Dies ist der Befehl wb_command, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
wb_command – Befehlszeilenprogramm zur Ausführung verschiedener algorithmischer Aufgaben mit
Volumen-, Oberflächen- und Grauwertdaten
ZUSAMMENFASSUNG
BESCHREIBUNG
-zur-Spezifikationsdatei hinzufügen EINE DATEI ZU EINER SPEZIFIKATIONSDATEI HINZUFÜGEN
wb_command -zur-Spezifikationsdatei hinzufügen
- die Spezifikationsdatei, die hinzugefügt werden soll - die Struktur der
Datendatei - der Pfad zur Datei
Die resultierende Spezifikationsdatei überschreibt die vorhandene Spezifikationsdatei.
Wenn die spez
Die Datei existiert nicht, sie wird mit Standardmetadaten erstellt.
Die Struktur
Das Argument muss eines der folgenden sein:
CORTEX_LEFT CORTEX_RIGHT CEREBELLUM ACCUMBENS_LEFT ACCUMBENS_RIGHT ALL_GREY_MATTER
ALL_WHITE_MATTER AMYGDALA_LEFT AMYGDALA_RIGHT BRAIN_STEM CAUDATE_LEFT CAUDATE_RIGHT
CEREBELLAR_WHITE_MATTER_LEFT CEREBELLAR_WHITE_MATTER_RIGHT CEREBELLUM_LEFT
CEREBELLUM_RIGHT CEREBRAL_WHITE_MATTER_LEFT CEREBRAL_WHITE_MATTER_RIGHT CORTEX
DIENCEPHALON_VENTRAL_LEFT DIENCEPHALON_VENTRAL_RIGHT HIPPOCAMPUS_LEFT
HIPPOCAMPUS_RIGHT UNGÜLTIG OTHER OTHER_GREY_MATTER OTHER_WHITE_MATTER PALLIDUM_LEFT
PALLIDUM_RIGHT PUTAMEN_LEFT PUTAMEN_RIGHT THALAMUS_LEFT THALAMUS_RIGHT
-backend-average-dense-roi CONNECTOME DB BACKEND-BEFEHL FÜR CIFTI AVERAGE DENSE ROI
wb_command -backend-average-dense-roi
- Durch Kommas getrennte Liste der zu mittelnden Cifti-Indizes - Datei
um die durchschnittliche Zeile zu schreiben
Dieser Befehl ist wahrscheinlich nicht der, nach dem Sie suchen. Versuchen Sie es
-cifti-durchschnittlich-dichte-roi. Es wird die Liste der Cifti-Dateien zur Mittelung herangezogen
Standardeingabe und schreibt die Ausgabe als Little Endian, 32-Bit-Ganzzahl mit Zeilengröße
gefolgt von der Zeile als 32-Bit-Floats.
-backend-average-roi-correlation CONNECTOME DB BACKEND-BEFEHL FÜR CIFTI DURCHSCHNITTLICHEN ROI
KORRELATION
wb_command -backend-average-roi-correlation
- Durch Kommas getrennte Liste der zu mittelnden Cifti-Indizes und dann
Korrelat
- Datei, in die die durchschnittliche Zeile geschrieben werden soll
Dieser Befehl ist wahrscheinlich nicht der, nach dem Sie suchen. Versuchen Sie es
-cifti-durchschnittliche-ROI-Korrelation. Es wird die Liste der Cifti-Dateien zur Mittelung herangezogen
Standardeingabe und schreibt die Ausgabe als Little Endian, 32-Bit-Ganzzahl mit Zeilengröße
gefolgt von der Zeile als 32-Bit-Floats.
-border-export-color-table SCHREIBEN SIE RANDNAMEN UND -FARBEN ALS TEXT
wb_command -border-export-color-table
- die Eingaberahmendatei - Ausgabe – die Ausgabetextdatei
[-class-colors] – Klassenfarben anstelle der Namensfarben verwenden
Übernimmt die Namen und Farben jedes Rahmens und schreibt sie in das gleiche Format wie
-metric-label-import erwartet. Standardmäßig werden die Ränder nach dem Randnamen gefärbt.
angeben -Klassenfarben um sie stattdessen nach Klasse einzufärben. Die Schlüsselwerte beginnen bei 1
und befolgen Sie die Reihenfolge der Ränder in der Datei.
-border-file-export-to-caret5 GRENZDATEI IN DAS CARET5-DATEIFORMAT EXPORTIEREN
wb_command -border-file-export-to-caret5
- Workbench-Randdatei - Präfix für den Namen von
Ausgabe Caret5
border/borderproj/bordercolor-Dateien
[-surface] – wiederholbar – Geben Sie eine Eingabeoberfläche an
- eine Oberflächendatei zum Aufheben der Projektion von Grenzen
Eine Workbench-Rahmendatei kann Rahmen für mehrere Strukturen und Rahmen enthalten
die sowohl projiziert als auch unprojiziert sind. Es enthält auch eine Farbtabelle für
Grenzen.
Caret5 verfügt sowohl über Randdateien (nicht projiziert) als auch über Randprojektionsdateien (projiziert). In
Darüber hinaus enthält jede Caret5-Rand- oder Randprojektionsdatei normalerweise Daten für
eine einzige Struktur. Caret5 verwendet außerdem eine Rahmenfarbdatei, die Farben zuordnet
mit den Namen der Grenzen.
Dieser Befehl versucht, sowohl Caret5-Rand- als auch Randprojektionsdateien auszugeben.
Jede ausgegebene Rand-/Grenzprojektionsdatei enthält Daten für eine Struktur
Möglicherweise werden viele Dateien erstellt. Der Strukturname ist im Namen von enthalten
jede Rand- oder Randprojektionsdatei, die erstellt wird.
Mit diesem Befehl wird auch eine Caret5-Rahmenfarbdatei erstellt.
Die Bereitstellung von Oberflächen als Eingabeparameter ist optional, wird jedoch empfohlen. Oberflächen
kann erforderlich sein, um sowohl projizierte als auch nicht projizierte Koordinaten von Grenzen zu erstellen.
Wenn es aufgrund von a. zu einem Fehler bei der Erstellung eines Ausgaberands oder einer Randprojektion kommt
Fehlt eine Oberfläche mit der passenden Struktur, wird eine Fehlermeldung angezeigt und
Einige Ausgabedateien werden nicht erstellt.
Beim Schreiben neuer Dateien überschreibt dieser Befehl eine Datei mit demselben Namen.
-Grenzverschmelzung RANDDATEIEN ZU EINER NEUEN DATEI ZUSAMMENFÜHREN
wb_command -Grenzverschmelzung
- Ausgabe – die Ausgaberahmendatei
[-border] – wiederholbar – geben Sie eine Eingaberahmendatei an
- eine Rahmendatei, aus der Ränder verwendet werden können
[-select] – wiederholbar – Wählen Sie einen einzelnen Rahmen zur Verwendung aus
- die Grenznummer oder der Name
[-up-to] – Verwenden Sie einen umfassenden Bereich von Grenzen
- die Nummer oder der Name der letzten einzuschließenden Spalte
[-reverse] – Verwenden Sie den Bereich in umgekehrter Reihenfolge
Nimmt eine oder mehrere Rahmendateien und erstellt aus den Rändern eine neue Rahmendatei
Them.
Beispiel: wb_command -Grenzverschmelzung außerhalb der Grenze -Rand erste.Grenze -auswählen 1 -Rand
zweite.Grenze
Dieses Beispiel würde den ersten Rahmen von first.border übernehmen, gefolgt von allen Rändern
from second.border, und schreiben Sie diese nach out.border.
-border-resample Sampling einer Randdatei in ein anderes Netz um
wb_command -border-resample
– die Rahmendatei, die neu abgetastet werden soll - eine Kugeloberfläche mit
das Netz, aus dem die Metrik besteht
derzeit aktiv
- eine Kugeloberfläche, die im Einklang mit steht
und hat das gewünschte Ausgabenetz
- Ausgabe – die Ausgaberahmendatei
Ermittelt eine Neuabtastung einer Rahmendatei unter Berücksichtigung zweier sphärischer Flächen, die im Register liegen. Nur
Ränder, die die gleiche Struktur wie current-sphere haben, werden neu abgetastet.
-Grenze-zu-Rois MACHEN SIE METRISCHE ROIS AUS GRENZEN
wb_command -Grenze-zu-Rois
- die Oberfläche, auf der die Ränder gezeichnet werden - die Grenzdatei
- Ausgabe – die Ausgabemetrikdatei
[-border] – ROI für nur einen Rand erstellen
- der Name der Grenze
[-inverse] – inverse Auswahl verwenden (außerhalb des Randes)
Standardmäßig werden ROIs innerhalb aller Rahmen in der Rahmendatei als separate Metrik gezeichnet
Säulen.
-Grenze-zu-Scheitelpunkte ZEICHNEN SIE GRENZEN ALS Scheitelpunkte in einer metrischen Datei
wb_command -Grenze-zu-Scheitelpunkte
- die Oberfläche, auf der die Ränder gezeichnet werden - die Grenzdatei
- Ausgabe – die Ausgabemetrikdatei
[-border] – ROI für nur einen Rand erstellen
- der Name der Grenze
Gibt eine Metrik mit Einsen für Scheitelpunkte aus, die einer Grenze folgen, und Nullen an anderen Stellen. Von
Standardmäßig wird für jeden Rand eine separate Metrikspalte erstellt.
-cifti-all-labels-to-rois MACHEN SIE ROIS AUS ALLEN ETIKETTEN IN EINER CIFTI-ETIKETTENKARTE
wb_command -cifti-all-labels-to-rois
- die eingegebene Cifti-Label-Datei - die Nummer oder der Name der Label-Map
benutzen - Ausgabe – die Ausgabe-Cifti-Datei
Die Ausgabe-Cifti-Datei verfügt über eine Spalte für jede Beschriftung in der angegebenen Eingabezuordnung, „Sonstige“.
als das ??? Etikett, von dem jedes einen ROI aller vorhandenen Gehirnkoordinaten enthält
auf die entsprechende Beschriftung gesetzt.
-Cifti-Durchschnitt DURCHSCHNITTLICHE CIFTI-DATEIEN
wb_command -Cifti-Durchschnitt
- Ausgabe – Cifti-Datei ausgeben
[-exclude-outliers] – Ausreißer anhand der jeweiligen Standardabweichung ausschließen
Element über Dateien hinweg - Anzahl der Standardabweichungen unter dem Mittelwert
zu
das
- Anzahl der Standardabweichungen über dem Mittelwert
das
[-cifti] – wiederholbar – Geben Sie eine Eingabedatei an
- die Eingabe-Cifti-Datei
[-weight] – Geben Sie ein Gewicht für diese Datei an
- das zu verwendende Gewicht
Mittelet Cifti-Dateien zusammen.
Dateien ohne -Gewicht angegeben sind gegeben
ein Gewicht von 1.
If -Ausreißer ausschließen wird bei jedem Element angegeben, das
Die Daten aller Dateien werden als Satz genommen, ihr ungewichteter Mittelwert und der Stichprobenstandard
Abweichungen gefunden werden und Werte außerhalb der angegebenen Anzahl von Standardabweichungen liegen
werden vom (potenziell gewichteten) Durchschnitt dieses Elements ausgeschlossen.
-cifti-durchschnittlich-dichte-roi DURCHSCHNITTLICHE CIFTI-REIHEN ÜBER THEMEN NACH ROI
wb_command -cifti-durchschnittlich-dichte-roi
- Ausgabe – cifti dscalar-Datei ausgeben
[-cifti-roi] – Cifti-Datei mit kombinierten Gewichten
- die ROI-Cifti-Datei
[-in-memory] – speichert den ROI im Speicher, damit er nicht erneut gelesen werden muss
jedes Eingabe-Cifti
[-left-roi] – Gewichte zur Verwendung für die linke Hempsphere
- der linke ROI als metrische Datei
[-right-roi] – Gewichte zur Verwendung für die rechte Hempsphere
- der richtige ROI als metrische Datei
[-cerebellum-roi] – Gewichte zur Verwendung für die Oberfläche des Kleinhirns
- das Kleinhirn roi als metrische Datei
[-vol-roi] – zu verwendende Voxelgewichte
- die ROI-Volume-Datei
[-left-area-surf] – Geben Sie die linke Oberfläche für die Scheitelpunktbereichskorrektur an
- die linke Oberflächendatei
[-right-area-surf] – Geben Sie die richtige Oberfläche für die Scheitelpunktbereichskorrektur an
- die richtige Oberflächenfeile
[-cerebellum-area-surf] – Geben Sie die Kleinhirnoberfläche für den Scheitelpunktbereich an
Korrektur - die Kleinhirnoberflächenfeile
[-cifti] – wiederholbar – Geben Sie eine Eingabe-Cifti-Datei an
- eine Cifti-Datei zum Durchsuchen
Mittelt Zeilen für jede Karte der ROI(s) über alle Dateien hinweg.
ROI-Karten sind
werden als Gewichtungsfunktionen behandelt, einschließlich negativer Werte.
Für
Effizienz, stellen Sie sicher, dass alles, was nicht verwendet werden soll, auf Null steht
ROI-Karte. Wenn -cifti-roi angegeben, -links-roi, -rechts-roi, -Kleinhirn-roisowie
-vol-roi darf nicht angegeben werden. Wenn mehrere Nicht-Cifti-ROI-Dateien angegeben sind,
Sie müssen die gleiche Anzahl von Spalten haben.
-cifti-durchschnittliche-ROI-Korrelation Korrelieren Sie den ROI-Durchschnitt mit allen Zeilen und dann den Durchschnitt aller Zeilen
THEMEN
wb_command -cifti-durchschnittliche-ROI-Korrelation
- Ausgabe – Cifti-Datei ausgeben
[-cifti-roi] – Cifti-Datei mit kombinierten Gewichten
- die ROI-Cifti-Datei
[-in-memory] – speichert den ROI im Speicher, damit er nicht erneut gelesen werden muss
jedes Eingabe-Cifti
[-left-roi] – Gewichte zur Verwendung für die linke Hempsphere
- der linke ROI als metrische Datei
[-right-roi] – Gewichte zur Verwendung für die rechte Hempsphere
- der richtige ROI als metrische Datei
[-cerebellum-roi] – Gewichte zur Verwendung für die Oberfläche des Kleinhirns
- das Kleinhirn roi als metrische Datei
[-vol-roi] – zu verwendende Voxelgewichte
- die ROI-Volume-Datei
[-left-area-surf] – Geben Sie die linke Oberfläche für die Scheitelpunktbereichskorrektur an
- die linke Oberflächendatei
[-right-area-surf] – Geben Sie die richtige Oberfläche für die Scheitelpunktbereichskorrektur an
- die richtige Oberflächenfeile
[-cerebellum-area-surf] – Geben Sie die Kleinhirnoberfläche für den Scheitelpunktbereich an
Korrektur - die Kleinhirnoberflächenfeile
[-cifti] – wiederholbar – Geben Sie eine Eingabe-Cifti-Datei an
- eine Cifti-Datei zum Durchsuchen
Mittelt Zeilen für jede Karte der ROI(s) und ermittelt die Korrelation jedes ROI-Durchschnitts
auf die restlichen Zeilen in derselben Datei, dann werden die Ergebnisse über alle gemittelt
Dateien. ROIs werden immer als Gewichtungsfunktionen behandelt, auch negative Werte.
Stellen Sie aus Effizienzgründen sicher, dass alles, was nicht verwendet werden soll, auf Null gesetzt wird
die ROI-Karte. Wenn -cifti-roi angegeben, -links-roi, -rechts-roi, -Kleinhirn-roi,
und -vol-roi darf nicht angegeben werden. Wenn mehrere Nicht-Cifti-ROI-Dateien angegeben sind,
Sie müssen die gleiche Anzahl von Spalten haben.
-cifti-change-timestep ÄNDERN SIE DEN ZEITSCHRITT EINER CIFTI-DATEI
wb_command -cifti-change-timestep
– die zu ändernde Cifti-Datei
[-row-timestep] – legt den Zeitschritt entlang der Zeilen fest
- Sekunden pro Zeitschritt
[-column-timestep] – legt den Zeitschritt entlang der Spalten fest
- Sekunden pro Zeitschritt
Warnt, wenn eine angegebene Dimension keine Zeitpunkte ist, andernfalls wird der Zeitschritt geändert.
und schreibt schließlich das Ergebnis in denselben Dateinamen, wenn Dimensionen geändert wurden.
HINWEIS: Sie möchten wahrscheinlich -row-timestep, da dies mit .dtseries.nii übereinstimmt
Spezifikation. Die andere Option ist nur der Vollständigkeit halber verfügbar.
-cifti-konvertieren SPIEGELN SIE CIFTI MATRIX IN ANDERE FORMATE
wb_command -cifti-konvertieren
[-to-gifti-ext] – in die externe GIFTI-Binärdatei konvertieren
- die Eingabe-Cifti-Datei - Ausgabe – die ausgegebene Gifti-Datei
[-from-gifti-ext] – Konvertieren Sie ein mit diesem Befehl erstelltes GIFTI zurück in ein
CIFTI - die eingegebene Gifti-Datei - Ausgabe - das Ausgabe-Cifti
Datei
[-reset-timepoints] – setzt die Zuordnung entlang der Zeilen auf Zeitpunkte zurück,
Länge aus der Gifti-Datei nehmen - die gewünschte Zeit zwischen den Bildern
- der gewünschte Zeitversatz des Anfangsrahmens
[-unit] – eine andere Einheit als die Zeit verwenden
- Einheitenkennung (Standard ZWEITE)
[-reset-scalars] – Zuordnung entlang von Zeilen auf Skalare zurücksetzen, wobei die Länge berücksichtigt wird
aus der Gifti-Datei
[-replace-binary] – Daten durch eine Binärdatei ersetzen
– die Binärdatei, die Ersetzungsdaten enthält
[-flip-endian] – Byteswap der Binärdatei
[-transpose] – Transponiert die Binärdatei
[-to-nifti] – in NIFTI1 konvertieren
- die Eingabe-Cifti-Datei - Ausgabe – die Ausgabe-Nifti-Datei
[-from-nifti] – Konvertieren Sie eine mit diesem Befehl erstellte NIFTI-Datei (1 oder 2) zurück
in CIFTI - die Eingabe-Nifti-Datei - eine Cifti-Datei mit
die Dimension(en) und Zuordnung(en)
das sollte genutzt werden
- Ausgabe – die Ausgabe-Cifti-Datei
[-reset-timepoints] – setzt die Zuordnung entlang der Zeilen auf Zeitpunkte zurück,
Länge aus der Nifti-Datei entnehmen - die gewünschte Zeit zwischen den Bildern
- der gewünschte Zeitversatz des Anfangsrahmens
[-unit] – eine andere Einheit als die Zeit verwenden
- Einheitenkennung (Standard ZWEITE)
[-reset-scalars] – Zuordnung entlang von Zeilen auf Skalare zurücksetzen, wobei die Länge berücksichtigt wird
aus der Nifti-Datei
[-to-text] – in eine reine Textdatei konvertieren
- die Eingabe-Cifti-Datei - Ausgabe – die Ausgabetextdatei
[-col-delim] – Wählen Sie eine Zeichenfolge aus, die zwischen Elementen in einer Zeile eingefügt werden soll
– die zu verwendende Zeichenfolge (Standard ist ein Tabulatorzeichen)
[-from-text] – Konvertieren von Klartext in Cifti
- die Eingabetextdatei - eine Cifti-Datei mit dem
Dimension(en) und Zuordnung(en)
das sollte genutzt werden
- Ausgabe – die Ausgabe-Cifti-Datei
[-col-delim] – Geben Sie eine Zeichenfolge an, die zwischen Elementen in einer Zeile liegt
– die zu verwendende Zeichenfolge (Standard ist ein beliebiges Leerzeichen)
[-reset-timepoints] – setzt die Zuordnung entlang der Zeilen auf Zeitpunkte zurück,
Länge aus der Textdatei entnehmen - die gewünschte Zeit zwischen den Bildern
- der gewünschte Zeitversatz des Anfangsrahmens
[-unit] – eine andere Einheit als die Zeit verwenden
- Einheitenkennung (Standard ZWEITE)
[-reset-scalars] – Zuordnung entlang von Zeilen auf Skalare zurücksetzen, wobei die Länge berücksichtigt wird
aus der Textdatei
Dieser Befehl wird verwendet, um eine vollständige CIFTI-Matrix in/aus möglichen Formaten zu konvertieren
Wird von Programmen verwendet, die CIFTI nicht verstehen. Wenn Sie eine vorhandene schreiben möchten
CIFTI-Datei mit einer anderen CIFTI-Version, siehe -DateikonvertierungUnd seine
-cifti-version-convert Möglichkeit. Wenn Sie einen Teil der CIFTI-Datei als Metrik wünschen,
Etikett oder Datenträgerdatei, siehe -cifti-getrennt. Wenn Sie eine CIFTI-Datei erstellen möchten
aus metrischen und/oder Volumendateien finden Sie im -cifti-erstellen-* Befehle. Du musst
Geben Sie genau eines davon an -to-gifti-ext, -from-gifti-ext, -to-nifti, -von-nifti,
-jemandem eine SMS schickenoder -aus-Textdem „Vermischten Geschmack“. Seine -transponieren Option zu -from-gifti-ext wird benötigt, wenn die
Die Ersatz-Binärdatei ist in Spalten-Hauptreihenfolge. Der -Einheit Optionen akzeptieren diese
Werte:
ZWEITER HERTZ-METER RADIAN
-cifti-in-Skalar konvertieren ÄNDERN SIE EINE CIFTI-DIMENSION IN BENANNTE SKALARKARTEN
wb_command -cifti-in-Skalar konvertieren
- Cifti-Datei eingeben - welche Abbildung auf Skalarkarten umgestellt werden soll,
Zeile oder Spalte - Ausgabe – Cifti-Datei ausgeben
[-name-file] – Namen für die Karten angeben
- Textdatei mit Kartennamen, einer pro Zeile
Erstellt eine neue Cifti-Datei mit denselben Daten wie die Eingabe, jedoch mit einem der
Dimensionen, die so festgelegt sind, dass sie Zeichenfolgen enthalten, die jede Karte identifizieren. Die Angabe von ROW wird
Konvertieren Sie eine dtseries-Datei in eine dscalar-Datei.
-cifti-copy-mapping ERSETZEN SIE DIE ZUORDNUNG IN EINER CIFTI-DATEI
wb_command -cifti-copy-mapping
- die Cifti-Datei, aus der die Daten verwendet werden sollen - welche Richtung
An um die Zuordnung zu ersetzen - eine Cifti-Datei mit
die gewünschte Zuordnung - welche Richtung weiter zu verwenden
Mapping
von
- Ausgabe – die Ausgabe-Cifti-Datei
muss entlang der Ersetzungsrichtung die gleiche Länge haben wie
hat entlang der Schablonenrichtung. Jedes Richtungsargument muss sein
entweder ROW oder COLUMN.
-Cifti-Korrelation KORRELATION VON ZEILEN IN EINER CIFTI-DATEI ERZEUGEN
wb_command -Cifti-Korrelation
- Cifti-Datei eingeben - Ausgabe – Cifti-Datei ausgeben
[-roi-override] – Korrelation von einer Teilmenge von Zeilen zu allen Zeilen durchführen
[-left-roi] – Verwenden Sie einen ROI für die linke Hempsphere
- der linke ROI als metrische Datei
[-right-roi] – Verwenden Sie einen ROI für die rechte Hempsphere
- der richtige ROI als metrische Datei
[-cerebellum-roi] – Verwenden Sie einen Roi für das Kleinhirn
- das Kleinhirn roi als metrische Datei
[-vol-roi] – Verwenden Sie einen ROI für die Lautstärke
- die Volume-ROI-Datei
[-cifti-roi] – Verwenden Sie eine Cifti-Datei für kombinierte Rois
- die Cifti-ROI-Datei
[-weights] – Spaltengewichtungen angeben
- Textdatei mit einer Gewichtung pro Spalte
[-fisher-z] – Fisher-Small-Z-Transformation (z. B. artanh) auf Korrelation anwenden
[-no-demean] – Erstellen Sie dann anstelle einer Korrelation ein Skalarprodukt von Zeilen
durch Diagonale normalisieren
[-kovarianz] – Kovarianz anstelle von Korrelation berechnen
[-mem-limit] – Speichernutzung einschränken
- Speicherlimit in Gigabyte
Für jede Zeile (oder jede Zeile innerhalb eines Roi, wenn -roi-override angegeben ist), korrelieren
zu allen anderen Zeilen. Der -cifti-roi Unteroption zu -roi-override darf nicht angegeben werden
mit jeder anderen -*-roi-Unteroption, Sie können jedoch auch die anderen -*-roi-Unteroptionen angeben
together.
Bei Verwendung der -fisher-z Option, die Ausgabe ist KEIN Z-Score, sondern artanh(r), to
Machen Sie weitere Berechnungen zu dieser Ausgabe und erwägen Sie die Verwendung -cifti-math.
Durch die Einschränkung der Speichernutzung wird die Ausgabe in Blöcken berechnet, und wenn
Wenn die Größe der Eingabedatei mehr als 70 % des Speicherlimits beträgt, wird sie ebenfalls gelesen
Die Eingabedatei muss in Form von Zeilen eingegeben werden, was zu mehreren Durchgängen durch die Eingabe führt
Datei (einmal pro Block). Das Speicherlimit muss keine Ganzzahl sein, Sie können es auch tun
Geben Sie 0 an, um jeweils eine einzelne Ausgabezeile zu berechnen (dies kann sehr langsam sein).
-Cifti-Korrelationsgradient Korrelieren Sie die CIFTI-Reihen und nehmen Sie den Farbverlauf auf
wb_command -Cifti-Korrelationsgradient
- das Eingabe-Cifti - Ausgabe - das Ausgabe-Cifti
[-left-surface] – Geben Sie die zu verwendende linke Oberfläche an
- die linke Oberflächendatei
[-left-corrected-areas] – Scheitelpunktbereiche, die anstelle der Berechnung verwendet werden sollen
sie von der linken Oberfläche - die korrigierten Scheitelpunktflächen als Metrik
[-right-surface] – Geben Sie die richtige zu verwendende Oberfläche an
- die richtige Oberflächenfeile
[-right-corrected-areas] – Scheitelpunktbereiche, die anstelle der Berechnung verwendet werden sollen
sie von der richtigen Oberfläche - die korrigierten Scheitelpunktflächen als Metrik
[-cerebellum-surface] – Geben Sie die zu verwendende Kleinhirnoberfläche an
- die Kleinhirnoberflächenfeile
[-cerebellum-corrected-areas] – Scheitelbereiche, die stattdessen verwendet werden sollen
Berechnen sie von der Oberfläche des Kleinhirns - der korrigierte Scheitelpunkt
Flächen als Maß
[-surface-presmooth] – Glätten Sie die Oberfläche vor der Berechnung
Gradient - das Sigma für die Gaußsche Oberflächenglättung
Kernel, in mm
[-volume-presmooth] – Glätten Sie die Lautstärke, bevor Sie den Farbverlauf berechnen
- das Sigma für den Gaußschen Volumenglättungskernel,
in mm
[-undo-fisher-z] – wendet die inverse Fisher-Small-Z-Transformation auf an
Varianten des Eingangssignals:
[-fisher-z] – wendet die Fisher-Small-Z-Transformation auf die Korrelationen an
bevor Sie den Farbverlauf nehmen
[-surface-exclude] – Scheitelpunkte in der Nähe jedes Startscheitelpunkts ausschließen
Berechnung – geodätischer Abstand vom Startscheitelpunkt für den Ausschluss
Zone, in mm
[-volume-exclude] – Voxel in der Nähe jedes Seed-Voxels von der Berechnung ausschließen
– Abstand vom Seed-Voxel für die Ausschlusszone, in mm
[-kovarianz] – Kovarianz anstelle von Korrelation berechnen
[-mem-limit] – Speichernutzung einschränken
- Speicherlimit in Gigabyte
Berechnen Sie für jede Struktur die Korrelation der Zeilen in der Struktur und nehmen Sie sie
Berechnen Sie die Steigungen der resultierenden Zeilen und mitteln Sie sie dann. Speicherbegrenzung ist nicht erforderlich
Um eine Ganzzahl zu sein, können Sie auch 0 angeben, um so wenig Speicher wie möglich zu verwenden (dies
kann sehr langsam sein).
-cifti-create-dense-from-template ERSTELLEN SIE CIFTI MIT PASSENDER DICHTER KARTE
wb_command -cifti-create-dense-from-template
- Datei zum Abgleichen der Gehirnkoordinaten von - Ausgabe - die
Cifti-Datei ausgeben
[-series] – Erstellen Sie eine dtseries-Datei anstelle einer dscalar-Datei
- Inkrement zwischen Serienpunkten - Startwert der Serie
[-unit] – Einheit für Serie auswählen (Standard: SECOND)
- Gerätekennung
[-volume-all] – Geben Sie eine Eingabevolumendatei für alle Voxeldaten an
- die Eingabe-Volume-Datei
[-from-cropped] – Die Eingabe wird auf die Größe der Voxeldaten zugeschnitten
in der Vorlagendatei
[-cifti] – wiederholbar – Eingabedaten aus einer Cifti-Datei verwenden
- Cifti-Datei mit Eingabedaten
[-metric] – wiederholbar – Eingabedaten aus einer Metrikdatei verwenden
- In welche Struktur soll die Metrikdatei eingefügt werden - Eingabe
metrische Datei
[-label] – wiederholbar – Eingabedaten aus Oberflächenetikettendateien verwenden
- In welche Struktur soll die Etikettendatei eingefügt werden - Eingabeetikett
Datei
[-volume] – wiederholbar – Verwenden Sie eine Volume-Datei für ein einzelnes Volume
Strukturdaten - In welcher Struktur soll die Volume-Datei abgelegt werden
- die Eingabe-Volume-Datei
[-from-cropped] – Die Eingabe wird auf die Größe des Volumes zugeschnitten
Struktur
Mit diesem Befehl können Sie eine neue dscalar-, dtseries- oder dlabel-Cifti-Datei erstellen
entspricht dem in einer anderen Cifti-Datei verwendeten Gehirnkoordinationsraum. Die Vorlagendatei muss
den gewünschten Gehirnkoordinatenraum in der Abbildung entlang der Spaltenrichtung haben (z
dtseries, dscalar, dlabel und symmetric dconn (dies ist immer der Fall). Alle Eingaben
Cifti-Dateien müssen über eine Gehirnmodellzuordnung entlang der Spalte verfügen und dasselbe Volumen verwenden
Raum und/oder Flächenscheitelpunkte gelten als Vorlage für die darin enthaltenen Strukturen.
Wenn Eingabedateien Etikettendaten enthalten, sind dies bei Eingabedateien mit Nichtetikettendaten nicht der Fall
erlaubt, und die -Serie Die Option darf nicht verwendet werden.
Jede Struktur, die nicht durch eine Eingabe abgedeckt ist, wird mit Nullen oder unbeschrifteten Werten gefüllt
Taste halten.
Der Argument von -metrisch, -Etikett or -Volumen muss einer von denen sein
wie folgt vor:
CORTEX_LEFT CORTEX_RIGHT CEREBELLUM ACCUMBENS_LEFT ACCUMBENS_RIGHT ALL_GREY_MATTER
ALL_WHITE_MATTER AMYGDALA_LEFT AMYGDALA_RIGHT BRAIN_STEM CAUDATE_LEFT CAUDATE_RIGHT
CEREBELLAR_WHITE_MATTER_LEFT CEREBELLAR_WHITE_MATTER_RIGHT CEREBELLUM_LEFT
CEREBELLUM_RIGHT CEREBRAL_WHITE_MATTER_LEFT CEREBRAL_WHITE_MATTER_RIGHT CORTEX
DIENCEPHALON_VENTRAL_LEFT DIENCEPHALON_VENTRAL_RIGHT HIPPOCAMPUS_LEFT
HIPPOCAMPUS_RIGHT UNGÜLTIG OTHER OTHER_GREY_MATTER OTHER_WHITE_MATTER PALLIDUM_LEFT
PALLIDUM_RIGHT PUTAMEN_LEFT PUTAMEN_RIGHT THALAMUS_LEFT THALAMUS_RIGHT
Das Argument zu -Einheit muss einer der folgenden sein:
ZWEITER HERTZ-METER RADIAN
-cifti-create-dense-scalar ERSTELLEN SIE EINE CIFTI-DICHTE SKALARDATEI
wb_command -cifti-create-dense-scalar
- Ausgabe – die Ausgabe-Cifti-Datei
[-volume] – Volumenkomponente
- Volumendatei, die alle Voxeldaten für alle Volumen enthält
Strukturen
- Label-Volume-Datei mit Labels für Cifti
Strukturen
[-left-metric] – Metrik für die linke Oberfläche
- die metrische Datei
[-roi-left] – Roi der zu verwendenden Scheitelpunkte von der linken Oberfläche
- der ROI als Metrikdatei
[-right-metric] – Metrik für die linke Oberfläche
- die metrische Datei
[-roi-right] – Roi der zu verwendenden Scheitelpunkte von der rechten Oberfläche
- der ROI als Metrikdatei
[-cerebellum-metric] – Metrik für das Kleinhirn
- die metrische Datei
[-roi-cerebellum] – Roi der Scheitelpunkte, die von der rechten Oberfläche aus verwendet werden sollen
- der ROI als Metrikdatei
Alle Eingabedateien müssen die gleiche Anzahl an Spalten/Subvolumes haben.
Nur
Die angegebenen Komponenten werden im Ausgabe-Cifti enthalten sein.
Kartennamen werden sein
entnommen aus einer der Eingabedateien.
Mindestens eine Komponente muss vorhanden sein
spezifiziert.
Der Etikettendatenträger sollte einige der Etikettennamen von enthalten
In dieser Liste werden alle anderen Labelnamen ignoriert:
CORTEX_LEFT CORTEX_RIGHT CEREBELLUM ACCUMBENS_LEFT ACCUMBENS_RIGHT ALL_GREY_MATTER
ALL_WHITE_MATTER AMYGDALA_LEFT AMYGDALA_RIGHT BRAIN_STEM CAUDATE_LEFT CAUDATE_RIGHT
CEREBELLAR_WHITE_MATTER_LEFT CEREBELLAR_WHITE_MATTER_RIGHT CEREBELLUM_LEFT
CEREBELLUM_RIGHT CEREBRAL_WHITE_MATTER_LEFT CEREBRAL_WHITE_MATTER_RIGHT CORTEX
DIENCEPHALON_VENTRAL_LEFT DIENCEPHALON_VENTRAL_RIGHT HIPPOCAMPUS_LEFT
HIPPOCAMPUS_RIGHT UNGÜLTIG OTHER OTHER_GREY_MATTER OTHER_WHITE_MATTER PALLIDUM_LEFT
PALLIDUM_RIGHT PUTAMEN_LEFT PUTAMEN_RIGHT THALAMUS_LEFT THALAMUS_RIGHT
-cifti-create-dense-timeseries ERSTELLEN SIE EINE CIFTI-DICHTE ZEITREIHE
wb_command -cifti-create-dense-timeseries
- Ausgabe – die Ausgabe-Cifti-Datei
[-volume] – Volumenkomponente
- Volumendatei, die alle Voxeldaten für alle Volumen enthält
Strukturen
- Label-Volume-Datei mit Labels für Cifti
Strukturen
[-left-metric] – Metrik für die linke Oberfläche
- die metrische Datei
[-roi-left] – Roi der zu verwendenden Scheitelpunkte von der linken Oberfläche
- der ROI als Metrikdatei
[-right-metric] – Metrik für die linke Oberfläche
- die metrische Datei
[-roi-right] – Roi der zu verwendenden Scheitelpunkte von der rechten Oberfläche
- der ROI als Metrikdatei
[-cerebellum-metric] – Metrik für das Kleinhirn
- die metrische Datei
[-roi-cerebellum] – Roi der Scheitelpunkte, die von der rechten Oberfläche aus verwendet werden sollen
- der ROI als Metrikdatei
[-timestep] – Legen Sie den Zeitschritt fest
- der Zeitschritt in Sekunden (Standard 1.0)
[-timestart] – Legen Sie die Startzeit fest
– die Zeit beim ersten Frame, in Sekunden (Standard 0.0)
[-unit] – eine andere Einheit als die Zeit verwenden
- Einheitenkennung (Standard ZWEITE)
Alle Eingabedateien müssen die gleiche Anzahl an Spalten/Subvolumes haben.
