extractfeate - Online en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

extractfeat - Extrae características de secuencia (s)

SINOPSIS

extraer -secuencia Seqall [-antes de entero] [-después entero] [-Fuente cadena]
[Tipo cadena] [-sentido entero] [-puntuación mínima flotar] [-maximo puntaje flotar]
[-etiqueta cadena] [-valor cadena] [-entrar booleano] [-featinname booleano]
[-describir cadena] -outseq seguimiento

extraer -ayuda

DESCRIPCIÓN

extraer es un programa de línea de comandos de EMBOSS (“European Molecular Biology Open
Paquete de programas"). Es parte del grupo de comandos "Editar, tablas de características".

CAMPUS

Entrada .
-secuencia Seqall

Adicionales .
-antes de entero
Si este valor es mayor que 0, entonces ese número de bases o residuos antes del
característica se incluyen en la secuencia extraída. Esto le permite obtener el contexto de
la característica. Si este valor es negativo, el inicio de la secuencia extraída será
sea ​​este número de bases / residuos antes del final de la función. Entonces, un valor de '10'
iniciará la extracción 10 bases / residuos antes del inicio de la secuencia, y un
valor de '-10' iniciará la extracción 10 bases / residuos antes del final de la
característica. La secuencia de salida se rellenará con caracteres 'N' o 'X' si la secuencia
comienza después del inicio requerido de la extracción.

-después entero
Si este valor es mayor que 0, entonces ese número de bases o residuos después de la
característica se incluyen en la secuencia extraída. Esto le permite obtener el contexto de
la característica. Si este valor es negativo, el final de la secuencia extraída será
este número de bases / residuos después del inicio de la función. Entonces, un valor de '10'
finalizar la extracción 10 bases / residuos después del final de la secuencia, y un valor de
'-10' terminará la extracción 10 bases / residuos después del inicio de la función. los
La secuencia de salida se rellenará con caracteres 'N' o 'X' si la secuencia termina antes
el final requerido de la extracción.

-Fuente cadena
De forma predeterminada, se muestra cualquier fuente de características en la tabla de características. Puede configurar esto para que coincida
cualquier fuente de características que desee mostrar. El nombre de la fuente suele ser el nombre del
programa que detectó la característica o es la tabla de características (por ejemplo: EMBL) que el
la característica vino de. La fuente puede tener comodines usando '*'. Si desea mostrar más
de una fuente, separe sus nombres con el carácter '|', por ejemplo: gene * | embl predeterminado
valor: *

Tipo cadena
De forma predeterminada, se extraen todas las características de la tabla de características. Puede configurar esto para que sea cualquier
tipo de característica que desea extraer. Ver http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ para una lista de
los tipos de funciones EMBL y consulte el manual del usuario de Uniprot en
http://www.uniprot.org/manual/sequence_annotation para obtener una lista de la función Uniprot
tipos. El tipo puede ser comodín usando '*'. Si desea extraer más de uno
escriba, separe sus nombres con el carácter '|', por ejemplo: * UTR | intron Valor predeterminado: *

-sentido entero
De forma predeterminada, se extrae cualquier tipo de característica en la tabla de características. Puede configurar esto para
coincidir con cualquier sentido de función que desee. 0 - cualquier sentido, 1 - sentido hacia adelante, -1 - sentido inverso

-puntuación mínima flotar
Puntuación mínima de la característica para extraer (ver también maxscore) Valor predeterminado: 0.0

-maximo puntaje flotar
Puntaje máximo de característica para extraer. Si tanto mincore como maxscore son cero (el
predeterminado), entonces se ignora cualquier puntaje Valor predeterminado: 0.0

-etiqueta cadena
Las etiquetas son los tipos de valores adicionales que puede tener una característica. Por ejemplo en el EMBL
tabla de características, un tipo de característica 'CDS' puede tener las etiquetas '/ codon', '/ codon_start',
'/ db_xref', '/ número_EC', '/ evidencia', '/ excepción', '/ función', '/ gene', '/ etiqueta',
'/ mapa', '/ nota', '/ número', '/ parcial', '/ producto', '/ id_proteína', '/ pseudo',
'/ nombre_estándar', '/ traducción', '/ transl_except', '/ tabla_transl' o '/ usedin'.
Algunas de estas etiquetas también tienen valores, por ejemplo, '/ gene' puede tener el valor de
nombre del gen. De forma predeterminada, se extrae cualquier etiqueta de característica en la tabla de características. Puedes configurar
esto para que coincida con cualquier etiqueta de función que desee mostrar. La etiqueta puede tener comodines usando
'*'. Si desea extraer más de una etiqueta, separe sus nombres con el carácter
'|', por ejemplo: gen | etiqueta Valor predeterminado: *

