Este es el comando fasta_formatter que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
fasta_formatter: cambia el ancho de la línea de secuencias en un archivo FASTA
DESCRIPCIÓN
uso: fasta_formatter [-h] [-i INFILE] [-o OUTFILE] [-w N] [-t] [-e] Parte de FASTX
Kit de herramientas 0.0.14 por assafgordon@gmail.com
[-h] = Esta útil pantalla de ayuda.
[-i ARCHIVO]
= Archivo de entrada FASTA / Q. el predeterminado es STDIN.
[-o OUTFILE] = Archivo de salida FASTA / Q. el predeterminado es STDOUT. [-w N] = máx.
ancho de línea de secuencia para el archivo FASTA de salida.
Cuando es CERO (el valor predeterminado), las líneas de secuencia NO se envolverán: todos los nucleótidos de
cada secuencia aparecerá en una sola línea (buena para secuencias de comandos).
[-t] = Formato tabulado de salida (en lugar del formato FASTA).
Los identificadores de secuencia estarán en la primera columna, los nucleótidos aparecerán en la segunda
columna (como una sola línea).
[-e] = Salida de secuencias vacías (el valor predeterminado es descartarlas).
Las secuencias vacías son aquellas que solo tienen un identificador de secuencia, pero no real
nucleótidos.
Entrada Ejemplo:
> MI-ID AAAAAGGGGG CCCCCTTTTT AGCTN
Salida (aqui) con ilimitado línea anchura [-w 0]
> MI-ID AAAAAGGGGGCCCCCTTTTTAGCTN
Salida (aqui) con máx. línea width = 7 [-w 7]
> MI-ID AAAAAGG GGGTTTT TCCCCCA GCTN
Salida (aqui) con tabular salida [-t]:
MI-ID AAAAAGGGGGCCCCCTTTTAGCTN
ejemplo de secuencia vacía: (se descartará a menos que se utilice [-e])
> SECUENCIA-REGULAR-1 AAAGGGTTTCCC> SECUENCIA-VACÍA> SECUENCIA-REGULAR-2
AAGTAGTAGTAGTAGT GTATTTTATAT
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