Nur
Die angegebenen Komponenten werden im Ausgabe-Cifti enthalten sein.
Mindestens ein
Die Komponente muss angegeben werden.
Das Etikettenvolumen sollte etwas davon enthalten
Label-Namen aus dieser Liste entfernen, alle anderen Label-Namen werden ignoriert:
CORTEX_LEFT CORTEX_RIGHT CEREBELLUM ACCUMBENS_LEFT ACCUMBENS_RIGHT ALL_GREY_MATTER
ALL_WHITE_MATTER AMYGDALA_LEFT AMYGDALA_RIGHT BRAIN_STEM CAUDATE_LEFT CAUDATE_RIGHT
CEREBELLAR_WHITE_MATTER_LEFT CEREBELLAR_WHITE_MATTER_RIGHT CEREBELLUM_LEFT
CEREBELLUM_RIGHT CEREBRAL_WHITE_MATTER_LEFT CEREBRAL_WHITE_MATTER_RIGHT CORTEX
DIENCEPHALON_VENTRAL_LEFT DIENCEPHALON_VENTRAL_RIGHT HIPPOCAMPUS_LEFT
HIPPOCAMPUS_RIGHT UNGÜLTIG OTHER OTHER_GREY_MATTER OTHER_WHITE_MATTER PALLIDUM_LEFT
PALLIDUM_RIGHT PUTAMEN_LEFT PUTAMEN_RIGHT THALAMUS_LEFT THALAMUS_RIGHT
Der -Einheit Option akzeptiert diese Werte:
ZWEITER HERTZ-METER RADIAN
-cifti-create-label ERSTELLEN SIE EINE CIFTI-ETIKETTENDATEI
wb_command -cifti-create-label
- Ausgabe – die Ausgabe-Cifti-Datei
[-volume] – Volumenkomponente
- Volumendatei mit den Etikettendaten - Etikett
Volume-Datei mit Cifti-Strukturnamen zu
Definieren Sie die Volumenparzellen
[-left-label] – Etikettendatei für die linke Oberfläche
- die Etikettendatei
[-roi-left] – Roi der zu verwendenden Scheitelpunkte von der linken Oberfläche
- der ROI als Metrikdatei
[-right-label] – Beschriftung für die linke Oberfläche
- die Etikettendatei
[-roi-right] – Roi der zu verwendenden Scheitelpunkte von der rechten Oberfläche
- der ROI als Metrikdatei
[-cerebellum-label] – Bezeichnung für das Kleinhirn
- die Etikettendatei
[-roi-cerebellum] – Roi der Scheitelpunkte, die von der rechten Oberfläche aus verwendet werden sollen
- der ROI als Metrikdatei
Alle Eingabedateien müssen die gleiche Anzahl an Spalten/Subvolumes haben.
Nur
Die angegebenen Komponenten werden im Ausgabe-Cifti enthalten sein.
Mindestens ein
Die Komponente muss angegeben werden.
Der -Volumen Option -cifti-create-label erfordert zwei Volumenargumente, das
Das Argument label-volume enthält alle Beschriftungen, die Sie anzeigen möchten (z. B. Kerne des
Thalamus), während das Paketvolumenargument alle CIFTI-Strukturen einschließt
Daten einschließen möchten (z. B. THALAMUS_LEFT, THALAMUS_RIGHT). Wenn du nur willst
Da die Bezeichnungen in Voxeln die Strukturnamen sein sollen, können Sie für beide dieselbe Datei verwenden
Argumente. Das Paketvolumen muss einige der Etikettennamen aus dieser Liste verwenden, alle
Andere Labelnamen im Paketvolumen werden ignoriert:
CORTEX_LEFT CORTEX_RIGHT CEREBELLUM ACCUMBENS_LEFT ACCUMBENS_RIGHT ALL_GREY_MATTER
ALL_WHITE_MATTER AMYGDALA_LEFT AMYGDALA_RIGHT BRAIN_STEM CAUDATE_LEFT CAUDATE_RIGHT
CEREBELLAR_WHITE_MATTER_LEFT CEREBELLAR_WHITE_MATTER_RIGHT CEREBELLUM_LEFT
CEREBELLUM_RIGHT CEREBRAL_WHITE_MATTER_LEFT CEREBRAL_WHITE_MATTER_RIGHT CORTEX
DIENCEPHALON_VENTRAL_LEFT DIENCEPHALON_VENTRAL_RIGHT HIPPOCAMPUS_LEFT
HIPPOCAMPUS_RIGHT UNGÜLTIG OTHER OTHER_GREY_MATTER OTHER_WHITE_MATTER PALLIDUM_LEFT
PALLIDUM_RIGHT PUTAMEN_LEFT PUTAMEN_RIGHT THALAMUS_LEFT THALAMUS_RIGHT
-cifti-create-scalar-series SERIENDATEN IN CIFTI IMPORTIEREN
wb_command -cifti-create-scalar-series
- Eingabedatei - Ausgabe – Cifti-Datei ausgeben
[-transpose] – verwenden, wenn die Zeilen der Textdatei entlang des Skalars liegen
Dimension
[-name-file] – Verwenden Sie eine Textdatei, um Namen für die Skalardimension festzulegen
- Textdatei mit Namen, einer pro Zeile
[-series] – legt die Einheiten und Werte der Reihe fest
- die zu verwendende Einheit - der Wert am ersten Serienpunkt - Die
Intervall zwischen Serienpunkten
Konvertieren Sie eine Textdatei, die Serien gleicher Länge enthält, in eine Cifti-Datei. Der Text
Die Datei sollte Zeilen enthalten, die aus durch Leerzeichen getrennten Zahlen ohne zusätzliche Zeichen bestehen
Zeilenumbrüche zwischen Zeilen.
Der Das Argument muss eines der folgenden sein:
ZWEITER HERTZ-METER RADIAN
-Cifti-Kreuzkorrelation KORRELIEREN SIE EINE CIFTI-DATEI MIT EINER ANDEREN CIFTI-DATEI
wb_command -Cifti-Kreuzkorrelation
- Erste Eingabe-Cifti-Datei - zweite Eingabe-Cifti-Datei
- Ausgabe – Cifti-Datei ausgeben
[-weights] – Spaltengewichtungen angeben
- Textdatei mit einer Gewichtung pro Spalte
[-fisher-z] – Fisher-Small-Z-Transformation (z. B. artanh) auf Korrelation anwenden
[-mem-limit] – Speichernutzung einschränken
- Speicherlimit in Gigabyte
Korreliert jede Zeile in mit jeder Zeile in .
Der
Zuordnung entlang der Spalten in wird zur Zuordnung entlang der Zeilen in der Ausgabe.
Bei Verwendung der -fisher-z Option, die Ausgabe ist KEIN Z-Score, sondern artanh(r), to
Machen Sie weitere Berechnungen zu dieser Ausgabe und erwägen Sie die Verwendung -cifti-math.
Durch die Einschränkung der Speichernutzung wird die Ausgabe in Blöcken berechnet
durchlesen mehrmals.
-cifti-dilatieren Erweitern Sie eine CIFTI-Datei
wb_command -cifti-dilatieren
- die Eingabe-Cifti-Datei - welche Dimension entlang erweitert werden soll,
Zeile oder Spalte – der Abstand, der auf Oberflächen erweitert werden muss, in mm
– der im Volumen zu erweiternde Abstand in mm -
Ausgabe – die Ausgabe-Cifti-Datei
[-left-surface] – Geben Sie die zu verwendende linke Oberfläche an
- die linke Oberflächendatei
[-left-corrected-areas] – Scheitelpunktbereiche, die anstelle der Berechnung verwendet werden sollen
sie von der linken Oberfläche - die korrigierten Scheitelpunktflächen als Metrik
[-right-surface] – Geben Sie die richtige zu verwendende Oberfläche an
- die richtige Oberflächenfeile
[-right-corrected-areas] – Scheitelpunktbereiche, die anstelle der Berechnung verwendet werden sollen
sie von der richtigen Oberfläche - die korrigierten Scheitelpunktflächen als Metrik
[-cerebellum-surface] – Geben Sie die zu verwendende Kleinhirnoberfläche an
- die Kleinhirnoberflächenfeile
[-cerebellum-corrected-areas] – Scheitelbereiche, die stattdessen verwendet werden sollen
Berechnen sie von der Oberfläche des Kleinhirns - der korrigierte Scheitelpunkt
Flächen als Maß
[-bad-brainordinate-roi] – Geben Sie einen ROI der zu überschreibenden Brainordinaten an.
statt Nullen - Cifti dscalar- oder dtseries-Datei, positive Werte
bezeichnen
Gehirnkoordinaten, deren Werte ersetzt werden
[-nearest] – Beim Erweitern von Nicht-Label-Daten den nächstgelegenen Wert verwenden
[-merged-volume] – Volume-Komponenten so behandeln, als wären sie ein einziges
Komponente
Für alle Datenwerte, die als schlecht gekennzeichnet sind, wenn sie einem guten Wert benachbart sind oder innerhalb liegen
Ersetzen Sie den angegebenen Wert durch einen guten Wert im gleichen Modelltyp
mit einem abstandsgewichteten Durchschnitt benachbarter guter Werte, andernfalls legen Sie den Wert auf fest
null. Wenn -nächste angegeben ist, wird der Wert des nächstgelegenen guten Werts verwendet
innerhalb des Bereichs statt eines gewichteten Durchschnitts.
.Die Optionen -*-corrected-areas sind für die Erweiterung im Gruppendurchschnitt gedacht
Oberflächen, es handelt sich jedoch nur um eine ungefähre Korrektur für die Strukturreduzierung
in einer Gruppendurchschnittsfläche.
If -bad-brainordinate-roi angegeben ist, alle Werte, auch solche mit Wert
Null, sind gut, mit Ausnahme von Standorten mit einem positiven Wert im ROI. Wenn ja
nicht angegeben, nur Werte gleich Null sind schlecht.
-cifti-estimate-fwhm SCHÄTZEN SIE DIE FWHM-GLÄTTE EINER CIFTI-DATEI
wb_command -cifti-estimate-fwhm
- die Eingabe-Cifti-Datei
[-merged-volume] – Volume-Komponenten so behandeln, als wären sie ein einziges
Komponente
[-column] – gibt nur Schätzungen für eine Spalte aus
- die Spaltennummer
[-surface] – wiederholbar – Geben Sie eine Eingabeoberfläche an
- Für welche Struktur soll diese Oberfläche verwendet werden? - die Oberflächendatei
Schätzen Sie die Glätte der Komponenten der Cifti-Datei und drucken Sie die Schätzungen aus
zur Standardausgabe. Wenn -zusammengeführtes-Volume verwendet wird, werden alle Voxel einzeln verwendet
Komponente und nicht durch Struktur getrennt.
muss einer der folgenden sein:
CORTEX_LEFT CORTEX_RIGHT CEREBELLUM ACCUMBENS_LEFT ACCUMBENS_RIGHT ALL_GREY_MATTER
ALL_WHITE_MATTER AMYGDALA_LEFT AMYGDALA_RIGHT BRAIN_STEM CAUDATE_LEFT CAUDATE_RIGHT
CEREBELLAR_WHITE_MATTER_LEFT CEREBELLAR_WHITE_MATTER_RIGHT CEREBELLUM_LEFT
CEREBELLUM_RIGHT CEREBRAL_WHITE_MATTER_LEFT CEREBRAL_WHITE_MATTER_RIGHT CORTEX
DIENCEPHALON_VENTRAL_LEFT DIENCEPHALON_VENTRAL_RIGHT HIPPOCAMPUS_LEFT
HIPPOCAMPUS_RIGHT UNGÜLTIG OTHER OTHER_GREY_MATTER OTHER_WHITE_MATTER PALLIDUM_LEFT
PALLIDUM_RIGHT PUTAMEN_LEFT PUTAMEN_RIGHT THALAMUS_LEFT THALAMUS_RIGHT
-cifti-export-dense-mapping SCHREIBEN SIE DEN INDEX ALS TEXT ZUM ELEMENTMAPPING
wb_command -cifti-export-dense-mapping
- die Cifti-Datei - aus welcher Richtung das Mapping exportiert werden soll,
Zeile oder Spalte
[-volume-all] – Exportiert die Zuordnung aller Voxel
- Ausgabe – die Ausgabetextdatei
[-no-cifti-index] – den Cifti-Index nicht in die Ausgabedatei schreiben
[-structure] – Schreiben Sie die Struktur, zu der jedes Voxel gehört, in die Ausgabe
Datei
[-surface] – wiederholbar – exportiert die Zuordnung einer Oberflächenstruktur
- die auszugebende Struktur - Ausgabe – die Ausgabetextdatei
[-no-cifti-index] – den Cifti-Index nicht in die Ausgabedatei schreiben
[-volume] – wiederholbar – exportiert die Zuordnung einer Volume-Struktur
- die auszugebende Struktur - Ausgabe – die Ausgabetextdatei
[-no-cifti-index] – den Cifti-Index nicht in die Ausgabedatei schreiben
Dieser Befehl erzeugt Textdateien, die die Zuordnung von Cifti-Indizes zu beschreiben
Oberflächenscheitelpunkte oder Voxel. Alle Indizes sind nullbasiert. Das Standardformat für
-Oberfläche sind Zeilen der Form:
Das Standardformat für -Volumen und -Volume-alle sind Zeilen der Form:
-cifti-extrema EXTREMA IN EINER CIFTI-DATEI FINDEN
wb_command -cifti-extrema
- das Eingabe-Cifti - der Mindestabstand zwischen Extrema
von dem selben
Typ, für Flächenbauteile
- der Mindestabstand zwischen Extrema desselben
Typ, für Volumenkomponenten
- Welche Dimension entlang der Extrema gesucht werden soll, Zeile oder Spalte -
Ausgabe – das Ausgabe-Cifti
[-left-surface] – Geben Sie die zu verwendende linke Oberfläche an
- die linke Oberflächendatei
[-right-surface] – Geben Sie die richtige zu verwendende Oberfläche an
- die richtige Oberflächenfeile
[-cerebellum-surface] – Geben Sie die zu verwendende Kleinhirnoberfläche an
- die Kleinhirnoberflächenfeile
[-surface-presmooth] – Glätten Sie die Oberfläche, bevor Sie Extrema finden
- das Sigma für die Gaußsche Oberflächenglättung
Kernel, in mm
[-volume-presmooth] – Volumenkomponenten glätten, bevor Extrema gefunden werden
- das Sigma für den Gaußschen Volumenglättungskernel,
in mm
[-threshold] – kleine Extrema ignorieren
– der größte Wert, der als Minimum betrachtet werden muss - das kleinste
Wert, der als Maximum betrachtet werden muss
[-merged-volume] – Volume-Komponenten so behandeln, als wären sie ein einziges
Komponente
[-sum-maps] – gibt die Summe der Extremkarten anstelle jeder einzelnen Karte aus
getrennt
[-consolidate-mode] – Konsolidierung lokaler Minima anstelle von a verwenden
großes Viertel
[-only-maxima] – nur die Maxima finden
[-only-minima] – nur die Minima finden
Sucht räumliche Orte in einer Cifti-Datei, die mehr Extremwerte als alle anderen haben
benachbarte Orte im gleichen Bauteil (Oberflächen- oder Volumenstruktur). Die Eingabe
Die Cifti-Datei muss über eine Zuordnung des Gehirnmodells entlang der angegebenen Richtung verfügen. SPALTE
ist die Richtung, die auf dtseries und dscalar funktioniert. Für dconn, wenn es symmetrisch ist
Verwenden Sie COLUMN, andernfalls ROW.
-cifti-falsche-Korrelation VERGLEICHEN SIE DIE KORRELATION LOKAL UND ÜBER/DURCH SULCI/GYRI
wb_command -cifti-falsche-Korrelation
– die für die Korrelation zu verwendende Cifti-Datei <3D-dist> – maximale 3D-Entfernung
um jeden Scheitelpunkt zu überprüfen - maximale geodätische Entfernung, die verwendet werden soll
Nachbarn
Korrelation
- minimaler geodätischer Abstand, der für benachbarte Objekte verwendet werden soll
Korrelation
- Ausgabe – die Cifti dscalar-Ausgabedatei
[-left-surface] – Geben Sie die zu verwendende linke Oberfläche an
- die linke Oberflächendatei
[-dump-text] – speichert die verwendeten Rohkennzahlen in einer Textdatei
- die Ausgabetextdatei
[-right-surface] – Geben Sie die richtige zu verwendende Oberfläche an
- die richtige Oberflächenfeile
[-dump-text] – speichert die verwendeten Rohkennzahlen in einer Textdatei
- die Ausgabetextdatei
[-cerebellum-surface] – Geben Sie die zu verwendende Kleinhirnoberfläche an
- die Kleinhirnoberflächenfeile
[-dump-text] – speichert die verwendeten Rohkennzahlen in einer Textdatei
- die Ausgabetextdatei
Berechnen Sie für jeden Scheitelpunkt die durchschnittliche Korrelation innerhalb eines geodätischen Bereichs
Entfernungen, die keinen Sulcus/Gyrus kreuzen, und die Korrelation zum nächstgelegenen
Scheitelpunkt, der einen Sulcus/Gyrus kreuzt. Ein Vertex kreuzt einen Sulcus/Gyrus, wenn
Die 3D-Entfernung beträgt weniger als ein Drittel der geodätischen Entfernung. Die Ausgabedatei
enthält das Verhältnis zwischen diesen Korrelationen und einige zusätzliche Karten zur Hilfe
Erklären Sie das Verhältnis.
-Cifti-Find-Cluster Filtern Sie Cluster nach Fläche/Volumen
wb_command -Cifti-Find-Cluster
- das Eingabe-Cifti - Schwellenwert für Oberflächendaten
Werte – Schwellenwert für die Oberflächenclusterfläche, in mm^2
- Schwellenwert für Volumendatenwerte -
Schwellenwert für die Volumenclustergröße, in mm^3 - welche Dimension verwendet werden soll
räumliche Informationen, ROW oder
SPALTE
- Ausgabe - das Ausgabe-Cifti
[-less-than] – Werte finden, die kleiner sind als , statt
mehr
[-left-surface] – Geben Sie die zu verwendende linke Oberfläche an
- die linke Oberflächendatei
[-corrected-areas] – zu verwendende Scheitelpunktbereiche, anstatt sie zu berechnen
von der Oberfläche - die korrigierten Scheitelpunktflächen als Metrik
[-right-surface] – Geben Sie die richtige zu verwendende Oberfläche an
- die richtige Oberflächenfeile
[-corrected-areas] – zu verwendende Scheitelpunktbereiche, anstatt sie zu berechnen
von der Oberfläche - die korrigierten Scheitelpunktflächen als Metrik
[-cerebellum-surface] – Geben Sie die zu verwendende Kleinhirnoberfläche an
- die Kleinhirnoberflächenfeile
[-corrected-areas] – zu verwendende Scheitelpunktbereiche, anstatt sie zu berechnen
von der Oberfläche - die korrigierten Scheitelpunktflächen als Metrik
[-cifti-roi] – Suche nur innerhalb der interessierenden Regionen
– die Regionen, in denen gesucht werden soll, als Cifti-Datei
[-merged-volume] – Volume-Komponenten so behandeln, als wären sie ein einziges
Komponente
[-size-ratio] – Cluster ignorieren, die kleiner als ein bestimmter Bruchteil davon sind
größter Cluster in der Struktur - Bruchteil der Struktur
größtes Clustergebiet - Bruchteil des größten Clusters der Struktur
Volumen
[-distance] – ignoriert Cluster, die weiter als eine bestimmte Entfernung vom entfernt sind
größter Cluster in der Struktur - wie weit vom größten entfernt
Cluster ein Cluster kann
sein, Kante zu Kante, in mm
- wie weit ein Cluster vom größten Cluster entfernt sein kann,
Kante zu Kante, in mm
[-start] – Beginnen Sie mit der Beschriftung von Clustern ab einem anderen Wert als 1
– Der Wert, der dem ersten gefundenen Cluster zugewiesen werden soll
Gibt eine Cifti-Datei mit ganzen Zahlen ungleich Null für alle Gehirnkoordinaten innerhalb eines großen aus
genug Cluster und an anderer Stelle Nullen. Die ganzen Zahlen geben die Clustermitgliedschaft an (von
Standardmäßig verwendet der erste gefundene Cluster den Wert 1, der zweite Cluster den Wert 2 usw.). Die Eingabe
Die Cifti-Datei muss eine Gehirnmodellzuordnung für die ausgewählte Dimension und Spalten für enthalten
.dtseries und entweder für .dconn. Der ROI sollte über eine Zuordnung von Gehirnmodellen verfügen
Spalten, die genau mit der Zuordnung der gewählten Richtung in der Eingabedatei übereinstimmen.
Daten außerhalb des ROI werden ignoriert.
-Cifti-Gradient Nehmen Sie den Farbverlauf einer CIFTI-Datei
wb_command -Cifti-Gradient
- das Eingabe-Cifti - welche Dimension soll der Gradient nehmen,
Zeile oder Spalte - Ausgabe - das Ausgabe-Cifti
[-left-surface] – Geben Sie die zu verwendende linke Oberfläche an
- die linke Oberflächendatei
[-left-corrected-areas] – Scheitelpunktbereiche, die anstelle der Berechnung verwendet werden sollen
sie von der linken Oberfläche - die korrigierten Scheitelpunktflächen als Metrik
[-right-surface] – Geben Sie die richtige zu verwendende Oberfläche an
- die richtige Oberflächenfeile
[-right-corrected-areas] – Scheitelpunktbereiche, die anstelle der Berechnung verwendet werden sollen
sie von der richtigen Oberfläche - die korrigierten Scheitelpunktflächen als Metrik
[-cerebellum-surface] – Geben Sie die zu verwendende Kleinhirnoberfläche an
- die Kleinhirnoberflächenfeile
[-cerebellum-corrected-areas] – Scheitelbereiche, die stattdessen verwendet werden sollen
Berechnen sie von der Oberfläche des Kleinhirns - der korrigierte Scheitelpunkt
Flächen als Maß
[-surface-presmooth] – Glätten Sie die Oberfläche vor der Berechnung
Gradient - das Sigma für die Gaußsche Oberflächenglättung
Kernel, in mm
[-volume-presmooth] – Glätten Sie die Oberfläche, bevor Sie den Farbverlauf berechnen
- das Sigma für den Gaußschen Volumenglättungskernel,
in mm
[-average-output] – Gibt den Durchschnitt der Gradientengrößenkarten aus
anstelle jeder Verlaufskarte separat
[-vectors] – Ausgabegradientenvektoren
- Ausgabe der Vektoren als dskalare Datei
Führt eine Gradientenberechnung für jede Komponente der Cifti-Datei durch und optional
mittelt die resultierenden Steigungen. Der -Vektoren und -Durchschnittsleistung Optionen möglicherweise nicht
zusammen verwendet werden. Sie müssen für jede Oberflächenstruktur in der eine Oberfläche angeben
Cifti-Datei. Die COLUMN-Richtung sollte schneller sein und ist die Richtung, die funktioniert
auf dtseries. Für dconn möchten Sie wahrscheinlich ROW, es sei denn, Sie verwenden
-Durchschnittsleistung.
-cifti-label-adjacency ERSTELLEN SIE EINE ADJAZENZMATRIX EINER CIFTI-LABEL-DATEI
wb_command -cifti-label-adjacency
- die eingegebene Cifti-Label-Datei - Ausgabe - das Ausgabe-Cifti
pconn-Adjazenzmatrix
[-left-surface] – Geben Sie die zu verwendende linke Oberfläche an
- die linke Oberflächendatei
[-right-surface] – Geben Sie die richtige zu verwendende Oberfläche an
- die richtige Oberflächenfeile
[-cerebellum-surface] – Geben Sie die zu verwendende Kleinhirnoberfläche an
- die Kleinhirnoberflächenfeile
Finden Sie gesichtsbenachbarte Voxel und verbundene Scheitelpunkte mit unterschiedlichen Beschriftungswerten.
und zähle sie für jedes Paar. Geben Sie die resultierenden Zählungen in eine Parzelle ein
Konnektivitätsdatei, wobei die Diagonale Null ist. Dies gibt eine grobe Schätzung von
wie lang oder weitläufig die Grenze zwischen zwei Etiketten ist.
-cifti-label-export-table ETIKETTTABELLE AUS CIFTI ALS TEXT EXPORTIEREN
wb_command -cifti-label-export-table
- die eingegebene Cifti-Label-Datei - die Nummer oder der Name der Label-Map
benutzen - Ausgabe – die Ausgabetextdatei
Übernimmt die Label-Tabelle aus der Cifti-Label-Map und schreibt sie in ein Textformat
passend zu dem, was von erwartet wird -cifti-label-import.
-cifti-label-import ERSTELLEN SIE EINE CIFTI-ETIKETTDATEI AUS EINER CIFTI-DATEI
wb_command -cifti-label-import
- die Eingabe-Cifti-Datei - Textdatei mit den Werten
und Namen für Etiketten - Ausgabe – die Ausgabe-Cifti-Label-Datei
[-discard-others] – setzt alle Werte, die nicht in der Etikettenliste erwähnt werden, auf die
??? Etikett
[-unlabeled-value] – Legen Sie den Wert fest, der als unbeschriftet interpretiert wird
– der numerische Wert für unbeschriftet (Standard 0)
[-drop-unused-labels] – alle nicht verwendeten Labelwerte aus dem Label entfernen
Tabelle
Erstellt eine Cifti-Labeldatei aus einer Cifti-Datei mit labelähnlichen Werten.
Dir
kann die leere Zeichenfolge angeben ('' funktioniert unter Linux/Mac) für ,
Dies wird so behandelt, als wäre es eine leere Datei. Die Etikettenlistendatei muss über Folgendes verfügen:
Zeilen im folgenden Format:
Geben Sie den Schlüssel „unlabeled“ nicht in der Datei an, es wird davon ausgegangen, dass 0 „nein“ bedeutet
gekennzeichnet, es sei denn -unbeschrifteter-Wert angegeben. Etikettennamen müssen separat angegeben werden
Zeile, kann aber Leerzeichen oder andere ungewöhnliche Zeichen enthalten (aber keinen Zeilenumbruch).
Leerzeichen werden an beiden Enden des Etikettennamens entfernt, bleiben jedoch erhalten, wenn sie sich im befinden
Mitte eines Etiketts. Die Werte für Rot, Grün, Blau und Alpha müssen ganze Zahlen sein
0 bis 255 und gibt die Farbe an, in der das Etikett gezeichnet wird (Alpha von 255 bedeutet).
undurchsichtig, was wahrscheinlich das ist, was Sie wollen). Standardmäßig werden neue Labelnamen festgelegt
mit den Namen LABEL_# für alle gefundenen Werte, die nicht in der Liste aufgeführt sind
Datei angeben -verwerfen-andere um diese stattdessen auf die Taste „unbeschriftet“ zu setzen.
-cifti-label-to-roi Machen Sie aus einem CIFTI-Label einen ROI
wb_command -cifti-label-to-roi
- die eingegebene Cifti-Label-Datei - Ausgabe - das Ausgabe-Cifti
Skalardatei
[-name] – Label nach Namen auswählen
– der Name des Labels, von dem Sie einen ROI wünschen
[-key] – Beschriftung per Taste auswählen
- der Beschriftungsschlüssel, von dem Sie einen ROI wünschen
[-map] – Wählen Sie eine einzelne Label-Map zur Verwendung aus
- die Kartennummer oder der Name
Für jede Karte in , wird eine Karte erstellt wo alle Standorte
beschriftet mit oder mit einem Schlüssel von erhalten den Wert 1 und
Alle anderen Standorte erhalten den Wert 0. Genau einer davon -Name und -Schlüssel muss angegeben werden.
Angeben -Karte nur eine Karte von verwenden .
-cifti-math BEWERTEN SIE DEN AUSDRUCK IN CIFTI-DATEIEN
wb_command -cifti-math
– der auszuwertende Ausdruck in Anführungszeichen - Ausgabe - die
Cifti-Datei ausgeben
[-fixnan] – NaN-Ergebnisse durch einen Wert ersetzen
- Wert, durch den NaN ersetzt werden soll
[-override-mapping-check] – Überprüfen Sie die Zuordnungen nicht auf Kompatibilität.
Überprüfen Sie nur die Länge
[-var] – wiederholbar – eine Cifti-Datei zur Verwendung als Variable
– der Name der Variablen, wie er im Ausdruck verwendet wird - der Cifti
Datei, die als diese Variable verwendet werden soll
[-select] – wiederholbar – wählt einen einzelnen Index aus einer Dimension aus
- die Dimension zur Auswahl (1-basiert) - der zu verwendende Index (1-basiert)
[-repeat] – Wiederholen Sie die ausgewählten Werte für jeden Ausgabeindex in
diese Dimension
Dieser Befehl wertet aus an jedem Matrixelement unabhängig. Dort
muss mindestens eins sein -var Option (um das Ausgabelayout zu erhalten), auch wenn die
darin angegeben, wird in nicht verwendet .
Um eine einzelne Spalte aus einer 2D-Datei auszuwählen (die meisten Cifti-Dateien sind 2D), verwenden Sie -auswählen 1
, Wo ist 1-basiert. Um eine einzelne Zeile aus einer 2D-Datei auszuwählen, verwenden Sie
-auswählen 2 . Wo -auswählen Wird nicht verwendet, müssen die Cifti-Dateien kompatibel sein
Zuordnungen (z. B. Gehirnmodelle und Paketzuordnungen müssen mit Ausnahme von genau übereinstimmen
Parzellennamen). Verwenden -override-mapping-check um diese Überprüfung zu überspringen.
Dateinamen sind in nicht gültig , verwenden Sie einen Variablennamen und a -var Option mit
passend um eine Eingabedatei anzugeben. Das Format von ist als
folgt:
Ausdrücke bestehen aus Konstanten, Variablen, Operatoren, Klammern und Funktionen.
in Infix-Notation, etwa 'exp(-x + 3) * Skala'. Variablen sind beliebige Zeichenfolgen
Länge, mit den Zeichen az, AZ, 0-9 und _, darf aber nicht den Namen a annehmen
benannte Konstante. Derzeit gibt es nur eine benannte Konstante, PI. Die Betreiber
sind +, -, *, /, ^, >, <, >=, <=, ==, !=, !, &&, ||. Diese verhalten sich wie in C, außer
dass ^ eine Potenzierung ist, also pow(x, y), und höhere Priorität hat als andere
binäre Operatoren (auch „-3^-4^-5“ bedeutet „-(3^(-(4^-5)))“). Das <=, >=, == und !=
Den Betreibern wird ein kleiner Spielraum eingeräumt, der einem Millionstel entspricht
kleinerer der Absolutwerte der verglichenen Werte.
Vergleichs- und logische Operatoren geben 0 oder 1 zurück, Sie können eine Maskierung mit Ausdrücken vornehmen
wie 'x * (Maske > 0)'. Für alle logischen Operatoren gilt eine Eingabe genau dann als wahr, wenn
es ist größer als 0. Der Ausdruck „0 < x < 5“ ist syntaktisch nicht falsch, aber
Es wird NICHT das tun, was gewünscht wird, da es von links nach rechts ausgewertet wird, d. h. '((0
x) < 5)', was wie beide möglichen Ergebnisse eines Vergleichs immer 1 zurückgibt
kleiner als 5. Eine Warnung wird generiert, wenn ein Ausdruck dieses Typs erkannt wird.
Verwenden Sie etwas wie „x > 0 && x < 5“, um das gewünschte Verhalten zu erhalten.
Leerzeichen zwischen Elementen werden ignoriert, „sin( 2 * x)“ entspricht
„sin(2*x)“, aber „s in(2*x)“ ist ein Fehler. Eine implizite Multiplikation ist nicht zulässig.
Der Ausdruck „2x“ wird als Variable geparst. Klammern sind (), nicht verwenden
[] oder {}. Funktionen erfordern Klammern, der Ausdruck „sin x“ ist ein Fehler.
Folgende Funktionen werden unterstützt:
sin: 1 Argument, der Sinus des Arguments (Einheiten sind Bogenmaß) cos: 1 Argument, der
Kosinus des Arguments (Einheiten sind Bogenmaß) tan: 1 Argument, der Tangens des
Argument (Einheiten sind Bogenmaß) asin: 1 Argument, der Kehrwert des Sinus des Arguments,
im Bogenmaß Acos: 1 Argument, der Kehrwert des Kosinus des Arguments, im Bogenmaß
atan: 1 Argument, der Kehrwert des Tangens des Arguments, im Bogenmaß atan2: 2
Argumente, atan2(y, x) gibt den Kehrwert des Tangens von zurück
(y/x), im Bogenmaß, Bestimmung des Quadranten durch das Vorzeichen beider Argumente
sinh: 1 Argument, der hyperbolische Sinus des Arguments cosh: 1 Argument, der
hyperbolischer Kosinus des Arguments tanh: 1 Argument, der hyperbolische Tangens des
Argument asinh: 1 Argument, der umgekehrte hyperbolische Sinus des Arguments acosh: 1
Argument, der umgekehrte hyperbolische Kosinus des Arguments atanh: 1 Argument, das
Umkehrhyperbol-Tangens des Arguments ln: 1 Argument, der natürliche Logarithmus von
das Argument exp: 1 Argument, die Konstante e potenziert das Argument
log: 1 Argument, der Logarithmus zur Basis 10 des Arguments sqrt: 1 Argument, das Quadrat
Wurzel des Arguments abs: 1 Argument, der absolute Wert des Arguments Boden: 1
Argument, die größte ganze Zahl, die nicht größer als das Argument ist. Runde: 1 Argument, das
nächste ganze Zahl, mit abgerundeten Bindungen
Null
ceil: 1 Argument, die kleinste Ganzzahl nicht kleiner als das Argument min: 2 Argumente,
min(x, y) gibt y zurück, wenn (x > y), x sonst max: 2 Argumente, max(x, y) gibt y zurück
wenn (x < y), x sonst mod: 2 Argumente, mod(x, y) = x - y * floor(x / y), oder 0 wenn
y == 0 Klammer: 3 Argumente, Klammer(x, niedrig, hoch) = min(max(x, niedrig), hoch)
-cifti-merge FÜHREN SIE CIFTI-ZEITSERIE-, SKALAR- ODER LABEL-DATEIEN ZUSAMMEN
wb_command -cifti-merge
- Ausgabe – Cifti-Datei ausgeben
[-cifti] – wiederholbar – Geben Sie eine Eingabe-Cifti-Datei an
- eine Cifti-Datei zur Verwendung von Spalten
[-column] – wiederholbar – Wählen Sie eine einzelne Spalte zur Verwendung aus
- der Spaltenindex (beginnend bei 1)
[-up-to] – Verwenden Sie einen umfassenden Spaltenbereich
– der Index der letzten einzuschließenden Spalte
[-reverse] – Verwenden Sie den Bereich in umgekehrter Reihenfolge
Gegeben sind Eingabe-CIFTI-Dateien, die übereinstimmende Zuordnungen entlang der Spalten haben und für welche
Zuordnungen entlang von Zeilen sind alle vom gleichen Typ, entweder Reihen, Skalare oder Beschriftungen
Der Befehl verkettet die angegebenen Spalten horizontal (Zeilen werden länger).
Beispiel: wb_command -cifti-merge out.dtseries.nii -cifti first.dtseries.nii -Säule
1 -cifti second.dtseries.nii
Dieses Beispiel würde die erste Spalte von first.dtseries.nii nehmen, gefolgt von all
Spalten aus second.dtseries.nii und schreiben Sie diese Spalten nach out.dtseries.nii.
-cifti-merge-dense FÜHREN SIE CIFTI-DATEIEN ENTLANG DICHTER DIMENSIONEN ZUSAMMEN
wb_command -cifti-merge-dense
- Welche Dimension soll zusammengeführt werden, Zeile oder Spalte - Ausgabe -
die Ausgabe-Cifti-Datei
[-cifti] – wiederholbar – Geben Sie eine Eingabe-Cifti-Datei an
- eine Cifti-Datei zum Zusammenführen
Die Eingabe-Cifti-Dateien müssen entlang der Richtung übereinstimmende Zuordnungen aufweisen
angegeben, und die Zuordnung entlang der angegebenen Richtung muss Gehirnmodelle sein.
