Dies ist der Befehl sam-stats, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
sam-stats – ea-utils: Erstellen ausgewerteter Statistiken
ZUSAMMENFASSUNG
Sam-Statistiken [Optionen] [file1] [file2...Datei]
BESCHREIBUNG
Version: 1.38.681
Erstellt viele leicht verständliche Statistiken für die aufgelisteten Dateien
Optionen (Standard in Klammern):
-D Behalten Sie den Überblick über mehrere Ausrichtungen -O PREFIX Aktivierung des Ausgabepräfixes
erweiterte Ausgabe (siehe unten) -R FIL-Abdeckung/RNA-Ausgabe (Abdeckung, 3'-Bias usw.)
impliziert -A) -A Melden Sie alle Chr-Signs, auch wenn es mehr als 1000 sind -b INT
Anzahl der Lesevorgänge zur Stichprobe für Statistiken pro Basis (1 Mio.) -S INT Größe der ASCII-Signatur
(30) -x FIL Dateierweiterung für die Verarbeitung mehrerer Dateien (Statistiken) -M Nur
überschreiben, falls neuer (erfordert -xoder mehrere Dateien) -B Die Eingabe ist Bam, nicht wahr
Mach dir nicht die Mühe, Magie anzuschauen -z Scheitern Sie nicht, wenn in sam keine Einträge vorhanden sind
AUSGABE:
Wenn eine Datei angegeben ist, erfolgt die Ausgabe standardmäßig. Wenn mehrere Dateien vorhanden sind
angegeben, oder wenn die -x Option bereitgestellt wird, ist die Ausgabedatei . . Standard
Die Erweiterung ist „stats“.
Komplette Statistiken:
: Mittelwert, Maximum, Standardabweichung, Median, Q1 (25. Perzentil), Q3
liest: # der Einträge in der SAM-Datei, möglicherweise nicht # liest
phred: Verwendete phred-Skala
bsize: # Lesevorgänge werden für Qual-Statistiken verwendet
zugeordnete Lesevorgänge
: Anzahl der ausgerichteten Lesevorgänge (eindeutige Sonden-ID-Sequenzen)
kartierte Stützpunkte
: Gesamtlänge der ausgerichteten Lesevorgänge
: Anzahl der vorwärtsgerichteten Lesevorgänge
rückgängig machen
: Anzahl der umgekehrt ausgerichteten Lesevorgänge
SNP-Rate
: Nicht übereinstimmende Basen / Gesamtbasen (SNV-Rate)
Ins-Rate
: Basen einfügen / Basen insgesamt
Del-Rate
: gelöschte Basen / Gesamtbasen
PCT-Nichtübereinstimmung
: Prozentsatz der Lesevorgänge, die Nichtübereinstimmungen aufweisen
pct ausrichten
: Prozentsatz der ausgerichteten Lesevorgänge
len
: Längenstatistiken lesen, bei fester Länge ignoriert
Mapq
: Statistiken für Mapping-Qualitäten
einfügen
: Statistiken für Einlagengrößen
% : Prozentsatz der zugeordneten Basen pro Chr, gefolgt von einer Signatur
Unterabgetastet Statistik (1 Mio liest max):
Basisqual : Statistiken für Basisqualitäten %A,%T,%C,%G : Basisprozentsätze
Bedeutung of die pro Chromosom Unterschrift:
Ein ASCII-Histogramm der kartierten Lesevorgänge nach Chromosomenposition. Es wird nur ausgegeben, wenn die
Original SAM/BAM hat einen Header. Die Werte sind der Log2 der Anzahl der zugeordneten Lesevorgänge
jede Position + ASCII '0'.
Verlängert Möglichkeiten für das Ausgangssignal: Modus produziert a kompensieren of Dateien:
.stats: primäre Ausgabe
.fastx: Fastx-Toolkit-kompatible Ausgabe
.rcov: Anzahl und Abdeckung pro Referenz
.xdist: Nicht übereinstimmende Verteilung
.ldist: Längenverteilung (falls zutreffend)
.mqdist
: Qualitätsverteilung abbilden
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