Este es el comando kalign que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
kalign: realiza una alineación múltiple de secuencias biológicas.
SINOPSIS
kalign [infile.fasta] [archivo exterior.fasta] [Opciones]
kalign [-I infile.fasta] [-o archivo exterior.fasta] [Opciones]
kalign [< infile.fasta] [> archivo exterior.fasta] [Opciones]
DESCRIPCIÓN
Kalign es una herramienta de línea de comandos para realizar múltiples alineaciones de secuencias biológicas. Eso
emplea el algoritmo de emparejamiento de cadenas de Muth? Manber, para mejorar tanto la precisión como la velocidad
de la alineación. Utiliza un enfoque de alineación progresiva global, enriquecido por el empleo de un
algoritmo aproximado de coincidencia de cadenas para calcular distancias de secuencia e incorporando
coincidencias locales en la alineación de otro modo global.
CAMPUS
-s -gpo -brecha -gap_open x
Penalización de brecha abierta.
-e -gpe -brecha_ext -gapeextension x
Penalización por extensión de brecha.
-t -tgpe -terminal_gap_extension_penalty x
Sanciones por brecha terminal.
-m -prima -bonus_matriz x
Una constante añadida a la matriz de sustitución.
-c -clasificar <entrada, árbol, huecos.>
El orden en el que aparecen las secuencias en la alineación de salida.
-g -característica
Selecciona el modo de función y especifica qué funciones se utilizarán: por ejemplo, todas, maxplp,
ESTRUCTURA, PFAM-A?
-same_feature_score
Puntuación por alinear las mismas características.
-diff_feature_score
Penalización por alinear diferentes características.
-d -distancia <wu, par>
Método de distancia
-b -árbol -árbol-guía <Nueva Jersey, upgma>
Método del árbol guía.
-z -zcorte
Parámetro utilizado en el cálculo de distancia basado en wu-manber.
-i -in -aporte
Nombre del archivo de entrada.
-o -fuera -producción
Nombre del archivo de salida.
-a -brecha_inc
Aumenta las penalizaciones por huecos dependiendo del número de huecos existentes.
-f -formato <fasta, msf, aln, club, macsim>
El formato de salida.
-q -tranquilo
No imprima nada en STDERR. No lea nada de STDIN.
Referencias
· Timo Lassmann y Erik LL Sonnhammer (2005) Kalign: un múltiplo preciso y rápido
algoritmo de alineación de secuencia. BMC Bioinformática 6: 298
· Timo Lassmann, Oliver Frings y Erik LL Sonnhammer (2009) Kalign2:
alineación múltiple de alto rendimiento de secuencias de proteínas y nucleótidos que permiten
características externas. Investigación de ácidos nucleicos 3: 858? 865.
AUTORES
Timo Lassmann <timolassmann@gmail.com>
Autor anterior de Kalign.
Charles Plessy <plessy@debian.org>
Escribió la página de manual.
DERECHOS DE AUTOR
Copyright © 2004, 2005, 2006, 2007, 2008 Timo Lassmann
Kalign es un software gratuito. Puede redistribuirlo y / o modificarlo bajo los términos de la
Licencia pública general GNU publicada por la Free Software Foundation.
Esta página de manual fue escrita por Charles Plessyplessy@debian.org> para Debian (TM)
sistema (pero puede ser utilizado por otros). Se concede permiso para copiar, distribuir y / o
modificar este documento en los mismos términos que el propio kalign.
En los sistemas Debian, el texto completo de la GNU General Public License versión 2 se puede
encontrado en / usr / share / common-license / GPL-2.
Use kalign en línea usando los servicios de onworks.net