-cifti-paarweise-Korrelation PAARE ZEILEN ZWISCHEN ZWEI CIFTI-DATEIEN KORRELIEREN
wb_command -cifti-paarweise-Korrelation
- Erste Eingabe-Cifti-Datei - zweite Eingabe-Cifti-Datei
- Ausgabe – Cifti-Datei ausgeben
[-fisher-z] – Fisher-Small-Z-Transformation (z. B. artanh) auf Korrelation anwenden
Für jede Zeile in , korrelieren Sie es mit derselben Zeile in , und setzen Sie die
Ergebnis in der gleichen Reihe von , die nur eine Spalte hat.
-Cifti-Palette PALETTE FÜR EINE CIFTI-DATEI EINSTELLEN
wb_command -Cifti-Palette
- die Cifti-Eingabe - der Mapping-Modus - Ausgabe - die
Cifti-Datei ausgeben
[-column] – Wählen Sie eine einzelne Spalte für Skalarkarten aus
- die Spaltennummer oder der Spaltenname
[-pos-percent] – Prozentsatz Min./Max. für positive Datenfärbung
– das Perzentil für die am wenigsten positiven Daten - Die
Perzentil für die positivsten Daten
[-neg-percent] – Prozentsatz Min/Max für negative Datenfärbung
– das Perzentil für die am wenigsten negativen Daten - Die
Perzentil für die negativsten Daten
[-pos-user] – Min./Max.-Werte des Benutzers für positive Datenfärbung
– der Wert für die am wenigsten positiven Daten - der Wert
für die positivsten Daten
[-neg-user] – Min.-/Max.-Werte des Benutzers für die negative Datenfärbung
– der Wert für die am wenigsten negativen Daten - der Wert
für die negativsten Daten
[-interpolate] – Farben interpolieren
- boolean, ob interpoliert werden soll
[-disp-pos] – positive Daten anzeigen
- boolean, ob angezeigt werden soll
[-disp-neg] – positive Daten anzeigen
- boolean, ob angezeigt werden soll
[-disp-zero] – Zeigt Daten an, die näher an Null liegen als der Mindestgrenzwert
- boolean, ob angezeigt werden soll
[-palette-name] – legt die verwendete Palette fest
- der Name der Palette
[-thresholding] – Legen Sie den Schwellenwert fest
- Schwellenwerteinstellung - Werte innerhalb oder außerhalb der Schwellenwerte anzeigen
- Untere Schwelle - oberer Schwellenwert
HINWEIS: Die Ausgabedatei muss eine andere Datei sein als die Eingabedatei.
Bei Skalarkarten wird die Palette standardmäßig für jede Karte geändert, geben Sie an -Säule
um nur eine Karte zu ändern. Nicht angegebene Paletteneinstellungen werden aus der übernommen
erste Spalte für Skalarkarten und aus der vorhandenen Dateipalette für andere Karten
Typen. Der Das Argument muss eines der folgenden sein:
MODE_AUTO_SCALE MODE_AUTO_SCALE_ABSOLUTE_PERCENTAGE MODE_AUTO_SCALE_PERCENTAGE
MODE_USER_SCALE
Der Argument zu -Palettenname muss einer der folgenden sein:
PSYCH PSYCH-NO-NONE ROY-BIG ROY-BIG-BL Orange-Gelb Gray_Interp_Positive
Gray_Interp clear_brain videen_style fidl raich4_clrmid raich6_clrmid HSB8_clrmid
RBGYR20 RBGYR20P POS_NEG rot-gelb blau-hellblau FSL power_surf fsl_red fsl_green
fsl_blue fsl_gelb JET256
Der Argument zu -Schwellenwert muss einer der folgenden sein:
THRESHOLD_TYPE_OFF THRESHOLD_TYPE_NORMAL
Der Argument zu -Schwellenwert muss einer der folgenden sein:
THRESHOLD_TEST_SHOW_OUTSIDE THRESHOLD_TEST_SHOW_INSIDE
-cifti-parcel-mapping-to-label DLABEL AUS PARZELLIERTER DATEI ERSTELLEN
wb_command -cifti-parcel-mapping-to-label
– die parzellierte Eingabedatei - welche Dimension soll genommen werden
Parzellenkarte aus Zeile oder Spalte - eine Cifti-Datei mit den gewünschten
dichte Kartierung entlang
Überblick
- Ausgabe – die Ausgabedatei für dichte Etiketten
Dieser Befehl gibt eine dlabel-Datei aus, die für die gleiche Parzellierung nützlich ist
eine weitere dichte Datei.
Für ptseries, pscalar, plabel, pconn und pdconn verwenden Sie ROW für Wille
Arbeit.
-Cifti-Paket Versenden Sie eine CIFTI-Datei
wb_command -Cifti-Paket
- die zu parzellierende Cifti-Datei - eine zu verwendende Cifti-Label-Datei
für die Parzellierung - Welche Zuordnung soll parzelliert werden, Zeile oder Spalte
- Ausgabe – Cifti-Datei ausgeben
Jedes Etikett in der Cifti-Etikettendatei wird als Parzelle behandelt und alle Zeilen bzw
Spalten innerhalb des Pakets werden gemittelt, um die Ausgabezeile oder -spalte zu bilden.
Wenn ROW angegeben ist, muss die Eingabezuordnung entlang der Zeilen Gehirnkoordinaten sein und
Bei der Ausgabezuordnung entlang der Zeilen handelt es sich um Parzellen, was bedeutet, dass die Spalten gemittelt werden
zusammen. Verwenden Sie für dtseries oder dscalar COLUMN.
-cifti-reduzieren Reduziervorgang entlang der CIFTI-Reihen durchführen
wb_command -cifti-reduzieren
- Die zu reduzierende Cifti-Datei - der zu verwendende Reduktionsoperator
- Ausgabe – die Ausgabe-Cifti-Datei
[-exclude-outliers] – Ausreißer standardmäßig aus jeder Zeile ausschließen
Abweichung - Anzahl der Standardabweichungen unter dem Mittelwert
das
- Anzahl der Standardabweichungen über dem Mittelwert
das
Nimmt für jede Cifti-Zeile die Daten entlang einer Zeile als Vektor und führt das aus
spezifizierte Reduktion darauf und fügt das Ergebnis in die einzelne Ausgabespalte ein
Reihe. Die Reduktionsoperatoren lauten wie folgt:
MAX: der Maximalwert MIN: der Minimalwert INDEXMAX: der 1-basierte Index des
Maximalwert INDEXMIN: der 1-basierte Index des Minimalwerts SUMME: Alle Werte addieren
PRODUCT: alle Werte multiplizieren MEAN: der Mittelwert der Daten STDEV: der Standard
Abweichung (N Nenner) SAMPSTDEV: die Stichprobenstandardabweichung (N-1
Nenner) VARIANCE: die Varianz der Daten MEDIAN: der Median der Daten
MODE: der Modus der Daten COUNT_NONZERO: die Anzahl der Elemente ungleich Null in den
die Datenerfassung
-Cifti-Neuordnung Ordnen Sie die Pakete oder Skalar-/Beschriftungskarten in einer CIFTI-Datei neu an
wb_command -Cifti-Neuordnung
- Geben Sie eine parzellierte Cifti-Datei ein - welche Dimension neu angeordnet werden soll
entlang, Zeile oder Spalte - eine Textdatei mit der gewünschten Bestellung
Transformation - Ausgabe – die neu geordnete Cifti-Datei
Bei der Zuordnung entlang der angegebenen Richtung muss es sich um Pakete, Skalare oder Beschriftungen handeln. Für
pscalar oder ptseries, verwenden Sie COLUMN, um die Pakete neu anzuordnen. Verwenden Sie für dlabel ROW. Der
Die Datei muss 1-basierte Indizes enthalten, die durch Leerzeichen (Leerzeichen,
Zeilenumbrüche, Tabulatoren usw.) mit so vielen Indizes wie hat entlang der angegebenen
Abmessungen. Diese Indizes geben an, welcher aktuelle Index darin landen soll
Position, zum Beispiel, wenn die aktuelle Reihenfolge „ABC D“ ist und die gewünschte Reihenfolge lautet
B. „DAB C“, die Textdatei sollte „4 1 2 3“ enthalten.
-cifti-replace-structure DATEN IN EINER STRUKTUR IN EINER CIFTI-DATEI ERSETZEN
wb_command -cifti-replace-structure
- die zu ändernde Cifti - welche Dimension als a interpretiert werden soll
einzelne Karte, Zeile oder Spalte
[-volume-all] – Ersetzt die Daten in allen Volume-Komponenten
- die Eingangslautstärke
[-from-cropped] – Die Eingabe wird auf die Größe der Daten zugeschnitten
[-discard-unused-labels] – Wenn Sie eine dlabel-Datei bearbeiten, löschen Sie alle
nicht verwendete Etikettenschlüssel aus der Etikettentabelle
[-label] – wiederholbar – ersetzt die Daten in einer Oberflächenetikettenkomponente
- die Struktur zum Ersetzen der Daten der - Eingabeetikettendatei
[-metric] – wiederholbar – ersetzt die Daten in einer Oberflächenkomponente
- die Struktur, deren Daten ersetzt werden sollen - die Eingabemetrik
[-volume] – wiederholbar – ersetzt die Daten in einer Volume-Komponente
- die Struktur, deren Daten ersetzt werden sollen - die Eingangslautstärke
[-from-cropped] – Die Eingabe wird auf die Größe der Komponente zugeschnitten
Sie müssen mindestens eines davon angeben -metrisch, -Etikett, -Volumenoder -Volume-alle hierfür
Befehl, etwas zu tun. Die Eingabevolumina müssen mit der Ausgabe von übereinstimmen
-cifti-getrennt. Verwenden Sie für dtseries/dscalar COLUMN und geben Sie an, ob Ihre Matrix dies sein soll
vollständig symmetrisch, COLUMN ist effizienter. Das Strukturargument muss eines von sein
die folgende:
CORTEX_LEFT CORTEX_RIGHT CEREBELLUM ACCUMBENS_LEFT ACCUMBENS_RIGHT ALL_GREY_MATTER
ALL_WHITE_MATTER AMYGDALA_LEFT AMYGDALA_RIGHT BRAIN_STEM CAUDATE_LEFT CAUDATE_RIGHT
CEREBELLAR_WHITE_MATTER_LEFT CEREBELLAR_WHITE_MATTER_RIGHT CEREBELLUM_LEFT
CEREBELLUM_RIGHT CEREBRAL_WHITE_MATTER_LEFT CEREBRAL_WHITE_MATTER_RIGHT CORTEX
DIENCEPHALON_VENTRAL_LEFT DIENCEPHALON_VENTRAL_RIGHT HIPPOCAMPUS_LEFT
HIPPOCAMPUS_RIGHT UNGÜLTIG OTHER OTHER_GREY_MATTER OTHER_WHITE_MATTER PALLIDUM_LEFT
PALLIDUM_RIGHT PUTAMEN_LEFT PUTAMEN_RIGHT THALAMUS_LEFT THALAMUS_RIGHT
-cifti-resample Führen Sie ein Resampling einer CIFTI-Datei in einen neuen CIFTI-Bereich durch
wb_command -cifti-resample
– die Cifti-Datei für das Resampling - die Richtung der Eingabe
das sollte neu abgetastet werden – eine Cifti-Datei, die den Cifti-Bereich enthält
zum erneuten Abtasten - die Richtung der Vorlage, die als verwendet werden soll
Resampling-Raum
- Geben Sie eine Oberflächen-Resampling-Methode an - Geben Sie a an
Volumeninterpolationsmethode - Ausgabe – die Ausgabe-Cifti-Datei
[-surface-largest] – Verwenden Sie das größte Gewicht anstelle des gewichteten Durchschnitts, wenn
Oberflächen-Resampling durchführen
[-volume-predilate] – Erweitern Sie die Volumenkomponenten vor dem Resampling
- zu erweiternder Abstand in mm
[-surface-postdilate] – erweitert die Oberflächenkomponenten nach dem Resampling
- zu erweiternder Abstand in mm
[-affine] – Verwenden Sie eine affine Transformation für die Volumenkomponenten
– die zu verwendende affine Datei
[-flirt] – MUSS verwendet werden, wenn affine eine Flirtaffine ist
– das Quellvolumen, das beim Generieren des Affins verwendet wurde
– das Zielvolumen, das beim Generieren des Affins verwendet wird
[-warpfield] – Verwenden Sie ein Warpfeld für die Volumenkomponenten
- das zu verwendende Warpfeld
[-fnirt] – MUSS verwendet werden, wenn ein Fnirt-Warpfeld verwendet wird
- das beim Generieren verwendete Quellvolumen
Warpfeld
[-left-spheres] – spezifiziert Kugeln für das Resampling der linken Oberfläche
- eine Kugel mit dem gleichen Netz wie die aktuelle Linke
Oberfläche
- eine Kugel mit dem neuen linken Netz, das im Register ist
mit der aktuellen Sphäre
[-left-area-surfs] – Geben Sie die linken Flächen für den Scheitelpunktbereich an
Korrektur basierend auf - eine relevante linke anatomische Oberfläche mit
Strom
ineinander greifen
- eine relevante linke anatomische Oberfläche mit neuem Netz
[-left-area-metrics] – Geben Sie die Bereichsmetriken für den linken Scheitelpunkt an, um den Bereich zu erstellen
Korrektur basierend auf - eine metrische Datei mit Scheitelpunktbereichen für die
Strom
ineinander greifen
– eine metrische Datei mit Scheitelpunktbereichen für das neue Netz
[-right-spheres] – spezifiziert Kugeln für das Resampling der rechten Oberfläche
- eine Kugel mit dem gleichen Netz wie die aktuelle rechte Seite
Oberfläche
- eine Kugel mit dem neuen rechten Netz, das im Register ist
mit der aktuellen Sphäre
[-right-area-surfs] – Geben Sie die rechten Flächen für den Scheitelpunktbereich an
Korrektur basierend auf - eine relevante rechte anatomische Oberfläche mit
Strom
ineinander greifen
- eine relevante rechte anatomische Oberfläche mit neuem Netz
[-right-area-metrics] – Geben Sie die Bereichsmetriken für den rechten Scheitelpunkt an, um den Bereich zu erstellen
Korrektur basierend auf - eine metrische Datei mit Scheitelpunktbereichen für die
Strom
ineinander greifen
– eine metrische Datei mit Scheitelpunktbereichen für das neue Netz
[-cerebellum-spheres] – spezifiziert Kugeln für das Resampling der Kleinhirnoberfläche
- eine Kugel mit dem gleichen Netz wie die aktuelle
Kleinhirnoberfläche
- eine Kugel mit dem neuen Kleinhirnnetz, das drin ist
Registrieren Sie sich bei der aktuellen Sphäre
[-cerebellum-area-surfs] – Geben Sie die Kleinhirnoberflächen an, die als Scheitelpunkt ausgeführt werden sollen
Flächenkorrektur basierend auf - eine relevante anatomische Oberfläche des Kleinhirns
mit
aktuelles Netz
- eine relevante anatomische Oberfläche des Kleinhirns mit neuem Netz
[-cerebellum-area-metrics] – Geben Sie die Metriken für die Fläche des Kleinhirnscheitelpunkts an
Führen Sie eine Flächenkorrektur basierend auf durch - eine metrische Datei mit Scheitelpunktbereichen für
die jetzige
ineinander greifen
– eine metrische Datei mit Scheitelpunktbereichen für das neue Netz
Cifti-Daten in einen anderen Brainordinatenraum übertragen.
Verwenden Sie COLUMN für
die Richtung, in der dscalar, dlabel oder dtseries neu abgetastet werden soll.
Resampling beider
Für die Größe eines DCONN muss dieser Befehl zweimal ausgeführt werden, einmal mit COLUMN und
einmal mit ROW. Wenn Sie ein DCONN erneut abtasten und Ihr Computer über eine große Menge verfügt
Speicherkapazität, die Sie möglicherweise in Betracht ziehen -cifti-resample-dconn-memory um das Schreiben zu vermeiden
und erneutes Lesen einer Zwischendatei. Wenn für eine Oberfläche keine Kugeln angegeben sind
Struktur, die in den Cifti-Dateien vorhanden ist, werden ihre Daten ohne Resampling oder kopiert
Erweiterung. Die Dilatation erfolgt mit der „Nächsten“-Methode und wird am durchgeführt
für Oberflächendaten. Volumenkomponenten werden vor der Dilatation aufgefüllt, so dass die Dilatation erfolgt
läuft nicht bis zum Rand des Komponentenbegrenzungsrahmens.
Die empfohlenen Resampling-Methoden sind ADAP_BARY_AREA und CUBIC (kubischer Spline).
mit Ausnahme von Etikettendaten, die ADAP_BARY_AREA und ENCLOSING_VOXEL verwenden sollten.
Der Das Argument muss eines der folgenden sein:
KUBISCH ENCLOSING_VOXEL TRILINEAR
Der Das Argument muss eines der folgenden sein:
ADAP_BARY_AREA BARYCENTRIC
-cifti-resample-dconn-memory VERWENDEN SIE VIEL SPEICHER, UM DCONN erneut abzutasten
wb_command -cifti-resample-dconn-memory
– die Cifti-Datei für das Resampling - eine Cifti-Datei mit
Der Cifti-Bereich, in den erneut abgetastet werden soll - die Richtung der Vorlage
zu verwenden als
Resampling-Raum
- Geben Sie eine Oberflächen-Resampling-Methode an - Geben Sie a an
Volumeninterpolationsmethode - Ausgabe – die Ausgabe-Cifti-Datei
[-surface-largest] – Verwenden Sie das größte Gewicht anstelle des gewichteten Durchschnitts, wenn
Oberflächen-Resampling durchführen
[-volume-predilate] – Erweitern Sie die Volumenkomponenten vor dem Resampling
- zu erweiternder Abstand in mm
[-surface-postdilate] – erweitert die Oberflächenkomponenten nach dem Resampling
- zu erweiternder Abstand in mm
[-affine] – Verwenden Sie eine affine Transformation für die Volumenkomponenten
– die zu verwendende affine Datei
[-flirt] – MUSS verwendet werden, wenn affine eine Flirtaffine ist
– das Quellvolumen, das beim Generieren des Affins verwendet wurde
– das Zielvolumen, das beim Generieren des Affins verwendet wird
[-warpfield] – Verwenden Sie ein Warpfeld für die Volumenkomponenten
- das zu verwendende Warpfeld
[-fnirt] – MUSS verwendet werden, wenn ein Fnirt-Warpfeld verwendet wird
- das beim Generieren verwendete Quellvolumen
Warpfeld
[-left-spheres] – spezifiziert Kugeln für das Resampling der linken Oberfläche
- eine Kugel mit dem gleichen Netz wie die aktuelle Linke
Oberfläche
- eine Kugel mit dem neuen linken Netz, das im Register ist
mit der aktuellen Sphäre
[-left-area-surfs] – Geben Sie die linken Flächen für den Scheitelpunktbereich an
Korrektur basierend auf - eine relevante linke anatomische Oberfläche mit
Strom
ineinander greifen
- eine relevante linke anatomische Oberfläche mit neuem Netz
[-left-area-metrics] – Geben Sie die Bereichsmetriken für den linken Scheitelpunkt an, um den Bereich zu erstellen
Korrektur basierend auf - eine metrische Datei mit Scheitelpunktbereichen für die
Strom
ineinander greifen
– eine metrische Datei mit Scheitelpunktbereichen für das neue Netz
[-right-spheres] – spezifiziert Kugeln für das Resampling der rechten Oberfläche
- eine Kugel mit dem gleichen Netz wie die aktuelle rechte Seite
Oberfläche
- eine Kugel mit dem neuen rechten Netz, das im Register ist
mit der aktuellen Sphäre
[-right-area-surfs] – Geben Sie die rechten Flächen für den Scheitelpunktbereich an
Korrektur basierend auf - eine relevante rechte anatomische Oberfläche mit
Strom
ineinander greifen
- eine relevante rechte anatomische Oberfläche mit neuem Netz
[-right-area-metrics] – Geben Sie die Bereichsmetriken für den rechten Scheitelpunkt an, um den Bereich zu erstellen
Korrektur basierend auf - eine metrische Datei mit Scheitelpunktbereichen für die
Strom
ineinander greifen
– eine metrische Datei mit Scheitelpunktbereichen für das neue Netz
[-cerebellum-spheres] – spezifiziert Kugeln für das Resampling der Kleinhirnoberfläche
- eine Kugel mit dem gleichen Netz wie die aktuelle
Kleinhirnoberfläche
- eine Kugel mit dem neuen Kleinhirnnetz, das drin ist
Registrieren Sie sich bei der aktuellen Sphäre
[-cerebellum-area-surfs] – Geben Sie die Kleinhirnoberflächen an, die als Scheitelpunkt ausgeführt werden sollen
Flächenkorrektur basierend auf - eine relevante anatomische Oberfläche des Kleinhirns
mit
aktuelles Netz
- eine relevante anatomische Oberfläche des Kleinhirns mit neuem Netz
[-cerebellum-area-metrics] – Geben Sie die Metriken für die Fläche des Kleinhirnscheitelpunkts an
Führen Sie eine Flächenkorrektur basierend auf durch - eine metrische Datei mit Scheitelpunktbereichen für
die jetzige
ineinander greifen
– eine metrische Datei mit Scheitelpunktbereichen für das neue Netz
Dieser Befehl bewirkt dasselbe wie das Ausführen -cifti-resample zweimal, verbraucht aber Speicher
bis zu etwa dem Doppelten der Größe der Zwischendatei. Das ist
weil der Zwischen-DCONN im Speicher gehalten und nicht auf die Festplatte geschrieben wird, und
Die Komponenten vor und nach dem Resampling/Dilatation müssen im Speicher sein
gleichzeitig während der entsprechenden Berechnung. Wenn für a keine Kugeln angegeben sind
Oberflächenstruktur, die in den Cifti-Dateien vorhanden ist, deren Daten werden ohne kopiert
Resampling oder Dilatation. Die Dilatation erfolgt mit der „Nächsten“-Methode und wird am durchgeführt
für Oberflächendaten. Volumenanteile werden vor der Dilatation so aufgefüllt
dass die Ausdehnung nicht bis zum Rand des Komponentenbegrenzungsrahmens reicht.
Der Das Argument muss eines der folgenden sein:
KUBISCH ENCLOSING_VOXEL TRILINEAR
Der Das Argument muss eines der folgenden sein:
ADAP_BARY_AREA BARYCENTRIC
-cifti-restrict-dense-map BRAINORDINATES AUS EINER CIFTI-DATEI AUSSCHLIESSEN
wb_command -cifti-restrict-dense-map
- das Eingabe-Cifti - welche Dimension die Zuordnung ändern soll
on, ROW oder COLUMN - Ausgabe - das Ausgabe-Cifti
[-cifti-roi] – Cifti-Datei mit kombinierten Rois
- das Rois als Cifti-Datei
[-left-roi] – Eckpunkte, die von der linken Hemisphäre aus verwendet werden sollen
- der linke ROI als metrische Datei
[-right-roi] – Eckpunkte zur Verwendung von der rechten Hemisphäre
- der richtige ROI als metrische Datei
[-cerebellum-roi] – vom Kleinhirn aus zu verwendende Eckpunkte
- das Kleinhirn roi als metrische Datei
[-vol-roi] – zu verwendende Voxel
- die ROI-Volume-Datei
Schreibt eine modifizierte Version von , wo alle Gehirnkoordinaten außerhalb der
Die angegebenen ROI(s) werden aus der Datei entfernt. Wenn -cifti-roi angegeben ist, kein anderes
Die Option -*-roi kann angegeben werden. Bei Nichtgebrauch -cifti-roi, alle -*-roi-Optionen nicht
present verwirft die relevante Struktur, sofern sie in der Eingabedatei vorhanden ist.
-Cifti-Roi-Durchschnitt DURCHSCHNITTLICHE ZEILEN IN EINER EINZELNEN CIFTI-DATEI
wb_command -Cifti-Roi-Durchschnitt
- die Cifti-Datei, aus der die Zeilen gemittelt werden sollen - Textdatei ausgeben von
die Durchschnittswerte
[-cifti-roi] – Cifti-Datei mit kombinierten Rois
- das Rois als Cifti-Datei
[-left-roi] – Eckpunkte, die von der linken Hemisphäre aus verwendet werden sollen
- der linke ROI als metrische Datei
[-right-roi] – Eckpunkte zur Verwendung von der rechten Hemisphäre
- der richtige ROI als metrische Datei
[-cerebellum-roi] – vom Kleinhirn aus zu verwendende Eckpunkte
- das Kleinhirn roi als metrische Datei
[-vol-roi] – zu verwendende Voxel
- die ROI-Volume-Datei
Mitteln Sie die Zeilen, die innerhalb der angegebenen ROIs liegen, und schreiben Sie das Ergebnis
durchschnittliche Zeile in eine Textdatei, getrennt durch Zeilenumbrüche. Wenn -cifti-roi angegeben,
-links-roi, -rechts-roi, -Kleinhirn-roisowie -vol-roi darf nicht angegeben werden.
-cifti-rois-von-extrema ERSTELLEN SIE CIFTI-ROI-KARTEN AUS EXTREMA-KARTEN
wb_command -cifti-rois-von-extrema
- das Eingabe-Cifti - geodätischer Abstandsgrenzwert vom Scheitelpunkt, in mm
- Euklidischer Abstandsgrenzwert vom Voxelzentrum in mm - welche
Die Dimension einer Extrema-Karte ist entlang der Zeile oder Spalte - Ausgabe - die Ausgabe
Das Ehepaar
[-left-surface] – Geben Sie die zu verwendende linke Oberfläche an
- die linke Oberflächendatei
[-right-surface] – Geben Sie die richtige zu verwendende Oberfläche an
- die richtige Oberflächenfeile
[-cerebellum-surface] – Geben Sie die zu verwendende Kleinhirnoberfläche an
- die Kleinhirnoberflächenfeile
[-gaussian] – Gaußsche Kernel anstelle flacher ROIs generieren
– das Sigma für den Oberflächen-Gauß-Kernel, in mm - Die
Sigma für den Volumen-Gauß-Kernel, in mm
[-overlap-logic] – wie mit überlappenden ROIs umgegangen wird, standardmäßig ERLAUBEN
- die Methode zur Lösung von Überschneidungen
[-merged-volume] – Volume-Komponenten so behandeln, als wären sie ein einziges
Komponente
Erstellen Sie für jeden Wert ungleich Null in jeder Karte eine Karte mit einem ROI um diesen Standort herum.
Besitzt das -Gaussian Wenn die Option angegeben ist, werden normalisierte Gaußsche Kernel ausgegeben
statt ROIs. Der Argument zu -Überlappungslogik muss einer von ALLOW sein,
NÄCHST oder AUSSCHLIEßEN. ALLOW ist die Standardeinstellung und bedeutet, dass ROIs behandelt werden
unabhängig voneinander und können sich überschneiden. CLOSEST bedeutet, dass sich ROIs nicht überschneiden dürfen, und zwar
Kein ROI enthält Scheitelpunkte, die näher an einem anderen Startscheitelpunkt liegen. AUSSCHLIESSEN bedeutet
dass ROIs sich nicht überlappen dürfen und dass jeder Scheitelpunkt im Bereich von mehr als einem ROI liegt
gehört zu keinem ROI.
-cifti-getrennt SCHREIBEN SIE EINE CIFTI-STRUKTUR ALS METRISCH, BEZEICHNUNG ODER VOLUMEN
wb_command -cifti-getrennt
- das Cifti, von dem eine Komponente getrennt werden soll - in welche Richtung
in Komponenten aufteilen, Zeile oder Spalte
[-volume-all] – alle Volume-Strukturen in eine Volume-Datei aufteilen
- Ausgabe – die Ausgabelautstärke
[-roi] – Gibt auch den ROI aus, dessen Voxel Daten enthalten
- Ausgabe – das ROI-Ausgabevolumen
[-label] – Gibt eine Datenträgerbezeichnungsdatei aus, die den Speicherort angibt
Strukturen - Ausgabe – das Ausgabevolumen des Etiketts
[-crop] – Volumen auf die Größe der Daten zuschneiden, anstatt das zu verwenden
ursprüngliche Volumengröße
[-label] – wiederholbar – ein Oberflächenmodell in ein Oberflächenetikett aufteilen
Datei - die auszugebende Struktur - Ausgabe – das Ausgabeetikett
Datei
[-roi] – gibt auch den ROI aus, dessen Scheitelpunkte Daten enthalten
– Ausgabe – die ROI-Ausgabemetrik
[-metric] – wiederholbar – ein Oberflächenmodell in eine metrische Datei aufteilen
- die auszugebende Struktur - Ausgabe – die Ausgabemetrik
[-roi] – gibt auch den ROI aus, dessen Scheitelpunkte Daten enthalten
– Ausgabe – die ROI-Ausgabemetrik
[-volume] – wiederholbar – eine Volume-Struktur in eine Volume-Datei aufteilen
- die auszugebende Struktur - Ausgabe – die Ausgabelautstärke
[-roi] – Gibt auch den ROI aus, dessen Voxel Daten enthalten
- Ausgabe – das ROI-Ausgabevolumen
[-crop] – Volumen auf die Größe der Komponente zuschneiden, anstatt sie zu verwenden
die ursprüngliche Volumengröße
Verwenden Sie für dtseries, dscalar und dlabel COLUMN for , und wenn Sie eine haben
symmetrischer Dconn, COLUMN ist effizienter.
Sie müssen mindestens eines davon angeben -metrisch, -Volume-alle, -Volumenoder -Etikett hierfür
Befehl, etwas zu tun. Ausgabevolumes werden räumlich an ihrem Original ausgerichtet
Positionen, unabhängig davon, ob sie beschnitten sind oder nicht.
Für jede Argument, verwenden Sie eine der folgenden Zeichenfolgen:
CORTEX_LEFT CORTEX_RIGHT CEREBELLUM ACCUMBENS_LEFT ACCUMBENS_RIGHT ALL_GREY_MATTER
ALL_WHITE_MATTER AMYGDALA_LEFT AMYGDALA_RIGHT BRAIN_STEM CAUDATE_LEFT CAUDATE_RIGHT
CEREBELLAR_WHITE_MATTER_LEFT CEREBELLAR_WHITE_MATTER_RIGHT CEREBELLUM_LEFT
CEREBELLUM_RIGHT CEREBRAL_WHITE_MATTER_LEFT CEREBRAL_WHITE_MATTER_RIGHT CORTEX
DIENCEPHALON_VENTRAL_LEFT DIENCEPHALON_VENTRAL_RIGHT HIPPOCAMPUS_LEFT
HIPPOCAMPUS_RIGHT UNGÜLTIG OTHER OTHER_GREY_MATTER OTHER_WHITE_MATTER PALLIDUM_LEFT
PALLIDUM_RIGHT PUTAMEN_LEFT PUTAMEN_RIGHT THALAMUS_LEFT THALAMUS_RIGHT
-Cifti-Glättung GLATTEN SIE EINE CIFTI-DATEI
wb_command -Cifti-Glättung
- das Eingabe-Cifti - das Sigma für die Gaußsche Oberfläche
Glättungskern,
in mm
- das Sigma für den Gaußschen Volumenglättungskern, in
mm
- Welche Dimension soll geglättet werden, Zeile oder Spalte - Ausgabe -
die Ausgabe cifti
[-left-surface] – Geben Sie die zu verwendende linke Oberfläche an
- die linke Oberflächendatei
[-left-corrected-areas] – Scheitelpunktbereiche, die anstelle der Berechnung verwendet werden sollen
sie von der linken Oberfläche - die korrigierten Scheitelpunktflächen als Metrik
[-right-surface] – Geben Sie die richtige zu verwendende Oberfläche an
- die richtige Oberflächenfeile
[-right-corrected-areas] – Scheitelpunktbereiche, die anstelle der Berechnung verwendet werden sollen
sie von der richtigen Oberfläche - die korrigierten Scheitelpunktflächen als Metrik
[-cerebellum-surface] – Geben Sie die zu verwendende Kleinhirnoberfläche an
- die Kleinhirnoberflächenfeile
[-cerebellum-corrected-areas] – Scheitelbereiche, die stattdessen verwendet werden sollen
Berechnen sie von der Oberfläche des Kleinhirns - der korrigierte Scheitelpunkt
Flächen als Maß
[-cifti-roi] – Nur innerhalb von Interessenbereichen glätten
- die zu glättenden Bereiche als Cifti-Datei
[-fix-zeros-volume] – Werte von Null im Volumen als fehlende Daten behandeln
[-fix-zeros-surface] – Werte von Null auf der Oberfläche als fehlend behandeln
die Datenerfassung
[-merged-volume] – glatt über subkortikale Strukturgrenzen hinweg
Die Eingabe-Cifti-Datei muss eine Gehirnmodellzuordnung für die ausgewählte Dimension enthalten.
Spalten für .dtseries und entweder für .dconn. Standardmäßig sind die Daten unterschiedlich
Strukturen werden unabhängig geglättet (d. h. „parzellenbeschränkte“ Glättung), also
Berührende Volumenstrukturen glätten sich nicht über diese Grenze hinweg. Angeben
-zusammengeführtes-Volume diese Grenzen zu ignorieren. Die Oberflächenglättung nutzt die
GEO_GAUSS_AREA Glättungsmethode.
Die Optionen -*-corrected-areas sind für den Fall gedacht, dass eine Glättung unvermeidbar ist
Gruppendurchschnittsflächen, es handelt sich nur um eine ungefähre Korrektur für die Reduzierung von
Struktur in einer Gruppendurchschnittsfläche. Es ist besser, die Daten zu glätten
Personen vor der Mittelwertbildung, wenn möglich.
Der -nullen-fixieren-* Optionen behandeln Werte von Null als fehlende Daten und werden nicht verwendet
Dieser Wert wird beim Generieren der geglätteten Werte verwendet, es werden jedoch Nullen mit aufgefüllt
extrapolierte Werte. Der ROI sollte über eine Zuordnung von Gehirnmodellen entlang der Spalten verfügen.
entspricht genau der Zuordnung der gewählten Richtung in der Eingabedatei. Daten
außerhalb des ROI wird ignoriert.
-Cifti-Statistiken STATISTIKEN ENTLANG DER CIFTI-SÄULEN
wb_command -Cifti-Statistiken
- das Eingabe-Cifti
[-reduce] – eine Reduktionsoperation verwenden
- der Reduktionsvorgang
[-Perzentil] – Geben Sie den Wert bei einem Perzentil an
– das zu findende Perzentil
[-column] – Zeigt nur die Ausgabe für eine Spalte an
- der Spaltenindex (beginnend bei 1)
[-roi] – berücksichtigt nur Daten innerhalb eines ROI
- das ROI, als Cifti-Datei
[-match-maps] – jede Eingabespalte verwendet die entsprechende Spalte
aus der ROI-Datei
[-show-map-name] – Spaltenindex und -namen vor jeder Ausgabe ausgeben
Für jede Spalte der Eingabe wird eine einzelne Zahl ausgegeben, die sich aus der ergibt
spezifizierte Reduzierung oder Perzentiloperation. Verwenden -Säule um nur eine Ausgabe für a zu geben
einzelne Spalte. Verwenden -König um nur die Daten innerhalb einer Region zu berücksichtigen. Genau einer davon
-reduzieren or -Perzentil muss angegeben werden.
