Este es el comando mhap que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
mhap - superposición de secuencia probabilística
DESCRIPCIÓN
Por favor, configure el -s o de -p opciones. Vea las opciones a continuación: MHAP: Protocolo de alineación MinHash.
Una herramienta para encontrar superposiciones de secuencias de lectura larga (como PacBio o Nanopore) en
bioinformática.
Versión: 1.6, Tiempo de compilación: 09/12/2015 11:46 PM Uso 1 (ejecución directa): java
-servidor -Xmx -jar -s[-q
archivo>] [-f ] Uso 2 (generar precalculado
binarios): java -servidor -Xmx -jar -p
-q [-F ]
--alineación, predeterminado = falso
Opción experimental.
--desplazamiento de alineación, predeterminado = -0.535
La compensación para tener en cuenta la variación en la puntuación de coincidencia de alineación.
- puntuación de alineación, predeterminado = 1.0E-6
La puntuación de corte para los partidos de alineación.
- umbral de filtro, predeterminado = 1.0E-5
[doble], el límite en el que se considera k-mer en el archivo de filtro k-mer
repetitivo. Este valor para un k-mer específico se especifica en la segunda columna de
el archivo de filtro. Si no se proporciona un archivo de filtro, esta opción se ignora.
--ayuda, predeterminado = falso
Muestra el menú de ayuda.
- turno máximo, predeterminado = 0.2
[doble], tamaño de la región a la izquierda y a la derecha de la superposición estimada, según se deriva
del desplazamiento medio y la longitud de la secuencia, donde las coincidencias de un k-mer todavía son
considerado válido. Solo filtro de segunda etapa.
--min-tienda-longitud, predeterminado = 0
[int], la longitud mínima de la lectura que se almacena en el cuadro. Se usa para filtrar
lecturas breves del archivo FASTA.
- nanoporo rápido, predeterminado = falso
Establezca todos los parámetros para la configuración rápida de Nanopore. Este es el mejor actual
orientación, y podría cambiar en cualquier momento sin previo aviso.
--no-yo, predeterminado = falso
No calcule las superposiciones entre secuencias dentro de un cuadro. Debe usarse cuando el
hacia y desde secuencias provienen de diferentes archivos.
--num-hashes, predeterminado = 512
[int], número de min-meros que se utilizarán en MinHashing.
--num-min-coincidencias, predeterminado = 3
[int], mínimo # min-mer que se debe compartir antes de calcular el filtro de segunda etapa.
Cualquier secuencia por debajo de ese valor se considera que no se superpone.
--num-hilos, predeterminado = 12
[int], número de subprocesos que se utilizarán para el cálculo. Normalmente se establece en 2 x #cores.
--pacbio-rápido, predeterminado = falso
Configure todos los parámetros para el ajuste rápido de PacBio. Este es el mejor actual
orientación, y podría cambiar en cualquier momento sin previo aviso.
--pacbio-sensible, predeterminado = falso
Establezca todos los parámetros para los ajustes sensibles de PacBio. Este es el mejor actual
orientación, y podría cambiar en cualquier momento sin previo aviso.
--store-full-id, predeterminado = falso
Almacene los ID completos como se ve en el archivo FASTA, en lugar de almacenar solo la secuencia
posición en el archivo. Algunos archivos FASTA tienen IDS largos, lo que ralentiza la salida de resultados.
Esta opción se ignora cuando se usa un formato de archivo comprimido.
--umbral, predeterminado = 0.04
[doble], el umbral de la puntuación de similitud de corte para la segunda etapa de clasificación y fusión
filtrar. Esto se basa en el número promedio de k-mers que coinciden en la superposición
región.
--versión, predeterminado = falso
Muestra la versión y el tiempo de compilación.
--ponderado, predeterminado = falso
Realice MinHashing ponderado.
-f, predeterminado = ""
Archivo de filtro k-mer utilizado para filtrar k-mers altamente repetitivos. Debe ser ordenado
en orden descendente de frecuencia (segunda columna).
-h, predeterminado = falso
Muestra el menú de ayuda.
-k, predeterminado = 16
[int], tamaño k-mer utilizado para MinHashing. El tamaño de k-mer para el filtro de la segunda etapa es
por separado y no se puede modificar.
-p, predeterminado = ""
Uso 2 solamente. El directorio que contiene archivos FASTA que deben convertirse a
formato binario para almacenamiento.
-q, predeterminado = ""
Uso 1: el archivo FASTA de lecturas, o un directorio de archivos, que se comparará con
el conjunto de lecturas en el cuadro (ver -s). Uso 2: el directorio de salida para el binario
archivos dat formateados.
-s, predeterminado = ""
Uso 1 solamente. El archivo FASTA o dat binario (ver Uso 2) de lecturas que serán
almacenado en un cuadro, y con el que se compararán todas las lecturas posteriores.
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