Este es el comando autodocktools que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
adt - AutoDockTools, una interfaz gráfica para AutoDock
SINOPSIS
ejecutarAdt [opciones]
DESCRIPCIÓN
Esta página de manual es una traducción casi literal de la salida proporcionada por ejecutarAdt -h
mando.
CAMPUS
Un resumen de las opciones se incluye a continuación. Para obtener una descripción completa, consulte el
tutoriales y documentación que está disponible en línea.
-h, --ayuda
Mostrar resumen de opciones.
-a or --de nuevo
reproducir archivo lastlog
--sobrescribirRegistro
sobrescribir archivo de registro
--registro único
crear un archivo de registro con un nombre único
--noRegistro
apagar el registro
--noSplash
apagar la pantalla de bienvenida
--morir no inicie el bucle de eventos de la GUI
--personalizador presentar
ejecutar el archivo especificado por el usuario
--lib Nombre del paquete
agregar bibliotecas de comandos
-v r, --visión corrida
ejecutar redes de visión en la línea de comando
-v o, --visión una vez
ejecutar redes de visión y salir de ADT
-d or --dmodo los modos
especificar un modo de visualización
los modos pueden ser cualquier combinación de modo de visualización
'cpk': cpk
'líneas': líneas
'ss': cinta de estructura secundaria
'sb': palos y pelotas
'lic': regaliz
'ms': superficie molecular
'ca': traza C-alfa
'bt': rastro de la columna vertebral
'sp': CA-spline
'sssb': estructura secundaria para proteínas, palos y bolas para
otros residuos con enlaces líneas para otros residuos sin enlaces
-c or --cmodo los modos
especificar un esquema de color en modo de pantalla:
'ca': color por átomo
'cr': color por residuo (esquema RASMOL)
'cc': color por cadena
'cm': color por molécula
'cdg': color usando el esquema de David Goodsell
'cs': residuos de color usando el esquema Shapely
'css': color por elemento de estructura secundaria
Ejemplo:
mostrar proteína como cinta, no proteína como palos y bolas y color por tipo de átomo
adt -i --dmode sssb --cmode cr miprot.pdb
adt -i -m sssb -c cr miprot.pdb
Use autodocktools en línea usando los servicios de onworks.net