Das Argument zum -reduzieren Die Option muss eine der folgenden sein:
MAX: der Maximalwert MIN: der Minimalwert INDEXMAX: der 1-basierte Index des
Maximalwert INDEXMIN: der 1-basierte Index des Minimalwerts SUMME: Alle Werte addieren
PRODUCT: alle Werte multiplizieren MEAN: der Mittelwert der Daten STDEV: der Standard
Abweichung (N Nenner) SAMPSTDEV: die Stichprobenstandardabweichung (N-1
Nenner) VARIANCE: die Varianz der Daten MEDIAN: der Median der Daten
MODE: der Modus der Daten COUNT_NONZERO: die Anzahl der Elemente ungleich Null in den
die Datenerfassung
-cifti-transponieren Eine CIFTI-Datei transponieren
wb_command -cifti-transponieren
- die Eingabe-Cifti-Datei - Ausgabe – die Ausgabe-Cifti-Datei
[-mem-limit] – Speichernutzung einschränken
- Speicherlimit in Gigabyte
Die Eingabe muss eine zweidimensionale Cifti-Datei sein.
Die Ausgabe ist eine Cifti-Datei
wobei jede Zeile in der Eingabe eine Spalte in der Ausgabe ist.
-Cifti-Vektor-Operation Führen Sie eine Vektoroperation für CIFTI-Dateien durch
wb_command -Cifti-Vektor-Operation
- erste Vektoreingabedatei - zweite Vektoreingabedatei
- Welche Vektoroperation soll ausgeführt werden? - Ausgabe – die Ausgabedatei
[-normalize-a] – Vektoren der ersten Eingabe normalisieren
[-normalize-b] – Vektoren der zweiten Eingabe normalisieren
[-normalize-output] – Ausgabevektoren normalisieren (nicht gültig für dot
Produkt)
[-magnitude] – gibt die Größe des Ergebnisses aus (nicht gültig für dot
Produkt)
Führt eine Vektoroperation für zwei Cifti-Dateien durch (die ein Vielfaches von 3 haben müssen).
Säulen). Jede der Eingaben kann mehrere Vektoren haben (mehr als 3 Spalten).
aber nicht beide (mindestens eine muss genau 3 Spalten haben). Der -Größe und
-Ausgabe normalisieren Optionen dürfen nicht zusammen oder mit einer Operation angegeben werden
gibt einen Skalar (Skalarprodukt) zurück. Der Parameter muss einer der sein
wie folgt vor:
Punkt kreuzen addieren subtrahieren
-Cifti-gewichtete-Statistiken GEWICHTETE STATISTIKEN ENTLANG DER CIFTI-SÄULEN
wb_command -Cifti-gewichtete-Statistiken
- das Eingabe-Cifti
[-spatial-weights] – Scheitelpunktfläche und Voxelvolumen als Gewichte verwenden
[-left-area-surf] – Verwenden Sie eine Oberfläche für linke Scheitelpunktbereiche
- die linke zu verwendende Fläche
[-right-area-surf] – Verwenden Sie eine Oberfläche für rechte Scheitelpunktbereiche
- die richtige Oberfläche zur Nutzung
[-cerebellum-area-surf] – Verwenden Sie eine Oberfläche für die Scheitelbereiche des Kleinhirns
- die zu verwendende Kleinhirnoberfläche
[-left-area-metric] – Verwenden Sie eine Metrikdatei für linke Scheitelpunktbereiche
- Metrikdatei mit linken Scheitelpunktbereichen
[-right-area-metric] – Verwenden Sie eine Metrikdatei für rechte Scheitelpunktbereiche
- Metrikdatei mit rechten Scheitelpunktbereichen
[-cerebellum-area-metric] – Verwenden Sie eine Metrikdatei für den Kleinhirnscheitelpunkt
Bereiche - metrische Datei, die den Scheitelpunkt des Kleinhirns enthält
Bereiche
[-cifti-weights] – eine Cifti-Datei mit Gewichten verwenden
- die zu verwendenden Gewichte als Cifti-Datei
[-column] – Zeigt nur die Ausgabe für eine Spalte an
– die zu verwendende Spalte (1-basiert)
[-roi] – berücksichtigt nur Daten innerhalb eines ROI
- das ROI, als Cifti-Datei
[-match-maps] – jede Eingabespalte verwendet die entsprechende Spalte
aus der ROI-Datei
[-mean] – gewichteten Mittelwert berechnen
[-stdev] – gewichtete Standardabweichung berechnen
[-sample] – Bevölkerungsstandardabweichung aus der Stichprobe schätzen
[-percentile] – gewichtetes Perzentil berechnen
– das zu findende Perzentil
[-sum] – gewichtete Summe berechnen
[-show-map-name] – Kartenindex und -name vor jeder Ausgabe drucken
Wenn es sich bei der Zuordnung entlang der Spalte um Gehirnmodelle handelt, gilt für jede Spalte der Eingabe die
Die angegebene Operation wird auf jeder Oberfläche und über alle Voxel hinweg durchgeführt und die Ergebnisse werden angezeigt
werden separat ausgedruckt. Bei anderen Zuordnungstypen wird die Operation für jeden durchgeführt
Spalte und eine Zahl pro Karte wird gedruckt. Genau einer davon -räumliche-Gewichte or
-Cifti-Gewichte muss angegeben werden. Verwenden -Säule um nur eine Ausgabe für eine Single zu geben
Spalte. Verwenden -König um nur die Daten innerhalb einer Region zu berücksichtigen. Genau einer davon -bedeuten,
-stdev, -Perzentil or -Summe muss angegeben werden.
Die richtigen -Summe mit -räumliche-Gewichte (oder mit -Cifti-Gewichte und ein Cifti enthaltend
Gewichte mit ähnlicher Bedeutung) ist äquivalent zur Integration nach Fläche und
Volumen.
-class-add-member
Fügen Sie Member zu Klassenheaderdateien (.h) und Implementierungsdateien (.cxx) hinzu.
[-add-to-files] [-m ]...
Besitzt das -zu-Dateien hinzufügen ist nicht angegeben, der Code für den Header und die Implementierung
Dateien werden auf dem Terminal gedruckt.
Besitzt das -zu-Dateien hinzufügen angegeben ist, werden die Klassendateien voraussichtlich in der Datei enthalten
aktuelles Verzeichnis und benannt .Hand .cxx. Die Header-Datei
muss diesen Text in seinem privaten Abschnitt enthalten:
// ADD_NEW_MEMBERS_HERE
Die Implementierungsdatei muss diesen Text in ihrem öffentlichen Abschnitt enthalten:
// ADD_NEW_METHODS_HERE
Wenn eine dieser Textzeichenfolgen fehlt, handelt es sich um den Code, der hinzugefügt worden wäre
Die Datei(en) werden auf dem Terminal gedruckt.
Für jedes Mitglied müssen drei durch ein Leerzeichen getrennte Textzeichenfolgen angegeben werden
sind der Name des Mitglieds, sein Datentyp und eine Beschreibung des Mitglieds. Wenn die
Wenn die Beschreibung Leerzeichen enthält, muss die Beschreibung in doppelte Anführungszeichen („“) eingeschlossen werden.
Wenn der Datentyp mit einem Großbuchstaben beginnt, wird davon ausgegangen, dass es sich um den Namen von a handelt
Klasse. In diesem Fall werden sowohl konstante als auch nicht konstante Getter erstellt, jedoch kein Setter
geschaffen. Andernfalls wird erwartet, dass der Datentyp ein primitiver Typ ist und sowohl a
Es werden ein Getter und ein Setter erstellt. Beachten Sie, dass AString und QString als behandelt werden
primitive Typen.
-Klasse-erstellen
Erstellen Sie Klassenheaderdateien (.h) und Implementierungsdateien (.cxx).
Verwendung:
[-copy] [-event-class ] [-event-listener] [-no-parent] [-parent
]
OPTIONAL
-Kopieren
Fügt einen Kopierkonstruktor und einen Zuweisungsoperator hinzu
-Event-Klasse
Beim Erstellen einer Event-Unterklasse wird durch die Verwendung dieser Option automatisch festgelegt
Fügen Sie der übergeordneten Klasse ein Ereignis hinzu und platzieren Sie den angegebenen Ereignisaufzählungstypwert in der
Parameter für den Event-Klassenkonstruktor.
Für die Es ist nicht erforderlich, „EventTypeEnum::“ voranzustellen.
-Event-Listener
Implementieren Sie EventListenerInterface, damit die Klasse auf Ereignisse warten kann.
-kein-Elternteil
Die erstellte Klasse ist von keiner anderen Klasse abgeleitet. Standardmäßig ist die übergeordnete Klasse
CaretObject.
-Elternteil
Geben Sie die übergeordnete (abgeleitete) Klasse an. Standardmäßig ist die übergeordnete Klasse
CaretObject.
-Szene
Implementieren Sie SceneableInterface, damit Instanzen der Klasse wiederhergestellt werden können
aus und in Szenen gespeichert.
-Szenen-Unterklasse
Fügt Methoden hinzu, die von der Oberklasse aufgerufen werden können, damit diese Unterklasse speichern kann
und Wiederherstellen von Daten zu und von Szenen.
Diese Option sollte nur verwendet werden, wenn eine Klasse erstellt wird, deren Superklasse implementiert
das SceneableInterface
-class-create-algorithm
Erstellen Sie Algorithmusklassen-Headerdateien (.h) und Implementierungsdateien (.cxx).
Verwendung:
Algorithmus-Klassenname
Erforderlicher Name der Algorithmusklasse, der mit „Algorithmus“ beginnen MUSS
Befehlszeilenschalter
Erforderlicher Befehlszeilenschalter für den Algorithmus.
kurze Beschreibung
Erforderliche Kurzbeschreibung in doppelten Anführungszeichen.
-class-create-enum
Erstellen Sie Aufzählungstyp-Headerdateien (.h) und Implementierungsdateien (.cxx).
Verwendung:
Enumerationsklassenname
Name des Aufzählungstyps.
Muss mit „Enum“ enden
Anzahl der Werte
Anzahl der Werte im Aufzählungstyp.
Auto Nummer
Automatisch generierte Ganzzahlcodes, die den aufgezählten Werten entsprechen.
Die Werte für diesen Parameter sind „true“ und „false“.
[enum-name-1] [enum-name-2]...[enum-name-N]
Optionale Namen für die Aufzählungswerte.
Wenn die Anzahl der aufgelisteten Namen größer ist als der Parameter „Anzahl der Werte“, wird der
„Anzahl der Werte“ wird zur Anzahl der Namen. Wenn die Anzahl der Namen beträgt
kleiner als die „Anzahl der Werte“, werden leere Einträge erstellt.
-class-create-operation
Erstellen Sie Operationsklassen-Headerdateien (.h) und Implementierungsdateien (.cxx).
Verwendung:
[-no-parameters]
Operationsklassenname
Erforderlicher Name der Operationsklasse, der mit „Operation“ beginnen MUSS
Befehlszeilenschalter
Erforderlicher Befehlszeilenschalter für den Betrieb.
kurze Beschreibung
Erforderliche Kurzbeschreibung in doppelten Anführungszeichen.
-keine-Parameter
Optionaler Parameter, wenn die Operation keine Parameter verwendet.
-konvertieren-affin KONVERTIEREN SIE EINE AFFINE DATEI ZWISCHEN KONVENTIONEN
wb_command -konvertieren-affin
[-from-world] – Eingabe ist eine NIFTI-„Welt“-Affinität
- die Eingabeaffine
[-from-flirt] – Eingabe ist eine Flirtmatrix
- die Eingabeaffine - das beim Generieren verwendete Quellvolumen
der Eingang
verfeinert
– das Zielvolumen, das beim Generieren der Eingabe verwendet wurde
verfeinert
[-to-world] – Ausgabe als NIFTI-„Welt“-Affin schreiben
- Ausgabe – die Ausgabeaffine
[-to-flirt] – wiederholbar – Ausgabe als Flirtmatrix schreiben
- Ausgabe – die Ausgabeaffine - die gewünschte Lautstärke
Wenden Sie die Transformation an - der Zielraum, den Sie transformieren möchten
Lautstärke zu
Spiel
NIFTI-Weltmatrizen können über eine Matrix direkt auf mm-Koordinaten angewendet werden
Multiplikation verwenden sie das NIFTI-Koordinatensystem, das heißt, positives X ist richtig,
Positives Y ist anterior und positives Z ist superior.
Sie müssen genau einen angeben -von Option, aber Sie können mehrere angeben Zu
Optionen und alle Zu Option, die Volumes annimmt, kann mehr als einmal angegeben werden.
-Faserorientierungen umwandeln KONVERTIEREN SIE BINGHAM-PARAMETERVOLUMEN IN EINE FASERORIENTIERUNGSDATEI
wb_command -Faserorientierungen umwandeln
- Umfang der Cifti-Strukturetiketten - Ausgabe - die Ausgabe
Faserorientierungsdatei
[-fiber] – wiederholbar – geben Sie die Parametervolumina für eine Faser an
- mittlere Faserfestigkeit - Standardabweichung der Faserfestigkeit
- Theta-Winkel - Phi-Winkel - Psi-Winkel - ka Bingham
Parameter - kb-Bingham-Parameter
Übernimmt vorberechnete Bingham-Parameter aus Volumendateien und konvertiert sie in
Format, das Workbench für die Anzeige verwendet. Der Das Argument muss eine Bezeichnung sein
volume, wobei die Beschriftungen diese Zeichenfolgen verwenden:
CORTEX_LEFT CORTEX_RIGHT CEREBELLUM ACCUMBENS_LEFT ACCUMBENS_RIGHT ALL_GREY_MATTER
ALL_WHITE_MATTER AMYGDALA_LEFT AMYGDALA_RIGHT BRAIN_STEM CAUDATE_LEFT CAUDATE_RIGHT
CEREBELLAR_WHITE_MATTER_LEFT CEREBELLAR_WHITE_MATTER_RIGHT CEREBELLUM_LEFT
CEREBELLUM_RIGHT CEREBRAL_WHITE_MATTER_LEFT CEREBRAL_WHITE_MATTER_RIGHT CORTEX
DIENCEPHALON_VENTRAL_LEFT DIENCEPHALON_VENTRAL_RIGHT HIPPOCAMPUS_LEFT
HIPPOCAMPUS_RIGHT UNGÜLTIG OTHER OTHER_GREY_MATTER OTHER_WHITE_MATTER PALLIDUM_LEFT
PALLIDUM_RIGHT PUTAMEN_LEFT PUTAMEN_RIGHT THALAMUS_LEFT THALAMUS_RIGHT
-convert-matrix4-to-matrix2 ERZEUGT EINEN MATRIX2-CIFTI AUS MATRIX4-WBSPARSE
wb_command -convert-matrix4-to-matrix2
– eine wbsparse-matrix4-Datei - Ausgabe - die Summe
Faser zählt, als Cifti-Datei
[-distances] – Ausgabe der durchschnittlichen Flugbahnentfernung
- Ausgabe der Abstände als Cifti-Datei
Dieser Befehl erstellt eine Cifti-Datei aus den Faserzahlen in einer Matrix4-Wbsparse-Datei.
und optional eine zweite Cifti-Datei aus den Entfernungen.
-convert-matrix4-to-workbench-sparse KONVERTIEREN SIE EINE 3-DATEIEN-MATRIX4 IN EINE WORKBENCH-SPARSE-DATEI
wb_command -convert-matrix4-to-workbench-sparse
- die erste Matrix4-Datei - die zweite Matrix1-Datei
- die dritte Matrix4-Datei - die Datei .fiberTEMP.nii
Es gilt diese Trajektoriendatei
zu
- Liste der Voxel-Indextripel der weißen Substanz, wie sie in verwendet werden
Trajektorienmatrix
- Ausgabe – die Ausgabe-Workbench-Sparse-Datei
[-surface-seeds] – Geben Sie den Oberflächen-Seed-Bereich an
– metrische ROI-Datei aller im Seed-Bereich verwendeten Knoten
[-volume-seeds] – Geben Sie den Volume-Seed-Bereich an
- Cifti-Datei zur Verwendung der Volume-Zuordnungen -
Dimension entlang der Cifti-Datei, aus der die Zuordnung übernommen werden soll,
Zeile oder Spalte
Konvertiert die Matrix-4-Ausgabe von probtrackx in das Workbench-Sparse-Dateiformat.
Genau einer von -Oberflächensamen und -Volumensamen muss angegeben werden.
-Convert-Warpfield KONVERTIEREN SIE EIN WARPFFELD ZWISCHEN KONVENTIONEN
wb_command -Convert-Warpfield
[-from-world] – Eingabe ist ein NIFTI-Warpfeld „Welt“.
- das Eingabe-Warpfeld
[-from-fnirt] – Eingabe ist ein Fnirt-Warpfeld
- das Eingabe-Warpfeld - das Quell-Volume, das wann verwendet wird
Generieren der Eingabe
Warpfeld
[-to-world] – Ausgabe als NIFTI-Warpfeld „Welt“ schreiben
- Ausgabe – das Ausgabe-Warpfeld
[-to-fnirt] – wiederholbar – Ausgabe als Flirt-Warpfeld schreiben
- Ausgabe – das Ausgabe-Warpfeld - die gewünschte Lautstärke
Wenden Sie das Warpfeld an
NIFTI World Warpfields können durch Abtasten direkt auf mm-Koordinaten angewendet werden
drei Teilvolumina an der Koordinate und Addition der abgetasteten Werte zur Koordinate
Vektor, sie verwenden das NIFTI-Koordinatensystem, das heißt, X ist von links nach rechts, Y ist
posterior nach anterior, und Z ist inferior nach superior.
HINWEIS: Dieser Befehl invertiert das Warpfeld nicht. Um eine Oberfläche zu verzerren, müssen Sie dies tun
Verwenden Sie die Umkehrung des Warpfelds, das das entsprechende Volumen verzerrt.
Sie müssen genau einen angeben -von Option, aber Sie können mehrere angeben Zu
Optionen und alle Zu Option, die Volumes annimmt, kann mehr als einmal angegeben werden.
-create-signed-distance-volume ERSTELLEN SIE EINEN VORGEZEICHNETEN ABSTAND DES VOLUMEN VON DER OBERFLÄCHE
wb_command -create-signed-distance-volume
- die Eingabeoberfläche - ein Volume im gewünschten Ausgaberaum
(Abmessungen, Abstand, Ursprung) - Ausgabe – die Ausgabelautstärke
[-roi-out] – Gibt ein ROI-Volumen aus, dessen Ausgabe berechnet wurde
Wert - Ausgabe – das ausgegebene ROI-Volumen
[-fill-value] – Geben Sie einen Wert an, der in alle Voxel eingefügt werden soll, die nicht empfangen werden
eine Distanz zugewiesen - Wert zum Füllen (Standard 0)
[-exact-limit] – Distanz für exakte Ausgabe angeben
- Abstand in mm (Standard 5)
[- approx-limit] – Geben Sie den Abstand für die ungefähre Ausgabe an
- Abstand in mm (Standard 20)
[- approx-neighborhood] – Voxel-Nachbarschaft zur ungefähren Berechnung
– Größe des Nachbarschaftswürfels, gemessen von der Mitte bis zur Fläche, in
Voxel (Standard 2 = 5x5x5)
[-winding] – Wickelmethode für den Punkt-Innenflächentest
- Name der Methode (Standard EVEN_ODD)
Berechnet die vorzeichenbehaftete Abstandsfunktion der Oberfläche.
Genaue Entfernung ist
berechnet, indem der Punkt auf einem beliebigen Oberflächendreieck ermittelt wird, der dem Mittelpunkt am nächsten liegt
das Voxel. Die ungefähre Entfernung wird ausgehend von diesen Entfernungen berechnet
Dijkstra-Methode mit einer Nachbarschaft von Voxeln. Zu kleine genaue Angabe
Entfernung kann zu unerwarteten Ergebnissen führen. Gültige Spezifizierer für Wickelmethoden sind
wie folgt:
EVEN_ODD (Standard) NEGATIVE NONZERO-NORMALEN
Die NORMALS-Methode verwendet die Normalen von Dreiecken und Kanten oder das nächstgelegene Dreieck
von einem Strahl von der Spitze getroffen. Diese Methode ist möglicherweise etwas schneller, ist es aber nur
zuverlässig für eine geschlossene Fläche, die sich nicht selbst durchschneidet. Alle anderen
Methoden zählen Eintritts- (positive) und Austrittskreuzungen (negative) eines vertikalen Strahls von
Der Punkt zählt dann als innerhalb, wenn die Summe ungerade, negativ oder ungleich Null ist.
beziehungsweise.
-estimate-fiber-binghams SCHÄTZEN SIE DIE FASERORIENTIERUNGSVERTEILUNG AUS BEDPOSTX-PROBEN
wb_command -estimate-fiber-binghams
- Festigkeitsproben der Faser 1 - Faser 1 Theta
Proben - Faser-1-Phi-Proben - Faser 1
Festigkeitsproben - Faser-2-Theta-Proben -
Faser-2-Phi-Proben - Proben der Faserstärke 3
- Faser-3-Theta-Proben - Faser 3 Phi
Proben - Umfang der Cifti-Strukturetiketten - Ausgabe -
Ausgabe der Cifti-Faser-Verteilungsdatei
Dieser Befehl führt eine Schätzung einer Bingham-Verteilung für jede Faser durch
Orientierung in jedem Voxel, das als Strukturidentifikator bezeichnet wird. Diese Beschriftungen
kommen aus dem Argument, das Beschriftungen haben muss, die mit dem übereinstimmen
folgende Zeichenfolgen:
CORTEX_LEFT CORTEX_RIGHT CEREBELLUM ACCUMBENS_LEFT ACCUMBENS_RIGHT ALL_GREY_MATTER
ALL_WHITE_MATTER AMYGDALA_LEFT AMYGDALA_RIGHT BRAIN_STEM CAUDATE_LEFT CAUDATE_RIGHT
CEREBELLAR_WHITE_MATTER_LEFT CEREBELLAR_WHITE_MATTER_RIGHT CEREBELLUM_LEFT
CEREBELLUM_RIGHT CEREBRAL_WHITE_MATTER_LEFT CEREBRAL_WHITE_MATTER_RIGHT CORTEX
DIENCEPHALON_VENTRAL_LEFT DIENCEPHALON_VENTRAL_RIGHT HIPPOCAMPUS_LEFT
HIPPOCAMPUS_RIGHT UNGÜLTIG OTHER OTHER_GREY_MATTER OTHER_WHITE_MATTER PALLIDUM_LEFT
PALLIDUM_RIGHT PUTAMEN_LEFT PUTAMEN_RIGHT THALAMUS_LEFT THALAMUS_RIGHT
-Faser-Punkt-Produkte BERECHNEN SIE PUNKTPRODUKTE VON FASERORIENTIERUNGEN MIT OBERFLÄCHENNORMALEN
wb_command -Faser-Punkt-Produkte
- die weiß/graue Grenzfläche - die Faserorientierung
Datei - der maximale Abstand von jedem Oberflächenknoten einer Faser
Bevölkerung kann sein, in mm
- An der Oberfläche testen, ob eine Faserpopulation vorhanden sein sollte
verwendet werden
- Ausgabe - die Metrik der Skalarprodukte – Ausgabe – eine Metrik
der f-Werte der Faserverteilungen
Für jeden Scheitelpunkt findet dieser Befehl die nächstgelegene Faserpopulation, die die folgenden Anforderungen erfüllt
Test und berechnet den Absolutwert des Skalarprodukts der Oberfläche
Normale und die normalisierte mittlere Richtung jeder Faser. Der Test muss
entweder INSIDE, OUTSIDE oder ANY sein, was dazu führt, dass der Befehl nur Fiber verwendet
Populationen, die sich innerhalb der Oberfläche, außerhalb der Oberfläche oder egal welche befinden
Richtung von der Oberfläche aus. Jede Faserpopulation wird separat ausgegeben
metrische Spalte.
-Dateikonvertierung VERSION DES DATEIFORMATS ÄNDERN
wb_command -Dateikonvertierung
[-border-version-convert] – eine Border-Datei mit einer anderen Version schreiben
- die Eingaberahmendatei - die Formatversion, als die geschrieben werden soll,
1 oder 3 (2 nicht
existieren)
- Ausgabe – die Ausgaberahmendatei
[-surface] – muss angegeben werden, wenn die Eingabe Version 1 ist
- Verwenden Sie diese Oberflächendatei für Struktur und Anzahl
Scheitelpunkte, ignorieren Sie die Grenzen anderer Strukturen
[-nifti-version-convert] – eine Nifti-Datei mit einer anderen Version schreiben
- die Eingabe-Nifti-Datei - die Nifti-Version zum Schreiben als -
Ausgabe – die Ausgabe-Nifti-Datei
[-cifti-version-convert] – eine Cifti-Datei mit einer anderen Version schreiben
- die Eingabe-Cifti-Datei - die Cifti-Version zum Schreiben als
- Ausgabe – die Ausgabe-Cifti-Datei
Sie können nur eine Option der obersten Ebene angeben.
-Dateiinformationen Listen Sie Informationen über den Inhalt einer Datei auf
wb_command -Dateiinformationen
- Datendatei
[-no-map-info] – Zeigt keine Karteninformationen für Dateien an, die Karten unterstützen
[-only-step-interval] – normale Ausgabe unterdrücken, Intervall drucken
zwischen Karten
[-only-number-of-maps] – unterdrückt die normale Ausgabe und gibt die Anzahl der Karten aus
[-only-map-names] – unterdrückt die normale Ausgabe und gibt die Namen aller Karten aus
Listen Sie Informationen über den Inhalt einer Datendatei auf.
Nur eine -nur ganz ohne irgendetwas tun oder drücken zu müssen.
angegeben werden kann.
Die unter Nr. aufgeführten Informationen -nur Option vorhanden ist
hängt vom Typ der Datendatei ab.
-foci-get-projection-scheitelpunkt ERHALTEN SIE PROJEKTIONSVERTEX FÜR FOKUS
wb_command -foci-get-projection-scheitelpunkt
- die Foci-Datei - die Oberfläche, die sich auf die Brennpunktdatei bezieht
- Ausgabe – die Ausgabemetrikdatei
[-name] – Wählen Sie einen Fokus anhand des Namens aus
- der Name des Fokus
Für jeden Fokus wird eine Spalte erstellt und der Scheitelpunkt mit den meisten
Dem Einfluss auf seine Projektion wird in dieser Spalte der Wert 1 zugewiesen, allen anderen
Eckpunkte 0. Wenn -Name verwendet wird, wird nur ein Fokus verwendet.
-Foci-List-Koordinaten SCHWERPUNKKOORDINATEN IN EINE TEXTDATEI AUSGEBEN
wb_command -Foci-List-Koordinaten
- Eingabeschwerpunktdatei - Ausgabe – die Ausgabekoordinate
Textdatei
[-names-out] – gibt die Fokusnamen aus
– Ausgabe – Textdatei zum Einfügen von Fokusnamen
Geben Sie die Koordinaten für jeden Fokus in der Fokusdatei und optional den Fokus aus
Namen in einer zweiten Textdatei.
-Foci-Resample PROJEKTSCHWERPUNKTE AUF EINE ANDERE OBERFLÄCHE
wb_command -Foci-Resample
- die Eingabeschwerpunktdatei - Ausgabe – die Ausgabe-Fokus-Datei
[-left-surfaces] – die linken Flächen für das Resampling
- die Oberfläche, auf die die Brennpunkte derzeit projiziert werden - Die
Oberfläche, auf die die Brennpunkte projiziert werden sollen
[-right-surfaces] – die richtigen Oberflächen für das Resampling
- die Oberfläche, auf die die Brennpunkte derzeit projiziert werden - Die
Oberfläche, auf die die Brennpunkte projiziert werden sollen
[-cerebellum-surfaces] – die Kleinhirnoberflächen für das Resampling
- die Oberfläche, auf die die Brennpunkte derzeit projiziert werden - Die
Oberfläche, auf die die Brennpunkte projiziert werden sollen
[-discard-distance-from-surface] – ignoriert den Abstand, über dem sich die Brennpunkte befinden
oder unterhalb der aktuellen Oberfläche
[-restore-xyz] – stattdessen die ursprünglichen xyz-Koordinaten in die Brennpunkte einfügen
als die aus der Unprojektion erhaltenen Koordinaten
Entwirft Schwerpunkte aus dem für die Struktur und projiziert sie dann darauf
. Wenn die Brennpunkte sinnvolle Abstände über oder unter der Oberfläche haben, verwenden Sie
Anatomische Oberflächen. Sollten die Brennpunkte auf der Oberfläche liegen, verwenden Sie registrierte Kugeln
und die Optionen -discard-distance-from-surface und -restore-xyz.
-gifti-all-labels-to-rois MACHEN SIE ROIS AUS ALLEN ETIKETTEN IN EINER GESCHENK-SÄULE
wb_command -gifti-all-labels-to-rois
- die eingegebene Gifti-Label-Datei - die Nummer oder der Name der Label-Map
benutzen - Ausgabe – die Ausgabemetrikdatei
Die Ausgabemetrikdatei enthält eine Spalte für jede Beschriftung in der angegebenen Eingabezuordnung.
anders als die ??? Beschriftung, die jeweils einen ROI aller vorhandenen Scheitelpunkte enthält
auf die entsprechende Beschriftung gesetzt.
-gifti-konvertieren Konvertieren Sie die GIFTI-Datei in eine andere Kodierung
Verwendung:
Gifti-Kodierung
Erforderliche GIFTI-Codierung.
Eingabe-Gifti-Datei
Erforderlicher Eingabename der GIFTI-Datei.
Ausgabe-Gifti-Datei
Erforderlicher Name der GIFTI-Ausgabedatei.
Gültige GIFTI-Kodierungen:
ASCII BASE64_BINARY GZIP_BASE64_BINARY EXTERNAL_FILE_BINARY
-gifti-label-add-prefix Fügen Sie allen Etikettennamen in einer Geschenketikettendatei ein Präfix hinzu
wb_command -gifti-label-add-prefix
- die Eingabeetikettendatei – die hinzuzufügende Präfixzeichenfolge -
Ausgabe – die Ausgabeetikettendatei
Stellen Sie jede Bezeichnung außer „???“ voran zum Labelnamen.
-gifti-label-to-roi MACHEN SIE EIN GESCHENKETIKETT ZU EINER ROI-METRIK
wb_command -gifti-label-to-roi
- die eingegebene Gifti-Label-Datei - Ausgabe – die Ausgabemetrik
Datei
[-name] – Label nach Namen auswählen
– der Name des Labels, von dem Sie einen ROI wünschen
[-key] – Beschriftung per Taste auswählen
- der Beschriftungsschlüssel, von dem Sie einen ROI wünschen
[-map] – Wählen Sie eine einzelne Label-Map zur Verwendung aus
- die Kartennummer oder der Name
Für jede Karte in , wird eine Karte erstellt wo alle Standorte
beschriftet mit oder mit einem Schlüssel von erhalten den Wert 1 und
Alle anderen Standorte erhalten den Wert 0. Genau einer davon -Name und -Schlüssel muss angegeben werden.
Angeben -Karte nur eine Karte von verwenden .
-label-dilatieren Erweitern Sie eine Etikettendatei
wb_command -label-dilatieren
- das Eingabeetikett - die Oberfläche, auf der man sich ausdehnen kann -
Abstand in mm, um die Etiketten zu erweitern - Ausgabe – die Ausgabeetikettendatei
[-bad-vertex-roi] – Geben Sie einen ROI der zu überschreibenden Scheitelpunkte an, anstatt
Eckpunkte mit dem unbeschrifteten Schlüssel - metrische Datei, positive Werte bezeichnen
Scheitelpunkte zu haben
Ihre Werte wurden ersetzt
[-column] – Wählen Sie eine einzelne Spalte zum Erweitern aus
- die Spaltennummer oder der Spaltenname
[-corrected-areas] – zu verwendende Scheitelpunktbereiche, anstatt sie aus ihnen zu berechnen
die Oberfläche - die korrigierten Scheitelpunktflächen als Metrik
Füllt Beschriftungsinformationen für alle als fehlerhaft gekennzeichneten Scheitelpunkte bis zum angegebenen Wert aus
Abstand zu anderen Etiketten. Wenn -bad-vertex-roi angegeben ist, alle Eckpunkte,
einschließlich derjenigen mit dem unbeschrifteten Schlüssel, sind gut, mit Ausnahme der Eckpunkte mit a
positiver Wert im ROI. Wenn es nicht angegeben ist, werden nur Scheitelpunkte mit dem
unbeschriftete Schlüssel sind schlecht.
-label-export-table ETIKETTENTABELLE AUS GIFTI ALS TEXT EXPORTIEREN
wb_command -label-export-table
- die Eingabeetikettendatei - Ausgabe – die Ausgabetextdatei
Entnimmt die Etikettentabelle aus der Gifti-Etikettendatei und schreibt sie in ein Textformat
passend zu dem, was von erwartet wird -metric-label-import.
-Label-Maske Eine Etikettendatei maskieren
wb_command -Label-Maske
- die zu maskierende Etikettendatei - die Maskenmetrik - Ausgabe -
die Ausgabeetikettendatei
[-column] – Wählen Sie eine einzelne Spalte aus
- die Spaltennummer oder der Spaltenname
Standardmäßig ist das Ausgabeetikett eine Kopie des Eingabeetiketts, jedoch mit dem Hinweis „unbenutzt“.
Label überall dort, wo die Maskenmetrik nicht positiv ist. Wenn -Säule angegeben ist, die
Die Ausgabe enthält nur eine Spalte, die maskierte Version der angegebenen Eingabespalte.
-label-merge ETIKETTDATEIEN IN EINE NEUE DATEI ZUSAMMENFÜHREN
wb_command -label-merge
- Ausgabe – das Ausgabeetikett
[-label] – wiederholbar – geben Sie eine Eingabebezeichnung an
– eine Etikettendatei, aus der Spalten verwendet werden können
[-column] – wiederholbar – Wählen Sie eine einzelne Spalte zur Verwendung aus
- die Spaltennummer oder der Spaltenname
[-up-to] – Verwenden Sie einen umfassenden Spaltenbereich
- die Nummer oder der Name der letzten einzuschließenden Spalte
[-reverse] – Verwenden Sie den Bereich in umgekehrter Reihenfolge
Nimmt eine oder mehrere Etikettendateien und erstellt durch Verketten eine neue Etikettendatei
Spalten daraus. Die Eingabedateien müssen die gleiche Anzahl an Scheitelpunkten haben
gleiche Struktur.
Beispiel: wb_command -label-merge out.label.gii -Etikett first.label.gii -Säule 1
-Etikett second.label.gii
Dieses Beispiel würde die erste Spalte von first.label.gii und allen Untervolumes übernehmen
von second.label.gii und schreiben Sie diese nach out.label.gii.
-label-modify-keys ÄNDERN SIE SCHLÜSSELWERTE IN EINER ETIKETTDATEI
wb_command -label-modify-keys
- die Eingabeetikettendatei - Textdatei mit altem und neuem Schlüssel
Werte - Ausgabe - Etikettendatei ausgeben
[-column] – Wählen Sie eine einzelne Spalte zur Verwendung aus
- die Spaltennummer oder der Spaltenname
sollte Zeilen der Form „oldkey newkey“ haben, etwa so:
3 5 5 8 8 2
Dies würde die aktuelle Beschriftung mit der Taste „3“ ändern, um stattdessen die Taste „5“ zu verwenden, 5
würde 8 verwenden, und 8 würde 2 verwenden. Jede Kollision in Schlüsselwerten führt zur Bezeichnung
das nicht in der Remap-Datei angegeben wurde, wird auf ein ansonsten nicht verwendetes neu zugeordnet
Schlüssel. Neuzuordnung von mehr als einem Schlüssel zu demselben neuen Schlüssel oder demselben Schlüssel zu mehreren
Ein neuer Schlüssel führt zu einem Fehler. Das Erscheinungsbild der Datei wird dadurch nicht verändert
Bei der Anzeige werden gleichzeitig die Schlüssel in den Daten geändert.
