Dies ist der Befehl macs2_filterdup, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
macs2_filterdup – Modellbasierte Analyse für ChIP-Sequenzierung
BESCHREIBUNG
Verwendung: macs2 filterdup [-h] -i IFILE [IFILE ...]
[-f {AUTO,BAM,SAM,BETT,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE}]
[-g GSIZE] [-s TSIZE] [-p PVALUE] [--keep-dup KEEPDUPLICATES] [--verbose VERBOSE]
[--outdir OUTDIR] [-o OUTPUTFILE] [-d]
optional Argumente:
-h, --help
Diese Hilfemeldung anzeigen und beenden
-i DATEI [DATEI ...], --ifile IFILE [IFILE ...]
ChIP-seq-Alignment-Datei. Wenn mehrere Dateien als '-t AB C' angegeben werden, werden sie
alles gelesen und kombiniert werden. Beachten Sie, dass Pair-End-Daten damit nicht funktionieren sollen
Befehl. ERFORDERLICH.
-f {AUTO,BAM,SAM,BETT,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE}, --Format
{AUTO,BAM,SAM,BETT,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE}
Format der Tag-Datei, "AUTO", "BED" oder "ELAND" oder "ELANDMULTI" oder "ELANDEXPORT" oder
„SAM“ oder „BAM“ oder „BOWTIE“. Die Standardoption AUTO lässt „macs2 filterdup“ zu.
entscheiden, welches Format die Datei hat. Bitte überprüfen Sie die Definition in der README-Datei, wenn Sie
Wählen Sie ELAND/ELANDMULTI/ELANDEXPORT/SAM/BAM/BOWTIE. STANDARD: "AUTO"
-g GSIZE, --gsize GRÖSSE
Effektive Genomgröße. Es kann 1.0e+9 oder 1000000000 sein, oder Abkürzungen:'hs' für Mensch
(2.7e9), „mm“ für Maus (1.87e9), „ce“ für C. elegans (9e7) und „dm“ für Fruchtfliege
(1.2e8), STANDARD:hs
-s TGRÖSSE, --tGröße TGRÖSSE
Etikettengröße. Dadurch wird die automatisch erkannte Tag-Größe überschrieben. STANDARD: Nicht eingestellt
-p PVALUE, --pvalue PWERT
P-Wert-Grenzwert für den Binomialverteilungstest. STANDARD:1e-5
--keep-dup BEHALTEN SIE DUPLIKATE
Es steuert das Verhalten von „macs2 filterdup“ gegenüber doppelten Tags/Paaren am
genau der gleiche Standort -- die gleiche Koordination und der gleiche Strang. Die Option „Auto“.
Lässt „macs2 filterdup“ die maximale Anzahl an Tags am genau gleichen Standort berechnen
zur Binomalverteilung unter Verwendung gegebener -p als p-Wert-Grenzwert; und die Option „Alle“ bleibt bestehen
every-Tags (nützlich, wenn Sie nur Formate konvertieren möchten). Wenn eine Ganzzahl angegeben ist, at
Die meisten dieser Tags werden am selben Ort aufbewahrt. Hinweis: MACS2-Callpeak
Die Funktion verwendet standardmäßig KEEPDUPLICATES=1. Beachten Sie, ob Sie samtools oder picard verwendet haben
Um Duplikate in Bit 1024 zu kennzeichnen, verwirft MACS2 sie, unabhängig von Ihrer Einstellung
BEHALTEN SIE DUPLIKATE. Standard: automatisch
- ausführlich AUSFÜHRLICH
Ausführliche Ebene einstellen. 0: nur kritische Meldung anzeigen, 1: zusätzliche Warnung anzeigen
Nachricht, 2: Prozessinformationen anzeigen, 3: Debug-Nachrichten anzeigen. Wenn du wissen willst
Wo sind die doppelten Lesevorgänge, verwenden Sie 3. DEFAULT:2
--outdir AUSSEN
Wenn angegeben, werden alle Ausgabedateien in dieses Verzeichnis geschrieben. Standard: die
aktuelles Arbeitsverzeichnis
-o AUSGABEDATEI, --ofile AUSGABEDATEI
Ausgabe BED-Dateiname. Wenn nicht angegeben, wird in die Standardausgabe geschrieben. URSPRÜNGLICH:
stdout
-d, --Probelauf
Wenn diese Option festgelegt ist, gibt filterdup nur Zahlen aus, anstatt Ausgabedateien zu schreiben.
einschließlich maximal zulässiger Duplikate, Gesamtzahl der Lesevorgänge vor dem Filtern,
Gesamtzahl der Lesevorgänge nach dem Filtern und Redundanzrate. Standard: nicht festgelegt
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