Dies ist die Linux-App mit dem Namen „primeScaff“, die unter Linux online ausgeführt werden kann und deren neueste Version als „primeScaff-v1.6.1_linux_x86_64.tar.gz“ heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens primeScaff herunter und führen Sie sie online aus, um sie unter Linux online mit OnWorks kostenlos auszuführen.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
SCREENSHOTS
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primeScaff zur Ausführung unter Linux online
BESCHREIBUNG
primeScaff soll den manchmal mühsamen Prozess des manuellen Entwurfs spezifischer Primerpaare um Lücken in genomischen Gerüsten automatisieren und die Genomendbearbeitungsphase eines Genomsequenzierungsprojekts beschleunigen. Es beinhaltet die De-novo-Wiederholungssuche mit RECON, um das Entwerfen von Primern in sich wiederholenden Regionen so weit wie möglich zu vermeiden, und bietet die Möglichkeit, die Primer-Designoptionen mithilfe von Primer3 einfach zu verfeinern. Es gibt die Wiederholungs-, Lücken- und Primeranmerkungen in gff2 und gff3 aus, um die Ergebnisse mit Tools wie UGENE (empfohlen) oder artemis einfach zu laden und zu visualisieren.Eigenschaften
- Iterative De-novo-Wiederholungsmaskierung mit iterativem RECON
- Automatisches Design von Grundierungen für Hunderte von Lücken in Gerüsten in Sekundenschnelle
- Kann in jeder Assembly-Pipeline verwendet werden, es ist lediglich eine Standard-FASTA-Datei erforderlich
- Lösung für De-novo-Montageprojekte ohne enge Referenz
Publikum
Wissenschaftsforschung
Benutzeroberfläche
Befehlszeile
Programmiersprache
Perl
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/primescaff/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um es auf einfachste Weise online über eines unserer kostenlosen Betriebssysteme ausführen zu können.