-label-resample Sampling einer Etikettendatei in ein anderes Netz um
wb_command -label-resample
– die Etikettendatei für das Resampling - eine Kugeloberfläche mit
das Netz, aus dem die Etikettendatei besteht
derzeit aktiv
- eine Kugeloberfläche, die im Einklang mit steht
und hat das gewünschte Ausgabenetz
- der Methodenname - Ausgabe – die Ausgabeetikettendatei
[-area-surfs] – Geben Sie Oberflächen an, auf deren Grundlage eine Scheitelpunktflächenkorrektur durchgeführt werden soll
- eine relevante anatomische Oberfläche mit
ineinander greifen
- eine relevante anatomische Oberfläche mit Gittergewebe
[-area-metrics] – Geben Sie Scheitelpunktflächenmetriken an, um eine flächenbasierte Korrektur durchzuführen
An - eine metrische Datei mit Scheitelpunktbereichen für
ineinander greifen
- eine metrische Datei mit Scheitelpunktbereichen für Gittergewebe
[-current-roi] – Verwenden Sie einen Eingabe-ROI im aktuellen Netz, um Nichtdaten auszuschließen
Eckpunkte - der ROI als metrische Datei
[-valid-roi-out] – Gibt den ROI der Scheitelpunkte aus, die Daten von valid erhalten haben
Quellscheitelpunkte – Ausgabe – der Ausgabe-ROI als Metrik
[-largest] – Verwenden Sie nur die Beschriftung des Scheitelpunkts mit dem größten Gewicht
Ermittelt eine Neuabtastung einer Etikettendatei unter Berücksichtigung zweier sphärischer Oberflächen, die im Register liegen. Wenn die
Methode führt eine Flächenkorrektur durch, genau eine davon -area-surfs or -Bereichsmetriken muß
spezifiziert.
Der -größten Die Option führt bei Verwendung mit BARYCENTRIC zum Verhalten des nächstgelegenen Scheitelpunkts.
Es wird der Wert des Quellscheitelpunkts verwendet, der das größte Gewicht hat. Wann -größten
nicht angegeben ist, werden die Scheitelpunktgewichte entsprechend ihrer Bezeichnung summiert
entsprechen, und es wird die Bezeichnung mit der größten Summe verwendet.
Der Das Argument muss eines der folgenden sein:
ADAP_BARY_AREA BARYCENTRIC
Für Etikettendaten wird die Methode ADAP_BARY_AREA empfohlen, da dies der Fall sein sollte
Besser beim Auflösen von Scheitelpunkten, die sich in der Nähe mehrerer Beschriftungen befinden, oder im Fall von
Downsampling.
-label-to-border ZIEHEN SIE RÄNDER UM DIE ETIKETTEN
wb_command -label-to-border
- die Oberfläche, die für Nachbarinformationen genutzt werden soll - die Eingabe
Etikettendatei - Ausgabe – die Ausgaberahmendatei
[-placement] – legt fest, wie weit entlang der Kante Randpunkte gezeichnet werden
- Bruch entlang der Kante vom inneren Scheitelpunkt (Standard 0.33)
[-column] – Wählen Sie eine einzelne Spalte aus
- die Spaltennummer oder der Spaltenname
Findet für jedes Etikett alle Kanten im Netz, die die Grenze des Etiketts überschreiten.
und zieht Grenzen durch sie hindurch. Standardmäßig wird dies für alle Spalten im durchgeführt
Eingabedatei, wobei der Kartenname als Klassenname für den Rahmen verwendet wird.
-metadata-remove-provenance PROVENIENZINFORMATIONEN AUS DATEI-METADATEN ENTFERNEN
wb_command -metadata-remove-provenance
– die Datei, aus der Herkunftsinformationen entfernt werden sollen -
Ausgabe – der Name, unter dem die geänderte Datei gespeichert werden soll
Entfernt die von der Workbench während der Verarbeitung hinzugefügten Herkunftsmetadatenfelder.
-metadata-string-replace Ersetzen Sie eine Zeichenfolge in allen Metadaten einer Datei
wb_command -metadata-string-replace
– die Datei, in der Metadaten ersetzt werden sollen – die zu suchende Zeichenfolge
– die zu ersetzende Zeichenfolge mit - Ausgabe
– der Name, unter dem die geänderte Datei gespeichert werden soll
[-case-insensitive] – Übereinstimmung auch mit Groß-/Kleinschreibung
Ersetzt alle Vorkommen von in den Metadaten und Kartennamen von
mit .
-metrische-Konvertierung METRISCHE DATEI IN FAKE NIFTI KONVERTIEREN
wb_command -metrische-Konvertierung
[-to-nifti] – Metrik in Nifti umwandeln
– die zu konvertierende Metrik - Ausgabe – die Ausgabe-Nifti-Datei
[-from-nifti] – nifti in metrisch umwandeln
- die zu konvertierende Nifti-Datei - Oberflächendatei zur Anzahl der zu verwendenden
Knoten und Struktur aus - Ausgabe – die Ausgabemetrikdatei
Der Zweck dieses Befehls besteht darin, zwischen metrischen Dateien und nifti1 zu konvertieren
Programme, die diese Daten nicht kennen, können mit den Daten operieren. Sie müssen genau eines davon angeben
die Optionen.
-metrisch-erweitern ERWEITERN SIE EINE METRISCHE DATEI
wb_command -metrisch-erweitern
- die zu erweiternde Metrik - die Oberfläche, auf der berechnet werden soll -
Abstand in mm zur Dilatation - Ausgabe – die Ausgabemetrik
[-bad-vertex-roi] – Geben Sie einen ROI der zu überschreibenden Scheitelpunkte an, anstatt
Eckpunkte mit dem Wert Null - metrische Datei, positive Werte bezeichnen
Scheitelpunkte zu haben
Ihre Werte wurden ersetzt
[-data-roi] – Geben Sie einen ROI an, wo sich Daten befinden
- Metrikdatei, positive Werte bezeichnen Scheitelpunkte, die haben
die Datenerfassung
[-column] – Wählen Sie eine einzelne Spalte zum Erweitern aus
- die Spaltennummer oder der Spaltenname
[-nearest] – Verwenden Sie den nächstgelegenen guten Wert anstelle eines gewichteten Durchschnitts
[-linear] – Werte mit linearer Interpolation entlang des stärksten Wertes ausfüllen
Die Sonnenbrillengläser
[-exponent] – Verwenden Sie einen anderen Exponenten in der Gewichtungsfunktion
- Exponent 'n' zur Verwendung in (Fläche / (Entfernung ^ n)) als
Gewichtungsfunktion (Standard 2)
[-corrected-areas] – zu verwendende Scheitelpunktbereiche, anstatt sie aus ihnen zu berechnen
die Oberfläche - die korrigierten Scheitelpunktflächen als Metrik
Für alle metrischen Scheitelpunkte, die als schlecht gekennzeichnet sind, wenn sie an einen nicht-schlechten Knoten angrenzen
Scheitelpunkt mit Daten oder sich innerhalb der angegebenen Entfernung eines solchen Scheitelpunkts befinden, ersetzen Sie den
Wert mit einem abstandsgewichteten Durchschnitt nahegelegener, nicht fehlerhafter Scheitelpunkte, die über Daten verfügen,
andernfalls setzen Sie den Wert auf Null. Egal wie klein ist, Dilatation wird
Verwenden Sie immer mindestens die unmittelbar benachbarten Eckpunkte. Wenn -nächste angegeben ist, es
verwendet stattdessen den Wert des nächstgelegenen nicht fehlerhaften Scheitelpunkts mit Daten innerhalb des Bereichs
eines gewichteten Durchschnitts.
If -bad-vertex-roi angegeben ist, werden nur Scheitelpunkte mit einem positiven Wert im ROI angegeben
schlecht. Wenn es nicht angegeben ist, werden nur Scheitelpunkte verwendet, die Daten mit dem Wert Null haben.
sind schlecht. Wenn -Daten-ROI nicht angegeben ist, wird davon ausgegangen, dass alle Scheitelpunkte Daten enthalten.
Beachten Sie, dass die -korrigierte-bereiche Die Option verwendet eine ungefähre Korrektur für die Änderung
in Abständen entlang einer Gruppendurchschnittsoberfläche.
-metric-estimate-fwhm SCHÄTZEN SIE DIE FWHM-GLÄTTE EINER METRISCHEN DATEI
wb_command -metric-estimate-fwhm
- die Oberfläche, die für Entfernungs- und Nachbarinformationen verwendet werden soll -
die Eingabemetrik
[-roi] – Nur Daten innerhalb eines ROI verwenden
– die als ROI zu verwendende Metrikdatei
[-column] – Wählen Sie eine einzelne Spalte aus, deren Glätte geschätzt werden soll
- die Spaltennummer oder der Spaltenname
Schätzt die Glätte der Metrikspalten und druckt die Schätzungen standardmäßig aus
Ausgabe. Bei diesen Schätzungen werden Schwankungen im Scheitelpunktabstand ignoriert.
-metrisches Extrem EXTREMA IN EINER METRISCHEN DATEI FINDEN
wb_command -metrisches Extrem
- die Oberfläche, die für Entfernungsinformationen verwendet werden soll - die Metrik zu
Finden Sie die Extrema von - der Mindestabstand zwischen identifizierten Extrema von
gleiche Figure
tippe
- Ausgabe – die Ausgabeextrema-Metrik
[-presmooth] – Glättet die Metrik, bevor Extrema gefunden werden
– das Sigma für den Gaußschen Glättungskernel, in mm
[-roi] – Werte außerhalb des ausgewählten Bereichs ignorieren
– der Bereich, in dem Extrema gefunden werden sollen, als Metrik
[-threshold] – kleine Extrema ignorieren
– der größte Wert, der als Minimum betrachtet werden muss - das kleinste
Wert, der als Maximum betrachtet werden muss
[-sum-columns] – gibt die Summe der Extrema-Spalten anstelle jeder einzelnen aus
Spalte separat
[-consolidate-mode] – Konsolidierung lokaler Minima anstelle von a verwenden
großes Viertel
[-only-maxima] – nur die Maxima finden
[-only-minima] – nur die Minima finden
[-column] – Wählen Sie eine einzelne Spalte aus, in der Extrema gesucht werden sollen
- die Spaltennummer oder der Spaltenname
Findet Extrema in einer Metrikdatei, sodass keine zwei Extrema desselben Typs vorhanden sind
innerhalb von einander. Die Extrema sind mit gekennzeichnet -1 für Minima, 1 für
Maxima, sonst 0. Wenn -nur-maxima or -nur-Minima angegeben ist, dann wird es so sein
Ignorieren Sie Extrema, die nicht vom angegebenen Typ sind. Diese Optionen schließen sich gegenseitig aus.
If -König angegeben wird, werden nicht nur Daten außerhalb des ROI nicht verwendet, sondern auch alle Scheitelpunkte darauf
Der Rand des ROI wird niemals als Extrema gezählt, falls der ROI abschneidet
über einen Gradienten, der andernfalls dort, wo sie sein sollten, Extrema erzeugen würde
keine.
If -Summenspalten angegeben wird, werden diese Extremaspalten summiert und die Ausgabe hat
eine einzelne Spalte mit diesem Ergebnis.
Standardmäßig ist ein Datenpunkt nur dann ein Extrema, wenn er extremer ist als alle anderen
Datenpunkt, der sich darin befindet davon. Wenn -Konsolidierungsmodus wird verwendet, es
Stattdessen beginnt es damit, alle Datenpunkte zu finden, die extremer sind als ihre unmittelbaren Datenpunkte
Nachbarn, solange es darin irgendwelche Extrema gibt voneinander nehmen
die beiden einander am nächsten liegenden Extrema und verschmelzen sie durch einen gewichteten Durchschnitt zu einem
basierend darauf, wie viele ursprüngliche Extrema jeweils zusammengeführt wurden.
Standardmäßig werden alle Eingabespalten ohne Glättung verwendet -Säule a
einzelne Spalte zu verwenden, und -vorglatt um die Eingabe zu glätten, bevor die gefunden wird
extrem
-metrische-falsche-Korrelation VERGLEICHEN SIE DIE KORRELATION LOKAL UND ÜBER/DURCH SULCI/GYRI
wb_command -metrische-falsche-Korrelation
- die Oberfläche, mit der die geodätische und 3D-Entfernung berechnet werden soll - Die
zu korrelierende Metrik <3D-dist> – maximaler 3D-Abstand, der um jeden Scheitelpunkt herum überprüft werden soll
- maximale geodätische Entfernung, die für benachbarte Objekte verwendet werden soll
Korrelation
- minimaler geodätischer Abstand, der für benachbarte Objekte verwendet werden soll
Korrelation
- Ausgabe – die Ausgabemetrik
[-roi] – Wählen Sie einen Interessenbereich aus, der Daten enthält
- die Region als metrische Datei
[-dump-text] – speichert die verwendeten Rohkennzahlen in einer Textdatei
- die Ausgabetextdatei
Berechnen Sie für jeden Scheitelpunkt die durchschnittliche Korrelation innerhalb eines geodätischen Bereichs
Entfernungen, die keinen Sulcus/Gyrus kreuzen, und die Korrelation zum nächstgelegenen
Scheitelpunkt, der einen Sulcus/Gyrus kreuzt. Ein Vertex kreuzt einen Sulcus/Gyrus, wenn
Die 3D-Entfernung beträgt weniger als ein Drittel der geodätischen Entfernung. Die Ausgabedatei
enthält das Verhältnis zwischen diesen Korrelationen und einige zusätzliche Karten zur Hilfe
Erklären Sie das Verhältnis.
-metrische Fülllöcher Füllen Sie Lücken in einer ROI-Kennzahl
wb_command -metrische Fülllöcher
- die Oberfläche, die für Nachbarinformationen genutzt werden soll - der Eingabe-ROI
metrisch - Ausgabe – die Ausgabe-ROI-Metrik
[-corrected-areas] – zu verwendende Scheitelpunktbereiche, anstatt sie aus ihnen zu berechnen
die Oberfläche - die korrigierten Scheitelpunktflächen als Metrik
Findet alle verbundenen Bereiche, die nicht im ROI enthalten sind, und schreibt diese hinein
alle bis auf den flächenmäßig größten.
-metric-find-clusters FILTER-CLUSTER NACH OBERFLÄCHE
wb_command -metric-find-clusters
- die Oberfläche, auf der berechnet werden soll - die Eingabemetrik
- Schwellenwert für Datenwerte - Schwelle für
Clusterfläche, in mm^2 - Ausgabe – die Ausgabemetrik
[-less-than] – Werte finden, die kleiner sind als , statt
mehr
[-roi] – Wählen Sie eine Region von Interesse aus
- der ROI als Metrik
[-corrected-areas] – zu verwendende Scheitelpunktbereiche, anstatt sie aus ihnen zu berechnen
die Oberfläche - die korrigierten Scheitelpunktflächen als Metrik
[-column] – Wählen Sie eine einzelne Spalte aus
- die Spaltennummer oder der Spaltenname
[-size-ratio] – Cluster ignorieren, die kleiner als ein bestimmter Bruchteil davon sind
Größter Cluster in der Karte - Bruchteil der Fläche des größten Clusters
[-distance] – ignoriert Cluster, die weiter als eine bestimmte Entfernung vom entfernt sind
größter Cluster - wie weit ein Cluster vom größten Cluster entfernt sein kann,
Rand
bis Kante, in mm
[-start] – Beginnen Sie mit der Beschriftung von Clustern ab einem anderen Wert als 1
– Der Wert, der dem ersten gefundenen Cluster zugewiesen werden soll
Gibt eine Metrik mit ganzen Zahlen ungleich Null für alle Scheitelpunkte innerhalb eines ausreichend großen Bereichs aus
Cluster und Nullen an anderer Stelle. Die ganzen Zahlen geben die Clustermitgliedschaft an (standardmäßig
(Der erste gefundene Cluster verwendet den Wert 1, der zweite Cluster den Wert 2 usw.). Standardmäßig Werte
größer als gelten als in einem Cluster befindlich, verwenden -weniger als zu
Testen Sie auf Werte, die unter dem Schwellenwert liegen. Um dies als Maske auf die Daten anzuwenden, oder
Um eine kompliziertere Schwellenwertermittlung durchzuführen, siehe -metrische-Mathematik.
-metrischer Gradient OBERFLÄCHENGRADIENT EINER METRISCHEN DATEI
wb_command -metrischer Gradient
– die Oberfläche, auf der der Gradient berechnet werden soll - die Metrik zu
Berechnen Sie den Gradienten von - Ausgabe - die Größe des Gradienten
[-presmooth] – Glättet die Metrik, bevor der Gradient berechnet wird
– das Sigma für den Gaußschen Glättungskernel, in mm
[-roi] – Wählen Sie einen interessierenden Bereich aus, dessen Verlauf übernommen werden soll
– der Bereich, in dem der Gradient als Metrik verwendet werden soll
[-match-columns] – Verwenden Sie für jede Eingabespalte die entsprechende Spalte
aus dem Roi
[-vectors] – Ausgabegradientenvektoren
- Ausgabe der Vektoren als metrische Datei
[-column] – Wählen Sie eine einzelne Spalte aus, deren Verlauf berechnet werden soll
- die Spaltennummer oder der Spaltenname
[-corrected-areas] – zu verwendende Scheitelpunktbereiche, anstatt sie aus ihnen zu berechnen
die Oberfläche - die korrigierten Scheitelpunktflächen als Metrik
[-average-normals] – Durchschnitt der Normalen jedes Scheitelpunkts mit seinem
Nachbarn, bevor sie zur Berechnung des Gradienten verwendet werden
An jedem Scheitelpunkt werden die unmittelbaren Nachbarn auf eine Ebene tangential zum Knoten entfaltet
Oberfläche am Scheitelpunkt (insbesondere senkrecht zur Normalen). Der Farbverlauf ist
berechnet unter Verwendung einer Regression zwischen den entfalteten Positionen der Scheitelpunkte und
ihre Werte. Der Gradient ergibt sich dann aus den Steigungen der Regression und
als 3D-Gradientenvektor rekonstruiert. Standardmäßig wird der Farbverlauf von allen übernommen
Säulen, ohne Vorglättung, über die gesamte Fläche, ohne Mittelung
Normalen der Oberfläche zwischen Nachbarn.
Beim Benutzen -korrigierte-bereicheBeachten Sie, dass es sich um eine ungefähre Korrektur handelt. Tun
Das Glätten einzelner Oberflächen vor der Mittelung/Gradientierung wird bevorzugt, wenn
möglich, um die ursprüngliche Oberflächenstruktur zu nutzen.
Durch die Angabe eines ROI wird der Farbverlauf so eingeschränkt, dass nur Daten von dort verwendet werden, wo der ROI liegt
Die ROI-Metrik ist positiv und die Ausgabe erfolgt überall dort, wo die ROI-Metrik nicht positiv ist.
Standardmäßig wird die erste Spalte der ROI-Metrik für alle Eingabespalten verwendet. Wann
-Match-Spalten wird dem angegeben -König Option, die Eingabe- und ROI-Metriken müssen vorhanden sein
die gleiche Anzahl von Spalten und für den Index jeder Eingabespalte dieselbe Spalte
Der Index wird in der ROI-Metrik verwendet. Wenn die -Match-Spalten Option zu -König verwendet wird
während die -Säule Wird diese Option ebenfalls verwendet, muss die Anzahl der Spalten der ROI-Metrik angegeben werden
Passen Sie die Eingabemetrik an und es wird die ROI-Spalte mit dem Index des verwendet
ausgewählte Eingabespalte.
Die Vektorausgabemetrik ist so organisiert, dass die X-, Y- und Z-Komponenten von a
Einzelne Eingabespalten sind aufeinanderfolgende Spalten.
-metric-label-import Importieren Sie eine Geschenketikettendatei aus einer metrischen Datei
wb_command -metric-label-import
- die Eingabemetrikdatei - Textdatei mit den Werten
und Namen für Etiketten - Ausgabe – die ausgegebene Gifti-Label-Datei
[-discard-others] – setzt alle Werte, die nicht in der Etikettenliste erwähnt werden, auf die
??? Etikett
[-unlabeled-value] – Legen Sie den Wert fest, der als unbeschriftet interpretiert wird
– der numerische Wert für unbeschriftet (Standard 0)
[-column] – Wählen Sie eine einzelne Spalte zum Importieren aus
- die Spaltennummer oder der Spaltenname
[-drop-unused-labels] – alle nicht verwendeten Labelwerte aus dem Label entfernen
Tabelle
Erstellt eine neue Gifti-Label-Datei aus einer Metrikdatei mit labelähnlichen Werten. Sie können
Geben Sie die leere Zeichenfolge an ('' funktioniert unter Linux/Mac) für , welche
wird so behandelt, als wäre es eine leere Datei. Die Etikettenlistendatei muss Zeilen enthalten
folgendes Format:
Geben Sie den Schlüssel „unlabeled“ nicht in der Datei an, es wird davon ausgegangen, dass 0 „nein“ bedeutet
gekennzeichnet, es sei denn -unbeschrifteter-Wert angegeben. Etikettennamen müssen separat angegeben werden
Zeile, kann aber Leerzeichen oder andere ungewöhnliche Zeichen enthalten (aber keinen Zeilenumbruch).
Leerzeichen werden an beiden Enden des Etikettennamens entfernt, bleiben jedoch erhalten, wenn sie sich im befinden
Mitte eines Etiketts. Die Werte für Rot, Grün, Blau und Alpha müssen ganze Zahlen sein
0 bis 255 und gibt die Farbe an, in der das Etikett gezeichnet wird (Alpha von 255 bedeutet).
undurchsichtig, was wahrscheinlich das ist, was Sie wollen). Standardmäßig werden neue Labelnamen festgelegt
mit den Namen LABEL_# für alle gefundenen Werte, die nicht in der Liste aufgeführt sind
Datei angeben -verwerfen-andere stattdessen diese Voxel auf den „unbeschrifteten“ Schlüssel zu setzen.
-metrische-Maske MASKIEREN SIE EINE METRISCHDATEI
wb_command -metrische-Maske
- die Eingabemetrik - die Maskenmetrik - Ausgabe - die
Ausgabemetrik
[-column] – Wählen Sie eine einzelne Spalte aus
- die Spaltennummer oder der Spaltenname
Standardmäßig ist die Ausgabemetrik eine Kopie der Eingabemetrik, jedoch mit Nullen
überall dort, wo die Maskenmetrik nicht positiv ist. Wenn -Säule angegeben ist, die Ausgabe
enthält nur eine Spalte, die maskierte Version der angegebenen Eingabespalte.
-metrische-Mathematik BEWERTEN SIE DEN AUSDRUCK AUF METRISCHEN DATEIEN
wb_command -metrische-Mathematik
– der auszuwertende Ausdruck in Anführungszeichen - Ausgabe - die
Ausgabemetrik
[-fixnan] – NaN-Ergebnisse durch einen Wert ersetzen
- Wert, durch den NaN ersetzt werden soll
[-var] – wiederholbar – eine Metrik zur Verwendung als Variable
– der Name der Variablen, wie er im Ausdruck verwendet wird - die Metrik
Datei, die als diese Variable verwendet werden soll
[-column] – Wählen Sie eine einzelne Spalte aus
- die Spaltennummer oder der Spaltenname
[-repeat] – Wiederverwendung einer einzelnen Spalte für jede Berechnungsspalte
Dieser Befehl wertet aus an jedem Oberflächenscheitelpunkt unabhängig. Dort
muss mindestens eins sein -var Option (um die Struktur, die Anzahl der Scheitelpunkte usw. zu erhalten
Anzahl der Spalten aus), auch wenn die darin angegeben, wird in nicht verwendet
. Alle Metriken müssen die gleiche Anzahl an Scheitelpunkten haben. Dateinamen sind
nicht gültig in , verwenden Sie einen Variablennamen und a -var Option mit passendem
um eine Eingabedatei anzugeben. Wenn die -Säule Option ist jedem gegeben -var
Option wird nur eine Spalte aus dieser Datei verwendet. Wenn -wiederholen angegeben ist, die Datei
muss entweder nur eine Spalte haben oder die -Säule Option angegeben. Alle Dateien
das nutze ich nicht -wiederholen Es muss die gleiche Anzahl an Spalten vorhanden sein, die verwendet werden sollen.
Das Format von ist wie folgt:
Ausdrücke bestehen aus Konstanten, Variablen, Operatoren, Klammern und Funktionen.
in Infix-Notation, etwa 'exp(-x + 3) * Skala'. Variablen sind beliebige Zeichenfolgen
Länge, mit den Zeichen az, AZ, 0-9 und _, darf aber nicht den Namen a annehmen
benannte Konstante. Derzeit gibt es nur eine benannte Konstante, PI. Die Betreiber
sind +, -, *, /, ^, >, <, >=, <=, ==, !=, !, &&, ||. Diese verhalten sich wie in C, außer
dass ^ eine Potenzierung ist, also pow(x, y), und höhere Priorität hat als andere
binäre Operatoren (auch „-3^-4^-5“ bedeutet „-(3^(-(4^-5)))“). Das <=, >=, == und !=
Den Betreibern wird ein kleiner Spielraum eingeräumt, der einem Millionstel entspricht
kleinerer der Absolutwerte der verglichenen Werte.
Vergleichs- und logische Operatoren geben 0 oder 1 zurück, Sie können eine Maskierung mit Ausdrücken vornehmen
wie 'x * (Maske > 0)'. Für alle logischen Operatoren gilt eine Eingabe genau dann als wahr, wenn
es ist größer als 0. Der Ausdruck „0 < x < 5“ ist syntaktisch nicht falsch, aber
Es wird NICHT das tun, was gewünscht wird, da es von links nach rechts ausgewertet wird, d. h. '((0
x) < 5)', was wie beide möglichen Ergebnisse eines Vergleichs immer 1 zurückgibt
kleiner als 5. Eine Warnung wird generiert, wenn ein Ausdruck dieses Typs erkannt wird.
Verwenden Sie etwas wie „x > 0 && x < 5“, um das gewünschte Verhalten zu erhalten.
Leerzeichen zwischen Elementen werden ignoriert, „sin( 2 * x)“ entspricht
„sin(2*x)“, aber „s in(2*x)“ ist ein Fehler. Eine implizite Multiplikation ist nicht zulässig.
Der Ausdruck „2x“ wird als Variable geparst. Klammern sind (), nicht verwenden
[] oder {}. Funktionen erfordern Klammern, der Ausdruck „sin x“ ist ein Fehler.
Folgende Funktionen werden unterstützt:
sin: 1 Argument, der Sinus des Arguments (Einheiten sind Bogenmaß) cos: 1 Argument, der
Kosinus des Arguments (Einheiten sind Bogenmaß) tan: 1 Argument, der Tangens des
Argument (Einheiten sind Bogenmaß) asin: 1 Argument, der Kehrwert des Sinus des Arguments,
im Bogenmaß Acos: 1 Argument, der Kehrwert des Kosinus des Arguments, im Bogenmaß
atan: 1 Argument, der Kehrwert des Tangens des Arguments, im Bogenmaß atan2: 2
Argumente, atan2(y, x) gibt den Kehrwert des Tangens von zurück
(y/x), im Bogenmaß, Bestimmung des Quadranten durch das Vorzeichen beider Argumente
sinh: 1 Argument, der hyperbolische Sinus des Arguments cosh: 1 Argument, der
hyperbolischer Kosinus des Arguments tanh: 1 Argument, der hyperbolische Tangens des
Argument asinh: 1 Argument, der umgekehrte hyperbolische Sinus des Arguments acosh: 1
Argument, der umgekehrte hyperbolische Kosinus des Arguments atanh: 1 Argument, das
Umkehrhyperbol-Tangens des Arguments ln: 1 Argument, der natürliche Logarithmus von
das Argument exp: 1 Argument, die Konstante e potenziert das Argument
log: 1 Argument, der Logarithmus zur Basis 10 des Arguments sqrt: 1 Argument, das Quadrat
Wurzel des Arguments abs: 1 Argument, der absolute Wert des Arguments Boden: 1
Argument, die größte ganze Zahl, die nicht größer als das Argument ist. Runde: 1 Argument, das
nächste ganze Zahl, mit abgerundeten Bindungen
Null
ceil: 1 Argument, die kleinste Ganzzahl nicht kleiner als das Argument min: 2 Argumente,
min(x, y) gibt y zurück, wenn (x > y), x sonst max: 2 Argumente, max(x, y) gibt y zurück
wenn (x < y), x sonst mod: 2 Argumente, mod(x, y) = x - y * floor(x / y), oder 0 wenn
y == 0 Klammer: 3 Argumente, Klammer(x, niedrig, hoch) = min(max(x, niedrig), hoch)
-metrische-Zusammenführung METRISCHE DATEIEN IN EINE NEUE DATEI ZUSAMMENFÜHREN
wb_command -metrische-Zusammenführung
- Ausgabe – die Ausgabemetrik
[-metric] – wiederholbar – Geben Sie eine Eingabemetrik an
– eine Metrikdatei, aus der Spalten verwendet werden können
[-column] – wiederholbar – Wählen Sie eine einzelne Spalte zur Verwendung aus
- die Spaltennummer oder der Spaltenname
[-up-to] – Verwenden Sie einen umfassenden Spaltenbereich
- die Nummer oder der Name der letzten einzuschließenden Spalte
[-reverse] – Verwenden Sie den Bereich in umgekehrter Reihenfolge
Nimmt eine oder mehrere Metrikdateien und erstellt durch Verketten eine neue Metrikdatei
Spalten daraus. Die Eingabemetrikdateien müssen die gleiche Anzahl an Scheitelpunkten haben
und gleiche Struktur.
Beispiel: wb_command -metrische-Zusammenführung out.func.gii -metrisch first.func.gii -Säule 1
-metrisch second.func.gii
Dieses Beispiel würde die erste Spalte von first.func.gii übernehmen, gefolgt von all
Spalten aus second.func.gii und schreiben Sie diese Spalten nach out.func.gii.
-metrische-Palette FESTLEGEN SIE DIE PALETTE EINER METRISCHEN DATEI
wb_command -metrische-Palette
– die zu ändernde Metrik - der Mapping-Modus
[-column] – Wählen Sie eine einzelne Spalte aus
- die Spaltennummer oder der Spaltenname
[-pos-percent] – Prozentsatz Min./Max. für positive Datenfärbung
– das Perzentil für die am wenigsten positiven Daten - Die
Perzentil für die positivsten Daten
[-neg-percent] – Prozentsatz Min/Max für negative Datenfärbung
– das Perzentil für die am wenigsten negativen Daten - Die
Perzentil für die negativsten Daten
[-pos-user] – Min./Max.-Werte des Benutzers für positive Datenfärbung
– der Wert für die am wenigsten positiven Daten - der Wert
für die positivsten Daten
[-neg-user] – Min.-/Max.-Werte des Benutzers für die negative Datenfärbung
– der Wert für die am wenigsten negativen Daten - der Wert
für die negativsten Daten
[-interpolate] – Farben interpolieren
- boolean, ob interpoliert werden soll
[-disp-pos] – positive Daten anzeigen
- boolean, ob angezeigt werden soll
[-disp-neg] – positive Daten anzeigen
- boolean, ob angezeigt werden soll
[-disp-zero] – Zeigt Daten an, die näher an Null liegen als der Mindestgrenzwert
- boolean, ob angezeigt werden soll
[-palette-name] – legt die verwendete Palette fest
- der Name der Palette
[-thresholding] – Legen Sie den Schwellenwert fest
- Schwellenwerteinstellung - Werte innerhalb oder außerhalb der Schwellenwerte anzeigen
- Untere Schwelle - oberer Schwellenwert
Die ursprüngliche Metrikdatei wird mit der geänderten Version überschrieben.
By
Standardmäßig werden alle Spalten der Metrikdatei an die neuen Einstellungen angepasst. Verwenden Sie die
-Säule Option, nur eine Spalte zu ändern. Zuordnungseinstellungen nicht angegeben in
Optionen werden aus der ersten Spalte übernommen. Der Argument muss eines von sein
die folgende:
MODE_AUTO_SCALE MODE_AUTO_SCALE_ABSOLUTE_PERCENTAGE MODE_AUTO_SCALE_PERCENTAGE
MODE_USER_SCALE
Der Argument zu -Palettenname muss einer der folgenden sein:
PSYCH PSYCH-NO-NONE ROY-BIG ROY-BIG-BL Orange-Gelb Gray_Interp_Positive
Gray_Interp clear_brain videen_style fidl raich4_clrmid raich6_clrmid HSB8_clrmid
RBGYR20 RBGYR20P POS_NEG rot-gelb blau-hellblau FSL power_surf fsl_red fsl_green
fsl_blue fsl_gelb JET256
Der Argument zu -Schwellenwert muss einer der folgenden sein:
THRESHOLD_TYPE_OFF THRESHOLD_TYPE_NORMAL
Der Argument zu -Schwellenwert muss einer der folgenden sein:
THRESHOLD_TEST_SHOW_OUTSIDE THRESHOLD_TEST_SHOW_INSIDE
-metrische Reduzierung DURCHFÜHREN SIE DEN REDUZIERUNGSVORGANG ÜBER METRISCHE SPALTEN
wb_command -metrische Reduzierung
- die zu reduzierende Metrik - der zu verwendende Reduktionsoperator
- Ausgabe – die Ausgabemetrik
[-exclude-outliers] – Ausreißer standardmäßig aus jedem Vektor ausschließen
Abweichung - Anzahl der Standardabweichungen unter dem Mittelwert
das
- Anzahl der Standardabweichungen über dem Mittelwert
das
Für jeden Oberflächenscheitelpunkt werden die spaltenübergreifenden Daten als Vektor übernommen und ausgeführt
die angegebene Reduzierung darauf und stellt das Ergebnis in die einzelne Ausgabespalte unter ein
dieser Scheitelpunkt. Die Reduktionsoperatoren lauten wie folgt:
MAX: der Maximalwert MIN: der Minimalwert INDEXMAX: der 1-basierte Index des
Maximalwert INDEXMIN: der 1-basierte Index des Minimalwerts SUMME: Alle Werte addieren
PRODUCT: alle Werte multiplizieren MEAN: der Mittelwert der Daten STDEV: der Standard
Abweichung (N Nenner) SAMPSTDEV: die Stichprobenstandardabweichung (N-1
Nenner) VARIANCE: die Varianz der Daten MEDIAN: der Median der Daten
MODE: der Modus der Daten COUNT_NONZERO: die Anzahl der Elemente ungleich Null in den
die Datenerfassung
-metrische-Regression REGRESS-METRIKEN AUS EINER METRIC-DATEI
wb_command -metrische-Regression
– die Metrik, von der aus eine Regression durchgeführt werden soll - Ausgabe – die Ausgabemetrik
[-roi] – nur Regress innerhalb eines ROI
– der für die Regression zu verwendende Bereich als Metrik
[-column] – Wählen Sie eine einzelne Spalte aus, von der aus eine Regression durchgeführt werden soll
- die Spaltennummer oder der Spaltenname
[-remove] – wiederholbar – geben Sie eine Metrik für die Regression an
– die zu verwendende Metrikdatei
[-remove-column] – Wählen Sie eine zu verwendende Spalte und nicht alle aus
- die Spaltennummer oder der Spaltenname
[-keep] – wiederholbar – Geben Sie eine Metrik an, die in die Regression einbezogen werden soll, aber nicht
entfernen – die zu verwendende Metrikdatei
[-keep-column] – Wählen Sie eine zu verwendende Spalte und nicht alle aus
- die Spaltennummer oder der Spaltenname
Für jeden Regressor wird sein Mittelwert über die Oberfläche von seinen Daten subtrahiert. Jede
Die Eingabekarte wird dann gegen diese und einen konstanten Term regressiert. Das Ergebnis
regressierte Steigungen aller mit angegebenen Regressoren -Löschen werden mit ihren multipliziert
entsprechenden Regressorkarten, und diese werden von der Eingabekarte subtrahiert.
-metric-remove-islands ENTFERNEN SIE INSELN AUS EINER ROI-METRIK
wb_command -metric-remove-islands
- die Oberfläche, die für Nachbarinformationen genutzt werden soll - der Eingabe-ROI
metrisch - Ausgabe – die Ausgabe-ROI-Metrik
[-corrected-areas] – zu verwendende Scheitelpunktbereiche, anstatt sie aus ihnen zu berechnen
die Oberfläche - die korrigierten Scheitelpunktflächen als Metrik
Findet alle verbundenen Bereiche im ROI und setzt alle bis auf den größten auf Null
hinsichtlich der Fläche.