-valor cadena
Los valores de etiqueta son los valores asociados con una etiqueta de característica. Las etiquetas son los tipos de extra
valores que puede tener una característica. Por ejemplo, en la tabla de características EMBL, un tipo de 'CDS' de
la característica puede tener las etiquetas '/ codon', '/ codon_start', '/ db_xref', '/ EC_number',
'/ evidencia', '/ excepción', '/ función', '/ gen', '/ etiqueta', '/ mapa', '/ nota', '/ número',
'/ parcial', '/ producto', '/ id_proteína', '/ pseudo', '/ nombre_estándar', '/ traducción',
'/ transl_except', '/ transl_table' o '/ usedin'. Solo algunas de estas etiquetas pueden tener
Los valores, por ejemplo, '/ gene' pueden tener el valor del nombre del gen. Por defecto cualquiera
Se muestra el valor de la etiqueta de característica en la tabla de características. Puede configurar esto para que coincida con cualquier función
valor de etiqueta que desea mostrar. El valor de la etiqueta se puede utilizar como comodín con '*'. Si lo desea
para mostrar más de un valor de etiqueta, separe sus nombres con un espacio o el carácter
'|', por ejemplo: pax * | 10 Valor predeterminado: *

Salida .
-entrar booleano
Algunas características, como CDS (secuencia codificante) y ARNm, están compuestas por intrones
concatenados juntos. Puede haber otras formas de secuencia 'unida', dependiendo de la
tabla de características. Si esta opción se establece en VERDADERO, entonces cualquier grupo de estas características será
salida como una sola secuencia. Si se han establecido los calificadores "antes" y "después",
entonces solo se agrega la secuencia antes de la primera característica y después de la última característica.
Valor predeterminado: N

-featinname booleano
Para ayudarlo a identificar el tipo de característica que se ha generado, el tipo de
La característica se agrega al comienzo de la descripción de la secuencia de salida. A veces el
La descripción de una secuencia se pierde en el procesamiento posterior del archivo de secuencias, por lo que
Es útil que el tipo sea parte del nombre de ID de secuencia. Si configura esto para que sea
TRUE, el nombre se agrega al nombre de ID de la secuencia de salida. Valor predeterminado: N

-describir cadena
Para ayudarlo a identificar algunas propiedades adicionales de una característica que se ha generado,
esto le permite especificar uno o más nombres de etiquetas que deben agregarse a la salida
secuencia Descripción del texto, junto con sus valores (si los hay). Por ejemplo, si esto
está configurado para ser 'gene', entonces si alguna característica de salida tiene la etiqueta (por ejemplo)
'/ gene = BRCA1' asociado con él, luego el texto '(gene = BRCA1)' se agregará al
Línea descriptiva. Las etiquetas son los tipos de valores adicionales que puede tener una característica. Para
Por ejemplo, en la tabla de características EMBL, un tipo de característica 'CDS' puede tener las etiquetas '/ codon',
'/ codon_start', '/ db_xref', '/ EC_number', '/ evidencia', '/ excepción', '/ función',
'/ gen', '/ etiqueta', '/ mapa', '/ nota', '/ número', '/ parcial', '/ producto', '/ id_proteína',
'/ pseudo', '/ nombre_estándar', '/ traducción', '/ transl_except', '/ transl_table', o
'/utilizada en'. Algunas de estas etiquetas también tienen valores, por ejemplo, '/ gene' puede tener el valor
del nombre del gen. De forma predeterminada, no se muestra ninguna etiqueta de función. Puede configurar esto para que coincida
cualquier etiqueta de función que desee mostrar. La etiqueta puede tener comodines usando '*'. Si lo desea
para extraer más de una etiqueta, separe sus nombres con el carácter '|', por ejemplo: gen |
Label

-outseq seguimiento

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