odinreco – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

odinreco – Automatische Rekonstruktion für ODIN-Sequenzen

ZUSAMMENFASSUNG

odinreco [ Optionen ] -r

BESCHREIBUNG

odinreco: Automatische Rekonstruktion für ODIN-Sequenzen

odinreco bietet eine generische Rekonstruktion für Bildsequenzen (Spin-Warp,
EPI, SELTEN, ...). Es ruft die Informationen über das erfasste Signal ab
Datei „recoInfo“, die zusammen mit den Rohdaten auf der Festplatte gespeichert wird. Die recoInfo
Die Datei enthält Informationen über die K-Raum-Position jedes Aufnahmefensters
(ADC). Als Ausgabe generiert odinreco eine Reihe von Dateien mit unterschiedlichen Bildformaten
(abhängig von der Option -f und Bibliotheken von Drittanbietern, die für ODIN verfügbar sind). Der Dateiname
jeder Datei beginnt mit dem angegebenen Ausgabepräfix.

OPTIONAL

-bcw: Korrelationsgewichtung aller Blades gegenüber dem Mittelwert aller Blades (im Bildraum)

-bf: Filterfunktion für Blattphasenkorrektur (Optionen=Gauss NoFilter Triangle Hann
Hamming CosSq Blackman BlackmanNuttall Exp , Standard = NoFilter)

-bfw: Breite der Filterfunktion, die für die Blattphasenkorrektur verwendet wird.[0.0 (0 %) ... 1.0
(100 %) der Blattbreite; -1.0 (100 %) ... 0.0 (0 %) der Mittenbreite] (Standard=1.0)

-bkf: Blade-Keyhole-Filterfunktion (und ihre Argumente) (Optionen=Gauss NoFilter Triangle
Hann Hamming CosSq Blackman BlackmanNuttall Exp, Standard = CosSq)

-bkt: Breite des Übergangs zwischen Klinge und Schlüsselloch (Anteil des überabgetasteten K-Raum-Zentrums)
(Standard=0.20)

-bwf: Fenster-/Filterfunktion für die kspace-Gewichtung jedes Blades (Optionen=Gauss NoFilter
Dreieck Hann Hamming CosSq Blackman BlackmanNuttall Exp , Standard = Dreieck)

-bww: Fenster-/Filterbreite für die kspace-Gewichtung jedes Blades (Standard = 1.0)

-cp: Direkte Fourier-Transformation mit konjugierter Phasenkorrektur anstelle von Gridding verwenden

-dce: TE wird für Felddriftberechnungen verwendet, wenn nicht Null [ms] (Standard = 0.0 ms)

-dcs: Indexauswahlzeichenfolge im Rezept, das für die Driftkorrektur verwendet wird (durch Leerzeichen getrennte Liste von
'dim=selection', z. B. te=2)

-dcw: Felddrift in Datei mit diesem Präfix speichern

-dd: Felddriftkorrektur deaktivieren

-df: Ausgabeformat (Dateierweiterung) von Dump-Dateien (Standard=nii)

-dg: GRAPPA-Interpolation deaktivieren

-dh: Homodyn-Rekonstruktion deaktivieren

-dm: Feldkartenbasierte Mehrfrequenzrekonstruktion deaktivieren

-dp: Präfix der Dump-Dateien (Standard=./dump)

-ds: Slice-Time-Korrektur deaktivieren

-er: Pegel relativ zum Mittelwert des ersten Echos zum Festlegen der Maske der exponentiellen Zerfallsanpassung
(Standard=0.50)

-f: Durch Leerzeichen getrennte Liste der Ausgabeformate (Dateierweiterungen), mögliche Formate sind „3db
analysieren asc coi dat dcm double float gz hdr idx ima interfile jdx mag mhd nii ph
png pos pro reg s16bit s32bit s8bit smp u16bit u32bit u8bit ' (Standard=nii)

-ff: K-Raum-Filterfunktion (und ihre Argumente) (Optionen=Gauss NoFilter Triangle Hann
Hamming CosSq Blackman BlackmanNuttall Exp , Standard = NoFilter)

-fm: Feldkartendaten aus dieser Datei laden

-FP: Filterplateaubreite (0=kein Plateau, 1=volles Plateau) (Standard=0.0)

-gd: Anteil der k-psace-Punkte, die in den Autokalibrierungslinien wegen hoher Werte verworfen werden sollen
Residuen (Standard=0.0)

-gp: Anzahl der benachbarten gemessenen K-Raum-Zeilen, die für die GRAPPA-Interpolation verwendet werden
(Standard=2)

-GR: Anzahl der Nachbarn in Leserichtung, die für die GRAPPA-Interpolation verwendet werden (Standard=5)

-gs: Skalierungsfaktor für das zum Gridding verwendete Raster (Standard = 1.0)

