Dies ist die Linux-App mit dem Namen iCAS – An Illumina Clone Assembly System zur Ausführung unter Linux online, deren neueste Version als icas_v062.tar.bz2 heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App mit dem Namen iCAS – An Illumina Clone Assembly System herunter und führen Sie sie online aus, um sie unter Linux online mit OnWorks kostenlos auszuführen.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
iCAS – Ein Illumina Clone Assembly System zur Online-Ausführung unter Linux
BESCHREIBUNG:
Die Klon-für-Klon-Sequenzierung als Mittel zur Erzielung qualitativ hochwertiger Assemblierungen großer und komplexer Genome ist im Zeitalter der Hochdurchsatzsequenzierung weiterhin von großer Bedeutung. Allerdings sind Assemblierungen, die mit aktuellen Gesamtgenom-Assemblern erstellt wurden, häufig fragmentiert und weisen aufgrund unterschiedlicher Datenmerkmale, die durch Multiplex-Sequenzierung eingeführt werden, manchmal Probleme mit der Vollständigkeit des Genoms auf.Bei iCAS basiert der Datenfilterungsprozess auf einem neuartigen KMER-Frequenzalgorithmus, was zu nahezu perfekten Lesevorgängen vor der Montage führt. Contigs werden mithilfe verschiedener Assemblierungsalgorithmen generiert und dann zusammengeführt, um eine längere Kontinuität zu erreichen. Durch die Neuausrichtung aller Lesevorgänge auf die Contig-Entwürfe und die Neukalibrierung jeder Sequenzbasis wird ein endgültiger Konsens erzielt. Durch die Verwendung fertiger Klone für die Qualitätskontrolle ist die Pipeline in der Lage, Baugruppen mit einer Klonabdeckung von 99.7 % und einer Konsensbasisqualität von Q39 zu erhalten.
Entwickelt am Wellcome Trust Sanger Institute.
Publikum
Wissenschaftsforschung
Programmiersprache
Perle, C
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/icas/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um es auf einfachste Weise online über eines unserer kostenlosen Betriebssysteme ausführen zu können.