Dies ist der Befehl fsl, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider über eine unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
fsl - Analysetools für FMRI, MRI und DTI Gehirnbildgebung
BESCHREIBUNG
FSL ist ein umfassendes Toolkit für die Analyse medizinischer Bildgebungsdaten des Gehirns. Es
bietet Werkzeuge zur Datenvorverarbeitung, Gehirnextraktion, Bildregistrierung sowie a
breites Spektrum statistischer Analysen. FSL bietet eine einfach zu bedienende GUI.
FSL erfordert, dass eine Reihe von Umgebungsvariablen richtig festgelegt werden. Um das zu erreichen,
Bitte beziehen Sie das Konfigurationsskript von /etc/fsl/5.0/fsl.sh. Eine Möglichkeit, dies zu tun
automatisch eine Zeile mit hinzufügen
. /etc/fsl/5.0/fsl.sh
in die .bashrc-Datei im Home-Verzeichnis des Benutzers (oder eine entsprechende Datei für andere Shells)
als bash). Möglicherweise müssen Sie zuerst eine solche Datei erstellen.
Alternativ installiert das Debian-Paket Symlinks für alle FSL-Tools in / usr / bin zur Verbesserung der Gesundheitsgerechtigkeit
sorgen dafür, dass die entsprechende Konfiguration automatisch geladen wird. Die Namen der Symlinks sind
mit dem entsprechenden vorangestellten FSL Version, um Dateinamenkonflikte zu vermeiden und zuzulassen
mehrere Versionen auf demselben System koexistieren. Zum Beispiel die Schneidemaschine Befehl ist
verfügbar als fsl5.0-Slicer. Bitte beachten Sie, dass für die Verwendung FSL Tools über diese Symlinks ist es
nicht erforderlich, um das oben beschriebene Setup-Verfahren durchzuführen. Diese Bequemlichkeit ist jedoch
Funktion ist Debian-spezifisch. Skripte, die FSL-Befehle verwenden und zur gemeinsamen Nutzung bestimmt sind
mit anderen sollten sich auf Befehlsnamen ohne Präfix und die FSL-Umgebungsvariable verlassen
Konfiguration.
Das FSL Benutzeroberfläche bezieht sich manchmal auf ein FSLDIR. Auf Debian-Systemen ist dies
/usr/share/fsl/5.0 für FSL-Version 5.0.
FSL Dokumentation und Online-Hilfe wird von der fsl-5.0-doc Paket.
Fragen zur Verwendung von FSL oder verwandte Theorie kann auf der veröffentlicht werden FSL Postversand
Liste (sehen http://www.jiscmail.ac.uk/lists/fsl.html).
PARALLELISIERUNG
FSL kann so konfiguriert werden, dass Jobs an eine laufende Sun Gridengine (SGE) gesendet werden. Obwohl nicht alle
Die in FSL implementierte Funktionalität unterstützt diese Art der Parallelisierung, die anspruchsvollste
Verarbeitungswerkzeuge (zB POSSUM und FDT) tun.
FSL sollte SGE verwenden können, auch wenn die Umgebungsvariable SGE_ROOT nicht gesetzt ist, wie in
der Fall des Debian-Pakets von SGE. Um die Stapelverarbeitung zu aktivieren, einfach einstellen
FSLPARALLEL=1
in der Shell, in der FSL läuft. Dies kann dauerhaft aktiviert werden in
/etc/fsl/5.0/fsl.sh
oder von Fall zu Fall.
Verwenden Sie fsl online mit den onworks.net-Diensten