-metric-resample Führen Sie eine Neuabtastung einer Metrikdatei in ein anderes Netz durch
wb_command -metric-resample
– die Metrikdatei für die Neuabtastung - eine Kugeloberfläche mit
das Netz, aus dem die Metrik besteht
derzeit aktiv
- eine Kugeloberfläche, die im Einklang mit steht
und hat das gewünschte Ausgabenetz
- der Methodenname - Ausgabe – die Ausgabemetrik
[-area-surfs] – Geben Sie Oberflächen an, auf deren Grundlage eine Scheitelpunktflächenkorrektur durchgeführt werden soll
- eine relevante anatomische Oberfläche mit
ineinander greifen
- eine relevante anatomische Oberfläche mit Gittergewebe
[-area-metrics] – Geben Sie Scheitelpunktflächenmetriken an, um eine flächenbasierte Korrektur durchzuführen
An - eine metrische Datei mit Scheitelpunktbereichen für
ineinander greifen
- eine metrische Datei mit Scheitelpunktbereichen für Gittergewebe
[-current-roi] – Verwenden Sie einen Eingabe-ROI im aktuellen Netz, um Nichtdaten auszuschließen
Eckpunkte - der ROI als metrische Datei
[-valid-roi-out] – Gibt den ROI der Scheitelpunkte aus, die Daten von valid erhalten haben
Quellscheitelpunkte – Ausgabe – der Ausgabe-ROI als Metrik
[-largest] – Verwenden Sie nur den Wert des Scheitelpunkts mit dem größten Gewicht
Ermittelt eine Neuabtastung einer metrischen Datei unter Berücksichtigung zweier sphärischer Oberflächen, die im Register liegen. Wenn die
Methode führt eine Flächenkorrektur durch, genau eine davon -area-surfs or -Bereichsmetriken muß
spezifiziert.
Der -aktueller-ROI Diese Option maskiert nur die Eingabe, die Ausgabe kann leicht erweitert sein
Vergleich, erwägen Sie die Verwendung -metrische-Maske auf der Ausgabe bei der Verwendung -aktueller-ROI.
Der -größten Die Option führt bei Verwendung mit BARYCENTRIC zum Verhalten des nächstgelegenen Scheitelpunkts.
Anstatt einen gewichteten Durchschnitt zu erstellen, wird der Wert des Quellscheitelpunkts verwendet
hat das größte Gewicht für jeden Zielscheitelpunkt. Dies ist hauptsächlich für gedacht
Resampling von ROI-Metriken.
Der Das Argument muss eines der folgenden sein:
ADAP_BARY_AREA BARYCENTRIC
Die Methode ADAP_BARY_AREA wird für gewöhnliche metrische Daten empfohlen, da sie
Im Gegensatz zu BARYCENTRIC sollte beim Downsampling alle Daten verwendet werden.
-metric-rois-from-extrema ERSTELLEN SIE METRISCHE ROI-KARTEN AUS EXTREMA-KARTEN
wb_command -metric-rois-from-extrema
– die Oberfläche, die für die geodätische Entfernung verwendet werden soll - die Eingabemetrik
Datei - geodätischer Abstandsgrenzwert vom Scheitelpunkt, in mm - Ausgabe -
die Ausgabemetrikdatei
[-gaussian] – generiert einen Gaußschen Kernel anstelle eines flachen ROI
– das Sigma für den Gaußschen Kernel, in mm
[-roi] – Wählen Sie einen zu verwendenden Interessenbereich aus
- die zu verwendende Fläche als Metrik
[-overlap-logic] – wie mit überlappenden ROIs umgegangen wird, standardmäßig ERLAUBEN
- die Methode zur Lösung von Überschneidungen
[-column] – Wählen Sie eine einzelne Eingabespalte zur Verwendung aus
- die Spaltennummer oder der Spaltenname
Erstellen Sie für jeden Wert ungleich Null in jeder Karte eine Karte mit einem ROI um diesen Standort herum.
Besitzt das -Gaussian Wenn die Option angegeben ist, werden normalisierte Gaußsche Kernel ausgegeben
statt ROIs. Der Argument zu -Überlappungslogik muss einer von ALLOW sein,
NÄCHST oder AUSSCHLIEßEN. ALLOW ist die Standardeinstellung und bedeutet, dass ROIs behandelt werden
unabhängig voneinander und können sich überschneiden. CLOSEST bedeutet, dass sich ROIs nicht überschneiden dürfen, und zwar
Kein ROI enthält Scheitelpunkte, die näher an einem anderen Startscheitelpunkt liegen. AUSSCHLIESSEN bedeutet
dass ROIs sich nicht überlappen dürfen und dass jeder Scheitelpunkt im Bereich von mehr als einem ROI liegt
gehört zu keinem ROI.
-metric-rois-to-border ZIEHEN SIE GRENZEN UM METRISCHE ROIS
wb_command -metric-rois-to-border
- die Oberfläche, die für Nachbarinformationen genutzt werden soll - die Eingabemetrik
enthält ROIs – der Name, der für die Klasse der Ausgaberänder verwendet werden soll
- Ausgabe – die Ausgaberahmendatei
[-placement] – legt fest, wie weit entlang der Kante Randpunkte gezeichnet werden
- Bruch entlang der Kante vom inneren Scheitelpunkt (Standard 0.33)
[-column] – Wählen Sie eine einzelne Spalte aus
- die Spaltennummer oder der Spaltenname
Findet für jede ROI-Spalte alle Kanten im Netz, die die Grenze der ROI-Spalte überschreiten
ROI und zieht Grenzen durch sie. Standardmäßig erfolgt dies für alle Spalten in
die Eingabedatei, wobei der Kartenname als Name für den Rahmen verwendet wird.
-metrische Glättung GLATTEN SIE EINE METRISCHE DATEI
wb_command -metrische Glättung
- Die zu glättende Oberfläche - die zu glättende Metrik
– das Sigma für die Gaußsche Kernelfunktion, in mm
- Ausgabe – die Ausgabemetrik
[-roi] – Wählen Sie einen zu glättenden Interessenbereich aus
- der ROI zur inneren Glättung als Maß
[-match-columns] – Verwenden Sie für jede Eingabespalte die entsprechende Spalte
aus dem Roi
[-fix-zeros] – Nullwerte werden als keine Daten behandelt
[-column] – Wählen Sie eine einzelne Spalte zum Glätten aus
- die Spaltennummer oder der Spaltenname
[-corrected-areas] – zu verwendende Scheitelpunktbereiche, anstatt sie aus ihnen zu berechnen
die Oberfläche - die korrigierten Scheitelpunktflächen als Metrik
[-method] – Glättungsmethode auswählen, Standard GEO_GAUSS_AREA
- der Name der Glättungsmethode
Glätten Sie eine metrische Feile auf einer Oberfläche.
Glättet standardmäßig alle Eingabespalten
auf der gesamten Fläche angeben -Säule nur eine Eingabespalte zu verwenden und -König zu
glättet nur, wenn die ROI-Metrik größer als 0 ist, und gibt an anderer Stelle Nullen aus.
Beim Benutzen -KönigEingabedaten außerhalb des ROI werden nicht zur Berechnung der Glättung verwendet
Werte. Standardmäßig wird die erste Spalte der ROI-Metrik für alle Eingaben verwendet
Säulen. Wann -Match-Spalten wird dem angegeben -König Option, die Eingabe und der ROI
Metriken müssen die gleiche Anzahl von Spalten haben und für den Index jeder Eingabespalte gilt:
In der ROI-Metrik wird derselbe Spaltenindex verwendet. Wenn die -Match-Spalten Option zu
-König wird verwendet, während die -Säule Wird diese Option ebenfalls verwendet, muss die Anzahl der Spalten angegeben werden
Übereinstimmung zwischen dem ROI und der Eingabemetrik, und es wird die ROI-Spalte mit verwendet
Index der ausgewählten Eingabespalte.
Der -fix-nullen Die Option bewirkt, dass die Glättung keinen Eingabewert verwendet, wenn dieser Null ist.
Schreiben Sie aber trotzdem einen geglätteten Wert in den Scheitelpunkt. Dies ist nützlich für Nullen
deuten auf einen Mangel an Informationen hin und hindern sie daran, die Intensität zu verringern
nahegelegene Scheitelpunkte, während der Null ein extrapolierter Wert zugewiesen wird.
Der -korrigierte-bereiche Diese Option ist für den Fall gedacht, dass es unvermeidbar ist, eine zu glätten
Gruppendurchschnittsfläche, es handelt sich nur um eine ungefähre Korrektur für die Reduzierung von
Struktur in einer Gruppendurchschnittsfläche. Es ist besser, die Daten zu glätten
Personen vor der Mittelwertbildung, wenn möglich.
Gültige Werte für Sind:
GEO_GAUSS_AREA – verwendet einen geodätischen Gaußschen Kernel und normalisiert basierend auf dem Scheitelpunkt
Bereich, um auf unregelmäßigen Oberflächen zuverlässiger arbeiten zu können
GEO_GAUSS_EQUAL – verwendet einen geodätischen Gaußschen Kernel und normalisiert unter der Annahme jedes einzelnen
Der Scheitelpunkt hat die gleiche Bedeutung
GEO_GAUSS – entspricht der geodätischen Gaußschen Glättung von Caret5, führt jedoch keine Überprüfung durch
Kernel wegen unterschiedlicher Bedeutung
Die Methode GEO_GAUSS_AREA ist die Standardmethode, da sie normalerweise die richtige Wahl ist.
GEO_GAUSS_EQUAL ist möglicherweise die richtige Wahl, wenn die Summe der Scheitelpunktwerte größer ist
Sinnvoll ist dann das Flächenintegral (Summe der Werte .* Flächen), etwa wenn
Glättung der Scheitelpunktbereiche (die Summe ist die Gesamtoberfläche, während die Oberfläche
Integral ist die Summe der Quadrate der Scheitelpunktflächen). Bei der GEO_GAUSS-Methode ist dies nicht der Fall
Empfohlen, da es hauptsächlich dazu dient, Methoden von Studien zu reproduzieren, die mit Caret5s durchgeführt wurden
geodätische Glättung.
-metrische Statistiken RÄUMLICHE STATISTIK AUF EINER METRISCHEN DATEI
wb_command -metrische Statistiken
- die Eingabemetrik
[-reduce] – eine Reduktionsoperation verwenden
- der Reduktionsvorgang
[-Perzentil] – Geben Sie den Wert bei einem Perzentil an
– das zu findende Perzentil
[-column] – Zeigt nur die Ausgabe für eine Spalte an
- die Spaltennummer oder der Spaltenname
[-roi] – berücksichtigt nur Daten innerhalb eines ROI
- der ROI als metrische Datei
[-match-maps] – jede Eingabespalte verwendet die entsprechende Spalte
aus der ROI-Datei
[-show-map-name] – Kartenindex und -name vor jeder Ausgabe drucken
Für jede Spalte der Eingabe wird eine einzelne Zahl ausgegeben, die sich aus der ergibt
spezifizierte Reduzierung oder Perzentiloperation. Verwenden -Säule um nur eine Ausgabe für a zu geben
einzelne Spalte. Verwenden -König um nur die Daten innerhalb einer Region zu berücksichtigen. Genau einer davon
-reduzieren or -Perzentil muss angegeben werden.
Das Argument zum -reduzieren Die Option muss eine der folgenden sein:
MAX: der Maximalwert MIN: der Minimalwert INDEXMAX: der 1-basierte Index des
Maximalwert INDEXMIN: der 1-basierte Index des Minimalwerts SUMME: Alle Werte addieren
PRODUCT: alle Werte multiplizieren MEAN: der Mittelwert der Daten STDEV: der Standard
Abweichung (N Nenner) SAMPSTDEV: die Stichprobenstandardabweichung (N-1
Nenner) VARIANCE: die Varianz der Daten MEDIAN: der Median der Daten
MODE: der Modus der Daten COUNT_NONZERO: die Anzahl der Elemente ungleich Null in den
die Datenerfassung
-metric-tfce Führen Sie TFCE für eine metrische Datei aus
wb_command -metric-tfce
- die Oberfläche, auf der berechnet werden soll – die Metrik, auf der TFCE ausgeführt werden soll
- Ausgabe – die Ausgabemetrik
[-presmooth] – Glättet die Metrik, bevor TFCE ausgeführt wird
– das Sigma für den Gaußschen Glättungskernel, in mm
[-roi] – Wählen Sie eine Region von Interesse aus, in der TFCE ausgeführt werden soll
– der Bereich, auf dem TFCE ausgeführt werden soll, als Metrik
[-parameters] – Parameter für das TFCE-Integral festlegen
- Exponent für Clusterbereich (Standard 1.0) - Exponent für Schwellenwert
(Standardeinstellung 2.0)
[-column] – Wählen Sie eine einzelne Spalte aus
- die Spaltennummer oder der Spaltenname
[-corrected-areas] – zu verwendende Scheitelpunktbereiche, anstatt sie aus ihnen zu berechnen
die Oberfläche - die korrigierten Scheitelpunktflächen als Metrik
Die schwellenfreie Clusterverbesserung ist eine Methode zur Erhöhung des relativen Werts von
Regionen, die in einem Standard-Schwellenwerttest Cluster bilden würden. Das ist
erreicht durch Auswertung des Integrals von:
e(h, p)^E * h^H * dh
an jedem Scheitelpunkt p, wobei h von 0 bis zum Maximalwert in den Daten reicht und e(h,
p) ist die Ausdehnung des Clusters, der den Scheitelpunkt p am Schwellenwert h enthält. Negativ
Werte werden in ähnlicher Weise verbessert, indem die Daten negiert werden, derselbe Prozess ausgeführt wird und
Negierung des Ergebnisses.
Beim Benutzen -vorglatt mit -korrigierte-bereicheBitte beachten Sie, dass es sich um eine ungefähre Angabe handelt
Korrektur innerhalb des Glättungsalgorithmus (die TFCE-Korrektur ist exakt). Tun
Glättung einzelner Oberflächen vor der Mittelwertbildung/TFCE wird nach Möglichkeit bevorzugt.
um die Glättungskerngröße besser an die ursprüngliche Merkmalsgröße zu binden.
Die TFCE-Methode wird erläutert in: Smith SM, Nichols TE., „Threshold-free Cluster
Verbesserung: Behebung von Problemen der Glättung, der Schwellenwertabhängigkeit und
Lokalisierung in der Cluster-Inferenz.“ Neuroimage. 2009. Januar 1;44(1):83-98. PMID:
18501637
-Metrik-zu-Volumen-Zuordnung METRISCHE DATEI DEM VOLUMEN ZUORDNEN
wb_command -Metrik-zu-Volumen-Zuordnung
- die Eingabemetrikdatei - die Oberfläche, von der Koordinaten verwendet werden sollen
- eine Volume-Datei im gewünschten Ausgabe-Volume-Bereich -
Ausgabe – die Ausgabe-Volume-Datei
[-nearest-vertex] – Verwenden Sie den Wert des Scheitelpunkts, der dem Voxel am nächsten liegt
Center – Wie weit von der Oberfläche entfernt, um Werte in Voxel abzubilden, in mm
[-ribbon-constrained] – Verwenden Sie den Ribbon-beschränkten Mapping-Algorithmus
- die Innenfläche des Bandes - die äußere Oberfläche von
das Farbband
[-voxel-subdiv] – Voxelunterteilungen beim Schätzen der Voxelgewichte
- Anzahl der Unterteilungen, Standard 3
Ordnet Werte aus einer Metrikdatei einer Volumendatei zu.
Sie müssen angeben
genau eine Mapping-Methodenoption.
Der -nächster-Scheitelpunkt Methode verwendet die
Wert vom Scheitelpunkt, der dem Voxelzentrum am nächsten liegt (nützlich für ganzzahlige Werte). Der
-bandbeschränkt Methode verwendet die gleiche Methode wie in -Volumen-zu-Oberfläche-Mapping,
Dann werden die Gewichte umgekehrt verwendet.
-metrische Vektoroperation FÜHREN SIE EINE VEKTOROPERATION AN METRISCHEN DATEIEN AUS
wb_command -metrische Vektoroperation
- erste Vektoreingabedatei - zweite Vektoreingabedatei
- Welche Vektoroperation soll ausgeführt werden? - Ausgabe – die Ausgabedatei
[-normalize-a] – Vektoren der ersten Eingabe normalisieren
[-normalize-b] – Vektoren der zweiten Eingabe normalisieren
[-normalize-output] – Ausgabevektoren normalisieren (nicht gültig für dot
Produkt)
[-magnitude] – gibt die Größe des Ergebnisses aus (nicht gültig für dot
Produkt)
Führt eine Vektoroperation für zwei Metrikdateien durch (die ein Vielfaches von 3 haben müssen).
Säulen). Jede der Eingaben kann mehrere Vektoren haben (mehr als 3 Spalten).
aber nicht beide (mindestens eine muss genau 3 Spalten haben). Der -Größe und
-Ausgabe normalisieren Optionen dürfen nicht zusammen oder mit einer Operation angegeben werden
gibt einen Skalar (Skalarprodukt) zurück. Der Parameter muss einer der sein
wie folgt vor:
Punkt kreuzen addieren subtrahieren
-metrischer-Vektor-in Richtung-ROI Finden Sie heraus, ob Vektoren auf einen ROI hinweisen
wb_command -metrischer-Vektor-in Richtung-ROI
- die Oberfläche, auf der berechnet werden soll - der ROI, um den kürzesten zu finden
Weg nach - Ausgabe – die Ausgabemetrik
[-roi] – Nicht für Scheitelpunkte außerhalb eines ROI berechnen
– der zu berechnende Bereich als Metrik
Berechnen Sie an jedem Scheitelpunkt den Vektor entlang des Beginns des kürzesten Pfades zum ROI.
-metrisch gewichtete Statistiken GEWICHTETE RÄUMLICHE STATISTIK AUF EINER METRISCHEN DATEI
wb_command -metrisch gewichtete Statistiken
- die Eingabemetrik
[-area-surface] – Scheitelpunktflächen als Gewichte verwenden
– die Oberfläche, die für Scheitelpunktebereiche verwendet werden soll
[-weight-metric] – Gewichte aus einer Metrikdatei verwenden
- Metrikdatei mit den Gewichten
[-column] – Zeigt nur die Ausgabe für eine Spalte an
- die Spaltennummer oder der Spaltenname
[-roi] – berücksichtigt nur Daten innerhalb eines ROI
- der ROI als metrische Datei
[-match-maps] – jede Eingabespalte verwendet die entsprechende Spalte
aus der ROI-Datei
[-mean] – gewichteten Mittelwert berechnen
[-stdev] – gewichtete Standardabweichung berechnen
[-sample] – Bevölkerungsstandardabweichung aus der Stichprobe schätzen
[-percentile] – gewichtetes Perzentil berechnen
– das zu findende Perzentil
[-sum] – gewichtete Summe berechnen
[-show-map-name] – Kartenindex und -name vor jeder Ausgabe drucken
Für jede Spalte der Eingabe wird eine einzelne Zahl ausgegeben, die sich aus der ergibt
angegebenen Vorgang. Verwenden -Säule um nur eine Ausgabe für eine einzelne Spalte zu geben. Verwenden
-König um nur die Daten innerhalb einer Region zu berücksichtigen. Genau einer davon -reduzieren or
-Perzentil muss angegeben werden, und zwar genau einer von -bedeuten, -stdev, -Perzentil or
-Summe muss angegeben werden.
Die richtigen -Summe mit -Fläche-Oberfläche (oder -Gewichtsmetrik mit einer Metrik, die ähnliches enthält
Daten) entspricht einer Integration in Bezug auf die Oberfläche. Zum Beispiel, wenn
Wenn Sie die Oberfläche innerhalb eines ROI ermitteln möchten, gehen Sie wie folgt vor:
$ wb_command -metric-weighted-stats roi.func.gii -sum -area-surface
midthickness.surf.gii
-Nifti-Informationen INFORMATIONEN ZU EINER NIFTI/CIFTI-DATEI ANZEIGEN
wb_command -Nifti-Informationen
- die zu untersuchende Nifti/Cifti-Datei
[-print-header] – Zeigt den Inhalt der Kopfzeile an
[-print-matrix] – Werte in der Matrix ausgeben (nur Cifti)
[-print-xml] – Cifti-XML drucken (nur Cifti)
[-version] – Konvertieren Sie das XML in eine bestimmte CIFTI-Version (Standard ist
die Cifti-Version der Datei) - die zu verwendende CIFTI-Version
Sie müssen mindestens einen angeben -drucken-* Möglichkeit.
-probtrackx-dot-convert KONVERTIEREN SIE EINE .DOT-DATEI VON PROBTRACKX NACH CIFTI
wb_command -probtrackx-dot-convert
- .dot-Datei eingeben - Ausgabe – Cifti-Datei ausgeben
[-row-voxels] – die Ausgabezuordnung entlang einer Zeile erfolgt in Voxeln
– eine Textdatei mit IJK-Indizes für die Voxel
benutzt
- ein Etikettenband mit den verwendeten Abmessungen und der verwendeten Form, mit
Strukturbeschriftungen
[-row-surface] – die Ausgabezuordnung entlang einer Zeile sind Oberflächenscheitelpunkte
- eine Metrikdatei mit positiven Werten auf allen verwendeten Knoten
[-row-cifti] – übernimmt die Zuordnung entlang einer Zeile aus einer Cifti-Datei
– die Cifti-Datei, aus der die Zuordnung übernommen werden soll - zu welcher Dimension
Nehmen Sie die Zuordnung mit, Zeile oder Spalte
[-col-voxels] – die Ausgabezuordnung entlang einer Spalte erfolgt in Voxeln
– eine Textdatei mit IJK-Indizes für die Voxel
benutzt
- ein Etikettenband mit den verwendeten Abmessungen und der verwendeten Form, mit
Strukturbeschriftungen
[-col-surface] – die Ausgabezuordnung entlang einer Spalte ist die Oberfläche
Eckpunkte - eine Metrikdatei mit positiven Werten auf allen verwendeten Knoten
[-col-cifti] – übernimmt die Zuordnung entlang einer Spalte aus einer Cifti-Datei
– die Cifti-Datei, aus der die Zuordnung übernommen werden soll - zu welcher Dimension
Nehmen Sie die Zuordnung mit, Zeile oder Spalte
[-transpose] – Transponiert die Eingabematrix
[-make-symmetric] – halbquadratische Eingabe in vollständige Matrixausgabe umwandeln
HINWEIS: genau eins -Reihe Option und eins -col Option verwendet werden.
Wenn die Indizes der Eingabedatei nicht in der richtigen Reihenfolge sortiert sind, wird dies angezeigt
Der Befehl kann länger dauern als erwartet. Spezifizieren -transponieren werde das umsetzen
Eingabematrix, bevor versucht wird, ihre Werte in die Cifti-Datei einzufügen
Wird derzeit mindestens für Matrix2 benötigt, um es wie vorgesehen anzuzeigen. Wie zum
Die angezeigte cifti-Datei basiert darauf -Reihe Option ist angegeben: if -Zeilenvoxel
angegeben ist, werden Daten zu Volumenscheiben angezeigt. Die Labelnamen in der
Label-Volumes müssen die folgenden Namen haben, andere Namen werden ignoriert:
CORTEX_LEFT CORTEX_RIGHT CEREBELLUM ACCUMBENS_LEFT ACCUMBENS_RIGHT ALL_GREY_MATTER
ALL_WHITE_MATTER AMYGDALA_LEFT AMYGDALA_RIGHT BRAIN_STEM CAUDATE_LEFT CAUDATE_RIGHT
CEREBELLAR_WHITE_MATTER_LEFT CEREBELLAR_WHITE_MATTER_RIGHT CEREBELLUM_LEFT
CEREBELLUM_RIGHT CEREBRAL_WHITE_MATTER_LEFT CEREBRAL_WHITE_MATTER_RIGHT CORTEX
DIENCEPHALON_VENTRAL_LEFT DIENCEPHALON_VENTRAL_RIGHT HIPPOCAMPUS_LEFT
HIPPOCAMPUS_RIGHT UNGÜLTIG OTHER OTHER_GREY_MATTER OTHER_WHITE_MATTER PALLIDUM_LEFT
PALLIDUM_RIGHT PUTAMEN_LEFT PUTAMEN_RIGHT THALAMUS_LEFT THALAMUS_RIGHT
-set-map-names Legen Sie den Namen einer oder mehrerer Karten in einer Datei fest
wb_command -set-map-names
– die Datei, deren Kartennamen festgelegt werden sollen
[-name-file] – Verwenden Sie eine Textdatei, um alle Kartennamen zu ersetzen
- Textdatei mit Kartennamen, einer pro Zeile
[-map] – wiederholbar – geben Sie eine Karte an, deren Name festgelegt werden soll
- der Kartenindex, dessen Name geändert werden soll – der Name, der für den festgelegt werden soll
Karte
Legt den Namen einer oder mehrerer Karten für Metrik, Form, Beschriftung, Volumen, Cifti-Skalar oder fest
Cifti-Etikettendateien. Wenn die -Name-Datei Option nicht angegeben ist, die -Karte Option muss
mindestens einmal angegeben werden. Der -Karte Option kann nicht verwendet werden, wenn -Name-Datei is
spezifiziert.
-Set-Struktur STRUKTUR EINER DATENDATEI FESTLEGEN
wb_command -Set-Struktur
- die Datei, deren Struktur festgelegt werden soll - die festzulegende Struktur
die Datei an
[-surface-type] – legt den Typ einer Oberfläche fest (wird nur verwendet, wenn es sich bei der Datei um eine
Oberflächendatei) - Name des Oberflächentyps
[-surface-secondary-type] – legt den sekundären Typ einer Oberfläche fest (nur
wird verwendet, wenn es sich bei der Datei um eine Oberflächendatei handelt) - Name des sekundären Oberflächentyps
Die vorhandene Datei wird geändert und auf denselben Dateinamen umgeschrieben.
Gültig
Werte für den Strukturnamen sind:
CORTEX_LEFT CORTEX_RIGHT CEREBELLUM ACCUMBENS_LEFT ACCUMBENS_RIGHT ALL_GREY_MATTER
ALL_WHITE_MATTER AMYGDALA_LEFT AMYGDALA_RIGHT BRAIN_STEM CAUDATE_LEFT CAUDATE_RIGHT
CEREBELLAR_WHITE_MATTER_LEFT CEREBELLAR_WHITE_MATTER_RIGHT CEREBELLUM_LEFT
CEREBELLUM_RIGHT CEREBRAL_WHITE_MATTER_LEFT CEREBRAL_WHITE_MATTER_RIGHT CORTEX
DIENCEPHALON_VENTRAL_LEFT DIENCEPHALON_VENTRAL_RIGHT HIPPOCAMPUS_LEFT
HIPPOCAMPUS_RIGHT UNGÜLTIG OTHER OTHER_GREY_MATTER OTHER_WHITE_MATTER PALLIDUM_LEFT
PALLIDUM_RIGHT PUTAMEN_LEFT PUTAMEN_RIGHT THALAMUS_LEFT THALAMUS_RIGHT
Gültige Namen für den Oberflächentyp sind:
UNBEKANNTE REKONSTRUKTION ANATOMISCH AUFGEBLASET SEHR_AUFGEBLASEN SPHÄRISCH SEMI_SPHERISCH
ELLIPSOID-FLACHER RUMPF
Gültige Namen für den sekundären Oberflächentyp sind:
UNGÜLTIGES GRAU_WEIßES MITTLERES PIAL
-Show-Szene OFFSCREEN-RENDERUNG EINER SZENE IN EINE BILDDATEI
wb_command -Show-Szene
- Szenendatei - Name oder Nummer (beginnend bei eins)
der Szene in
die Szenendatei
- Name der Ausgabebilddatei - Breite der Ausgabebilder
- Höhe der Ausgabebilder
Rendern Sie den Inhalt der in einer Szene angezeigten Browserfenster in Bilddateien. Der
Der Name der Bilddatei sollte etwa „capture.png“ lauten. Wenn es nur ein Bild gibt
Beim Rendern ändert sich der Bildname nicht. Wenn mehr als ein Bild gerendert werden muss,
In den Bildnamen wird ein Index eingefügt: „capture_01.png“, „capture_02.png“
usw.
Das Bildformat wird durch die Bilddateierweiterung bestimmt. Bildformate
Auf diesem System verfügbar sind:
bmp ico jpeg jpg png ppm tif tiff xbm xpm
Hinweis: Die verfügbaren Bildformate können je nach Betriebssystem variieren.
-signierter-Abstand-zur-Oberfläche BERECHNEN SIE DEN VORZEICHNETEN ABSTAND VON EINER OBERFLÄCHE ZUR ANDEREN
wb_command -signierter-Abstand-zur-Oberfläche
- die Vergleichsfläche zur Messung der vorzeichenbehafteten Distanz
- die Referenzfläche, die den vorzeichenbehafteten Abstand definiert
Funktion
- Ausgabe – die Ausgabemetrik
[-winding] – Wickelmethode für den Punkt-Innenflächentest
- Name der Methode (Standard EVEN_ODD)
Berechnen Sie die vorzeichenbehaftete Abstandsfunktion der Referenzfläche an jedem Scheitelpunkt
die Vergleichsfläche. HINWEIS: Diese Beziehung ist NICHT symmetrisch, die Linie von a
Scheitelpunkt zum nächstgelegenen Punkt auf der „Ref“-Oberfläche (derjenige, der das Vorzeichen definiert).
Abstandsfunktion) wird nur an der Normalen der „Ref“-Oberfläche ausgerichtet. Gültig
Spezifizierer für Wickelmethoden sind wie folgt:
EVEN_ODD (Standard) NEGATIVE NONZERO-NORMALEN
Die NORMALS-Methode verwendet die Normalen von Dreiecken und Kanten oder das nächstgelegene Dreieck
von einem Strahl von der Spitze getroffen. Diese Methode ist möglicherweise etwas schneller, ist es aber nur
zuverlässig für eine geschlossene Fläche, die sich nicht selbst durchschneidet. Alle anderen
Methoden zählen Eintritts- (positive) und Austrittskreuzungen (negative) eines vertikalen Strahls von
Der Punkt zählt dann als innerhalb, wenn die Summe ungerade, negativ oder ungleich Null ist.
beziehungsweise.
-spec-file-merge FÜGEN SIE ZWEI SPEC-DATEIEN IN EINER ZUSAMMEN
wb_command -spec-file-merge
- Erste zusammenzuführende Spezifikationsdatei - Zweite Spezifikationsdatei zum Zusammenführen
- Ausgabe - Spezifikationsdatei ausgeben
Die Ausgabespezifikationsdatei enthält alle Dateien, die in einer der Eingabespezifikationsdateien enthalten sind.
-oberflächenaffine-Regression REGRESSIEREN SIE DIE AFFINE TRANSFORMATION ZWISCHEN OBERFLÄCHEN AUF DEMSELBEN NETZ
wb_command -oberflächenaffine-Regression
- Die Oberfläche verzieht sich - die Oberfläche, deren Koordinaten zugeordnet werden sollen
- Ausgabe – die affine Ausgabedatei
Verwenden Sie die lineare Regression, um eine Affinität zu berechnen, die die Quadratsumme von minimiert
Koordinatenunterschiede zwischen der Zieloberfläche und der verzerrten Quelloberfläche.
Beachten Sie, dass dies dazu führt, dass die zu verformende Oberfläche kleiner wird. Die Ausgabe
ist als NIFTI-„Welt“-Matrix geschrieben, siehe -konvertieren-affin um es für die Verwendung in umzuwandeln
andere Software.
-surface-apply-affine AFFINE TRANSFORMATION AUF OBERFLÄCHENDATEI ANWENDEN
wb_command -surface-apply-affine
- die Oberfläche zur Transformation - die affine Datei - Ausgabe
- die ausgegebene transformierte Oberfläche
[-flirt] – MUSS verwendet werden, wenn affine eine Flirtaffine ist
– das Quellvolumen, das beim Generieren des Affins verwendet wurde
– das Zielvolumen, das beim Generieren des Affins verwendet wird
Für Flirtmatrizen müssen Sie die verwenden -Flirt Option, denn Flirtmatrizen sind es nicht
eine vollständige Beschreibung der Koordinatentransformation, die sie darstellen. Wenn die -Flirt
Wenn die Option nicht vorhanden ist, muss das Affin ein Nifti-„Welt“-Affin sein, was möglich ist
erhalten mit dem -konvertieren-affin Befehl oder aff_conv aus der 4dfp-Suite.
-Oberflächen-Warpfeld anwenden WARPFIELD AUF OBERFLÄCHENDATEI ANWENDEN
wb_command -Oberflächen-Warpfeld anwenden
- die Oberfläche zur Transformation - das INVERSE Warpfeld
- Ausgabe – die ausgegebene transformierte Oberfläche
[-fnirt] – MUSS verwendet werden, wenn ein Fnirt-Warpfeld verwendet wird
- das vordere Warpfeld
HINWEIS: Das Verziehen einer Oberfläche erfordert das INVERSE des Warpfeldes, das zum Verziehen der Oberfläche verwendet wird
Lautstärke, mit der es übereinstimmt. Der Header des Forward Warp wird von benötigt -fnirt
Option, um die Verschiebungen im Fnirt-Warpfeld richtig zu interpretieren.
Besitzt das -fnirt Option ist nicht vorhanden, das Warpfeld muss eine Nifti-„Welt“ sein.
Warpfeld, das mit dem erhalten werden kann -Convert-Warpfield Befehl.
-Oberflächendurchschnitt DURCHSCHNITTLICHE OBERFLÄCHENDATEIEN ZUSAMMEN
wb_command -Oberflächendurchschnitt
- Ausgabe – die ausgegebene gemittelte Oberfläche
[-stddev] – Berechnung der Standardabweichung der 3D-Stichprobe
- Ausgabe – die Ausgabemetrik für das 3D-Beispiel
Standardabweichung
[-uncertainty] – Caret5 „Unsicherheit“ berechnen
- Ausgabe – die Ausgabemetrik für die Unsicherheit
[-surf] – wiederholbar – geben Sie eine Oberfläche an, die in den Durchschnitt einbezogen werden soll
- eine Oberflächenfeile zum Mitteln
Die Standardabweichung der 3D-Stichprobe wird als 'sqrt(sum(squaredlength(xyz -
Mittelwert(xyz))/(n - 1))'.
Die Unsicherheit ist ein in caret5 verwendetes Legacy-Maß und wird als „sum(length(xyz)“ berechnet
- Mittelwert(xyz))/n'.
-oberflächennächster-Scheitelpunkt FINDEN SIE DEN KOORDINATEN NÄCHSTEN OBERFLÄCHENScheitelpunkt
wb_command -oberflächennächster-Scheitelpunkt
- die zu verwendende Oberfläche - Textdatei mit Koordinaten
- Ausgabe – die Ausgabetextdatei mit Scheitelpunktnummern
Suchen Sie für jedes XYZ-Koordinatentripel den nächstgelegenen Scheitelpunkt auf der Oberfläche und geben Sie ihn aus
seine Scheitelpunktnummer in eine Textdatei.
-Oberflächenkoordinaten-zu-metrisch METRISCHE DATEI DER OBERFLÄCHENKOORDINATEN ERSTELLEN
wb_command -Oberflächenkoordinaten-zu-metrisch
- die Oberfläche, deren Koordinaten verwendet werden sollen - Ausgabe - die
Ausgabemetrik
Fügt die Koordinaten der Oberfläche als x, y, z in eine metrische Datei mit drei Karten ein.
-Oberflächenkortexschicht SCHAFFEN SIE EINE OBERFLÄCHE, DIE EINER KORTIKALEN SCHICHT ANnäheRT
wb_command -Oberflächenkortexschicht
- die Oberfläche der weißen Substanz - die Pialoberfläche
- In welchem Volumenanteil soll die Schicht platziert werden? - Ausgabe -
der Ausgabefläche
[-placement-out] – gibt die Platzierung als Abstandsbruchteil vom Pial aus
zu weiß - Ausgabe - Ausgabemetrik
[-untwist] – temporäre Option zum Vergleichen von Methoden, geben Sie an, dass alte verwendet werden soll
Methode
Die Eingabeflächen müssen eine Scheitelpunktkorrespondenz aufweisen.
Die Ausgabeoberfläche
wird erzeugt, indem Scheitelpunkte zwischen den beiden Oberflächen platziert werden, sodass die umschlossenen
Das Volumen innerhalb eines kleinen Flecks der neuen und weißen Oberflächen ist der angegebene Bruchteil
des Volumens desselben Flecks zwischen dem Pial und den weißen Flächen (d. h.
