Dies ist der Befehl Velvetg, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider über eine unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
Velvetg - de Bruijn Graphkonstruktion, Fehlerbeseitigung und Wiederholungsauflösung
BESCHREIBUNG
Verwendung: ./velvetg-Verzeichnis [Optionen]
Verzeichnis
: Name des Arbeitsverzeichnisses
Standard Optionen:
-cov_cutoff
: Entfernen von Knoten mit geringer Abdeckung NACH dem Tourbus oder lassen Sie das System darauf schließen
(Standard: keine Entfernung)
-ins_länge
: erwarteter Abstand zwischen zwei gepaarten Endlesevorgängen (Standard: keine Lesepaarung)
-read_trkg
: Tracking von Short-Read-Positionen in der Baugruppe (Standard: kein Tracking)
-min_contig_lgth
: minimale Contig-Länge, die in die Datei contigs.fa exportiert wird (Standard: Hash-Länge * 2)
-amos_datei
: Baugruppe in AMOS-Datei exportieren (Standard: kein Export)
-exp_cov
: erwartete Abdeckung eindeutiger Regionen oder Rückschluss durch das System
(Standard: keine Long- oder Paired-End-Leseauflösung)
-long_cov_cutoff : Entfernung von Knoten mit geringer Long-Read-Abdeckung NACH der Tour
Bus
(Standard: keine Entfernung)
Erweitert Optionen:
-ins_länge*
: erwarteter Abstand zwischen zwei Paired-End-Reads im jeweiligen Short-Read
Datensatz (Standard: keine Lesepaarung)
-ins_länge_lang
: erwarteter Abstand zwischen zwei langen Paired-End-Reads (Standard: kein Read-Pairing)
-ins_länge*_sd
: geschätzte Standardabweichung des jeweiligen Datensatzes (Standard: 10 % des entsprechenden
Länge)
[ersetzen Sie '*' durch nichts, '2' oder '_long' nach Bedarf]
-Gerüst
: Gerüst der verwendeten Contigs gepaarte Endinformationen (Standard: ein)
-max_branch_length
: maximale Länge im Basispaar der Blase (Standard: 100)
-max_divergenz : maximale Divergenzrate zwischen zwei Zweigen in einer Blase
(Standard: 0.2)
-max_gap_count
: maximal zulässige Lücken in der Ausrichtung der beiden Zweige einer Blase
(Standard: 3)
-min_pair_count
: Mindestanzahl paarweiser Endverbindungen, um das Gerüst von zwei langen . zu rechtfertigen
Contigs (Standard: 5)
-max_abdeckung
: Entfernung von Knoten mit hoher Abdeckung NACH dem Tourbus (Standard: keine Entfernung)
-coverage_mask
: Mindestabdeckung erforderlich für sichere Regionen von Contigs (Standard: 1)
-long_mult_cutoff
: Mindestanzahl von langen Lesevorgängen, die zum Zusammenführen von Contigs erforderlich sind (Standard: 2)
-unused_reads
: Nicht verwendete Lesevorgänge in die Datei UnusedReads.fa exportieren (Standard: nein)
-Ausrichtungen
: Exportiert eine Zusammenfassung des Contig-Alignments in die Referenzsequenzen (Standard: nein)
-exportGefiltert
: Exportiert die langen Knoten, die von den Coverage-Filtern eliminiert wurden (Standard: nein)
-reinigen
: Entfernen Sie alle Zwischendateien, die für die Neuberechnung unbrauchbar sind (Standard:
Nein)
-sehr sauber
: alle Zwischendateien entfernen (keine Neuberechnung möglich) (Standard: nein)
-paired_exp_fraction
: Entfernen Sie alle gepaarten Endverbindungen, die weniger als den angegebenen Bruchteil von
die erwartete Anzahl (Standard: 0.1)
-shortMatePaired*
: bei Mate-Pair-Bibliotheken angeben, dass die Bibliothek möglicherweise mit kontaminiert ist
Paired-End-Lesevorgänge (Standard: Nein)
-conserveLong
: Sequenzen mit langen Lesevorgängen beibehalten (Standard nein)
Ausgang:
Verzeichnis/contigs.fa
: Fasta-Datei mit Contigs, die länger als die doppelte Hash-Länge sind
Verzeichnis/stats.txt
: Statistikdatei (mit Tabulatorabstand) nützlich, um einen geeigneten Abdeckungsgrenzwert zu bestimmen
Verzeichnis/LastGraph
: speziell formatierte Datei mit allen Informationen zur endgültigen Grafik
Verzeichnis/velvet_asm.afg
: (falls angefordert) AMOS-kompatible Assembly-Datei
Verwenden Sie Velvetg online mit den onworks.net-Diensten
