Dies ist der Befehlsstreich, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
Streich – Berechnet probabilistische Mehrfachsequenzausrichtungen
ZUSAMMENFASSUNG
Streich sequence_file
Streich [optionale Parameter] -d=sequence_file [optionale Parameter]
BESCHREIBUNG
Das Probabilistic Alignment Kit (PRANK) ist ein probabilistisches Mehrfachausrichtungsprogramm für
DNA-, Codon- und Aminosäuresequenzen. Es basiert auf einem neuartigen Algorithmus, der behandelt
führt Einfügungen korrekt durch und vermeidet eine Überschätzung der Anzahl von Löschereignissen.
Darüber hinaus entlehnt PRANK Ideen von Maximum-Likelihood-Methoden, die in der Phylogenetik verwendet werden
berücksichtigt korrekt die evolutionären Abstände zwischen Sequenzen. Zum Schluss noch ein Streich
ermöglicht die Definition einer möglichen Struktur für auszurichtende Sequenzen und dann
Sagt gleichzeitig mit der Ausrichtung die Positionen von Struktureinheiten in der voraus
Sequenzen.
OPTIONAL
INPUT-OUTPUT PARAMETER
-d=sequence_file
Die Eingabesequenzdatei im FASTA-Format.
-t=Baumdatei
Die zu verwendende Baumdatei. Wenn nicht festgelegt, wird ein angenäherter NJ-Baum generiert.
-o=Ausgabedatei
Legen Sie den Namen der Ausgabedatei fest. Wenn nicht eingestellt, Ausgabedatei eingestellt ist Möglichkeiten für das Ausgangssignal:.
-f=Ausgabeformat
Legen Sie das Ausgabeformat fest. Ausgabeformat kann einer von sein Fasta (Standard), Phylipi,
Phylips, paml oder Verknüpfung.
-m=model_file
Die zu verwendende Modelldatei. Wenn nicht eingestellt, model_file eingestellt ist HKY2/WAG.
-Unterstützung
Berechnen Sie die hintere Unterstützung.
-showxml
XML-Ausrichtungsdatei ausgeben.
-showtree
Leitfaden zur Ausgabeausrichtung.
-showanc
Ahnensequenzen ausgeben.
-zeige alles
Geben Sie diese alle aus.
-noanker
Verwenden Sie keine Exonerate-Verankerung. (Exonerate muss separat installiert werden.)
-nomafft
Verwenden Sie MAFFT nicht als Führungsbaum. (MAFFT muss separat installiert werden.)
-njtree Schätzen Sie den Baum anhand einer Eingabeausrichtung (und richten Sie ihn neu aus).
-Kurznamen
Namen beim ersten Leerzeichen abschneiden.
-ruhig Leistung reduzieren.
AUSRICHTUNG MERGE
-d1=Ausrichtungsdatei
Die erste Eingabeausrichtungsdatei im FASTA-Format.
-d2=Ausrichtungsdatei
Die zweite Eingabeausrichtungsdatei im FASTA-Format.
-t1=Baumdatei
Die Baumdatei für die erste Ausrichtung. Wenn nicht festgelegt, handelt es sich um einen angenäherten NJ-Baum
generiert.
-t2=Baumdatei
Die Baumdatei für die zweite Ausrichtung. Wenn nicht festgelegt, handelt es sich um einen angenäherten NJ-Baum
generiert.
MODELL PARAMETER
-F, +F Erzwingen Sie, dass Einfügungen immer übersprungen werden.
-gaprate=#
Stellen Sie die Lückenöffnungsrate ein. Die Standardeinstellung ist 0.025 für DNA und 0.005 für Proteine.
-gapext=#
Legen Sie die Wahrscheinlichkeit der Lückenerweiterung fest. Der Standardwert ist 0.75 für DNA und 0.5 für
Proteine.
-Codon Verwenden Sie das empirische Codon-Modell zur Kodierung der DNA.
-DNA, -Protein
Verwenden Sie jeweils ein DNA- bzw. Proteinmodell. Deaktiviert die automatische Modellerkennung.
-termgap
Endlücken werden normalerweise bestraft.
-nomissing
Keine fehlenden Daten. Verwenden -F für Anschlusslücken.
-halten Entfernen Sie keine Lücken aus vorab ausgerichteten Sequenzen.
anderes PARAMETER
-iterate=#
Runden der Neuausrichtungsiteration; Standardmäßig wird fünfmal iteriert und das Beste beibehalten
Ergebnis.
-wenn Nur einmal ausführen. Identisch mit -iterate=1.
-prunetree
Leitbaumzweige ohne Sequenzdaten beschneiden.
-prunedata
Beschneiden Sie Sequenzdaten ohne Leitbaumblätter.
-uselogs
Langsamer, sollte aber für eine größere Anzahl von Sequenzen funktionieren.
-Übersetzen
Übersetzen Sie Eingabedaten in Proteinsequenzen.
-mttranslate
Übersetzen Sie Eingabedaten mithilfe der MT-Tabelle in Proteinsequenzen.
-Konvertieren
Nicht ausrichten, sondern einfach in ein anderes Format konvertieren.
-dna=dna_sequence_file
DNA-Sequenzdatei zur Rückübersetzung der Proteinausrichtung.
-Hilfe Zeigt eine erweiterte Hilfeseite mit weiteren Optionen an.
-Ausführung
Version anzeigen und nach Updates suchen.
AUTOREN
Streich wurde von Ari Loytynoja geschrieben.
Diese Handbuchseite wurde ursprünglich von Manuel Prinz geschrieben[E-Mail geschützt] > für das Debian
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