Die Angabe von 0 würde die weiße Oberfläche ergeben, 1 würde die piale Oberfläche ergeben.
-Oberfläche-erzeugen-Kugel Erzeugen Sie eine Kugel mit konsistenten Scheitelpunkten
wb_command -Oberfläche-erzeugen-Kugel
- gewünschte Anzahl an Eckpunkten - Ausgabe - die Ausgabe
Kugel
Erzeugt eine Kugel durch regelmäßige Teilung der Dreiecke eines zukünftigen Ikosaeders
so nah wie möglich an der gewünschten Anzahl von Scheitelpunkten und modifizieren Sie sie, um sie zu haben
sehr ähnliche Scheitelpunktebereiche für alle Scheitelpunkte. So generieren Sie ein Scheitelpunktpaar
Verwenden Sie dann diesen Befehl für die linke und rechte Sphäre -surface-flip-lr das generieren
andere Sphäre also -Set-Struktur auf jeder. Zum Beispiel:
$ wb_command -surface-create-sphere 6000 Sphere.6k.R.surf.gii
$ wb_command -surface-flip-lr Sphere.6k.R.surf.gii Sphere.6k.L.surf.gii
$ wb_command -set-structure Sphere.6k.R.surf.gii CORTEX_RIGHT
$ wb_command -set-structure Sphere.6k.L.surf.gii CORTEX_LEFT
-Surface-Cut-Resample Eine Schnittfläche neu bemustern
wb_command -Surface-Cut-Resample
- die Oberflächendatei, die neu abgetastet werden soll - eine Kugeloberfläche
mit dem Netz, das die Eingabeoberfläche darstellt
derzeit auf
- eine Kugeloberfläche, die im Einklang mit steht
und hat das gewünschte Ausgabenetz
- Ausgabe – die Ausgabeoberflächendatei
Ermittelt eine Neuabtastung einer Oberflächendatei unter Berücksichtigung zweier sphärischer Oberflächen, die deckungsgleich sind.
Es wird baryzentrisches Resampling verwendet, da es sich in der Regel besser für Resampling eignet
Oberflächen, und weil es sowieso benötigt wird, um die neue Topologie herauszufinden.
-Oberflächenverzerrung MESSEN SIE VERFORMUNGEN ZWISCHEN OBERFLÄCHEN
wb_command -Oberflächenverzerrung
- die Referenzfläche - das Verzerrte
Oberfläche - Ausgabe – die Ausgabeverzerrungsmetrik
[-smooth] – Glättet die Flächendaten
- das Glättungskern-Sigma in mm
[-caret5-method] – Verwenden Sie die Oberflächenverzerrungsmethode von caret5
[-edge-method] – Verzerrung von Kantenlängen und nicht von Flächen berechnen
Dieser Befehl wird nicht verwendet -caret5-Methode or -Edge-Methode, entspricht der Verwendung
-Oberflächenscheitelbereiche auf jeder Oberfläche, wobei beide Ausgabemetriken mit dem geglättet werden
GEO_GAUSS_EQUAL-Methode auf der Oberfläche, von der sie stammen, wenn -glatt angegeben ist, und
dann mit der Formel 'ln(distorted/reference)/ln(2)' auf die geglätteten Ergebnisse.
Beim Benutzen -caret5-MethodeEs verwendet die Oberflächenverzerrungsmethode von caret5, die
Nimmt den Basis-2-Logarithmus des Verhältnisses der Kachelflächen und mittelt diese Ergebnisse dann bei
jeden Scheitelpunkt und glättet dann das Ergebnis auf der Referenzoberfläche.
Beim Benutzen -Edge-Methode, des -glatt Die Option wird ignoriert und die Ausgabe erfolgt jeweils
Scheitelpunkt ist der Durchschnitt von 'abs(ln(refEdge/distortEdge)/ln(2))' über alle Kanten
mit dem Scheitelpunkt verbunden.
-surface-flip-lr SPIEGELN SIE EINE OBERFLÄCHE DURCH DIE YZ-EBENE
wb_command -surface-flip-lr
- Die Oberfläche zum Umdrehen - Ausgabe – die umgedrehte Ausgabeoberfläche
Dieser Befehl negiert die x-Koordinate jedes Scheitelpunkts und dreht die Oberfläche um
Normalen, sodass Sie eine Oberfläche entgegengesetzter Händigkeit mit denselben Merkmalen haben
und Knotenkorrespondenz, wobei die Normalen mit der ursprünglichen Oberfläche übereinstimmen. Das
Das heißt, wenn die Eingabeoberfläche Normalen aufweist, die nach außen zeigen, gilt dies auch für die Ausgabeoberfläche
haben Normalen, die nach außen zeigen.
-Oberflächen-Flip-Normale WECHSELN SIE ALLE FLIESEN AUF EINER OBERFLÄCHE
wb_command -Oberflächen-Flip-Normale
- die Oberfläche, deren Normalen umgedreht werden sollen - Ausgabe - die Ausgabe
Oberfläche
Dreht alle Dreiecke auf einer Fläche um, was dazu führt, dass die Flächennormalen umgedreht werden
andere Richtung (nach innen vs. nach außen). Wenn Sie eine Oberfläche mit einem Affin transformieren
das eine negative Determinante hat, oder ein Warpfeld, das in ähnlicher Weise die Oberfläche umdreht, Sie
kann zu einer Oberfläche führen, deren Normalen nach innen zeigen und die möglicherweise angezeigt wird
Probleme. Mit diesem Befehl wird dieses Problem gelöst.
-Oberflächenerzeugung-aufgeblasen OBERFLÄCHE GENERIEREN AUFGEBLASEN
wb_command -Oberflächenerzeugung-aufgeblasen
- die anatomische Oberfläche - Ausgabe -
die ausgang aufgeblasen oberfläche - Ausgabe - die Ausgabe sehr
aufgeblasene Oberfläche
[-iterations-scale] – optionale Iterationsskalierung
- Iterationsskalenwert
Erzeugen Sie aufgeblähte und stark aufgeblähte Flächen. Die Ausgabeflächen sind „angepasst“
(haben den gleichen XYZ-Bereich) zur anatomischen Oberfläche. In den meisten Fällen eine Iterationsskala
Ein Wert von 1.0 (Standard) ist ausreichend. Wenn die Oberfläche jedoch eine große Anzahl enthält
Knoten (150,000), versuchen Sie es mit einer Iterationsskala von 2.5.
-oberflächengeodätische-Entfernung Berechne den geodätischen Abstand von einem Scheitelpunkt bis zur gesamten Oberfläche
wb_command -oberflächengeodätische-Entfernung
- die Oberfläche, auf der berechnet werden soll – der Scheitelpunkt zur Berechnung der Geodäten
Entfernung von - Ausgabe – die Ausgabemetrik
[-naive] – nur Nachbarn verwenden, keine Dreiecke kriechen (nicht empfohlen)
[-limit] – Stoppen Sie bei einer bestimmten Entfernung
- Abstand in mm, bei dem angehalten werden soll
Es sei denn -Grenze angegeben ist, berechnet die geodätische Entfernung vom angegebenen
Scheitelpunkt für alle anderen. Das Ergebnis wird als einspaltige Metrikdatei mit a ausgegeben
Wert von -1 für Eckpunkte, für die die Entfernung nicht berechnet wurde. Wenn -naiv ist nicht
angegeben, verwendet es nicht nur unmittelbare Nachbarn, sondern auch abgeleitete Nachbarn
über Dreieckspaare kriechen, die eine gemeinsame Kante haben.
-surface-geodesic-rois ZEICHNEN SIE GEODÄSISCH BEGRENZTE ROIS AN DEN SCHEIBEN
wb_command -surface-geodesic-rois
- die Oberfläche, auf der gezeichnet werden soll - geodätische Abstandsgrenze vom Scheitelpunkt,
in mm – eine Textdatei mit den Eckpunkten zum Zeichnen von ROIs
um
- Ausgabe – die Ausgabemetrik
[-gaussian] – generiert einen Gaußschen Kernel anstelle eines flachen ROI
– das Sigma für den Gaußschen Kernel, in mm
[-overlap-logic] – wie mit überlappenden ROIs umgegangen wird, standardmäßig ERLAUBEN
- die Methode zur Lösung von Überschneidungen
[-names] – Benennen Sie die Spalten aus der Textdatei
- eine Textdatei mit Spaltennamen, einer pro Zeile
Für jeden Scheitelpunkt in der Listendatei wird eine Spalte in der Ausgabemetrik erstellt und eine
Der ROI um diesen Scheitelpunkt wird in dieser Spalte gezeichnet. Jede Metrikspalte enthält Nullen
außerhalb der geodätischen Distanz, die durch begrenzt wird , und standardmäßig wird ein
Wert von 1.0 darin. Wenn die -Gaussian Option angegeben ist, die darin enthaltenen Werte
Der ROI bildet stattdessen einen Gaußschen Wert mit dem angegebenen Sigma-Wert, normalisiert
sodass die Summe der Werte ungleich Null in der Metrikspalte 1.0 beträgt. Der
Argument zwei -Überlappungslogik muss einer von ALLOW, CLOSEST oder EXCLUDE sein. ALLOW ist das
Dies bedeutet, dass ROIs unabhängig voneinander behandelt werden und sich möglicherweise überschneiden. Am nächsten
bedeutet, dass ROIs sich nicht überlappen dürfen und dass kein ROI Eckpunkte enthält, die näher beieinander liegen
zu einem anderen Startscheitelpunkt. AUSSCHLIEßEN bedeutet, dass ROIs sich nicht überschneiden dürfen und zwar überhaupt
Der Scheitelpunkt im Bereich von mehr als einem ROI gehört zu keinem ROI.
-Oberflächeninflation OBERFLÄCHENINFLATION
wb_command -Oberflächeninflation
- die anatomische Oberfläche - die Oberflächendatei zu
aufblasen - Anzahl der Glättungszyklen
- Glättungsstärke (Bereiche [0.0 - 1.0])
- Glättung von Iterationen - Inflationsfaktor
- Ausgabe - Oberflächendatei ausgeben
Blasen Sie eine Oberfläche auf, indem Sie Zyklen ausführen, die aus Glätten und anschließendem bestehen
Inflation (um die durch Glättung verursachte Schrumpfung zu korrigieren).
-Oberflächeninformationen INFORMATIONEN ÜBER EINE OBERFLÄCHE ANZEIGEN
wb_command -Oberflächeninformationen
- Oberfläche, für die Informationen angezeigt werden
Es werden Informationen zur Oberfläche angezeigt, einschließlich Scheitelpunkten, Dreiecken, Begrenzungsrahmen,
und Abstand.
-Oberflächenübereinstimmung OBERFLÄCHENPASSUNG
wb_command -Oberflächenübereinstimmung
- Passen Sie die (Referenz-)Oberfläche an - Datei
enthaltende Oberfläche, die transformiert wird - Oberflächendatei
nach der Verwandlung
Die Eingabeoberflächendatei wird so transformiert, dass ihre Koordinatenbereiche (Begrenzung
(Feld) mit der Match-Surface-Datei übereinstimmen
-Surface-Modify-Sphere Radius ändern und optional eine Kugel neu zentrieren
wb_command -Surface-Modify-Sphere
- die zu ändernde Sphäre - der Radius, den die Ausgangskugel haben sollte
haben - Ausgabe - die Ausgabekugel
[-recenter] – Zentrieren Sie die Kugel mithilfe des Begrenzungsrahmens neu
Dieser Befehl kann nützlich sein, wenn Sie ihn verwendet haben -Oberflächen-Resample eine Kugel erneut abtasten,
die unter Problemen leiden können, die in der Regel nicht vorhanden sind
-surface-sphere-project-unproject. Wenn die Kugel bereits zentriert sein sollte
der Ursprung, mit -rezentrieren kann es noch leicht verschieben, bevor der Radius verändert wird,
was wahrscheinlich unerwünscht ist.
Wenn ist nicht annähernd kugelförmig oder nicht um den Ursprung zentriert und
-rezentrieren nicht verwendet wird, wird eine Warnung ausgegeben.
-Oberflächennormalen VERTEX-NORMALEN ALS METRISCHE DATEI AUSGEBEN
wb_command -Oberflächennormalen
- die Oberfläche, deren Normalen ausgegeben werden sollen - Ausgabe - das Normale
Vektoren
Berechnet die Normalenvektoren der Oberflächendatei und gibt sie als 3-Spalte aus
metrische Datei.
-Oberflächen-Resample ÄNDERN SIE EINE OBERFLÄCHE ZU EINEM ANDEREN NETZ
wb_command -Oberflächen-Resample
- die Oberflächendatei, die neu abgetastet werden soll - eine Kugeloberfläche
mit dem Netz, das die Eingabeoberfläche darstellt
derzeit auf
- eine Kugeloberfläche, die im Einklang mit steht
und hat das gewünschte Ausgabenetz
- der Methodenname - Ausgabe – die Ausgabeoberflächendatei
[-area-surfs] – Geben Sie Oberflächen an, auf deren Grundlage eine Scheitelpunktflächenkorrektur durchgeführt werden soll
- eine relevante Oberfläche mit Gittergewebe - A
relevante Oberfläche mit Gittergewebe
[-area-metrics] – Geben Sie Scheitelpunktflächenmetriken an, um eine flächenbasierte Korrektur durchzuführen
An - eine metrische Datei mit Scheitelpunktbereichen für
ineinander greifen
- eine metrische Datei mit Scheitelpunktbereichen für Gittergewebe
Ermittelt eine Neuabtastung einer Oberflächendatei unter Berücksichtigung zweier sphärischer Oberflächen, die deckungsgleich sind. Wenn
Die Methode führt eine Flächenkorrektur durch, genau eine davon -area-surfs or -Bereichsmetriken sollen
angegeben werden. Diese Option wird im Normalfall nicht genutzt, ist aber vorgesehen
Vollständigkeit.
Der Das Argument muss eines der folgenden sein:
ADAP_BARY_AREA BARYCENTRIC
Die BARYCENTRIC-Methode wird für anatomische Oberflächen empfohlen, sofern dies nicht der Fall ist
ziemlich rau, um die Glättung zu minimieren.
Für Schnittflächen (einschließlich Flatmaps) verwenden Sie -Surface-Cut-Resample.
Anstatt eine sphärische Oberfläche erneut abzutasten, wird die -surface-sphere-project-unproject
Befehl wird empfohlen.
-Oberflächenglättung OBERFLÄCHENGLÄTTUNG
wb_command -Oberflächenglättung
- Die Oberfläche mit einer Feile glätten - Glättungsstärke
(Bereiche [0.0 - 1.0]) - Glättung von Iterationen -
Ausgabe – Oberflächendatei ausgeben
Glättet eine Oberfläche durch Mittelung der Knoten mit ihren Nachbarn.
-surface-sphere-project-unproject EINE KUGEL NACH EINER REGISTRIERUNG VERFORMEN
wb_command -surface-sphere-project-unproject
- die Kugel mit dem gewünschten Ausgabenetz - A
Sphäre, die mit Sphäre-in ausgerichtet ist - Sphäre-Projekt-zu
zum Ausgangsraum verformt - Ausgabe - die Ausgabekugel
Jeder Scheitelpunkt von projiziert wird erhalten
Schwerpunktgewichte, die dann zum Aufheben der Projektion verwendet werden .
Dadurch entsteht eine Kugel mit der Topologie , aber die Koordinaten haben sich verschoben
durch die Verformung dazwischen Und .
Und müssen jeweils die gleiche Topologie haben
andere, aber kann eine andere Topologie haben.
-Fläche-zu-Fläche-3D-Abstand BERECHNEN SIE DEN ABSTAND ZWISCHEN ENTSPRECHENDEN Scheitelpunkten
wb_command -Fläche-zu-Fläche-3D-Abstand
- die Oberfläche, die mit der Referenz verglichen werden soll - Die
Oberfläche, die als Referenz verwendet werden soll - Ausgabe – die Ausgabeabstände
[-vectors] – Ausgabe der Verschiebungsvektoren
- Ausgabe - die Ausgabevektoren
Berechnet die Vektordifferenz zwischen den Scheitelpunkten jeder Oberfläche mit demselben Wert
Index als (comp - ref) und geben Sie die Größen und optional die Verschiebung aus
Vektoren.
-Oberflächenscheitelbereiche MESSEN SIE DIE OBERFLÄCHE, FÜR DIE JEDER Scheitelpunkt VERANTWORTLICH IST
wb_command -Oberflächenscheitelbereiche
- die zu messende Oberfläche - Ausgabe – die Ausgabemetrik
Jeder Scheitelpunkt erhält ein Drittel der Fläche jedes Dreiecks, zu dem er gehört.
-Oberflächenkeilvolumen MESSEN SIE DAS VOLUMEN PRO VERTEX ZWISCHEN OBERFLÄCHEN
wb_command -Oberflächenkeilvolumen
- die Innenfläche - die äußere Oberfläche -
Ausgabe – die Ausgabemetrik
Berechnen Sie das Volumen der Fläche jedes Scheitelpunkts von einer Oberfläche zur anderen. Die Oberflächen
muss eine Knotenkorrespondenz haben.
-Gerätetest
-volume-affine-resample RESAMPLE-VOLUMEN MITTELS AFFINE TRANSFORMIEREN
wb_command -volume-affine-resample
- Volumen zum erneuten Abtasten – die anzuwendende affine Datei
- eine Volume-Datei im gewünschten Volume-Bereich
Möglichkeiten für das Ausgangssignal:
- die Resampling-Methode - Ausgabe – die Ausgabelautstärke
[-flirt] – MUSS verwendet werden, wenn affine eine Flirtaffine ist
– das Quellvolumen, das beim Generieren des Affins verwendet wurde
– das Zielvolumen, das beim Generieren des Affins verwendet wird
Resampling einer Volumendatei mit einer affinen Transformation.
Die empfohlene
Die Methoden sind CUBIC (kubischer Spline) für die meisten Daten und ENCLOSING_VOXEL für Beschriftungsdaten.
Der Parameter muss einer von sein:
KUBISCH ENCLOSING_VOXEL TRILINEAR
-volume-all-labels-to-rois MACHEN SIE ROIS AUS ALLEN ETIKETTEN IN EINEM VOLUMENRAHMEN
wb_command -volume-all-labels-to-rois
- die Eingabe-Volume-Label-Datei - die Nummer oder der Name des Etiketts
Karte zu verwenden - Ausgabe – die Ausgabe-Volume-Datei
Das Ausgabevolumen verfügt über einen Rahmen für jede Beschriftung im angegebenen Eingaberahmen, „andere“.
als das ??? Etikett, das jeweils einen ROI aller Voxel enthält, die auf das festgelegt sind
entsprechendes Etikett.
-Volumenerfassungsebene BILD VON DER EBENE DURCH DAS VOLUMEN INTERPOLIEREN
wb_command -Volumenerfassungsebene
– die Volumendatei, aus der interpoliert werden soll - der Name oder die Nummer von
das zu verwendende Subvolume - Interpolationstyp - Breite des Ausgabebildes,
in Pixel – Höhe des Ausgabebildes in Pixel - Zu rendernder Wert
als schwarz – Wert, der als Weiß gerendert werden soll - x-Koordinate von
unten links im Ausgabebild - Y-Koordinate des Bodens
links vom Ausgabebild - Z-Koordinate unten links im
Ausgabebild - x-Koordinate unten rechts in der Ausgabe
Bild – Y-Koordinate unten rechts im Ausgabebild
– Z-Koordinate unten rechts im Ausgabebild
- X-Koordinate oben links im Ausgabebild -
Y-Koordinate oben links im Ausgabebild - Z-Koordinate des
oben links im Ausgabebild - Ausgabe – das Ausgabebild
HINWEIS: Wenn Sie ein Bild mit allen Funktionen der GUI erstellen möchten
Rendering, siehe -Show-Szene.
Rendert ein Bild einer beliebigen Ebene durch die Volumendatei mit einem einfachen
lineare Graustufenpalette. Der Parameter muss einer von sein:
KUBISCH ENCLOSING_VOXEL TRILINEAR
-Volume-Copy-Erweiterungen ERWEITERTE DATEN IN EINE ANDERE VOLUMENDATEI KOPIEREN
wb_command -Volume-Copy-Erweiterungen
– die Volumendatei, die die zu verwendenden Voxeldaten enthält
– die Volume-Datei, die die zu verwendenden Erweiterungen enthält - Ausgabe - die
Ausgangslautstärke
[-drop-unknown] – Kopieren Sie keine Erweiterungen, die Workbench nicht versteht
Dieser Befehl kopiert die Informationen in eine Volume-Datei, die kein kritischer Teil davon ist
der Standardkopf oder die Datenmatrix, z. B. Kartennamen, Paletteneinstellungen, Beschriftungstabellen.
If -drop-unknown Wird nicht angegeben, werden auch ähnliche Arten von Informationssätzen kopiert
durch andere Software.
-volume-create ERSTELLEN SIE EINE LEERE VOLUME-DATEI
wb_command -volume-create
- Länge der ersten Dimension - Länge der zweiten Dimension -
Länge der dritten Dimension - Ausgabe – die Ausgabelautstärke
[-plumb] – eingestellt über Achsenreihenfolge und Abstand/Versatz
– eine Zeichenfolge wie „XYZ“, die angibt, welcher Index vorhanden ist
welche räumliche Dimension
- Änderung der X-Koordinate durch Inkrementieren der relevanten
Index
- Änderung der Y-Koordinate durch Inkrementieren der relevanten
Index
- Änderung der Z-Koordinate durch Inkrementieren der relevanten
Index
- die x-Koordinate des ersten Voxels - die y-Koordinate von
das erste Voxel – die Z-Koordinate des ersten Voxels
[-sform] – wird über eine Nifti-Form festgelegt
- Erhöhung der x-Koordinate durch Inkrementieren des i-Index
- Erhöhung der x-Koordinate durch Inkrementieren des j-Index - Erhöhung der
x-Koordinate durch Inkrementieren des k-Index - x-Koordinate des ersten Voxels
- Erhöhung der Y-Koordinate durch Inkrementieren des i-Index
- Erhöhung der Y-Koordinate durch Inkrementieren des J-Index - Erhöhung der
y-Koordinate durch Inkrementieren des k-Index - y-Koordinate des ersten Voxels
- Erhöhung der Z-Koordinate durch Inkrementieren des i-Index
- Erhöhung der Z-Koordinate durch Inkrementieren des J-Index - Erhöhung der
z-Koordinate durch Inkrementieren des k-Index - Z-Koordinate des ersten Voxels
Erstellt eine Volumendatei voller Nullen.
Genau einer von -Lot or -sform
muss angegeben werden.
-Volumen-erweitern EINE VOLUMENDATEI ERWEITERN
wb_command -Volumen-erweitern
- das zu erweiternde Volumen - zu erweiternder Abstand in mm -
zu verwendende Dilatationsmethode - Ausgabe – die Ausgabelautstärke
[-bad-voxel-roi] – Geben Sie einen Roi von Voxeln an, die überschrieben werden sollen, anstatt
Voxel mit dem Wert Null - Volumendatei, positive Werte bezeichnen Voxel
haben
Ihre Werte wurden ersetzt
[-data-roi] – Geben Sie einen ROI an, wo sich Daten befinden
- Volumendatei, positive Werte bezeichnen Voxel, die haben
die Datenerfassung
[-subvolume] – Wählen Sie ein einzelnes Subvolumen zum Erweitern aus
- die Nummer oder der Name des Subvolumes
Für alle Voxel, die als schlecht gekennzeichnet sind, wenn sie einem nicht-schlechten Voxel benachbart sind
Daten oder sich innerhalb der angegebenen Entfernung eines solchen Voxels befinden, ersetzen Sie den Wert im
fehlerhaftes Voxel mit einem Wert, der aus nahegelegenen nicht fehlerhaften Voxeln berechnet wird, die Daten enthalten,
andernfalls setzen Sie den Wert auf Null. Egal wie klein ist, Dilatation wird
Verwenden Sie immer mindestens die benachbarten Voxel.
Standardmäßig sind Voxel, die Daten mit dem Wert 0 haben, fehlerhaft, geben Sie an -bad-voxel-roi
Voxel nur dann als schlecht zu zählen, wenn sie vom Roi ausgewählt werden. Wenn -Daten-ROI ist nicht
angegeben, wird davon ausgegangen, dass alle Voxel Daten enthalten.
Gültige Werte für Sind:
NEAREST – verwenden Sie den Wert aus dem nächstgelegenen guten Voxel. WEIGHTED – verwenden Sie eine Gewichtung
Durchschnitt basierend auf der Entfernung
-Volumenschätzung-fwhm SCHÄTZEN SIE DIE FWHM-GLÄTTE EINES VOLUMEN
wb_command -Volumenschätzung-fwhm
- die Eingangslautstärke
[-roi] – Nur Daten innerhalb eines ROI verwenden
– das Volumen, das als ROI verwendet werden soll
[-subvolume] – Wählen Sie ein einzelnes Subvolumen aus, dessen Glätte geschätzt werden soll
- die Nummer oder der Name des Subvolumes
Schätzt separat die Glätte des Eingabevolumens in X-, Y- und Z-Richtung.
Drucken der Schätzungen auf der Standardausgabe. Wenn -Subvolumen ist jeweils nicht angegeben
Das Teilvolumen wird geschätzt und separat angezeigt.
-Volumen-Extrema EXTREMA IN EINER VOLUMENDATEI FINDEN
wb_command -Volumen-Extrema
- Volumendatei, um die Extrema zu finden - der Mindestabstand
zwischen identifizierten Extrema desselben
tippe
- Ausgabe – das ausgegebene Extrema-Volumen
[-presmooth] – Glätten Sie die Lautstärke, bevor Sie Extrema finden
– das Sigma für den Gaußschen Glättungskernel, in mm
[-roi] – Werte außerhalb des ausgewählten Bereichs ignorieren
- der Bereich, in dem man Extrema findet
[-threshold] – kleine Extrema ignorieren
– der größte Wert, der als Minimum betrachtet werden muss - das kleinste
Wert, der als Maximum betrachtet werden muss
[-sum-subvols] – gibt die Summe der Extrema-Subvolumes anstelle jedes einzelnen aus
Subvolume separat
[-consolidate-mode] – Konsolidierung lokaler Minima anstelle von a verwenden
großes Viertel
[-only-maxima] – nur die Maxima finden
[-only-minima] – nur die Minima finden
[-subvolume] – Wählen Sie ein einzelnes Subvolumen aus, in dem Extremwerte gesucht werden sollen
- die Nummer oder der Name des Subvolumes
Findet Extrema in einer Datenträgerdatei, sodass keine zwei Extrema desselben Typs vorhanden sind
innerhalb von einander. Die Extrema sind mit gekennzeichnet -1 für Minima, 1 für
Maxima, sonst 0. Wenn -nur-maxima or -nur-Minima angegeben ist, dann wird es so sein
Ignorieren Sie Extrema, die nicht vom angegebenen Typ sind. Diese Optionen schließen sich gegenseitig aus.
If -sum-subvols Wird angegeben, werden diese Extrema-Teilvolumina summiert und ausgegeben
hat ein einzelnes Subvolumen mit diesem Ergebnis.
Standardmäßig ist ein Datenpunkt nur dann ein Extrema, wenn er extremer ist als alle anderen
Datenpunkt, der sich darin befindet davon. Wenn -Konsolidierungsmodus wird verwendet, es
Stattdessen beginnt es damit, alle Datenpunkte zu finden, die extremer sind als ihre unmittelbaren Datenpunkte
Nachbarn, solange es darin irgendwelche Extrema gibt voneinander nehmen
die beiden einander am nächsten liegenden Extrema und verschmelzen sie durch einen gewichteten Durchschnitt zu einem
basierend darauf, wie viele ursprüngliche Extrema jeweils zusammengeführt wurden.
Standardmäßig werden alle Eingabe-Subvolumes ohne Glättung verwendet -Subvolumen zu
Geben Sie ein einzelnes Subvolume an, das verwendet werden soll, und -vorglatt um die Eingabe vorher zu glätten
die Extrema finden.
-Volumenfülllöcher Füllen Sie Löcher in einem ROI-Volumen
wb_command -Volumenfülllöcher
- das eingegebene ROI-Volumen - Ausgabe – das ausgegebene ROI-Volumen
Findet alle flächenverbundenen Teile, die nicht im ROI enthalten sind, und füllt alle anderen Teile aus
der größte mit Einsen.
-volume-find-clusters FILTER CLUSTER NACH VOLUMEN
wb_command -volume-find-clusters
- die Eingangslautstärke - Schwellenwert für Datenwerte
– Schwellenwert für Clustervolumen, in mm^3 - Ausgabe -
die Ausgabelautstärke
[-less-than] – Werte finden, die kleiner sind als , statt
mehr
[-roi] – Wählen Sie eine Region von Interesse aus
- das ROI, als Volume-Datei
[-subvolume] – Wählen Sie ein einzelnes Subvolume aus
- die Nummer oder der Name des Subvolumes
[-size-ratio] – Cluster ignorieren, die kleiner als ein bestimmter Bruchteil davon sind
Größter Cluster in der Karte - Bruchteil des Volumens des größten Clusters
[-distance] – ignoriert Cluster, die weiter als eine bestimmte Entfernung vom entfernt sind
größter Cluster - wie weit ein Cluster vom größten Cluster entfernt sein kann,
Rand
bis Kante, in mm
[-start] – Beginnen Sie mit der Beschriftung von Clustern ab einem anderen Wert als 1
– Der Wert, der dem ersten gefundenen Cluster zugewiesen werden soll
Gibt ein Volumen mit ganzen Zahlen ungleich Null für alle Voxel innerhalb eines ausreichend großen Bereichs aus
Cluster und Nullen an anderer Stelle. Die ganzen Zahlen geben die Clustermitgliedschaft an (standardmäßig
(Der erste gefundene Cluster verwendet den Wert 1, der zweite Cluster den Wert 2 usw.). Standardmäßig Werte
größer als gelten als in einem Cluster befindlich, verwenden -weniger als zu
Testen Sie auf Werte, die unter dem Schwellenwert liegen. Um dies als Maske auf die Daten anzuwenden, oder
Um eine kompliziertere Schwellenwertermittlung durchzuführen, siehe -Volumen-Mathe.
-Volumengradient GRADIENT EINER VOLUMENDATEI
wb_command -Volumengradient
- die Eingangslautstärke - Ausgabe - der Ausgabegradient
Größe Volumen
[-presmooth] – Glätten Sie die Lautstärke, bevor Sie den Farbverlauf berechnen
- Sigma für Gaußsche Gewichtungsfunktion, in mm
[-roi] – Wählen Sie einen interessierenden Bereich aus, dessen Verlauf übernommen werden soll
– der Bereich, in dem der Farbverlauf aufgenommen werden soll
[-vectors] – Ausgabevektoren
- Ausgabe der Vektoren als Volumendatei
[-subvolume] – Wählen Sie ein einzelnes Subvolume aus, dessen Verlauf übernommen werden soll
- die Nummer oder der Name des Subvolumes
Berechnet den Gradienten des Volumens, indem für jedes Voxel lineare Regressionen durchgeführt werden.
Berücksichtigung nur seiner vorderen Nachbarn, es sei denn, es sind zu wenige vordere Nachbarn vorhanden. Der
Der Gradientenvektor wird aus den partiellen Ableitungen der resultierenden Linearität konstruiert
Funktion, und der Betrag dieses Vektors ist die Ausgabe. Falls angegeben, die Lautstärke
Die Vektorausgabe wird mit den x-, y- und z-Komponenten aus einem Teilvolumen wie folgt angeordnet
aufeinanderfolgende Teilbände.
-Volume-Label-Exporttabelle ETIKETTTABELLE AUS VOLUMEN ALS TEXT EXPORTIEREN
wb_command -Volume-Label-Exporttabelle
- die Eingabe-Volume-Label-Datei - die Nummer oder der Name des Etiketts
Karte zu verwenden - Ausgabe – die Ausgabetextdatei
Übernimmt die Beschriftungstabelle aus der Datenträgerbeschriftungszuordnung und schreibt sie in ein Textformat
passend zu dem, was von erwartet wird -Volume-Label-Import.
-Volume-Label-Import Importieren Sie ein Etikettenvolumen in das Caret-Format
wb_command -Volume-Label-Import
– das zu importierende Etikettenvolumen - Textdatei mit dem
Werte und Namen für Etiketten - Ausgabe – das Ausgabe-Workbench-Label-Volume
[-discard-others] – setzt alle Voxel mit Werten, die nicht in der Beschriftung erwähnt sind
Liste zum ??? Etikett
[-unlabeled-value] – Legen Sie den Wert fest, der als unbeschriftet interpretiert wird
– der numerische Wert für unbeschriftet (Standard 0)
[-subvolume] – Wählen Sie ein einzelnes Subvolume zum Importieren aus
- die Nummer oder der Name des Subvolumes
[-drop-unused-labels] – alle nicht verwendeten Labelwerte aus dem Label entfernen
Tabelle
Erstellt ein neues Volume mit Beschriftungsinformationen in der Kopfzeile im Caret-Nifti
Erweiterungsformat. Sie können die leere Zeichenfolge angeben ('' funktioniert unter Linux/Mac) für
, die so behandelt wird, als wäre es eine leere Datei. Die Etikettenliste
Die Datei muss Zeilen im folgenden Format enthalten:
Geben Sie den Schlüssel „unlabeled“ nicht in der Datei an, es wird davon ausgegangen, dass 0 „nein“ bedeutet
gekennzeichnet, es sei denn -unbeschrifteter-Wert angegeben. Etikettennamen müssen separat angegeben werden
Zeile, kann aber Leerzeichen oder andere ungewöhnliche Zeichen enthalten (aber keinen Zeilenumbruch).
Leerzeichen werden an beiden Enden des Etikettennamens entfernt, bleiben jedoch erhalten, wenn sie sich im befinden
Mitte eines Etiketts. Die Werte für Rot, Grün, Blau und Alpha müssen ganze Zahlen sein
0 bis 255 und gibt die Farbe an, in der das Etikett gezeichnet wird (Alpha von 255 bedeutet).
undurchsichtig, was wahrscheinlich das ist, was Sie wollen). Standardmäßig werden neue Labelnamen festgelegt
mit den Namen LABEL_# für alle gefundenen Werte, die nicht in der Liste aufgeführt sind
Datei angeben -verwerfen-andere stattdessen diese Voxel auf den „unbeschrifteten“ Schlüssel zu setzen.
-Volume-Label-to-ROI MACHEN SIE EINE VOLUMENBEZEICHNUNG IN EIN ROI-VOLUMEN
wb_command -Volume-Label-to-ROI
- die Eingabe-Volume-Label-Datei - Ausgabe – die Ausgabelautstärke
Datei
[-name] – Label nach Namen auswählen
– der Name des Labels, von dem Sie einen ROI wünschen
[-key] – Beschriftung per Taste auswählen
- der Beschriftungsschlüssel, von dem Sie einen ROI wünschen
[-map] – Wählen Sie eine einzelne Label-Map zur Verwendung aus
- die Kartennummer oder der Name
Für jede Karte in , wird eine Karte erstellt wo alle Standorte
beschriftet mit oder mit einem Schlüssel von erhalten den Wert 1 und
Alle anderen Standorte erhalten den Wert 0. Genau einer davon -Name und -Schlüssel muss angegeben werden.
Angeben -Karte nur eine Karte von verwenden .
-Volume-Label-to-Surface-Mapping Ordnen Sie ein Etikettenvolumen einer Oberflächenetikettendatei zu
wb_command -Volume-Label-to-Surface-Mapping
– das Volume, von dem Daten zugeordnet werden sollen - die Oberfläche, auf der die Daten abgebildet werden sollen
- Ausgabe – die ausgegebene Gifti-Label-Datei
[-subvol-select] – Wählen Sie ein einzelnes Subvolume zum Zuordnen aus
- die Nummer oder der Name des Subvolumes
Verwendet die umschließende Voxel-Zuordnungsmethode, um Etikettendaten einer Gifti-Etikettendatei zuzuordnen.
