারম্যাট্রিক্স মেক ব্যাজারম্যাট্রিক্স <ইনপুট xmfa> <আউটপুট ব্যাজার ফাইল> <এলসিবি তুল্য ফাইল>
mauveToXMFA mauveToXMFA <মউভ শ্রেণীবিন্যাস ইনপুট> <এক্সএমএফএ আউটপুট>
mfa2xmfa <MFA শ্রেণীবিন্যাস ইনপুট> <এক্সএমএফএ শ্রেণীবিন্যাস আউটপুট> [অসংযুক্তিহীন ফাস্টএ আউটপুট]
প্রজেক্ট এবং স্ট্রিপ <ইনপুট xmfa> <আউটপুট xmfa> ...
সাংখ্যিক ক্রম শনাক্তকারী 0 থেকে শুরু হয়।
এলোমেলো জিনের নমুনা <ইনপুট xmfa> <পিঠের হাড় SeQ ফাইল> <নমুনা জিনোম> <সংখ্যা of জিন>
<আউটপুট ভিত্তি নাম> [এলোমেলো বীজ]
স্কোর অ্যালাইনমেন্ট <সঠিক প্রান্তিককরণ> <গণনা করা হয়েছে প্রান্তিককরণ> [বিবর্তিত ক্রম ফাইল] [স্লোগান]
stripGapColumns <ইনপুট XMFA> <আউটপুট XMFA>
স্ট্রিপ সাবসেটএলসিবি <ইনপুট xmfa> <ইনপুট bbcols> <আউটপুট xmfa> [মিনিট এলসিবি আকার] [মিনিট জিনোম]
[এলোমেলোভাবে উপনমুনা থেকে X kb]
গ্রিম ফরম্যাটে <মউভ প্রান্তিককরণ > <জিনোম 1 chr, দৈর্ঘ্য >... N chr, দৈর্ঘ্য>
মাল্টিফাস্টএ থেকে <ইনপুট অন্তর ফাইল> <আউটপুট ভিত্তি নাম>
toRawSequence <ইনপুট ক্রম > <আউটপুট ফাইল>
অনন্যMerCount <বাছাই করা mer তালিকা>
অনন্য গাছ <নেক্সাস ইনপুট ফাইল> <নেক্সাস আউটপুট ফাইল>
ইনপুট ফাইলের সমস্ত গাছে একই সংখ্যক ট্যাক্সা এবং একই ট্যাক্সন থাকতে হবে
লেবেল
xmfa2maf <xmfa ইনপুট> <maf আউটপুট>
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে toGrimmFormat ব্যবহার করুন