Dies ist der Befehl bp_local_taxonomydb_queryp, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
bp_local_taxonomydb_query – Abfrage einer lokalen TaxonomyDB nach Arten oder Taxoniden
BESCHREIBUNG
Dieses Skript bietet eine Beispielimplementierung des Zugriffs auf eine lokale Taxonomiedatenbank
implementiert mit Berkeley DB (DB_File-Modul wird benötigt).
Verwendung:
bp_local_taxonomydb_query.PLS: [-v] --nodes nodes.dmp --names namen.dmp „Genus1 Art1“ „Genus2 Art2“
Bereitstellung der Dateien „nodes.dmp“ und „names.dmp“ aus dem NCBI-Taxonomie-Dump (siehe
Bio::DB::Taxonomy::flatfile für weitere Informationen) ist nur beim ersten Start erforderlich.
Dadurch werden die lokalen Indizes erstellt, was recht lange dauern kann. Doch einmal erstellt,
Diese Indizes ermöglichen den Arten einen schnellen Zugriff auf die Taxon-ID ODER die Taxon-ID auf den Artnamen
Nachschlagen.
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