-Volumen-Mathe AUSDRUCK AUF VOLUMENDATEIEN AUSWERTEN
wb_command -Volumen-Mathe
– der auszuwertende Ausdruck in Anführungszeichen - Ausgabe - die
Ausgangslautstärke
[-fixnan] – NaN-Ergebnisse durch einen Wert ersetzen
- Wert, durch den NaN ersetzt werden soll
[-var] – wiederholbar – eine Volume-Datei zur Verwendung als Variable
– der Name der Variablen, wie er im Ausdruck verwendet wird - die Lautstärke
Datei, die als diese Variable verwendet werden soll
[-subvolume] – Wählen Sie ein einzelnes Subvolume aus
- die Nummer oder der Name des Subvolumes
[-repeat] – Wiederverwendung eines einzelnen Subvolumens für jedes Berechnungssubvolumen
Dieser Befehl wertet aus an jedem Voxel unabhängig.
Es
muss mindestens eins sein -var Option (um den Volume-Speicherplatz abzurufen), auch wenn die
darin angegeben, wird in nicht verwendet . Alle Volumes müssen das gleiche Volumen haben
Raum. Dateinamen sind in nicht gültig , verwenden Sie einen Variablennamen und a -var
Option mit passendem um eine Eingabedatei anzugeben. Wenn die -Subvolumen Option ist
jedem gegeben -var Option wird nur ein Subvolume aus dieser Datei verwendet. Wenn -wiederholen is
angegeben, darf die Datei entweder nur ein Subvolume haben oder das -Subvolumen
Option angegeben. Alle Dateien, die nicht verwendet werden -wiederholen muss die gleiche Anzahl haben
Subvolumes, deren Verwendung angefordert wurde. Das Format von ist wie folgt:
Ausdrücke bestehen aus Konstanten, Variablen, Operatoren, Klammern und Funktionen.
in Infix-Notation, etwa 'exp(-x + 3) * Skala'. Variablen sind beliebige Zeichenfolgen
Länge, mit den Zeichen az, AZ, 0-9 und _, darf aber nicht den Namen a annehmen
benannte Konstante. Derzeit gibt es nur eine benannte Konstante, PI. Die Betreiber
sind +, -, *, /, ^, >, <, >=, <=, ==, !=, !, &&, ||. Diese verhalten sich wie in C, außer
dass ^ eine Potenzierung ist, also pow(x, y), und höhere Priorität hat als andere
binäre Operatoren (auch „-3^-4^-5“ bedeutet „-(3^(-(4^-5)))“). Das <=, >=, == und !=
Den Betreibern wird ein kleiner Spielraum eingeräumt, der einem Millionstel entspricht
kleinerer der Absolutwerte der verglichenen Werte.
Vergleichs- und logische Operatoren geben 0 oder 1 zurück, Sie können eine Maskierung mit Ausdrücken vornehmen
wie 'x * (Maske > 0)'. Für alle logischen Operatoren gilt eine Eingabe genau dann als wahr, wenn
es ist größer als 0. Der Ausdruck „0 < x < 5“ ist syntaktisch nicht falsch, aber
Es wird NICHT das tun, was gewünscht wird, da es von links nach rechts ausgewertet wird, d. h. '((0
x) < 5)', was wie beide möglichen Ergebnisse eines Vergleichs immer 1 zurückgibt
kleiner als 5. Eine Warnung wird generiert, wenn ein Ausdruck dieses Typs erkannt wird.
Verwenden Sie etwas wie „x > 0 && x < 5“, um das gewünschte Verhalten zu erhalten.
Leerzeichen zwischen Elementen werden ignoriert, „sin( 2 * x)“ entspricht
„sin(2*x)“, aber „s in(2*x)“ ist ein Fehler. Eine implizite Multiplikation ist nicht zulässig.
Der Ausdruck „2x“ wird als Variable geparst. Klammern sind (), nicht verwenden
[] oder {}. Funktionen erfordern Klammern, der Ausdruck „sin x“ ist ein Fehler.
Folgende Funktionen werden unterstützt:
sin: 1 Argument, der Sinus des Arguments (Einheiten sind Bogenmaß) cos: 1 Argument, der
Kosinus des Arguments (Einheiten sind Bogenmaß) tan: 1 Argument, der Tangens des
Argument (Einheiten sind Bogenmaß) asin: 1 Argument, der Kehrwert des Sinus des Arguments,
im Bogenmaß Acos: 1 Argument, der Kehrwert des Kosinus des Arguments, im Bogenmaß
atan: 1 Argument, der Kehrwert des Tangens des Arguments, im Bogenmaß atan2: 2
Argumente, atan2(y, x) gibt den Kehrwert des Tangens von zurück
(y/x), im Bogenmaß, Bestimmung des Quadranten durch das Vorzeichen beider Argumente
sinh: 1 Argument, der hyperbolische Sinus des Arguments cosh: 1 Argument, der
hyperbolischer Kosinus des Arguments tanh: 1 Argument, der hyperbolische Tangens des
Argument asinh: 1 Argument, der umgekehrte hyperbolische Sinus des Arguments acosh: 1
Argument, der umgekehrte hyperbolische Kosinus des Arguments atanh: 1 Argument, das
Umkehrhyperbol-Tangens des Arguments ln: 1 Argument, der natürliche Logarithmus von
das Argument exp: 1 Argument, die Konstante e potenziert das Argument
log: 1 Argument, der Logarithmus zur Basis 10 des Arguments sqrt: 1 Argument, das Quadrat
Wurzel des Arguments abs: 1 Argument, der absolute Wert des Arguments Boden: 1
Argument, die größte ganze Zahl, die nicht größer als das Argument ist. Runde: 1 Argument, das
nächste ganze Zahl, mit abgerundeten Bindungen
Null
ceil: 1 Argument, die kleinste Ganzzahl nicht kleiner als das Argument min: 2 Argumente,
min(x, y) gibt y zurück, wenn (x > y), x sonst max: 2 Argumente, max(x, y) gibt y zurück
wenn (x < y), x sonst mod: 2 Argumente, mod(x, y) = x - y * floor(x / y), oder 0 wenn
y == 0 Klammer: 3 Argumente, Klammer(x, niedrig, hoch) = min(max(x, niedrig), hoch)
-Volume-Merge VOLUME-DATEIEN IN EINE NEUE DATEI ZUSAMMENFÜHREN
wb_command -Volume-Merge
- Ausgabe – die Ausgabe-Volume-Datei
[-volume] – wiederholbar – Geben Sie eine Eingabe-Volume-Datei an
– eine Volume-Datei zur Verwendung von Subvolumes
[-subvolume] – wiederholbar – Wählen Sie ein einzelnes Subvolume zur Verwendung aus
- die Nummer oder der Name des Subvolumes
[-up-to] – Verwenden Sie einen umfassenden Bereich von Subvolumes
- die Nummer oder der Name des letzten Subvolumes
das
[-reverse] – Verwenden Sie den Bereich in umgekehrter Reihenfolge
Nimmt eine oder mehrere Volume-Dateien und erstellt durch Verketten eine neue Volume-Datei
Teilvolumina daraus. Die Eingabe-Volume-Dateien müssen über denselben Volume-Speicherplatz verfügen.
Beispiel: wb_command -Volume-Merge out.nii -Volumen erste.nii -Subvolumen 1 -Volumen
zweite.nii
Dieses Beispiel würde das erste Subvolume von first.nii nehmen, gefolgt von all
Subvolumes von second.nii und schreiben Sie diese nach out.nii.
-Volumenpalette Legen Sie die Palette einer Volume-Datei fest
wb_command -Volumenpalette
– die zu ändernde Volume-Datei - der Mapping-Modus
[-subvolume] – Wählen Sie ein einzelnes Subvolume aus
- die Nummer oder der Name des Subvolumes
[-pos-percent] – Prozentsatz Min./Max. für positive Datenfärbung
– das Perzentil für die am wenigsten positiven Daten - Die
Perzentil für die positivsten Daten
[-neg-percent] – Prozentsatz Min/Max für negative Datenfärbung
– das Perzentil für die am wenigsten negativen Daten - Die
Perzentil für die negativsten Daten
[-pos-user] – Min./Max.-Werte des Benutzers für positive Datenfärbung
– der Wert für die am wenigsten positiven Daten - der Wert
für die positivsten Daten
[-neg-user] – Min.-/Max.-Werte des Benutzers für die negative Datenfärbung
– der Wert für die am wenigsten negativen Daten - der Wert
für die negativsten Daten
[-interpolate] – Farben interpolieren
- boolean, ob interpoliert werden soll
[-disp-pos] – positive Daten anzeigen
- boolean, ob angezeigt werden soll
[-disp-neg] – positive Daten anzeigen
- boolean, ob angezeigt werden soll
[-disp-zero] – Zeigt Daten an, die näher an Null liegen als der Mindestgrenzwert
- boolean, ob angezeigt werden soll
[-palette-name] – legt die verwendete Palette fest
- der Name der Palette
[-thresholding] – Legen Sie den Schwellenwert fest
- Schwellenwerteinstellung - Werte innerhalb oder außerhalb der Schwellenwerte anzeigen
- Untere Schwelle - oberer Schwellenwert
Die ursprüngliche Volume-Datei wird mit der geänderten Version überschrieben.
By
Standardmäßig werden alle Spalten der Volume-Datei an die neuen Einstellungen angepasst. Verwenden Sie die
-Subvolumen Option, nur ein Subvolume zu ändern. Zuordnungseinstellungen nicht angegeben in
Optionen werden aus dem ersten Teilvolumen übernommen. Der Argument muss eines von sein
die folgende:
MODE_AUTO_SCALE MODE_AUTO_SCALE_ABSOLUTE_PERCENTAGE MODE_AUTO_SCALE_PERCENTAGE
MODE_USER_SCALE
Der Argument zu -Palettenname muss einer der folgenden sein:
PSYCH PSYCH-NO-NONE ROY-BIG ROY-BIG-BL Orange-Gelb Gray_Interp_Positive
Gray_Interp clear_brain videen_style fidl raich4_clrmid raich6_clrmid HSB8_clrmid
RBGYR20 RBGYR20P POS_NEG rot-gelb blau-hellblau FSL power_surf fsl_red fsl_green
fsl_blue fsl_gelb JET256
Der Argument zu -Schwellenwert muss einer der folgenden sein:
THRESHOLD_TYPE_OFF THRESHOLD_TYPE_NORMAL
Der Argument zu -Schwellenwert muss einer der folgenden sein:
THRESHOLD_TEST_SHOW_OUTSIDE THRESHOLD_TEST_SHOW_INSIDE
-Volume-Parcel-Resampling GLATTEN UND NEUPROBEN VON VOLUMENPAKETEN
wb_command -Volume-Parcel-Resampling
- das eingegebene Datenvolumen - Label-Volumen, wo die
Pakete sind derzeit - Beschriften Sie das Volumen, wo sich die Pakete befinden sollen
- Gaußsches Kernel-Sigma zur Glättung beim Resampling -
Ausgabe - Ausgabevolumen
[-fix-zeros] – Nullwerte werden als keine Daten behandelt
[-subvolume] – Wählen Sie ein einzelnes Subvolume als Eingabe aus
- die Nummer oder der Name des Subvolumes
Glättet die Region innerhalb jedes Etiketts und führt ein Resampling in Cur-Parzellen zur Region von durch
der gleiche Etikettenname in neuen Paketen. Alle Voxel im Ausgabeetikettenbereich, aber
Werte außerhalb des Eingabebeschriftungsbereichs werden aus Daten in der Nähe extrapoliert. Der
-fix-nullen Die Option bewirkt, dass die Glättung einen Eingabewert nicht verwendet, wenn dieser Null ist, sondern
Schreiben Sie immer noch einen geglätteten Wert in das Voxel, und nachdem die Glättung abgeschlossen ist, wird dies der Fall sein
Überprüfen Sie, ob noch Nullwerte vorhanden sind, und füllen Sie diese mit extrapolierten Werten aus.
Hinweis: Alle Volumes müssen die gleichen Abmessungen und Abstände haben.
A. Verwenden
unterschiedlicher Ausgaberaum, siehe -volume-parcel-resampling-generic.
-volume-parcel-resampling-generic GLATTEN UND NEUMUSTER VON PAKETEN AUS VERSCHIEDENEN VOLUMEN
SPACE
wb_command -volume-parcel-resampling-generic
- das eingegebene Datenvolumen - Label-Volumen, wo die
Pakete sind derzeit - Beschriften Sie das Volumen, wo sich die Pakete befinden sollen
- Gaußsches Kernel-Sigma zur Glättung beim Resampling -
Ausgabe - Ausgabevolumen
[-fix-zeros] – Nullwerte werden als keine Daten behandelt
[-subvolume] – Wählen Sie ein einzelnes Subvolume als Eingabe aus
- die Nummer oder der Name des Subvolumes
Glättet die Region innerhalb jedes Etiketts und führt ein Resampling in Cur-Parzellen zur Region von durch
der gleiche Etikettenname in neuen Paketen. Alle Voxel im Ausgabeetikettenbereich, aber
Werte außerhalb des Eingabebeschriftungsbereichs werden aus Daten in der Nähe extrapoliert. Der
-fix-nullen Die Option bewirkt, dass die Glättung einen Eingabewert nicht verwendet, wenn dieser Null ist, sondern
Schreiben Sie immer noch einen geglätteten Wert in das Voxel, und nachdem die Glättung abgeschlossen ist, wird dies der Fall sein
Überprüfen Sie, ob noch Nullwerte vorhanden sind, und füllen Sie diese mit extrapolierten Werten aus.
Das Ausgabevolumen nutzt den Volumenraum von new-parcels, was nicht erforderlich ist
sich im selben Volume-Bereich befinden wie die Eingabe.
-Volumen-Paketglättung GLATTE PAKETE IN EINEM VOLUMEN SEPARAT
wb_command -Volumen-Paketglättung
- Die Lautstärke glätten – ein Etikettenband, das die enthält
Pakete zu glätten - das Gaußsche Glättungskernel Sigma, in mm
- Ausgabe – die Ausgabelautstärke
[-fix-zeros] – Nullwerte werden als keine Daten behandelt
[-subvolume] – Wählen Sie ein einzelnes Subvolumen zum Glätten aus
- die Nummer oder der Name des Subvolumes
Das Volumen wird innerhalb jedes Labels im Label-Volumen nur unter Verwendung der Daten von geglättet
innerhalb des Etiketts. Entspricht der laufenden Volumenglättung mit jeweils passenden ROIs
Etikett separat, dann die resultierenden Bände hinzufügen, aber schneller.
-Lautstärke reduzieren DURCHFÜHREN DES REDUKTIONSBETRIEBES ÜBER TEILVOLUMEN
wb_command -Lautstärke reduzieren
- Die zu reduzierende Volumendatei - der zu verwendende Reduktionsoperator
- Ausgabe – die Ausgabelautstärke
[-exclude-outliers] – Ausreißer standardmäßig aus jeder Zeitreihe ausschließen
Abweichung - Anzahl der Standardabweichungen unter dem Mittelwert
das
- Anzahl der Standardabweichungen über dem Mittelwert
das
Nimmt für jedes Voxel die Daten über Subvolumina als Vektor und führt dies aus
die angegebene Reduzierung darauf und stellt das Ergebnis in das einzelne Ausgabevolumen
Voxel. Die Reduktionsoperatoren lauten wie folgt:
MAX: der Maximalwert MIN: der Minimalwert INDEXMAX: der 1-basierte Index des
Maximalwert INDEXMIN: der 1-basierte Index des Minimalwerts SUMME: Alle Werte addieren
PRODUCT: alle Werte multiplizieren MEAN: der Mittelwert der Daten STDEV: der Standard
Abweichung (N Nenner) SAMPSTDEV: die Stichprobenstandardabweichung (N-1
Nenner) VARIANCE: die Varianz der Daten MEDIAN: der Median der Daten
MODE: der Modus der Daten COUNT_NONZERO: die Anzahl der Elemente ungleich Null in den
die Datenerfassung
-volume-remove-islands ENTFERNEN SIE INSELN AUS EINEM ROI-VOLUMEN
wb_command -volume-remove-islands
- das eingegebene ROI-Volumen - Ausgabe – das ausgegebene ROI-Volumen
Findet alle flächenverbundenen Teile des ROI und setzt alle bis auf den größten auf Null.
-volume-reorient VOXEL-REIHENFOLGE EINER VOLUMENDATEI ÄNDERN
wb_command -volume-reorient
- die Lautstärke zur Neuorientierung - die gewünschte Ausrichtung
- raus - das neu ausgerichtete Volumen
Ändert die Voxelreihenfolge und die Header-Abstands-/Ursprungsinformationen so, dass die
Der Wert eines Raumpunktes bleibt unverändert. Orientierungszeichenfolgen sehen aus wie „LPI“,
was bedeutet, dass der erste Index von links nach rechts verläuft, der zweite von hinten nach vorne und
Der dritte ist dem überlegenen unterlegen. Die gültigen Zeichen sind:
L von links nach rechts
R von rechts nach links
P von hinten nach vorne
Von vorne nach hinten
Ich bin unterlegen gegenüber überlegen
S überlegen gegenüber minderwertig
-volume-rois-from-extrema ERSTELLEN SIE VOLUMEN-ROI-KARTEN AUS EXTREMA-KARTEN
wb_command -volume-rois-from-extrema
- die Eingangslautstärke - Abstandsgrenze vom Voxelzentrum in mm
- Ausgabe – die Ausgabelautstärke
[-gaussian] – generiert einen Gaußschen Kernel anstelle eines flachen ROI
– das Sigma für den Gaußschen Kernel, in mm
[-roi] – Wählen Sie einen zu verwendenden Interessenbereich aus
- die zu verwendende Region
[-overlap-logic] – wie mit überlappenden ROIs umgegangen wird, standardmäßig ERLAUBEN
- die Methode zur Lösung von Überschneidungen
[-subvolume] – Wählen Sie ein einzelnes Subvolume aus, dessen Verlauf übernommen werden soll
- die Nummer oder der Name des Subvolumes
Erstellen Sie für jeden Wert ungleich Null in jeder Karte eine Karte mit einem ROI um diesen Standort herum.
Besitzt das -Gaussian Wenn die Option angegeben ist, werden normalisierte Gaußsche Kernel ausgegeben
statt ROIs. Der Argument zu -Überlappungslogik muss einer von ALLOW sein,
NÄCHST oder AUSSCHLIEßEN. ALLOW ist die Standardeinstellung und bedeutet, dass ROIs behandelt werden
unabhängig voneinander und können sich überschneiden. CLOSEST bedeutet, dass sich ROIs nicht überschneiden dürfen, und zwar
Kein ROI enthält Scheitelpunkte, die näher an einem anderen Startscheitelpunkt liegen. AUSSCHLIESSEN bedeutet
dass ROIs sich nicht überlappen dürfen und dass jeder Scheitelpunkt im Bereich von mehr als einem ROI liegt
gehört zu keinem ROI.
-Volume-Set-Space ÄNDERN SIE DIE VOLUMEN-SPEICHERINFORMATIONEN
wb_command -Volume-Set-Space
- die Eingangslautstärke - Ausgabe – die Ausgabelautstärke
[-plumb] – eingestellt über Achsenreihenfolge und Abstand/Versatz
– eine Zeichenfolge wie „XYZ“, die angibt, welcher Index vorhanden ist
welche räumliche Dimension
- Änderung der X-Koordinate durch Inkrementieren der relevanten
Index
- Änderung der Y-Koordinate durch Inkrementieren der relevanten
Index
- Änderung der Z-Koordinate durch Inkrementieren der relevanten
Index
- die x-Koordinate des ersten Voxels - die y-Koordinate von
das erste Voxel – die Z-Koordinate des ersten Voxels
[-sform] – wird über eine Nifti-Form festgelegt
- Erhöhung der x-Koordinate durch Inkrementieren des i-Index
- Erhöhung der x-Koordinate durch Inkrementieren des j-Index - Erhöhung der
x-Koordinate durch Inkrementieren des k-Index - x-Koordinate des ersten Voxels
- Erhöhung der Y-Koordinate durch Inkrementieren des i-Index
- Erhöhung der Y-Koordinate durch Inkrementieren des J-Index - Erhöhung der
y-Koordinate durch Inkrementieren des k-Index - y-Koordinate des ersten Voxels
- Erhöhung der Z-Koordinate durch Inkrementieren des i-Index
- Erhöhung der Z-Koordinate durch Inkrementieren des J-Index - Erhöhung der
z-Koordinate durch Inkrementieren des k-Index - Z-Koordinate des ersten Voxels
Schreibt eine Kopie der Volumendatei, wobei die Abstandsinformationen geändert werden als
angegeben. Es erfolgt keine Neuordnung der Voxeldaten. Genau einer davon -Lot or
-sform muss angegeben werden.
-Volumenglättung GLATTEN SIE EINE VOLUMENDATEI
wb_command -Volumenglättung
- Die Lautstärke glätten - das Gaußsche Glättungskernel Sigma,
in mm - Ausgabe – die Ausgabelautstärke
[-roi] – Nur aus Daten innerhalb eines ROI glätten
– das Volumen, das als ROI verwendet werden soll
[-fix-zeros] – Nullwerte werden als keine Daten behandelt
[-subvolume] – Wählen Sie ein einzelnes Subvolumen zum Glätten aus
- die Nummer oder der Name des Subvolumes
Gaußsche Glättung für Volumina.
Glättet standardmäßig alle Subvolumes mit
kein ROI, wenn ROI angegeben ist, haben nur positive Voxel im ROI-Volumen ihre Werte
verwendet und alle anderen Voxel werden auf Null gesetzt. Das Glätten eines nicht orthogonalen Volumens wird durchgeführt
erheblich langsamer sein, da der Vorgang nicht unterteilt werden kann
Eindimensionale Glättungen ohne Verzerrung der Kernform.
Der -fix-nullen Die Option bewirkt, dass die Glättung keinen Eingabewert verwendet, wenn dieser Null ist.
Schreiben Sie aber trotzdem einen geglätteten Wert in das Voxel. Dies ist nützlich für Nullen
deuten auf einen Mangel an Informationen hin und hindern sie daran, die Intensität zu verringern
benachbarte Voxel, während der Null ein extrapolierter Wert zugewiesen wird.
-Volumenstatistiken RÄUMLICHE STATISTIK FÜR EINE VOLUMENDATEI
wb_command -Volumenstatistiken
- die Eingangslautstärke
[-reduce] – eine Reduktionsoperation verwenden
- der Reduktionsvorgang
[-Perzentil] – Geben Sie den Wert bei einem Perzentil an
– das zu findende Perzentil
[-subvolume] – Zeigt nur die Ausgabe für ein Subvolume an
- die Nummer oder der Name des Subvolumes
[-roi] – berücksichtigt nur Daten innerhalb eines ROI
- das ROI, als Volume-Datei
[-match-maps] – jedes Subvolume der Eingabe verwendet das entsprechende
Subvolume aus der ROI-Datei
[-show-map-name] – Kartenindex und -name vor jeder Ausgabe drucken
Für jedes Teilvolumen der Eingabe wird eine einzelne Zahl gedruckt, die sich aus der ergibt
spezifizierte Reduzierung oder Perzentiloperation. Verwenden -Subvolumen nur Ausgabe geben
für ein einzelnes Teilvolumen. Verwenden -König um nur die Daten innerhalb einer Region zu berücksichtigen.
Genau einer von -reduzieren or -Perzentil muss angegeben werden.
Das Argument zum -reduzieren Die Option muss eine der folgenden sein:
MAX: der Maximalwert MIN: der Minimalwert INDEXMAX: der 1-basierte Index des
Maximalwert INDEXMIN: der 1-basierte Index des Minimalwerts SUMME: Alle Werte addieren
PRODUCT: alle Werte multiplizieren MEAN: der Mittelwert der Daten STDEV: der Standard
Abweichung (N Nenner) SAMPSTDEV: die Stichprobenstandardabweichung (N-1
Nenner) VARIANCE: die Varianz der Daten MEDIAN: der Median der Daten
MODE: der Modus der Daten COUNT_NONZERO: die Anzahl der Elemente ungleich Null in den
die Datenerfassung
-volume-tfce Führen Sie TFCE für eine Volume-Datei durch
wb_command -volume-tfce
– das Volume, auf dem TFCE ausgeführt werden soll - Ausgabe – die Ausgabelautstärke
[-presmooth] – glättet die Lautstärke, bevor TFCE ausgeführt wird
– das Sigma für den Gaußschen Glättungskernel, in mm
[-roi] – Wählen Sie eine Region von Interesse aus, in der TFCE ausgeführt werden soll
– der Bereich, auf dem TFCE ausgeführt werden soll, als Volume
[-parameters] – Parameter für das TFCE-Integral festlegen
- Exponent für Clustervolumen (Standard 0.5) - Exponent für Schwellenwert
(Standardeinstellung 2.0)
[-subvolume] – Wählen Sie ein einzelnes Subvolume aus
- die Nummer oder der Name des Subvolumes
Die schwellenfreie Clusterverbesserung ist eine Methode zur Erhöhung des relativen Werts von
Regionen, die in einem Standard-Schwellenwerttest Cluster bilden würden. Das ist
erreicht durch Auswertung des Integrals von:
e(h, p)^E * h^H * dh
an jedem Scheitelpunkt p, wobei h von 0 bis zum Maximalwert in den Daten reicht und e(h,
p) ist die Ausdehnung des Clusters, der den Scheitelpunkt p am Schwellenwert h enthält. Negativ
Werte werden in ähnlicher Weise verbessert, indem die Daten negiert werden, derselbe Prozess ausgeführt wird und
Negierung des Ergebnisses.
Diese Methode wird erklärt in: Smith SM, Nichols TE., „Threshold-free Cluster
Verbesserung: Behebung von Problemen der Glättung, der Schwellenwertabhängigkeit und
Lokalisierung in der Cluster-Inferenz.“ Neuroimage. 2009. Januar 1;44(1):83-98. PMID:
18501637
-Volumen-zu-Oberfläche-Mapping KARTE VOLUMEN AUF OBERFLÄCHE
wb_command -Volumen-zu-Oberfläche-Mapping
– das Volume, von dem Daten zugeordnet werden sollen - die Oberfläche, auf der die Daten abgebildet werden sollen
- Ausgabe – die Ausgabemetrikdatei
[-trilinear] – trilineare Volumeninterpolation verwenden
[-enclosing] – Wert des umschließenden Voxels verwenden
[-cubic] – kubische Splines verwenden
[-ribbon-constrained] – Verwenden Sie den Ribbon-beschränkten Mapping-Algorithmus
- die Innenfläche des Bandes - die äußere Oberfläche von
das Farbband
[-volume-roi] – Verwenden Sie einen Volume-ROI
- die Volume-Datei
[-voxel-subdiv] – Voxelunterteilungen beim Schätzen der Voxelgewichte
- Anzahl der Unterteilungen, Standard 3
[-output-weights] – Schreiben Sie die Voxelgewichte für einen Scheitelpunkt in ein Volumen
Datei – die Scheitelpunktnummer, für die die Voxelgewichte ermittelt werden sollen, 0-basiert
– Ausgabe – Volumen, auf das die Gewichte geschrieben werden sollen
[-myelin-style] – Verwenden Sie die Methode aus dem Myelin-Mapping
- ein Roi-Volumen des Kortikalisbandes hierfür
Hemisphäre
- eine metrische Datei der kortikalen Dicke - Guassischer Kernel in mm
zur Gewichtung von Voxeln innerhalb der Reichweite
[-subvol-select] – Wählen Sie ein einzelnes Subvolume zum Zuordnen aus
- die Nummer oder der Name des Subvolumes
Sie müssen genau eine Mapping-Methode angeben.
Das umschließende Voxel nutzt das
Wert aus dem Voxel, in dem der Scheitelpunkt liegt, während trilinear eine 3D-Linearität ausführt
Interpolation basierend auf den Voxeln unmittelbar auf jeder Seite des Scheitelpunkts
Position.
Die Ribbon-Mapping-Methode erstellt ein Polyeder aus den Nachbarn des Scheitelpunkts
jede Oberfläche und schätzt die Menge des Volumens dieses Polyeders, das fällt
innerhalb benachbarter Voxel, um sie als Gewichte für die Probenahme zu verwenden. Der Volumen-ROI beträgt
nützlich, um Teilvolumeneffekte von Voxeln auszuschließen, durch die die Oberflächen verlaufen, und
führt dazu, dass die Zuordnung Voxel ignoriert, die keinen positiven Wert im haben
Maske. Die Unterteilungszahl gibt an, wie sie sich an die Höhe des Betrags annähert
Volumen, das das Polyeder schneidet, indem jedes Voxel in NxNxN Teile aufgeteilt wird, und
Überprüfen Sie, ob sich der Mittelpunkt jedes Teils innerhalb des Polyeders befindet. Wenn Sie haben
Bei sehr großen Voxeln sollten Sie eine Erhöhung in Betracht ziehen, wenn Ihre Ausgabe Nullen enthält.
Die Myelin-Stil-Methode verwendet dazu einen Teil des Caret5-Myelin-Mapping-Befehls
Kartierung: Nehmen Sie für jeden Oberflächenscheitelpunkt alle Voxel näher als die Dicke am
Scheitelpunkte, die innerhalb des Band-ROI liegen und weniger als die Hälfte des Dickenwerts entfernt sind
vom Scheitelpunkt entlang der Richtung der Oberflächennormalen und wenden Sie eine Gaußsche Funktion an
Kernel mit dem angegebenen Sigma an sie weiter, um die zu verwendenden Gewichte zu erhalten.
-Volumenvektoroperation FÜHREN SIE EINE VEKTOR-OPERATION AN VOLUMENDATEIEN AUS
wb_command -Volumenvektoroperation
- erste Vektoreingabedatei - zweite Vektoreingabedatei
- Welche Vektoroperation soll ausgeführt werden? - Ausgabe – die Ausgabedatei
[-normalize-a] – Vektoren der ersten Eingabe normalisieren
[-normalize-b] – Vektoren der zweiten Eingabe normalisieren
[-normalize-output] – Ausgabevektoren normalisieren (nicht gültig für dot
Produkt)
[-magnitude] – gibt die Größe des Ergebnisses aus (nicht gültig für dot
Produkt)
Führt eine Vektoroperation für zwei Volume-Dateien durch (die ein Vielfaches von 3 haben müssen).
Teilvolumina). Jeder der Eingänge kann mehrere Vektoren haben (mehr als 3).
Subvolumes), aber nicht beide (mindestens eines muss genau 3 Subvolumes haben). Der
-Größe und -Ausgabe normalisieren Optionen dürfen nicht zusammen oder mit angegeben werden
DOT-Betrieb. Der Der Parameter muss einer der folgenden sein:
Punkt kreuzen addieren subtrahieren
-volume-warpfield-resample RESAMPLE-VOLUMEN MIT WARPFIELD
wb_command -volume-warpfield-resample
- Volumen zum erneuten Abtasten - das anzuwendende Warpfeld
- eine Volume-Datei im gewünschten Volume-Bereich
Möglichkeiten für das Ausgangssignal:
- die Resampling-Methode - Ausgabe – die Ausgabelautstärke
[-fnirt] – MUSS verwendet werden, wenn ein Fnirt-Warpfeld verwendet wird
– das Quellvolumen, das beim Generieren des Warpfelds verwendet wird
Resampling einer Volume-Datei mit einem Warpfield.
Die empfohlenen Methoden sind
CUBIC (kubischer Spline) für die meisten Daten und ENCLOSING_VOXEL für Beschriftungsdaten. Der
Parameter muss einer von sein:
KUBISCH ENCLOSING_VOXEL TRILINEAR
-Volumengewichtete-Statistiken GEWICHTETE RÄUMLICHE STATISTIK FÜR EINE VOLUMENDATEI
wb_command -Volumengewichtete-Statistiken
- die Eingangslautstärke
[-weight-volume] – Gewichte aus einer Volumendatei verwenden
- Volumendatei mit den Gewichten
[-subvolume] – Zeigt nur die Ausgabe für ein Subvolume an
- die Nummer oder der Name des Subvolumes
[-roi] – berücksichtigt nur Daten innerhalb eines ROI
- das ROI, als Volume-Datei
[-match-maps] – jedes Subvolume der Eingabe verwendet das entsprechende
Subvolume aus der ROI-Datei
[-mean] – gewichteten Mittelwert berechnen
[-stdev] – gewichtete Standardabweichung berechnen
[-sample] – Bevölkerungsstandardabweichung aus der Stichprobe schätzen
[-percentile] – gewichtetes Perzentil berechnen
– das zu findende Perzentil
[-sum] – gewichtete Summe berechnen
[-show-map-name] – Kartenindex und -name vor jeder Ausgabe drucken
Für jedes Teilvolumen der Eingabe wird eine einzelne Zahl gedruckt, die sich aus der ergibt
angegebenen Vorgang. Wenn -Gewicht-Volumen nicht angegeben ist, beträgt das Volumen jedes Voxels
gebraucht. Verwenden -Subvolumen um nur eine Ausgabe für ein einzelnes Subvolume zu geben. Verwenden -König zu
Berücksichtigen Sie nur die Daten innerhalb einer Region. Genau einer davon -bedeuten, -stdev, -Perzentil
or -Summe muss angegeben werden.
Die richtigen -Summe ohne -Gewicht-Volumen ist gleichbedeutend mit der Integration in Bezug auf
Volumen.
-wbsparse-merge-dense WBSPARSE-DATEIEN ENTLANG DICHTER DIMENSION ZUSAMMENFÜHREN
wb_command -wbsparse-merge-dense
- Welche Dimension soll zusammengeführt werden, Zeile oder Spalte - Ausgabe
– die Ausgabe-wbsparse-Datei
[-wbsparse] – wiederholbar – geben Sie eine Wbsparse-Eingabedatei an
– eine wbsparse-Datei zum Zusammenführen
Die Eingabe-Wbsparse-Dateien müssen entlang der Richtung übereinstimmende Zuordnungen aufweisen
angegeben, und die Zuordnung entlang der angegebenen Richtung muss Gehirnmodelle sein.
-zip-Szenendatei ZIPPEN SIE EINE SZENENDATEI UND IHRE DATENDATEIEN
wb_command -zip-Szenendatei
– die Szenendatei, aus der die ZIP-Datei erstellt werden soll - der Name
des Ordners, der beim Erstellen der ZIP-Datei erstellt wurde
entpackt
- out – die ZIP-Datei, die erstellt wird
[-base-dir] – Geben Sie ein Verzeichnis an, in dem sich alle Datendateien irgendwo befinden
Innerhalb wird dies zum Stammverzeichnis der Verzeichnisstruktur der ZIP-Datei
- das Verzeichnis
Wenn die ZIP-Datei bereits vorhanden ist, wird sie überschrieben.
If -Basisverzeichnis ist nicht
angegeben, wird das Verzeichnis mit der Szenendatei als Basisverzeichnis verwendet.
Die Szenendatei darf nur relative Pfade enthalten und es dürfen sich keine Datendateien außerhalb befinden
das Basisverzeichnis.
-zip-spec-Datei ZIPPEN SIE EINE SPEC-DATEI UND IHRE DATENDATEIEN
wb_command -zip-spec-Datei
– die Spezifikationsdatei, die zur ZIP-Datei hinzugefügt werden soll - der Name
des Ordners, der beim Erstellen der ZIP-Datei erstellt wurde
entpackt
- out – die ZIP-Datei, die erstellt wird
[-base-dir] – Geben Sie ein Verzeichnis an, in dem sich alle Datendateien irgendwo befinden
Innerhalb wird dies zum Stammverzeichnis der Verzeichnisstruktur der ZIP-Datei
- das Verzeichnis
Wenn die ZIP-Datei bereits vorhanden ist, wird sie überschrieben.
If -Basisverzeichnis ist nicht
angegeben, wird das Verzeichnis, das die Spezifikationsdatei enthält, als Basisverzeichnis verwendet.
Die Spezifikationsdatei darf nur relative Pfade enthalten und es dürfen sich keine Datendateien außerhalb befinden
das Basisverzeichnis. Szenendateien in Spezifikationsdateien werden nicht auf welche Dateien überprüft
Stellen Sie sicher, dass alle Datendateien, auf die die Szenendateien verweisen, ebenfalls vorhanden sind
wird von der Spezifikationsdatei referenziert.
Verwenden Sie wb_command online über die Dienste von onworks.net