Dies ist die Linux-App namens SeqSelector, die unter Linux online ausgeführt werden kann und deren neueste Version als SeqSelector1.1b.zip heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens SeqSelector herunter und führen Sie sie online aus, um sie unter Linux online mit OnWorks kostenlos auszuführen.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
SeqSelector zur Online-Ausführung unter Linux
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BESCHREIBUNG
Das SeqSelector-Toolset ist eine Suite benutzerfreundlicher, plattformunabhängiger Python-Skripte, die die Auswahl von Sequenzen für die gezielte Anreicherung von Bibliotheken der nächsten Generation durch hybridisierungsbasierte Sequenzerfassung erleichtern. Die Skripte erfordern keine Programmierkenntnisse und können auf Genomsequenzen von Modell- und Nicht-Modellarten angewendet werden. Wir schlagen einen Arbeitsablauf vor, bei dem interessierende Gene zunächst aus früheren Studien und öffentlich verfügbaren Datensätzen zur funktionellen Genannotation identifiziert werden. Sobald eine Liste von Kandidatengenen identifiziert wurde, werden ihre Sequenzen aus dem Referenzgenom ausgewählt. Diese Sequenzen werden als Abfrage während einer BLAST-Suche im nicht annotierten Genom einer Nicht-Modellart verwendet und dann werden die entsprechenden Sequenzen zurückgegeben, die zum Entwerfen von Ködern für die hybridisierungsbasierte Sequenzerfassung verwendet werden können.Programmiersprache
Python
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/seqselector/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um es auf einfachste Weise online über eines unserer kostenlosen Betriebssysteme ausführen zu können.
