Dies ist die Linux-App namens Altrans, die unter Linux online ausgeführt werden kann und deren neueste Version als altrans.v1.1.02.tar.gz heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens Altrans herunter und führen Sie sie online aus, um sie unter Linux online mit OnWorks kostenlos auszuführen.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
Altrans soll online unter Linux laufen
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BESCHREIBUNG
Altrans ist eine Methode zur relativen Quantifizierung von Spleißereignissen. Es erfordert eine BAM-Alignment-Datei aus einem RNA-seq-Experiment und eine Annotationsdatei im GTF-Format, die die Position der Exons im Genom detailliert beschreibt. Es verwendet gepaarte End-Reads, bei denen ein Partner einem Exon und der andere Partner einem anderen Exon zugeordnet ist, und/oder Split-Reads, die Exon-Exon-Verbindungen umfassen, um „Links“ zwischen zwei Exons zu zählen. Wenn es überlappende Exons gibt, werden diese in „Exon-Gruppen“ gruppiert und einzigartige Teile jedes Exons in einer Exon-Gruppe identifiziert, die bei der Zuweisung von Lesevorgängen zu einem Exon verwendet werden. Die aus eindeutigen Regionen ermittelten Linkzahlen werden mit der Wahrscheinlichkeit der Beobachtung eines solchen Links bei gegebener Insert-Größenverteilung, die als Link-Coverage bezeichnet wird, normalisiert. Schließlich ist die erzeugte quantitative Metrik der Bruchteil der Abdeckung eines Links gegenüber der Summe der Abdeckungen aller Links, die das anfängliche erste Exon herstellt.Publikum
Wissenschaftsforschung
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/altrans/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um es auf einfachste Weise online über eines unserer kostenlosen Betriebssysteme ausführen zu können.
