Este es el comando fsl que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
fsl: herramientas de análisis para imágenes cerebrales FMRI, MRI y DTI
DESCRIPCIÓN
FSL es un conjunto de herramientas completo para el análisis de datos médicos de imágenes cerebrales. Eso
proporciona herramientas para el preprocesamiento de datos, extracción de cerebro, registro de imágenes, así como un
amplio espectro de análisis estadísticos. FSL proporciona una GUI fácil de usar.
FSL requiere que se establezcan correctamente una serie de variables de entorno. Lograr esto,
obtenga el script de configuración de /etc/fsl/5.0/fsl.sh. Una forma de hacer esto
automáticamente es agregar una línea que contenga
. /etc/fsl/5.0/fsl.sh
al archivo .bashrc en el directorio de inicio de un usuario (o un archivo correspondiente para otros shells
que bash). Es posible que primero deba crear un archivo de este tipo.
Alternativamente, el paquete Debian instala enlaces simbólicos para todas las herramientas FSL en / usr / bin esa
encargarse de cargar la configuración adecuada automáticamente. Los nombres de los enlaces simbólicos son
prefijado con el correspondiente FSL versión para evitar conflictos de nombre de archivo y permitir
múltiples versiones para coexistir en el mismo sistema. Por ejemplo, el rebanador el comando es
disponible como rebanador fsl5.0. Tenga en cuenta que para usar FSL herramientas a través de estos enlaces simbólicos
no necesario para realizar el procedimiento de configuración descrito anteriormente. Sin embargo, esta conveniencia
La característica es específica de Debian. Scripts que emplean comandos FSL y están destinados a ser compartidos.
con otros deben confiar en nombres de comando sin prefijo y la variable de entorno FSL
.
La FSL la interfaz de usuario a veces se refiere a un FSLDIR. En los sistemas Debian esto es
/usr/share/fsl/5.0 para FSL versión 5.0.
FSL La documentación y la ayuda en línea la proporciona el fsl-5.0-doc paquete.
Preguntas sobre el uso de FSL o teoría relacionada se puede publicar en el FSL envío
lista (consulta: http://www.jiscmail.ac.uk/lists/fsl.html).
PARALELIZACIÓN
FSL se puede configurar para enviar trabajos a un Sun Gridengine (SGE) en ejecución. Aunque no todos
La funcionalidad implementada en FSL admite este tipo de paralelización, la más exigente
las herramientas de procesamiento (por ejemplo, POSSUM y FDT) sí lo hacen.
FSL debería poder usar SGE incluso si la variable de entorno SGE_ROOT no está configurada, como en
el caso del paquete Debian de SGE. Para habilitar el procesamiento por lotes, simplemente configure
FSLPARALLEL = 1
en el shell donde se ejecuta FSL. Esto se puede habilitar permanentemente en
/etc/fsl/5.0/fsl.sh
o caso por caso.
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