-GT: Speichern Sie GRAPPA-Vorlagenbilder

-ip: Befehlszeilenargumente für zusätzliche Verarbeitung der endgültigen Bilder (Standard = keine)

-j: Anzahl gleichzeitiger Jobs (Threads) in Reco (Standard = 24)

-kg1d: Kernelfunktion für 1D-K-Raum-Gridding (Optionen=Gauss NoFilter Triangle Hann
Hamming CosSq Blackman BlackmanNuttall Exp, Standard = Gauss (0.36169))

-kg2d: Kernelfunktion für 2D-K-Raum-Gridding (Optionen=Gauss NoFilter Triangle Hann
Hamming CosSq Blackman BlackmanNuttall Exp, Standard = Gauss (0.36169))

-kh: Schlüssellochrekonstruktion, zB für PROPELLER

-ks: K-Raum-Daten speichern

-kw1d: Kernelbreite für 1D-K-Raum-Gridding [Pixel] (Standard = 4.24264 Pixel)

-kw2d: Kernelbreite für 2D-K-Raum-Gridding [Pixel] (Standard = 3.0 Pixel)

-mf: Maximale Anzahl von Frequenzen für die Mehrfrequenzrekonstruktion (Standard=256)

-Mn: Verwenden Sie bei der Sliding-Window-Projektion mit maximaler Intensität jeweils diese Anzahl von Nachbarn
Richtung (Standard=4)

-Herr: Maximale Rekursion der Rekonstruktion beim Warten auf Blackboard-Daten, Null bedeutet nein
Rekursion (Standard=100)

-o: Präfix der Ausgabedateien (Standard=./image)

-pc: Kombinieren Sie die Phase von Kanälen mithilfe einer Phasenkorrektur

-Sport: Exponent für die Größengewichtung bei der Berechnung der kombinierten Phase aller Kanäle
(Standard=0.0)

-pf: Dateiname des FIFO (Named Pipe), aus dem die Rohdaten abgerufen werden sollen

-Pop: Rezept für die Nachbearbeitung des 3D-Volumens nach der Kanalkombination (Standard=null)

-prp: Rezept für die Nachbearbeitung des 3D-Volumens vor der Kanalkombination (Standard = null)

-Fr: Kombinieren und speichern Sie den Phasenzeitverlauf aller Kanäle

-pz: Fehlende Rohdaten (der unterbrochenen Messung) mit Nullen auffüllen

-qs: Qualitätskontrolle: Auf Datenspitzen prüfen

-rd: Signaldaten und ihr Protokoll in Dateien mit diesem Präfix speichern, nicht rekonstruieren
Bildern

-R F: Reco-Rezept (Pipeline-Layout) aus dieser Datei lesen

-rp: Reco-Rezept (Pipeline-Layout)

-s: Wählen Sie bestimmte Dimensionsbereiche aus (durch Leerzeichen getrennte Liste von „dim=selection“, z. B
Scheibe=3)

-SC: Speichern Sie Bilder von Kanälen separat, anstatt sie zu kombinieren

-sp: Phase zusätzlich zur Größe speichern

-sw: Schiebefenster-Rekonstruktion, zB für Spiral/PROPELLER

-t1f: Verwenden Sie diesen Typ der T1-Anpassung. Er kann entweder „einfach“ oder „magnitude“ sein (Standard = einfach).

-t1l: Pegel relativ zum Mittelwert des ersten Echos zum Festlegen der Maske der T1-Anpassung (Standard = 0.50)

-t1m: Obergrenze für T1-Fit [ms] (Standard=3000.0 ms)

Zu: Timeout für Reco in Sekunden, 0=unendlich (Standard=0)

-Art: Bilddarstellungstyp (Optionen=automatisch float double s32bit u32bit s16bit
u16bit s8bit u8bit , Standard=automatisch)

-wDialekt: Daten im angegebenen Dialekt des Formats schreiben. (Standard ist kein Dialekt)

-wp: Speichern Sie das Protokoll separat in dieser Datei.

-zp: Mindestgröße des endgültigen Bildes in Phasenrichtung, erhaltene Nullfüllung (Standard = 0)

-zr: Mindestgröße des endgültigen Bildes in Leserichtung, erhaltene Nullfüllung (Standard = 0)

-zs: Mindestgröße des endgültigen Bildes in Schichtrichtung, erhaltene Nullfüllung (Standard = 0)

-v oder zum Debuggen/Tracing aller Komponenten oder einer einzelnen
Komponente bzw. Mögliche Werte für Loglevel sind: 0(noLog), 1(errorLog),
2 (Warnprotokoll), 3 (Infoprotokoll).

-h, --help, -Hilfe, --Version : Hilfetext oder Versionsinformationen drucken

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