Este es el comando geneparse-mpi que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
geneparse - frontend del cargador de archivos de secuencia
SYNAPSE
geneparse [opciones ...] [entrada] [entrada2 ...] # leer entrada y escribir en stdout
DESCRIPCIÓN
Lee un archivo de secuencia y lo escribe en algún lugar (por defecto en stdout).
Se puede especificar un rango específico dentro de un archivo de entrada mediante archivo [iniciar, detener]. La plaza
los corchetes se pueden intercambiar por cualquiera de {[()]}, (por ejemplo, "genome.fa [3000,4000]" o
"genoma.fa {3000 ~ 4000}"). Tenga en cuenta que todos ellos pueden ser analizados por su shell. También
se puede utilizar cualquier carácter que no sea una palabra para separar los números.
CAMPUS
--repeatmask | -r
utilice secuencias enmascaradas con repetición suave (es decir, reemplace las bases en minúsculas con N).
--upper | --unmask | -U
mayúsculas todas las bases.
--length | -l
solo imprime la longitud y sal
--limpio | -c
no agregue una nueva línea cuando termine
--versión | -V
imprime la versión del programa
--ayuda | -h
imprime un mensaje de ayuda
--salida | -o
enviar la salida a un archivo (de lo contrario, use stdout). --la salida implica --limpio.
--quiet | -q
silenciar todas las advertencias
--verbose | -v
imprime muchos detalles adicionales
Use geneparse-mpi en línea usando los servicios de onworks.net