এটি rRNAFinder নামের লিনাক্স অ্যাপ যার সর্বশেষ প্রকাশ rRNAFinder-v1.1.1.zip হিসাবে ডাউনলোড করা যেতে পারে। এটি ওয়ার্কস্টেশনের জন্য বিনামূল্যের হোস্টিং প্রদানকারী OnWorks-এ অনলাইনে চালানো যেতে পারে।
rRNAFinder নামের এই অ্যাপটি OnWorks সহ বিনামূল্যে অনলাইনে ডাউনলোড করুন এবং চালান।
এই অ্যাপটি চালানোর জন্য এই নির্দেশাবলী অনুসরণ করুন:
- 1. আপনার পিসিতে এই অ্যাপ্লিকেশনটি ডাউনলোড করুন৷
- 2. আমাদের ফাইল ম্যানেজারে প্রবেশ করুন https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX আপনি যে ইউজারনেম চান।
- 3. এই ধরনের ফাইল ম্যানেজারে এই অ্যাপ্লিকেশনটি আপলোড করুন।
- 4. এই ওয়েবসাইট থেকে OnWorks Linux অনলাইন বা Windows অনলাইন এমুলেটর বা MACOS অনলাইন এমুলেটর শুরু করুন।
- 5. OnWorks Linux OS থেকে আপনি এইমাত্র শুরু করেছেন, আমাদের ফাইল ম্যানেজারে যান https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX আপনার পছন্দের ব্যবহারকারীর নাম সহ।
- 6. অ্যাপ্লিকেশনটি ডাউনলোড করুন, এটি ইনস্টল করুন এবং এটি চালান।
rRNAFinder
বর্ণনাঃ
rRNAFinder হল একটি ছোট পার্ল সফ্টওয়্যার প্যাকেজ, যা ইনপুট হিসাবে একত্রিত জিনোম/মেটাজেনোম কনটিগগুলি ব্যবহার করে স্বয়ংক্রিয়ভাবে রাইবোসোম আরএনএ জিনগুলির পূর্বাভাস এবং শ্রেণিবদ্ধ করতে ব্যবহার করা যেতে পারে। সফ্টওয়্যারটি শুধুমাত্র লিনাক্স অপারেটিং সিস্টেমে পরীক্ষা করা হয়েছিল।
প্যাকেজে অন্তর্ভুক্ত "rRNAFinder.pl" প্রোগ্রামটি ইনপুট কন্টিগ থেকে rRNA জিন সনাক্ত করতে arc.hmm, bac.hmm এবং euk.hmm ডাটাবেসের বিরুদ্ধে অনুসন্ধান করার জন্য nhmmer প্রোগ্রাম ব্যবহার করে। পূর্বাভাসিত rRNA জিনের মধ্যে রয়েছে 16S, 18S, 23S, 28S, 5S, এবং 5.8S rRNA জিন।
"rna2taxon.pl" প্রোগ্রামটি ইনপুট জিনগুলির জন্য ট্যাক্সোনমিক অ্যাসাইনমেন্টগুলি তৈরি করার জন্য একটি ইনপুট হিসাবে উপরের তৈরি করা ফাস্টা ফর্ম্যাট rRNA জিন সিকোয়েন্সগুলি গ্রহণ করে। ইনপুট rRNA জিন সিকোয়েন্সগুলি ব্লাস্টন ব্যবহার করে ডাউনলোড করা এবং পুনরায় ফর্ম্যাট করা সিলভা এসএসইউ এবং এলএসইউ ডাটাবেসের বিরুদ্ধে অনুসন্ধান করা হয়।
অনুগ্রহ করে এখানে অবস্থিত rRNAFinder GitHub সংগ্রহস্থল থেকে README.md ফাইলটি দেখুন https://github.com/xiaoli-dong/rRNAFinder rRNAFinder কনফিগার এবং চালানোর নির্দেশাবলীর জন্য
বৈশিষ্ট্য
- rRNA জিনের ভবিষ্যদ্বাণী করুন (5s, 5.8s, 16s, 18s, 23s, 28s rRNA জিন)
- সিলভা এসএসইউ এবং এলএসইউ ডাটাবেসের বিরুদ্ধে ব্লাস্টন অনুসন্ধান ব্যবহার করে ভবিষ্যদ্বাণী করা আরআরএনএ জিনের শ্রেণীবিন্যাস নিয়োগ
- দ্রুত এবং একাধিক CPU থ্রেড ব্যবহার করতে পারে
পাঠকবর্গ
বিজ্ঞান/গবেষণা
ব্যবহারকারী ইন্টারফেস
কমান্ড লাইন
বিভাগ
এটি একটি অ্যাপ্লিকেশন যা https://sourceforge.net/projects/rrnafinder/ থেকেও আনা যেতে পারে। আমাদের বিনামূল্যের অপারেটিভ সিস্টেমগুলির মধ্যে একটি থেকে সবচেয়ে সহজ উপায়ে অনলাইনে চালানোর জন্য এটি OnWorks-এ হোস্ট করা হয়েছে।