এটি fcGENE নামক লিনাক্স অ্যাপ: লিনাক্স অনলাইনে চালানোর জন্য জিনোটাইপ ফরম্যাট কনভার্টার যার সর্বশেষ প্রকাশ fcgene-1.0.7.zip হিসাবে ডাউনলোড করা যেতে পারে। এটি ওয়ার্কস্টেশনের জন্য বিনামূল্যের হোস্টিং প্রদানকারী OnWorks-এ অনলাইনে চালানো যেতে পারে।
ডাউনলোড করুন এবং অনলাইনে চালান fcGENE নামের এই অ্যাপটি: Genotype ফরম্যাট কনভার্টার লিনাক্সে বিনামূল্যে OnWorks-এর সাথে চালানোর জন্য।
এই অ্যাপটি চালানোর জন্য এই নির্দেশাবলী অনুসরণ করুন:
- 1. আপনার পিসিতে এই অ্যাপ্লিকেশনটি ডাউনলোড করুন৷
- 2. আমাদের ফাইল ম্যানেজারে প্রবেশ করুন https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX আপনি যে ইউজারনেম চান।
- 3. এই ধরনের ফাইল ম্যানেজারে এই অ্যাপ্লিকেশনটি আপলোড করুন।
- 4. এই ওয়েবসাইট থেকে OnWorks Linux অনলাইন বা Windows অনলাইন এমুলেটর বা MACOS অনলাইন এমুলেটর শুরু করুন।
- 5. OnWorks Linux OS থেকে আপনি এইমাত্র শুরু করেছেন, আমাদের ফাইল ম্যানেজারে যান https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX আপনার পছন্দের ব্যবহারকারীর নাম সহ।
- 6. অ্যাপ্লিকেশনটি ডাউনলোড করুন, এটি ইনস্টল করুন এবং এটি চালান।
স্ক্রিনশট:
fcGENE: অনলাইনে লিনাক্সে চালানোর জন্য জিনোটাইপ ফরম্যাট কনভার্টার
বর্ণনাঃ
প্রধান অ্যাপ্লিকেশনটি দ্বিগুণ: প্রথমত জিনোটাইপ SNP ডেটাকে PLINK MACH, IMPUTE, BEAGLE এবং BIMBBAM-এর মতো বিভিন্ন ইম্পিউটেশন টুলের ফর্ম্যাটে রূপান্তর করা, দ্বিতীয়টি PLINK, HAPLOVIEW, EIGENSOFT এবং SNPTEST-এর মতো বিভিন্ন ফাইল ফর্ম্যাটে অভিযুক্ত ডেটা রূপান্তর করা৷পঠনযোগ্য ফাইল বিন্যাস: plink-pedigree (ped and map), plink-raw, plink-dosage, mach , minimac, impute, snptest, beagle এবং bimbam. একইভাবে আউটপুট সব ধরনের অভিযোজনও গৃহীত হয়।
ফর্ম্যাটগুলি যা fcGENE দ্বারা তৈরি করা যেতে পারে: plink-pedigree, plink-raw, plink-dosage, mach-inputs, minimac-inputs, impute-inputs, beagle-inputs এবং bimbam-inputs, HAPLOVIEW-ইনপুট, EIGENSOFT-ইনপুট।
আরও আবেদন:
-?প্রয়োজনীয় ইম্প্যুটেশন কমান্ডের টেমপ্লেট এবং অন্যান্য ইম্প্যুটেশন টুলের কমান্ড প্রাপ্ত করা
- MAF, HWE এবং CALLRATE অনুযায়ী মান নিয়ন্ত্রণ।
মূল শব্দ: জিনোটাইপ ট্রান্সফরমেশন, জিনোটাইপ ফরম্যাট কনভার্ট, ইম্পুটেশন আউটপুট, PLINK, IMPUTE, MACH, মিনিম্যাক, হ্যাপলোভিউ, বিগল, বিম্বাম, আইজেনসফ্ট।
বৈশিষ্ট্য
- SNP-ভিত্তিক এবং ব্যক্তি-ভিত্তিক মান নিয়ন্ত্রণ করতে পারে এবং ডেটা ট্রান্সফর্ম করার সময় অযোগ্য SNP এবং ব্যক্তিদের ফিল্টার করতে পারে
- জিনোটাইপ SNP ডেটার দ্বি-মুখী বিন্যাস রূপান্তর করতে পারে (যেমন PLINK -> ইম্প্যুটেশন টুল এবং ইম্পুটেশন টুল -> PLINK)। এটি plink-ফরম্যাটেড পেডিগ্রি এবং বাইনারি ফাইল উভয়ই পড়তে এবং লিখতে পারে
- ইম্প্যুটেশন কোয়ালিটি স্কোরের ভিত্তিতে ইম্পুড এসএনপি ফিল্টার করতে পারে
- জিডব্লিউএ বিশ্লেষণ টুল কমান্ডের টেমপ্লেট তৈরি করতে পারে
- জিনোটাইপ ডেটাকে একটি ইম্প্যুটেশন টুলের ফরম্যাট থেকে অন্যটিতে রূপান্তর করে।
- প্লিঙ্ক-ফরম্যাটে ইম্প্যুটেশন রেফারেন্সের রূপান্তর। এটি রেফারেন্স প্যানেলের সাথে জিনোটাইপ ডেটা তুলনা করতে সহায়তা করে।
- মূলত অন্যান্য বিভিন্ন ফরম্যাটে দেওয়া ডেটা থেকে GenABEL ফরম্যাটে snp ডেটা তৈরি করতে পারে
- গৌণ অ্যালিল ফ্রিকোয়েন্সির expeceted ডোজ ধারণকারী ভিন্নভাবে ফরম্যাট করা ফাইল তৈরি করতে পারে
- পরিসংখ্যানগত জেনেটিক্সের ক্ষেত্রে কাজ করা গবেষকদের জন্য খুবই সহায়ক।
- c++ এ লেখা, STL পাত্রে ব্যবহার
- gezipped ফাইল পড়তে এবং লিখতে পারেন
- --fst কমান্ড দিয়ে FST গণনা করতে পারে
- অ্যালিল এবং অ্যালিল ডোজ গণনা সহ স্ট্যান্ডার্ড জিনোটাইপ ডেটা পড়তে এবং লিখতে পারে
- BEAGLE4 এর জন্য ব্যবহৃত vcf-ফরম্যাট ফাইল তৈরি করতে পারে
প্রোগ্রামিং ভাষা
সি ++
এটি একটি অ্যাপ্লিকেশন যা https://sourceforge.net/projects/fcgene/ থেকেও আনা যেতে পারে। আমাদের বিনামূল্যের অপারেটিভ সিস্টেমগুলির মধ্যে একটি থেকে সবচেয়ে সহজ উপায়ে অনলাইনে চালানোর জন্য এটি OnWorks-এ হোস্ট করা হয়েছে।