Dies ist der Befehl run_gubbins, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
run_gubbins – phylogenetische Analyse von Genomsequenzen
ZUSAMMENFASSUNG
run_gubbins [-h] [--outgroup OUTGROUP] [--starting_tree STARTING_TREE] [--use_time_stamp]
[--verbose] [--no_cleanup] [--tree_builder TREE_BUILDER] [--iterations ITERATIONEN]
[--min_snps MIN_SNPS] [--filter_percentage FILTER_PERCENTAGE] [--prefix PREFIX] [--threads
THREADS] [--converge_method CONVERGE_METHOD] [--version] [--min_window_size
MIN_WINDOW_SIZE] [--max_window_size MAX_WINDOW_SIZE] Ausrichtungsdateiname
BESCHREIBUNG
Gubbins unterstützt die schnelle phylogenetische Analyse großer Proben rekombinanter Bakterien
ganze Genomsequenzen.
Gubbins (Genealogies Unbiased By recomBinations In Nucleotide Sequences) ist ein Algorithmus
das iterativ Loci identifiziert, die eine erhöhte Dichte an Basensubstitutionen enthalten, während
Gleichzeitig wird eine Phylogenie erstellt, die auf den mutmaßlichen Punktmutationen außerhalb von basiert
diese Regionen. Simulationen zeigen, dass der Algorithmus äußerst präzise generiert
Rekonstruktionen unter realistischen Modellen der kurzfristigen Bakterienentwicklung und können durchgeführt werden
in nur wenigen Stunden die Angleichung von Hunderten von bakteriellen Genomsequenzen.
OPTIONAL
positionell Argumente:
Ausrichtung_Dateiname
Multifasta-Ausrichtungsdatei
optional Argumente:
-h, --help
Diese Hilfemeldung anzeigen und beenden
--outgroup AUSGRUPPE, -o AUSGRUPPE
Outgroup-Name zum erneuten Rooten. Wenn dies der Fall ist, kann eine Liste mit durch Kommas getrennten Namen verwendet werden
eine Klade bilden
--starting_tree STARTING_TREE, -s STARTING_TREE
Startbaum
--use_time_stamp, -u
Verwenden Sie einen Zeitstempel in Dateinamen
- ausführlich, -v
Debugging aktivieren
--no_cleanup, -n
Bereinigen Sie keine Zwischendateien
--tree_builder TREE_BUILDER, -t TREE_BUILDER
Anwendung zur Baumerstellung [raxml|fasttree|hybrid], Standard RAxML
--iterationen ITERATIONEN, -i ITERATIONEN
Maximale Anzahl von Iterationen, Standard ist 5
--min_snps MIN_SNPS, -m MIN_SNPS
Min. SNPs zur Identifizierung eines Rekombinationsblocks, Standardwert ist 3
--filter_percentage FILTER_PERCENTAGE, -f FILTER_PERCENTAGE
Filtern Sie Taxa mit mehr als diesem Prozentsatz an Lücken heraus. Der Standardwert ist 25
prefix PRÄFIX, -p PRÄFIX
Fügen Sie den endgültigen Ausgabedateinamen ein Präfix hinzu
--fäden GEWINDE, -c GEWINDE
Anzahl der Threads, die mit RAXML ausgeführt werden sollen, jedoch nur, wenn eine PTHREADS-Version verfügbar ist
--converge_method CONVERGE_METHOD, -z CONVERGE_METHOD
Kriterien, die verwendet werden müssen, um zu wissen, wann Iterationen angehalten werden müssen [wiegen
ted_robinson_foulds|robinson_foulds|rekombination]
--Version
Versionsnummer des Programms anzeigen und beenden
--min_window_size MIN_WINDOW_SIZE, -a MIN_WINDOW_SIZE
Mindestfenstergröße, Standard 100
--max_window_size MAX_WINDOW_SIZE, -b MAX_WINDOW_SIZE
Maximale Fenstergröße, Standard 10000
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