Este es el comando libscane que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
libscan: búsquedas de diagnóstico de familias de proteínas.
SINOPSIS
libscan -modo lista -grib booleano -Henik booleano -mmm booleano -sam booleano -pssm booleano
-sig booleano -hmmruta cadena -hmmextn cadena -hmmoutpath cadena -hmmoutextn cadena
-sampath cadena -samextn cadena -samoutcamino cadena -samoutextn cadena
-pssmpath cadena -pssmextn cadena -nitro entero -trillar flotar -maxhit entero
-pssmoutpath cadena -pssmouttextn cadena -gbvruta cadena -gbvextn cadena
-gbvgapo flotar -gbvgape flotar -gbvrutadesalida cadena -gbvoutextn cadena
-hnfruta cadena -hnfextn cadena -hnfgapo flotar -hnfgape flotar -hfoutpath cadena
-hnfoutextn cadena -sigpath cadena -sigextn cadena -interm lista -sub matrizf
-sigapo flotar -siggape flotar -sigoutpath cadena -sigoutextn cadena -Db conjunto de secuencias
-scopf en archivo
libscan -ayuda
DESCRIPCIÓN
libscan es un programa de línea de comandos de EMBOSS (“European Molecular Biology Open
Paquete de programas"). Es parte del grupo de comandos "Proteína: Estructura 3D".
CAMPUS
-modo lista
libscan se ejecuta en uno de dos modos, ya sea (i) modo de búsqueda de base de datos o (ii) biblioteca
modo de pantalla. En el modo de búsqueda de base de datos, libscan lee uno o más directorios cada uno
que contiene un solo tipo de elemento discriminador, los tipos permitidos son escasos
firma de secuencia, perfil de Gribskov, perfil de Henikoff o modelo de Markov oculto. En
modo de pantalla de biblioteca, libscan lee un conjunto de secuencias, compara cada secuencia con el
biblioteca (directorios de elementos discriminantes) y escribe un archivo de escaneo de biblioteca (de
familias con mejor puntuación) para cada uno. Valor predeterminado: 2
-grib booleano
Valor predeterminado: N
-Henik booleano
Valor predeterminado: N
-mmm booleano
Valor predeterminado: N
-sam booleano
Valor predeterminado: N
-pssm booleano
Valor predeterminado: Y
-sig booleano
Valor predeterminado: N
-hmmruta cadena
Valor por defecto: ./ lib /
-hmmextn cadena
Valor predeterminado: .hmm
-hmmoutpath cadena
Valor por defecto: ./
-hmmoutextn cadena
Valor predeterminado: .hmmout
-sampath cadena
Valor por defecto: ./
-samextn cadena
Valor predeterminado: .mod
-samoutcamino cadena
Valor por defecto: ./
-samoutextn cadena
Valor predeterminado: .samout
-pssmpath cadena
Valor predeterminado: / data / structure / lib / pssm /
-pssmextn cadena
Valor predeterminado: .chk
-nitro entero
Valor predeterminado: 1
-trillar flotar
Valor predeterminado: 100
-maxhit entero
Valor predeterminado: 1000
-pssmoutpath cadena
Valor por defecto: ./
-pssmouttextn cadena
Valor predeterminado: .pssmout
-gbvruta cadena
Valor por defecto: ./
-gbvextn cadena
Valor predeterminado: .grib
-gbvgapo flotar
Valor predeterminado: 10.0
-gbvgape flotar
Valor predeterminado: 0.5
-gbvrutadesalida cadena
Valor por defecto: ./
-gbvoutextn cadena
Valor predeterminado: .gribout
-hnfruta cadena
Valor por defecto: ./
-hnfextn cadena
Valor predeterminado: .henik
-hnfgapo flotar
Valor predeterminado: 10.0
-hnfgape flotar
Valor predeterminado: 0.5
-hfoutpath cadena
Valor por defecto: ./
-hnfoutextn cadena
Valor predeterminado: .henikout
-sigpath cadena
Valor por defecto: ./
-sigextn cadena
Valor predeterminado: .sig
-interm lista
Valor predeterminado: 1
-sub matrizf
Valor predeterminado: EBLOSUM62
-sigapo flotar
Valor predeterminado: 10.0
-siggape flotar
Valor predeterminado: 0.5
-sigoutpath cadena
Valor por defecto: ./
-sigoutextn cadena
Valor predeterminado: .sigout
-Db conjunto de secuencias
En el modo de búsqueda de base de datos, libscan escanea cada elemento discriminatorio contra una secuencia
colocar. En el modo de pantalla de biblioteca, libscan lee un conjunto de secuencias y examina cada secuencia
contra la biblioteca (directorios de elementos disciminatorios) Valor predeterminado: 49142.vdhf
-scopf en archivo
En cualquiera de los modos, se requiere un 'archivo de clasificación scop' como fuente de familia
datos de clasificación. Un archivo de clasificación scop contiene clasificación y otros datos
para dominios de la base de datos scop. El archivo está en formato embl y se genera
por scopparse. La información de la secuencia de dominio se puede agregar al archivo usando scopseqs.
Valor predeterminado: /data/structure/dcf/scop_raw.dcf
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